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基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性
被引量：
10
1
作者
刘海春
卢帅
+6 位作者
冉挺
张艳敏
徐金星
熊潇
徐安阳
陆涛
陈亚东
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2191-2206,共16页
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对...
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导.
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关键词
B-RAF
Ⅱ型抑制剂
分子对接
打分评价函数
对接能量描述符
定量构效关系模型
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职称材料
题名
基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性
被引量：
10
1
作者
刘海春
卢帅
冉挺
张艳敏
徐金星
熊潇
徐安阳
陆涛
陈亚东
机构
中
国药
科
大学
理学院
中国药科大学、天然药物活性组分与药效国家重点实验室
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2191-2206,共16页
基金
国家自然科学基金(21102181,81302634)资助项目~~
文摘
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导.
关键词
B-RAF
Ⅱ型抑制剂
分子对接
打分评价函数
对接能量描述符
定量构效关系模型
Keywords
B-Raf Type Ⅱ inhibitor
Molecular docking
Scoring function
Docking-generated energy-based descriptor
Quantitative structure–activity relationship model
分类号
TQ460.1 [化学工程—制药化工]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性
刘海春
卢帅
冉挺
张艳敏
徐金星
熊潇
徐安阳
陆涛
陈亚东
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015
10
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职称材料
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参考文献
引证文献
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