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青海轻度盐碱地饲用小黑麦种质资源评价与筛选
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作者 刘成凯 马福才 +4 位作者 李杰东 马文艳 刘宝龙 曹东 王东霞 《广西植物》 北大核心 2025年第7期1250-1259,共10页
小黑麦(triticale)属于粮饲兼用作物,为筛选适合青海轻度盐碱地种植的饲用小黑麦种质资源,该研究以收集的1784份小黑麦种质资源为试验材料,在青海轻度盐碱地种植,对其饲草和籽粒相关的13个农艺性状进行综合分析。结果表明:(1)同一品种... 小黑麦(triticale)属于粮饲兼用作物,为筛选适合青海轻度盐碱地种植的饲用小黑麦种质资源,该研究以收集的1784份小黑麦种质资源为试验材料,在青海轻度盐碱地种植,对其饲草和籽粒相关的13个农艺性状进行综合分析。结果表明:(1)同一品种农艺性状间相关性高,但群体间各农艺性状差异明显,遗传多样性指数为1.86~2.08,遗传背景丰富。(2)聚类分析将小黑麦种质资源分为4个类群,分别为籽粒高产优异种质、籽粒和饲草较差种质、饲草高产优异种质、籽粒和饲草中等种质。(3)主成分分析结果发现小黑麦种质资源农艺性状的多数信息包含在籽粒特征、株高、饲草产量、籽粒产量4个主成分因子,累计贡献率达76.951%。(4)通过综合评价,筛选出20份综合得分较高的小黑麦种质,包含8份籽粒产量高和12份饲草产量高种质。该研究综合分析了青海轻度盐碱地种植的小黑麦种质资源农艺性状,筛选出适合在该地区种植的优异小黑麦种质,可为耐盐饲用小黑麦新品种选育和耐盐分子机制研究提供依据。 展开更多
关键词 小黑麦 轻度盐碱地 种质资源 农艺性状 综合分析
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青海高原披碱草属种间天然杂种的细胞学鉴定 被引量:8
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作者 路兴旺 刘博 +1 位作者 刘瑞娟 窦全文 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期846-852,共7页
利用重复序列探针染色体荧光原位杂交(FISH)和基因组原位杂交(GISH)技术,对采自青海高原披碱草属种间天然杂种进行细胞学鉴定,同时结合物种分布及形态学特征,共揭示6种不同天然杂种的类型。第一类为垂穗披碱草(Elymus nutans Griseb.)... 利用重复序列探针染色体荧光原位杂交(FISH)和基因组原位杂交(GISH)技术,对采自青海高原披碱草属种间天然杂种进行细胞学鉴定,同时结合物种分布及形态学特征,共揭示6种不同天然杂种的类型。第一类为垂穗披碱草(Elymus nutans Griseb.)和鹅观草属(Roegneria C.Koch)物种间的天然杂种,染色体数为35,染色体组成为StStYYH;第二类为垂穗披碱草和达乌力披碱草种(Elymus dahuricus Turcz.ex Griseb.)间杂种,染色体数为42,染色体组成为StStHHYY;第三类为达乌力披碱草和老芒麦(Elymus sibiricus L.)种间杂种,染色体数为35,染色体组成为StStHHY;第四类为垂穗披碱草和糙毛以礼草(Kengilia hirsuta Keng)种间杂种,染色体数为42,染色体组成为StStYYHP;第五类为垂穗披碱草和大颖草(Kengilia grandiglumis Keng)种间杂种,染色体数为42,染色体组成为StStYYHP;第六类为糙毛以礼草和赖草(Leymus secalinus(Georgi)Tzvel.)种间杂种,染色体数为35,染色体组成为StYPNsXm。研究结果为进一步研究披碱草属种间杂交渐渗提供了重要参考资料;同时鉴定出的天然杂种可以作为潜在的种质资源在牧草或生态草育种中加以利用。 展开更多
关键词 披碱草属 天然种间杂种 细胞学鉴定 青海高原
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小麦重要农艺性状的QTL定位与候选基因分析
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作者 弓正威 郝明 +3 位作者 李云 曹东 张怀刚 刘宝龙 《广西植物》 北大核心 2025年第7期1216-1228,共13页
