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喜马拉雅—横断山区优越虎耳草谱系地理学研究 被引量：3
1
作者 贾留坤 焦秀洁 +4 位作者 刘海瑞 李彦 更吉卓玛 王智华 高庆波 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期644-652,共9页
利用叶绿体DNA非基因编码区rpl20-rps12和trn L-trn F作为分子标记,对喜马拉雅—横断山区优越虎耳草13个居群151个个体进行谱系地理学研究,旨在揭示优越虎耳草现有的遗传结构及其演化历程。共检测到19个单倍型,其中63%的单倍型为居群特... 利用叶绿体DNA非基因编码区rpl20-rps12和trn L-trn F作为分子标记,对喜马拉雅—横断山区优越虎耳草13个居群151个个体进行谱系地理学研究,旨在揭示优越虎耳草现有的遗传结构及其演化历程。共检测到19个单倍型,其中63%的单倍型为居群特有单倍型。研究还发现,优越虎耳草居群总的遗传多样性较高(H_t=0. 868),居群内平均遗传多样性较低(H_s=0. 466)。分子变异分析(AMOVA)表明,优越虎耳草居群57. 37%的遗传变异来自居群内,居群间遗传变异为42. 63%。居群遗传分化系数N_(st)大于G_(st)(N_(st)=0. 463,G_(st)=0. 438,P>0. 05),但不显著,表明优越虎耳草在其整个分布范围内没有明显的谱系地理结构。中性检验结果表明,Tajima’s D为负值(-1. 348 32,P> 0. 05)而Fu’s F_s*为正值(18. 915 72,P> 0. 05),但均不显著,结合歧点分布分析发现该物种在整个分布范围内未经历过居群扩张。此外,在本研究中优越虎耳草遗传多样性和核苷酸多样性较高的居群及大量特有单倍型在整个分布范围内随机分布,符合"微型避难所"假说。优越虎耳草居群在冰期可能随气候波动而发生分布范围的不断变化,最终在相互隔离的"高山岛屿"中发生异域分化,导致大量特有单倍型产生。因此,推测优越虎耳草与其生境中的乔木和灌木可能具有相似的谱系地理历史,它们可为优越虎耳草提供微型避难所而使之在冰期时保留下来。 展开更多
关键词 优越虎耳草 喜马拉雅横断山区 谱系地理 微型避难所
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山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析 被引量：12
2
作者 李彦 焦秀洁 +4 位作者 更吉卓玛 贾留坤 王智华 陈世龙 高庆波 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1244-1253,共10页
利用Illumina HiSeqTM2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00kb出现一个SSR位点;棒腺虎耳草60... 利用Illumina HiSeqTM2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00kb出现一个SSR位点;棒腺虎耳草60 972条Unigene序列中含有4 542个SSR,发生频率为7.45%,有85种重复基元,平均每10.40kb出现一个SSR位点,略低于山地虎耳草。山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组序列的SSR优势基元均为三核苷酸重复。2个物种的转录组SSR以5~10次的较低重复次数为主,长度主要集中于12~30bp,具有较高的多态性。山地虎耳草和棒腺虎耳草中分别获得118 424个和112 006个SNP位点,编码区的SNP位点分别占30.40%和28.59%,且在编码SNP中同义突变所占比例(30.27%、28.48%)远高于非同义突变(0.13%、0.11%)。比较发现,2个物种的各项检索结果基本一致,推测与选取的组织部位、组织的发育阶段以及物种的亲缘关系有关。 展开更多
关键词 山地虎耳草 棒腺虎耳草 转录组 简单重复序列(SSR) 单核苷酸多态性(SNP)
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