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新型冠状病毒亚基因组RNA检测方法的建立及性能评估
1
作者 赵祉薇 陈茶 黄彬 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期1737-1743,共7页
目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase cha... 目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法,对所建立的方法进行优化,包括引物、探针的浓度及比例、延伸温度、反应体积和模板量。并对所建立的方法进行性能评估,包括最低检测限、灵敏度、特异性和重复性。对临床样本进行新冠病毒sgRNA和基因组RNA(genomic RNA,gRNA)检测,并对检测结果进行分析。结果建立了检测新冠病毒sgRNA的RT-PCR方法。所建方法的最低检测限为100 copies/mL,对常见病原体的检测结果均为阴性。对高、中、低浓度样本sgRNA进行检测,CV均<5%。115例疑似新冠病毒感染者的咽拭子样本sgRNA为阳性(115/330,阳性率为34.85%)。gRNA-N Ct值<30时,sgRNA-N的阳性率为100.00%;gRNA-N的Ct值介于30~32时,sgRNA-N的阳性率为68.75%;gRNA-N的Ct值介于32~35时,sgRNA-N的阳性率为44.44%;gRNA-N的Ct值>35时,sgRNA-N均为阴性。结论建立了新冠病毒sgRNA的RT-PCR检测方法,方法灵敏、特异、重复性好。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 亚基因组RNA 聚合酶链反应 逆转录
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头孢他啶/阿维巴坦、多黏菌素B和替加环素对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的体外抗菌活性分析 被引量：10
2
作者 陈怡丽 刘平娟 +6 位作者 余广超 伍众文 郭鹏豪 彭雅琴 李雨芯 刘敏 廖康 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1281-1287,共7页
目的评价头孢他啶/阿维巴坦(CAZ-AVI)、多黏菌素B和替加环素对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的体外抗菌效应研究,指导临床正确选择并合理使用抗菌药物。方法收集2018—2021年期间从广东地区8家三级综合医院临床分离的对碳青霉烯类耐... 目的评价头孢他啶/阿维巴坦(CAZ-AVI)、多黏菌素B和替加环素对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的体外抗菌效应研究,指导临床正确选择并合理使用抗菌药物。方法收集2018—2021年期间从广东地区8家三级综合医院临床分离的对碳青霉烯类耐药的肺炎克雷伯菌172株,采用聚合酶链反应(PCR)以及NG-Test■CARBA5检测菌株的5种常见碳青霉烯酶耐药基因;采用微量肉汤稀释法药敏试验分别检测CAZ-AVI、多黏菌素B和替加环素的单药最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)值。结果172株CRKP对CAZ-AVI耐药率为13.4%,对多黏菌素B的耐药率为1.7%,对替加环素耐药率为1.2%。PCR检测172株CRKP菌株产碳青霉烯酶基因,其中产碳青霉烯酶菌株166株(96.5%)。以PCR检测产碳青霉烯酶基因为参考方法,NG-Test■CARBA5检测碳青霉烯酶基因型KPC、NDM、VIM、IMP和OXA-48-like,显示特异性为100%,灵敏度为99.4%。结论CAZ-AVI、多黏菌素B以及替加环素对本地区CRKP菌株具有较好的体外抗菌活性,对采用NG-Test■CARBA5试验检测CRKP产碳青霉烯酶的耐药基因型,有利于早期指导临床实现个体化精准治疗。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 头孢他啶/阿维巴坦 多黏菌素B 替加环素 微量肉汤稀释法
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耐碳青霉烯药鲍曼不动杆菌耐药性及相关耐药基因研究 被引量：14
3
作者 崔颖鹏 冯冰 +3 位作者 彭雅琴 黄汉 伍众文 廖康 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第19期2513-2517,共5页