小麦是世界三大主粮之一,重要农艺性状的QTL定位和候选基因分析有利于高产稳产新品种培育。为进一步揭示小麦农艺性状变异及育种改良,该研究选用小麦品种‘蜀麦969’与‘蜀麦830’构建了包含89个株系的重组自交系(F7)群体,利用简化基因... 小麦是世界三大主粮之一,重要农艺性状的QTL定位和候选基因分析有利于高产稳产新品种培育。为进一步揭示小麦农艺性状变异及育种改良,该研究选用小麦品种‘蜀麦969’与‘蜀麦830’构建了包含89个株系的重组自交系(F7)群体,利用简化基因组测序技术对重组自交系及其亲本进行了基因分型,结合农艺性状表型数据,采用完备区间作图方法鉴定了控制株高、穗下节长、芒长、穗长、旗叶长、旗叶宽、分蘖数、有效分蘖数和千粒重、粒长、粒宽、籽粒表面积的QTL位点。结果表明:(1)鉴定到27个农艺性状相关的QTL,分布在13个染色体上,可解释表型变异的3.74%~26.70%,其中,7B染色体608.58~609.12 Mb区间的QTL位点同时控制株高和穗下节长,这一位点在2个年份均被检测到;5A染色体519.94~528.83 Mb区间的QTL同时控制分蘖数和有效分蘖数,而5D染色体437.38~439.30 Mb区间的QTL同时控制千粒重和籽粒表面积;7个QTL位点与前人报道的位置相同。(2)在QTL定位区间开展功能基因预测,成功预测2个株高、4个分蘖和3个千粒重的候选基因,其中2个株高候选基因分别是编码富含亮氨酸重复序列受体样蛋白激酶家族蛋白和赤霉素2-氧化酶的基因;4个分蘖候选基因分别是编码生长素反应蛋白、RING/U-box超家族蛋白和2个F-box蛋白的基因;3个千粒重候选基因分别是编码富含亮氨酸重复序列受体样蛋白激酶家族蛋白、蛋白激酶家族蛋白和叶绿素a-b结合蛋白的基因。该研究鉴定的小麦重要农艺性状QTL位点,既为候选基因精细定位及克隆提供了依据,也可助力小麦新品种培育。 展开更多
关键词 小麦 农艺性状 遗传连锁图谱 QTL定位 候选基因分析
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青海旱地3个青贮玉米品种的生产性能及品质评价 被引量:31
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作者 闫慧颖 李春喜 +2 位作者 唐生华 王子录 白永吉 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1915-1921,共7页
为了筛选出适宜青海旱地推广种植的青贮玉米(Zea mays)品种,引种了3个品种在海拔2 040m的青海旱地进行比较试验。结果表明,豫玉22号综合性状表现突出,株高314.80cm,单株鲜重1 148.67g,单株干重257.96g,单株绿叶数13.60片,鲜草产量121 06... 为了筛选出适宜青海旱地推广种植的青贮玉米(Zea mays)品种,引种了3个品种在海拔2 040m的青海旱地进行比较试验。结果表明,豫玉22号综合性状表现突出,株高314.80cm,单株鲜重1 148.67g,单株干重257.96g,单株绿叶数13.60片,鲜草产量121 066.95kg·hm-2,较金穗3号和金凯3号分别增产44.70%和6.74%,干草产量分别增产11.42%和11.09%。干草中粗蛋白含量达6.94%,粗脂肪含量达13.87g·kg-1,钙含量达3.82g·kg-1。以上结果说明,豫玉22号可在青海旱地推广种植。 展开更多
关键词 旱地 青贮玉米 品种筛选 单株性状 草产量 茎秆糖锤度 全株养分含量
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豌豆EMS突变体库构建及优异突变体筛选
5
作者 王东霞 刘明霞 +5 位作者 姚彦林 胡静蕾 魏玉龙 张怀刚 刘宝龙 曹东 《广西植物》 北大核心 2025年第7期1197-1204,共8页
为创制更丰富的豌豆变异材料,获取优异突变体豌豆种质,该研究以‘青建1号’豌豆为试验材料,以甲基磺酸乙酯(EMS)作为诱变剂,以EMS浓度1%、诱变时间8 h为半致死诱变条件,分析该诱变条件下豌豆植株突变类型,获得突变体重要表型性状数据,... 为创制更丰富的豌豆变异材料,获取优异突变体豌豆种质,该研究以‘青建1号’豌豆为试验材料,以甲基磺酸乙酯(EMS)作为诱变剂,以EMS浓度1%、诱变时间8 h为半致死诱变条件,分析该诱变条件下豌豆植株突变类型,获得突变体重要表型性状数据,建立豌豆表型突变体库,并结合田间表型数据,筛选优异突变体材料。结果表明:(1)通过1%、8 h EMS诱变10000粒豌豆种子,M_(1)群体有4682株成苗,M_(2)群体筛选到342份豌豆突变体。(2)突变体豌豆表型性状突变类型比较丰富,其中单株籽粒干重变异系数最大,达到0.965。(3)通过对田间表型数据进行综合分析,筛选到10份优异的豌豆突变体种质。该研究结果丰富了豌豆种质资源,可为豌豆相关功能基因挖掘和研究及优良品种选育提供参考依据。 展开更多
关键词 豌豆 甲基磺酸乙酯(EMS) 突变体库 种质资源 优异突变体
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5′UTR区的编辑降低大麦GBSSⅠ基因表达
6
作者 薛瑞莹 刘永菊 +5 位作者 姜燕燕 彭欣雅 曹东 李云 刘宝龙 包雪梅 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期83-89,共7页
