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敲除trim47基因斑马鱼脑和脾的比较转录组学分析
1
作者
姚健
王业大
+3 位作者
王方
柳力月
鲁元安
刘学芹
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期495-506,共12页
用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼(Danio Rerio)的trim47,收集TRIM47~(-/-)(trim47基因敲除)和WT(野生型)斑马鱼的大脑和脾脏进行RNA-seq分析,以鉴定差异表达基因(DEGs)。总共确定了271个DEGs,经过简要分析,将这些DEGs注释为KEGG途径和GO富...
用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼(Danio Rerio)的trim47,收集TRIM47~(-/-)(trim47基因敲除)和WT(野生型)斑马鱼的大脑和脾脏进行RNA-seq分析,以鉴定差异表达基因(DEGs)。总共确定了271个DEGs,经过简要分析,将这些DEGs注释为KEGG途径和GO富集分析,与WT组相比, TRIM47~(-/-)组的脑中DEGs集中在细胞黏附和谷氨酸能突触信号传导途径中。在脾脏中,与野生型组相比, TRIM47~(-/-)组的DEGs在补体和凝血级联信号通路中发生了变化。使用qRT-PCR验证了脑和脾中与补体途径相关的基因,与转录组数据一致。这些结果表明, Trim47在脾脏和大脑中起着重要的生物学作用,尤其是通过补体途径参与先天免疫功能。体内感染实验表明, trim47基因敲除可提高斑马鱼中鲤春病毒血症病毒(SVCV)的感染率。总之,这些发现为TRIM成员在先天免疫中的功能提供了新线索。
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关键词
TRIM47
敲除
差异基因
斑马鱼
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题名
敲除trim47基因斑马鱼脑和脾的比较转录组学分析
1
作者
姚健
王业大
王方
柳力月
鲁元安
刘学芹
机构
华中农业大学水产
学院
湖北省
水生
动物疾病预防控制工程技术
研究
中心
中国科学院水生生物研究所中国斑马鱼资源中心
夏威夷大学马诺阿分校公共卫生
科学
系
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期495-506,共12页
基金
Supported by the National Natural Science Foundation of China (31972834)
the National Key Research and Development Program of China (2018YFD0900505)
Fundamental Research Funds for the Central Universities (2662018YJ022)。
文摘
用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼(Danio Rerio)的trim47,收集TRIM47~(-/-)(trim47基因敲除)和WT(野生型)斑马鱼的大脑和脾脏进行RNA-seq分析,以鉴定差异表达基因(DEGs)。总共确定了271个DEGs,经过简要分析,将这些DEGs注释为KEGG途径和GO富集分析,与WT组相比, TRIM47~(-/-)组的脑中DEGs集中在细胞黏附和谷氨酸能突触信号传导途径中。在脾脏中,与野生型组相比, TRIM47~(-/-)组的DEGs在补体和凝血级联信号通路中发生了变化。使用qRT-PCR验证了脑和脾中与补体途径相关的基因,与转录组数据一致。这些结果表明, Trim47在脾脏和大脑中起着重要的生物学作用,尤其是通过补体途径参与先天免疫功能。体内感染实验表明, trim47基因敲除可提高斑马鱼中鲤春病毒血症病毒(SVCV)的感染率。总之,这些发现为TRIM成员在先天免疫中的功能提供了新线索。
关键词
TRIM47
敲除
差异基因
斑马鱼
Keywords
TRIM47
Knockout
DEGs
Zebrafish
分类号
Q344.1 [生物学—遗传学]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
敲除trim47基因斑马鱼脑和脾的比较转录组学分析
姚健
王业大
王方
柳力月
鲁元安
刘学芹
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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