目的了解临床分离出的对亚胺培南和美罗培南耐药的96株鲍曼不动杆菌耐药基因及耐药敏感性情况。方法对临床分离的96株碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌进行碳青霉烯酶表型分析,PCR扩增耐药基因及电泳成像分析,药敏试验分析该菌对哌拉西林/他... 目的了解临床分离出的对亚胺培南和美罗培南耐药的96株鲍曼不动杆菌耐药基因及耐药敏感性情况。方法对临床分离的96株碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌进行碳青霉烯酶表型分析,PCR扩增耐药基因及电泳成像分析,药敏试验分析该菌对哌拉西林/他唑巴坦等15种药物的敏感情况。结果标本主要来源:下呼吸道59株(61.5%),静脉血18株(18.75%),引流液8株(8.3%);主要科室:ICU科室75株(78%),康复医学科5株(5.2%),神经科5株(5.2%);改良Hodge试验阳性菌株69株(71.9%);酶抑制试验显示与表型不相符,存在复合耐药机制;该菌对替卡西林/克拉维酸、哌拉西林/他唑巴坦和环丙沙星的耐药水平达100%,对其余药物如复方新诺明、头孢吡肟、妥布霉素、头孢哌酮/舒巴坦、左旋氧氟沙星、多西环素、头孢他啶耐药水平分别为83.3%、85.4%、88.4%、91.7%、96.9%、98.9%、99.0%,对多粘菌素耐药率为1.1%,替加环素耐药率为4.2%,米诺环素耐药率为36.8%;检出耐药基因OXA-2395株,OXA-5193株,KPC 3株,其余耐药基因未检出。结论碳青霉类耐药鲍曼不动杆菌表现多重耐药及泛耐药现象,OXA-23、OXA-51基因为该院临床碳青霉烯酶主要耐药基因。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 碳青霉烯酶 药物敏感性 耐药基因
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PCR-流式荧光杂交技术在地中海贫血产前基因诊断中的应用价值 被引量：10
4
作者 刘春林 陈培松 +3 位作者 何小洪 余学高 黄浩 黄彬 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期221-227,共7页
目的:探讨PCR-流式荧光杂交技术在地中海贫血产前基因诊断中的临床价值。方法:选取2016年1月-2019年8月在中山大学附属第一医院进行常规产前检查或优生遗传咨询的孕妇及其配偶1 001例,受检夫妻双方均为地中海贫血基因携带者,适时抽取羊... 目的:探讨PCR-流式荧光杂交技术在地中海贫血产前基因诊断中的临床价值。方法:选取2016年1月-2019年8月在中山大学附属第一医院进行常规产前检查或优生遗传咨询的孕妇及其配偶1 001例,受检夫妻双方均为地中海贫血基因携带者,适时抽取羊水等样本,提取基因组DNA,采用PCR-流式荧光杂交技术和传统多重Gap-PCR和PCR-RDB技术对样本进行α和β-地中海贫血基因平行检测,分析基因诊断结果,评估两者在地中海贫血基因诊断中的一致性。结果:2种方法均检出正常基因型389 (占38.86%,389/1001)例,异常基因型59种,共612 (占61.14%,612/1001)例,包括α-地中海贫血416例、β-地中海贫血162例和αβ-复合地中海贫血34例。α-地中海贫血基因型主要为--SEA、-α3.7和-α4.2;β-地中海贫血中检出Cd41-42突变频率最高,其次是IVS-Ⅱ-654和CD17。检出罕见型HKαα/--SEA1例。与Gap-PCR和PCR-RDB技术相比,PCR-流式荧光杂交法的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值和总符合率均为100%,这2种检测方法结果一致性很好。结论:PCR-流式荧光杂交技术操作简便快速,与传统技术联合平行检测有助于提高地中海贫血孕妇产前诊断的准确性。 展开更多
关键词 PCR-流式荧光杂交技术 地中海贫血 产前诊断
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肺毛霉菌病的临床特征及诊断方法 被引量：6
5
作者 陈海红 谭卫平 +4 位作者 杨会敏 郭鹏豪 叶子茵 刘杨丽 郭禹标 《中山大学学报（医学科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期175-180,共6页
【目的】总结我国南方城市肺毛霉菌病(PM)的临床特征及预后,同时探讨宏基因组二代测序(mNGS)在PM诊断中的价值。【方法】回顾性分析中山大学附属第一医院2019年1月1日至2022年1月31日期间诊断为PM且曾行mNGS检测的病例,共纳入14例,确诊4... 【目的】总结我国南方城市肺毛霉菌病(PM)的临床特征及预后,同时探讨宏基因组二代测序(mNGS)在PM诊断中的价值。【方法】回顾性分析中山大学附属第一医院2019年1月1日至2022年1月31日期间诊断为PM且曾行mNGS检测的病例,共纳入14例,确诊4例,临床诊断10例,收集其临床表现、诊治及预后资料。【结果】所有患者均有基础疾病,血液系统恶性肿瘤和糖尿病最常见。最常见的症状是发热(10例)、咳嗽(9例)和气促(9例)。胸部CT形态以实变影最多见,其次为肿块影,多伴空洞。实验室检查方面,CD4+T淋巴细胞下降、CD8+T淋巴细胞升高以及CD4+/CD8+比下降提示预后不良。CT影像学合并胸腔积液的患者预后更差。mNGS诊断的阳性率为78.5%,明显高于组织病理(50%)及肺泡灌洗液深部真菌快速荧光染色直接镜检(61.5%)、真菌培养(23.1%)。【结论】肺毛霉菌病好发于有基础疾病或免疫功能低下患者,临床表现缺乏特异性,较低的CD4/CD8比率及CT影像学合并胸腔积液的患者预后更差,mNGS诊断PM快速便捷、敏感性高,在诊断PM中具有优势。 展开更多