【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg... 【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg介导的基因编辑系统,对GBSSⅠ基因的5′非编码区域(5′UTR)进行靶向编辑,实现GBSSⅠ基因表达的精细调控。【结果】14株M0代5′UTR植株的第5分蘖叶片均发生了体细胞编辑,编辑效率为1.22%-84.49%,收获体细胞编辑效率最高的第5分蘖的种子,并在其23株M1代单株中鉴定到6株编辑系,编辑植株比例达26.08%。RT-qPCR检测GBSSⅠ基因的表达,编辑系的表达量比对照下降了40%-82%。【结论】通过编辑5′UTR区可以调控GBSSⅠ基因的表达,为直链淀粉合成的精细调控提供新思路。 展开更多
关键词 基因编辑 BSMV-sg系统 5′UTR GBSSⅠ基因 表达调控 大麦
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267份青藏高原青稞种质材料的表型多样性分析 被引量:36
7
作者 夏腾飞 王蕾 +5 位作者 徐金青 王寒冬 张怀刚 刘登才 沈裕虎 昌西 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期182-193,共12页
为了解青藏高原地区青稞种质材料的表型变异和遗传多样性,为育种亲本选配提供参考,对267份青稞种质的10个质量性状和9个数量性状,采用模糊数学的方法进行数量遗传和群体遗传学分析。结果表明:10个质量性状的Shannon-weaver多样性指数变... 为了解青藏高原地区青稞种质材料的表型变异和遗传多样性,为育种亲本选配提供参考,对267份青稞种质的10个质量性状和9个数量性状,采用模糊数学的方法进行数量遗传和群体遗传学分析。结果表明:10个质量性状的Shannon-weaver多样性指数变幅为0.03~1.41,平均值为0.54,粒色和穗密度多样性较为丰富;9个数量性状在品种间的遗传差异均达到极显著水平,变异系数为2.84%~42.22%,多样性指数变幅为1.84~2.09,平均值为2.03,表型多样性十分丰富。9个数量性状的相关性分析显示,大多数性状间存在显著或极显著正相关或负相关关系。经主成分分析将相关变量转化为穗粒数因子、粒质量因子、分蘖和穗长因子、株高因子和籽粒体积质量因子等5个特征根,代表全部9个考察性状的89.05%的表型变异;聚类分析可将供试材料划分为4个类群,第Ⅰ类群多为青稞育成品系,主要为矮秆、高分蘖和密穗型材料。第Ⅱ类群主要是青稞地方品种,主要为中高秆、多分蘖和小穗型材料,其产量较低。第Ⅲ类群主要为高秆、分蘖力适中,中穗大粒型材料,产量适中。第Ⅳ类群主要为中高秆、低分蘖、大穗多粒型品种,产量较高。研究认为青藏高原青稞种质资源具有丰富的遗传多样性,尤其是地方品种可作为宝贵的遗传资源在今后的育种工作中加以利用。 展开更多
关键词 青稞 表型性状 多样性指数 主成分分析 聚类分析
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当归转录因子AsMYB44的克隆与功能研究 被引量:4
8
作者 刘光瑞 宗渊 +4 位作者 李云 曹东 刘宝龙 包雪梅 李建民 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第6期1253-1264,共12页
为明确AsMYB 44调控次生代谢产物生物合成的功能,从当归(Angelica sinensis)中分离克隆得到MYB转录因子AsMYB 44,对AsMYB 44进行生物信息学分析,利用根癌农杆菌介导的遗传转化体系在Samsun烟草中过表达,并对转基因烟草进行多组学联合分... 为明确AsMYB 44调控次生代谢产物生物合成的功能,从当归(Angelica sinensis)中分离克隆得到MYB转录因子AsMYB 44,对AsMYB 44进行生物信息学分析,利用根癌农杆菌介导的遗传转化体系在Samsun烟草中过表达,并对转基因烟草进行多组学联合分析。结果表明,AsMYB 44基因CDS(coding sequence)全长903 bp,编码300个氨基酸,具有完整的SANT、MYB domains结构域。系统发育树结果表明,AsMYB 44与拟南芥AtMYB 11(AF062863.1)、AtMYB 12(AF062864.1)和丹参SmMYB 97(KF059561.1)同源性较高。AsMYB 44转基因烟草中差异表达基因主要富集在苯丙烷合成代谢途径,其中苯丙氨酸解氨酶基因(PAL)、肉桂酸-4-羟化酶基因(C4H)、4-香豆酸:辅酶A连接酶基因(4 CL)、咖啡酸3-O-甲基转移酶基因(COMT)、肉桂醇脱氢酶基因(CAD)等表达量上调。广泛靶向代谢组学结果显示,转基因烟草中酚酸、脂质、黄酮类化合物、生物碱等代谢产物含量变化显著。AsMYB 44转录因子可正向调控酚酸的代谢合成,这可以为当归酚酸次生代谢物的生物合成机制提供理论基础。 展开更多
