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题名以单细胞拉曼光谱为基础的细胞乙醇应激
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作者
滕琳
籍月彤
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机构
中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心
中国科学院大学
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出处
《江苏农业科学》
北大核心
2017年第2期262-264,284,共4页
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基金
国家自然科学基金(编号:91231205)
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文摘
生物乙醇被认为是一种清洁的可再生能源,然而同时也是一种潜在的环境污染物。虽然目前关于细胞乙醇应激的研究已经非常广泛,但是细胞为生命活动的基本单元,对单细胞层面的细胞应激研究是非常必要的,有助于深化人们对单细胞进化的认识,然而目前在单细胞尺度进行细胞应激反应研究的方法还是非常有限的。拟采用单细胞拉曼光谱技术,对细胞在不同浓度乙醇处理下进行指纹图谱的检测,获得其单细胞应激的表型性状。结果表明,在不同浓度乙醇处理30min的条件下,细胞可以非常灵敏地对外界刺激进行反应,主要表现在脂类、蛋白类拉曼谱峰的强度增强,以及表征核酸类物质的拉曼峰强度下降;同时,由于在不同浓度乙醇作用下细胞的不同反应,可以对细胞外环境中乙醇含量进行预测。由研究结果可见,细胞乙醇应激可以采用单细胞拉曼光谱进行检测,同时该技术还可以应用在对环境中存在的乙醇含量的预测方面。
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关键词
乙醇刺激
单细胞拉曼光谱(SCRS)
浓度预测
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分类号
Q256
[生物学—细胞生物学]
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题名一种基于宏基因组模拟数据的生物标志物筛选方法
被引量：2
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作者
王晓君
滕琳
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机构
中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心
中国科学院大学
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出处
《江苏农业科学》
北大核心
2016年第5期56-59,共4页
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基金
国家自然科学基金(编号:61103167)
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文摘
鉴于生物圈中微生物资源的巨大开发潜力以及测序技术不断发展,宏基因组学研究的不断深入,微生物群落已经被看作一个整体来进行分析并且已经得到广泛应用。然而由于微生物的多样性以及微生物菌群的复杂性,使得精确确定和定量宏基因组数据中的分类单元成为宏基因组数据分析的难点。已有的宏基因组数据标记分析工具无法解决微生物群落预测结果重现的稳健性、准确性以及处理非冗余标记物方面遇到的问题。笔者提出了一个新的基于宏基因组自助抽样(metagenomic bootstrap)的生物标志物选择方法,它结合了mRMR(minimal redundancy maximal relevance)和自助抽样方法(bootstrapping),可以更加稳健、准确而有效地通过对宏基因组数据的挖掘实现非冗余标记物的筛选。基于模拟数据集,通过其与2种自上而下的方法(Metastats、LEf Se)以及自下而上的方法(Wilcoxon秩和检验)进行对比,表明本方法可以在较高准确率的基础上更加稳健地选择更多的非冗余生物标志物。
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关键词
宏基因组
生物标志物
mRMR
自助抽样法
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分类号
Q789
[生物学—分子生物学]
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题名微拟球藻中潜在C_4循环对不同抑制剂、光质的响应
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作者
魏力
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机构
中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心
中国科学院大学
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出处
《江苏农业科学》
北大核心
2015年第10期298-302,共5页
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基金
国家自然科学基金国际合作项目(编号:31010103907)
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文摘
为了探讨微拟球藻C3、C4循环在碳固定过程中的角色和功能,通过对其基因组、转录组进行解析,发现微拟球藻IMET1中存在编码磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、苹果酸酶、丙酮酸磷酸双激酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶等C4途径关键酶的基因。分析了关键C4基因的进化,并通过实时荧光定量PCR法检测了微拟球藻在不同光质条件下C4基因(磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶)表达量的变化。此外通过使用不同的化学抑制剂检测这些潜在C4基因对其的响应。结果表明,IMET1中存在细菌型磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶,在系统同发育关系上,磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶基因都与硅藻、褐藻进化关系很近。在白光、蓝光、红光等非生物胁迫条件下,磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶的基因表达在蓝光下短期内会显著升高,而后相对表达又下调。在某些胁迫条件下,磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、丙酮酸磷酸双激酶酶等活性的升高可能改变了微拟球藻IMET1碳代谢途径的走向,C4代谢途径功能加强。
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关键词
微拟球藻
C4循环
抑制剂
转录动态
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分类号
Q949.2
[生物学—植物学]
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