关键词 肺毛霉菌病 临床特征 预后 诊断 宏基因组二代测序
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组合探针荧光原位杂交检测多发性骨髓瘤常见染色体异常 被引量：3
6
作者 陈少谦 程静 +1 位作者 江晓冰 张式鸿 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第4期626-629,共4页
目的:研究应用磁珠分选联合组合探针荧光原位杂交(FISH)检测多发性骨髓瘤(MM)患者常见染色体异常情况。方法:收集MM患者新鲜骨髓标本,采用CD138磁珠分选富集浆细胞,应用组合探针FISH检测MM常见的染色体异常,同一骨髓标本同时进行短期培... 目的:研究应用磁珠分选联合组合探针荧光原位杂交(FISH)检测多发性骨髓瘤(MM)患者常见染色体异常情况。方法:收集MM患者新鲜骨髓标本,采用CD138磁珠分选富集浆细胞,应用组合探针FISH检测MM常见的染色体异常,同一骨髓标本同时进行短期培养染色体核型分析,比较两种方法对染色体异常检出率的差异。结果:应用组合探针FISH检测95例初诊MM患者有72例(75.8%)检出染色体异常克隆,其中42例(44.2%)检出RB1(13q14)缺失,40例(42.1%)检出CKS1B(1q21)扩增,8例(8.4%)检出CDKN2C(1p32)缺失,12例(12.6%)检出TP53缺失,IGH/CCND1、IGH/FGFR3检出率均为14.7%(14/95),未检出IGH/MAF融合基因。染色体核型分析有32例(33.7%)检出染色体异常克隆,应用组合探针FISH的染色体异常检出率高于染色体核型分析(75.8%vs.33.7%,P=0.000)。结论:初诊MM患者应采用组合探针FISH检测经分选富集浆细胞的染色体异常,有利于提高染色体异常检出率,对MM患者的危险度分层、预后判断具有重要意义。 展开更多
关键词 多发性骨髓瘤 组合探针 荧光原位杂交 染色体核型分析
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临床铜绿假单胞菌对头孢他啶异质性耐药研究 被引量：3
7
作者 李金玲 李文茹 +3 位作者 张建设 黄旭斌 廖康 谢小保 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 2022年第4期357-365,共9页
初步探究了铜绿假单胞菌对头孢他啶的异质性耐药情况及其特征,为临床感染治疗提供参考。本研究收集了临床分离的50株铜绿假单胞菌,通过药敏纸片扩散法(Kirby-Bauer,K-B)、菌落谱型分析法(population analysis profiling,PAP)、适应成本... 初步探究了铜绿假单胞菌对头孢他啶的异质性耐药情况及其特征,为临床感染治疗提供参考。本研究收集了临床分离的50株铜绿假单胞菌,通过药敏纸片扩散法(Kirby-Bauer,K-B)、菌落谱型分析法(population analysis profiling,PAP)、适应成本测定以及耐药稳定性实验探究铜绿假单胞菌的异质性耐药特征。K-B结果显示铜绿假单胞菌对头孢他啶(CAZ)异质性耐药率为40%(20/50),经过PAP实验确认后有4株是异质性耐药菌株,占总菌株的8%(4/50),其耐药亚群的发生频率为1×10^(-7)~1.2×10^(-5)。适应性成本测定结果表明,异质性耐药菌株PAS56的3株耐药亚群的生长速率与其亲本菌株没有统计学差异(P>0.05),而PAS95的3株耐药亚群却比亲本菌株生长速率更快,有极显著差异(P<0.01)。从PAS56和PAS95的PAP实验32μg·mL^(-1)平板上各挑取了3株耐药亚群分离株,并进行了无抗生素压力下的传代培养,耐药亚群的耐药性能稳定遗传,且均高于原始菌株水平。铜绿假单胞菌对头孢他啶的异质性耐药率较低,但其耐药亚群发生频率相对较高,并且耐药性稳定,极易转化为高水平耐药菌株。因此在使用头孢他啶进行临床治疗时应更加注意异质性耐药的发生,需采用有效的检测方法,为临床防控和合理使用抗生素提供指导。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 异质性耐药 头孢他啶
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