关键词 当归 AsMYB44转录因子 基因克隆 转基因烟草 多组学分析 酚酸
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青藏高原3种特有植物的核型报道 被引量:2
9
作者 马小磊 刘瑞娟 +3 位作者 曹倩 邢睿 陈世龙 高庆波 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期73-76,共4页
以采集自青藏高原的3种特有植物多个居群的种子为材料,采用滤纸萌发法和常规压片法,进行染色体数目观察和核型分析。结果表明:黑蕊虎耳草(Micranthes melanocentra)的5个居群染色体数目均为2n=22;黑虎耳草(Micranthes atrata)2个居群染... 以采集自青藏高原的3种特有植物多个居群的种子为材料,采用滤纸萌发法和常规压片法,进行染色体数目观察和核型分析。结果表明:黑蕊虎耳草(Micranthes melanocentra)的5个居群染色体数目均为2n=22;黑虎耳草(Micranthes atrata)2个居群染色体数目均为2n=22;祁连獐牙菜(Swertia przewalskii)5个居群染色体数目一致,核型公式为2n=24=20m+4sm,核型不对称指数为58.8%,核型不对称性为1B,第3对和第9对为亚中部着丝点染色体(sm),其余为中部着丝点染色体(m)。黑蕊虎耳草的染色体基数同前人研究一致,但未发现多倍体,说明采样区域内该物种多倍体出现频率较低;黑虎耳草和祁连獐牙菜的核型为首次报道。3种植物的核型报道补充了青藏高原特有物种的细胞学资料,同时为这些物种的开发、利用和保护研究提供细胞学资料。 展开更多
关键词 青藏高原 核型分析 虎耳草属 獐牙菜属 特有植物
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青海虎耳草属植物新分布 被引量:3
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作者 更吉卓玛 李彦 +2 位作者 贾留坤 陈世龙 高庆波 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期58-60,共3页
由于虎耳草属植物在生态学、形态学、细胞学等方面的变异很大,增加了物种鉴定的难度,导致地方植物志中多有遗漏之处。《青海植物志》收录了虎耳草属植物32种。通过野外考察和标本鉴定,发现了青海虎耳草属植物的6个新分布种——狭叶虎耳... 由于虎耳草属植物在生态学、形态学、细胞学等方面的变异很大,增加了物种鉴定的难度,导致地方植物志中多有遗漏之处。《青海植物志》收录了虎耳草属植物32种。通过野外考察和标本鉴定,发现了青海虎耳草属植物的6个新分布种——狭叶虎耳草、阿墩子虎耳草、密花虎耳草、珠芽虎耳草、沼地虎耳草和篦齿虎耳草。《青海植物志》和《Flora of China》均没有记录这6个物种在青海省的分布。 展开更多
关键词 虎耳草属 新分布 青海
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唐古特虎耳草谱系地理学研究 被引量:9
11
作者 更吉卓玛 李彦 +2 位作者 贾留坤 夏铭泽 高庆波 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期370-380,共11页
利用叶绿体基因(trnL-trnF和rpl16)对青藏高原地区的18个唐古特虎耳草(Saxifraga tangutica Engl.)居群(209个个体)进行谱系地理学研究,以揭示唐古特虎耳草的现有遗传结构及其历史演化过程。结果表明:(1)从209个个体中共检测到74个单倍... 利用叶绿体基因(trnL-trnF和rpl16)对青藏高原地区的18个唐古特虎耳草(Saxifraga tangutica Engl.)居群(209个个体)进行谱系地理学研究,以揭示唐古特虎耳草的现有遗传结构及其历史演化过程。结果表明:(1)从209个个体中共检测到74个单倍型,且只有单倍型H5在居群中广泛分布,71.62%的单倍型为居群特有单倍型。(2)分子变异分析(AMOVA)显示,91.85%的遗传变异来源于居群内,居群间遗传分化不明显(F_(ST)=0.081);遗传分化系数N_(ST)(0.109)大于G_(ST)(0.097,P>0.05)但不显著,表明唐古特虎耳草在其整个分布范围内没有明显的谱系地理结构。(3)中性检验表明,Tajima’s D(-2.045 07,P<0.05)和Fu&Li’D*值(-3.629 27,P<0.05)均为显著的负值,结合单峰的错配分布曲线,表明该物种经历过近期扩张。研究推测,唐古特虎耳草在第四纪冰期时可能存在多个微型避难所,由于第四纪冰期气候的反复波动,使得原来连续的居群片段化,避难所内的居群单独进化,从而形成了大量特有单倍型;唐古特虎耳草居群对第四纪冰期气候波动的反应可能更多的表现为垂直海拔高度的迁移,而非大规模的水平迁移。 展开更多
关键词 唐古特虎耳草 普系地理学 叶绿体DNA 遗传多样性 青藏高原
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虎耳草属异叶虎耳草复合群的数量分类学研究 被引量:2
12
作者 马小磊 贾留坤 +2 位作者 曹倩 陈世龙 高庆波 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期536-543,共8页
山羊臭组(Saxifraga sect.Ciliatae Haworth)隶属于虎耳草属(Saxifraga Tourn.ex L.),具有极高的物种丰富度,但山羊臭组内部的系统发育关系一直都未能很好解决。唐古拉亚组(S.subsect.Hirculoideae Engl.)是山羊臭组中最大的亚组,主要... 山羊臭组(Saxifraga sect.Ciliatae Haworth)隶属于虎耳草属(Saxifraga Tourn.ex L.),具有极高的物种丰富度,但山羊臭组内部的系统发育关系一直都未能很好解决。唐古拉亚组(S.subsect.Hirculoideae Engl.)是山羊臭组中最大的亚组,主要分布于青藏高原及其周边地区。根据形态特征,可将唐古拉亚组划分为3个复合群,其中叶背边缘有突起叶脉的物种被归入异叶虎耳草复合群(S.diversifolia complex)。本研究通过标本查阅,选取异叶虎耳草复合群24个物种、2变种共657份标本,对其24个定性性状信息进行主成分分析和聚类分析;获取443条地理分布信息,构建复合群的分布式样。特征值大于1的前7个主成分的累计贡献率较低,仅为67.748%。“茎生叶是否具柄”“中下部茎生叶形态”“花序类型”“中下部茎生叶大小”“萼片脉纹于先端汇合”“叶基心形”等性状对前3个主成分的贡献值大,可作为异叶虎耳草复合群物种分类与鉴定的关键性状。基于形态聚类结果和地理分布式样,可将异叶虎耳草复合群划分为3个分支:喜马拉雅山南坡分支、环四川盆地山区分支以及横断山分支(包含一个广布种S.egregia)。主成分分析结果支持将异叶虎耳草复合群划分为3个分支。 展开更多
关键词 异叶虎耳草复合群 数量分类学 形态学 分布式样
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喜马拉雅—横断山区优越虎耳草谱系地理学研究 被引量:3
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作者 贾留坤 焦秀洁 +4 位作者 刘海瑞 李彦 更吉卓玛 王智华 高庆波 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期644-652,共9页
利用叶绿体DNA非基因编码区rpl20-rps12和trn L-trn F作为分子标记,对喜马拉雅—横断山区优越虎耳草13个居群151个个体进行谱系地理学研究,旨在揭示优越虎耳草现有的遗传结构及其演化历程。共检测到19个单倍型,其中63%的单倍型为居群特... 利用叶绿体DNA非基因编码区rpl20-rps12和trn L-trn F作为分子标记,对喜马拉雅—横断山区优越虎耳草13个居群151个个体进行谱系地理学研究,旨在揭示优越虎耳草现有的遗传结构及其演化历程。共检测到19个单倍型,其中63%的单倍型为居群特有单倍型。研究还发现,优越虎耳草居群总的遗传多样性较高(H_t=0. 868),居群内平均遗传多样性较低(H_s=0. 466)。分子变异分析(AMOVA)表明,优越虎耳草居群57. 37%的遗传变异来自居群内,居群间遗传变异为42. 63%。居群遗传分化系数N_(st)大于G_(st)(N_(st)=0. 463,G_(st)=0. 438,P>0. 05),但不显著,表明优越虎耳草在其整个分布范围内没有明显的谱系地理结构。中性检验结果表明,Tajima’s D为负值(-1. 348 32,P> 0. 05)而Fu’s F_s*为正值(18. 915 72,P> 0. 05),但均不显著,结合歧点分布分析发现该物种在整个分布范围内未经历过居群扩张。此外,在本研究中优越虎耳草遗传多样性和核苷酸多样性较高的居群及大量特有单倍型在整个分布范围内随机分布,符合"微型避难所"假说。优越虎耳草居群在冰期可能随气候波动而发生分布范围的不断变化,最终在相互隔离的"高山岛屿"中发生异域分化,导致大量特有单倍型产生。因此,推测优越虎耳草与其生境中的乔木和灌木可能具有相似的谱系地理历史,它们可为优越虎耳草提供微型避难所而使之在冰期时保留下来。 展开更多
关键词 优越虎耳草 喜马拉雅横断山区 谱系地理 微型避难所
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TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较
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作者 刘菲 袁锐 +1 位作者 陈世龙 王永翠(指导) 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第18期2252-2258,共7页
目的:探索4种消化系统癌症(DSCs)分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系。方法:基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌(ESCA)、胃癌(STAD)、直肠癌(READ)、结肠癌(COAD)4种DSCs的分子特征,包括基因突变、拷贝数变异、基... 目的:探索4种消化系统癌症(DSCs)分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系。方法:基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌(ESCA)、胃癌(STAD)、直肠癌(READ)、结肠癌(COAD)4种DSCs的分子特征,包括基因突变、拷贝数变异、基因表达以及甲基化,结合MIF算法、差异分析筛选出癌症驱动基因、差异甲基化基因(DMGs)以及差异表达基因(DEGs),并利用富集分析、生存分析、相关性分析比较4种癌症类型中分子特征的异同,进一步探索分子特征同临床基本特征的关系。结果:4种癌症类型具有相似的分子特征,包括:突变频率与基因表达、甲基化水平相关性很低,线性关系均不明显;MaxMIF软件获得的30个癌症驱动基因中均仅有少数几个基因具有预后效果,包括ESCA 2个、STAD 2个、READ 1个、COAD 1个;拷贝数变化数据在癌症组织样本和正常组织样本中的分布并不均匀;DEGs中仅有少部分基因具有预后效果,包括食管癌(29/829)、胃癌(0/394)、直肠癌(71/606)、结肠癌(50/591),并且KEGG通路均富集于“神经活性的配体-受体相互作用”。另外,4种癌症类型之间具有不同的癌症驱动基因、具有预后效果的DEGs,以及DMGs。结论:经分析得到4种DSCs分子特征的异同点有助于了解整个DSCs,并有望为深入理解DSCs的分子特征及相应的分子靶向治疗方案的设计提供有效的依据。 展开更多
关键词 消化系统癌症 TCGA数据库 癌症驱动基因 差异表达基因 差异甲基化基因
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BSMV-sg系统介导的大麦基因编辑体系的建立 被引量:1
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作者 刘永菊 姜燕燕 +4 位作者 薛瑞莹 刘光瑞 曹东 刘宝龙 李云 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期281-288,共8页
基因编辑元件递送系统是基因编辑技术在大麦中广泛应用的制约因素之一,建立无需遗传转化的基因编辑元件递送系统,对于进一步提高大麦基因编辑技术的利用效率,加快大麦育种进程具有重要意义。本研究利用大麦条纹花叶病毒(BSMV)作为八氢... 基因编辑元件递送系统是基因编辑技术在大麦中广泛应用的制约因素之一,建立无需遗传转化的基因编辑元件递送系统,对于进一步提高大麦基因编辑技术的利用效率,加快大麦育种进程具有重要意义。本研究利用大麦条纹花叶病毒(BSMV)作为八氢番茄红素脱氢酶基因PDS的sgRNA的递送系统,侵染烟草并接种大麦Cas9过表达株系的叶片,分析了大麦叶片中BSMV的侵染效果和PDS基因的编辑效率。结果表明,接种大麦植株的主茎新生叶片和分蘖叶片均含有BSMV,BSMV-sg能够在大麦体内复制并移动。接种大麦植株的主茎新生叶片和分蘖叶片呈现不同程度的白化表型,15份叶片的PDS基因在靶点区域存在着1个或多个变异,包括碱基的插入、缺失或替换,为体细胞编辑,第3分蘖具有更高比例的PDS等位变异。在150个M1子代植株中,筛选到1株纯合编辑植株。本研究在大麦中建立了基于BSMV的可遗传的基因编辑系统,为大麦基因组编辑提供了一种方便、高效的方法。 展开更多
关键词 基因编辑 PDS基因 大麦条纹花叶病毒 大麦遗传转化
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新麦草基因组重复序列组成及在赖草属物种染色体上的分布 被引量:1
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作者 杨莹 李媛 +2 位作者 陈洁 刘博 窦全文 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期634-640,共7页
新麦草(Psathyrostachys juncea)被认为是赖草属植物的一个重要祖先物种。对新麦草中高度重复序列Cot-1 DNA文库克隆测序分析鉴定,结果表明新麦草Cot-1 DNA文库中的序列可以分为6种类型:反转座子、转座子、卫星DNA、抗病相关LZ-NBS-LRR... 新麦草(Psathyrostachys juncea)被认为是赖草属植物的一个重要祖先物种。对新麦草中高度重复序列Cot-1 DNA文库克隆测序分析鉴定,结果表明新麦草Cot-1 DNA文库中的序列可以分为6种类型:反转座子、转座子、卫星DNA、抗病相关LZ-NBS-LRR、未能鉴定类型、反转座子LTR和LTR/Copia类型序列组合型,占比分别为49.5%、1.0%、28.7%、5.9%、13.9%和1.0%。进一步利用2种卫星DNA序列和5个反转座子序列为探针,对新麦草、赖草(Leymus secalinus)和2个大赖草(L. racemosus)材料进行染色体荧光原位杂交,结果表明卫星DNA序列TaiI-family和pSc250-family杂交信号主要分布在染色体的端部,TaiI-family杂交信号数量分别为20、16、7和18,而卫星DNA序列pSc250-family在新麦草、赖草中的杂交信号数量分别为17和24,在2个大赖草材料均没有信号检出。反转座子序列在3个物种染色体上基本呈散布分布方式,而且在赖草属物种染色体分布呈现同质化倾向,其中克隆序列pPj-44和pPj-28在新麦草和赖草属物种间信号分布差异显著,分别提示在异源多倍化过程中存在序列扩张和收缩,克隆序列pPj-77仅在1个大赖草材料10个染色体杂交信号强度区别于其余染色体。研究结果表明,新麦草重复序列在赖草多倍体形成过程发生了快速进化并可能存在同质化扩散,同时赖草属不同物种基因组间重复序列组成可能存在显著差异。 展开更多
关键词 新麦草 赖草 重复序列 染色体荧光原位杂交 多倍化
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柴达木盆地小黑麦与豌豆混播饲草农艺性状和营养品质差异分析
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作者 马文艳 曹东 +1 位作者 刘宝龙 王东霞 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期74-81,共8页
研究柴达木盆地小黑麦和豌豆不同混播比例下饲草农艺性状和营养品质差异,筛选适宜柴达木盆地的小黑麦与豌豆混播方式,对缓解该地区饲草供需矛盾具有重要指导意义。研究以小黑麦和豌豆为对象,分析比较不同混播处理下的饲草农艺性状、生... 研究柴达木盆地小黑麦和豌豆不同混播比例下饲草农艺性状和营养品质差异,筛选适宜柴达木盆地的小黑麦与豌豆混播方式,对缓解该地区饲草供需矛盾具有重要指导意义。研究以小黑麦和豌豆为对象,分析比较不同混播处理下的饲草农艺性状、生产性能和营养品质差异。结果表明:各混播处理下小黑麦的生育期均延长2 d;青饲麦2+青建1号(P2S2)混播比例为0.7∶0.3时,单株分蘖数比其对照(P2S1)提高4.50%,比青饲麦1+青建1号(P1S2)和青饲麦6+青建1号(P3S2)相同混播比例处理下小黑麦单株分蘖数分别提高了69.69%和44.99%,干草产量比其对照(P2S1)提高17.61%。不同禾豆混播组合处理下,饲草的粗蛋白、粗脂肪、钙和磷含量均呈现升高趋势。通过灰色关联度综合评价法,筛选出青饲麦2号+青建1号(0.7∶0.3)较其他处理具有更高的草产量和更好的营养品质,在该地区推广应用具有更大潜力。 展开更多
关键词 小黑麦 豌豆 混播方式 生产性能 综合评价
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赖草基因组重复序列组成及染色体分布特性
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作者 陈洁 李媛 +2 位作者 杨莹 刘博 窦全文 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1273-1282,共10页
【目的】赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议。通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性。【方... 【目的】赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议。通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性。【方法】通过构建赖草属物种赖草的Cot-1 DNA文库获得大量重复序列,利用荧光原位杂交技术和重复序列对赖草以及近缘物种大赖草和祖先供体物种新麦草进行染色体荧光原位杂交涂染。【结果】(1)根据序列及基因组分布特性,赖草Cot-1 DNA可归为串联重复序列、散布重复序列、散布加串联混合重复序列以及未能鉴定类型,4种类型占比分别为32.4%、45.7%、12.4%和9.5%。(2)串联重复序列TaiI-family、Lt1-6、pTa-535和pSc250在不同物种及同一物种不同材料间信号数量存在较大变异,分别为7~20,1~14,17~26,0~24个。(3)10个反转座子序列在所有物种染色体的分布呈现3种方式:在所有染色体上杂交信号集中分布在着丝粒、近着丝粒及间质区;在所有染色体的所有区域都有分布;在大部分染色体上的分布方式与第1种相同,但是部分染色体端部也有分布。2个LTR/Copia序列仅在赖草染色体上有分布,其他序列在不同物种以及不同材料间均有分布,但在信号强度以及部分染色体上的分布方式存在多态性。【结论】赖草属物种中的一些重复序列具有快速进化的特性,支持赖草属物种多倍化过程,并存在散在重复序列向整个核基因组的快速同质化扩散。 展开更多
关键词 赖草属 重复序列 染色体荧光原位杂交 多倍化
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大麦醇溶蛋白启动子HorD的克隆及其种子特异性表达分析 被引量:1
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作者 刘宝龙 姜燕燕 +2 位作者 曹东 常砚梓 李云 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1234-1240,共7页
种子特异性启动子的克隆和功能分析不仅有助于阐明作物种子发育和胚乳特异性基因的表达调控机制,也是进行作物品质改良和种子生物反应器在内的植物基因工程改造的基础。本研究从大麦品种Golden pormise中克隆到大麦胚乳特异性启动子HorD... 种子特异性启动子的克隆和功能分析不仅有助于阐明作物种子发育和胚乳特异性基因的表达调控机制,也是进行作物品质改良和种子生物反应器在内的植物基因工程改造的基础。本研究从大麦品种Golden pormise中克隆到大麦胚乳特异性启动子HorD,生物信息学分析表明,其具备启动子的基本元件,如A-box、TATA-box、CAAT-box等,此外还含有胚乳特异性表达所需要的元件Prolamin-box。为验证HorD启动子的表达特性,以pU1300载体为骨架,将HorD启动子和新型冠状病毒(SARA-CoV-2)刺突蛋白基因LPS通过双酶切连接的方式构建表达载体phorD-LPS,并利用农杆菌介导的遗传转化试验验证其种子表达特性。结果表明,HorD启动子能驱动LPS基因在转基因大麦各组织中表达,但在根、茎、叶及颖壳中表达量较低,在种子中表达量较高。这说明HorD启动子可以驱动外源目的基因在大麦种子中特异高效表达。 展开更多
关键词 大麦 HorD启动子 顺式作用元件 遗传转化
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沙鞭不同居群染色体数目及核型分析 被引量:13
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作者 王亚男 刘玉萍 +2 位作者 刘雪利 苏旭 刘瑞娟 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1489-1499,共11页
该研究采用常规压片法对分布于内蒙古高原的6个沙鞭居群的染色体核型进行研究,探讨沙鞭不同居群的核型特征及其进化关系。结果表明:(1)沙鞭6个居群的染色体数目恒定,均为2n=2x=46。(2)染色体有正中部着丝粒(M)、中部着丝粒(m)、亚中部... 该研究采用常规压片法对分布于内蒙古高原的6个沙鞭居群的染色体核型进行研究,探讨沙鞭不同居群的核型特征及其进化关系。结果表明:(1)沙鞭6个居群的染色体数目恒定,均为2n=2x=46。(2)染色体有正中部着丝粒(M)、中部着丝粒(m)、亚中部着丝粒(sm)和亚端部着丝粒(st)4种类型,且中部着丝粒类型数量最多。(3)沙鞭不同居群核型公式存在差异。(4)核型类型有1A、2A、1B和2B型4种,染色体平均臂比介于1.29~1.62,长度比为1.73~2.68。(5)核型不对称系数处于55.96%~59.95%,核型对称性较高,进化程度较为原始,其中37居群的核型不对称系数最大,进化程度较高,34居群的核型不对称系数最小,进化程度较低。(6)沙鞭6个居群聚为两类,37居群单独聚为一类,其他所有居群聚为一类,表明37居群与其他居群具有相对较远的亲缘关系。该研究首次报道了沙鞭不同居群的染色体核型特征及其进化关系,为以后沙鞭的系统进化和优良种质资源筛选奠定了细胞学证据。 展开更多
关键词 沙鞭 染色体 核型分析 聚类分析 进化趋势
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