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一类细胞凋亡诱导剂的结构特征研究
1
作者
张静晓
李燕
+2 位作者
付新梅
潘艳秋
杨凌
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期7-14,共8页
许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻...
许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻场、静电场、疏水场、氢键供体场和受体场参数的最优比较分子相似性指数法(CoMSIA)模型.该模型(Q2=0.51、R2ncv=0.89和R2pred=0.82)具有良好的内部一致性和预测能力,通过对模型的等值线图分析发现:(1)R2取代基提高诱导剂活性的因素包括位阻大、负电性大、有亲水性和具有氢键供体作用;(2)位阻适中和/或具有氢键供体作用的R4取代基,以及位阻小和/或亲水的R1取代基对提高分子的活性是有利的;(3)N-甲基-N-苯基-1-萘胺类细胞凋亡诱导剂具有正电性的A环3号位或C环7号位取代基,以及具有负电性的B环1号位取代基有利于提高诱导剂的生物活性.对该模型的分析更有利于认识细胞凋亡诱导剂的分子特征,并为设计和开发新型细胞凋亡诱导剂提供理论指导.
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关键词
细胞凋亡诱导剂
caspase激活作用
三维定量构效关系(3D-QSAR)
比较分子力场法(CoMFA)
比较分子相似性指数法(CoMSIA)
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职称材料
3C-like蛋白酶抑制剂的构效关系、分子对接和分子动力学
被引量：
5
2
作者
林峰
付新梅
+5 位作者
王超
蒋思宇
王景辉
张述伟
杨凌
李燕
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期2693-2708,共16页
3C-like蛋白酶是中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-Co V)等其它冠状病毒的繁殖过程中极为重要的蛋白酶。它已成为人类在抗冠状病毒领域中的研究热点。本文基于计算生物学方法对与MERS-Co V同属的蝙蝠冠状病毒HKU4(HKU4-Co V)的43个肽类3C-l...
3C-like蛋白酶是中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-Co V)等其它冠状病毒的繁殖过程中极为重要的蛋白酶。它已成为人类在抗冠状病毒领域中的研究热点。本文基于计算生物学方法对与MERS-Co V同属的蝙蝠冠状病毒HKU4(HKU4-Co V)的43个肽类3C-like蛋白酶抑制剂分子,建立三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。在基于配体叠合的基础上,发现比较分子相似性指数分析法(Co MSIA)中的四个场组合(位阻场、静电场、氢键供体场与氢键受体场)为最优的模型(Q2=0.522,R2ncv=0.996,R2pre=0.904;Q2:交叉验证相关系数,R2ncv:非交叉验证相关系数,R2pre:验证集分子的预测值相关系数),并借助该模型通过分子对接(docking)与分子动力学(MD)方法阐明了配受体结合作用。实验结果表明:(1)基于最优的Co MSIA模型基础上的三维等势图形象地说明了分子基团的位阻作用、静电作用、氢键供体与氢键受体作用对分子生物活性的影响;(2)分子对接研究结果显示了疏水性以及结晶水、氨基酸His166和Glu169在配体和受体结合过程中产生重要作用;(3)分子动力学模拟进一步验证了分子对接模型的可靠性,并发现了两个新的关键氨基酸Ser24与Gln192,它们与配体产生了两个较强的氢键。此外,根据这些结果,一些新的具有潜在抑制活性的肽类化合物作为3C-like蛋白酶抑制剂被获得。以上结果能够帮助深入了解3C-like蛋白酶与肽类抑制剂的作用机理,并且能够为今后的抗MERS-Co V药物设计提供有价值的参考。
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关键词
中东呼吸综合征冠状病毒
3C-like蛋白酶
肽类抑制剂
三维定量构效关系
分子对接
分子动力学
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职称材料
题名
一类细胞凋亡诱导剂的结构特征研究
1
作者
张静晓
李燕
付新梅
潘艳秋
杨凌
机构
大连
理工大学化工
学院
大连
理工大学精细化工国家重点实验室
中国科学院大连化学物理研究所药物资源开发研究组
出处
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期7-14,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(11201049)
文摘
许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻场、静电场、疏水场、氢键供体场和受体场参数的最优比较分子相似性指数法(CoMSIA)模型.该模型(Q2=0.51、R2ncv=0.89和R2pred=0.82)具有良好的内部一致性和预测能力,通过对模型的等值线图分析发现:(1)R2取代基提高诱导剂活性的因素包括位阻大、负电性大、有亲水性和具有氢键供体作用;(2)位阻适中和/或具有氢键供体作用的R4取代基,以及位阻小和/或亲水的R1取代基对提高分子的活性是有利的;(3)N-甲基-N-苯基-1-萘胺类细胞凋亡诱导剂具有正电性的A环3号位或C环7号位取代基,以及具有负电性的B环1号位取代基有利于提高诱导剂的生物活性.对该模型的分析更有利于认识细胞凋亡诱导剂的分子特征,并为设计和开发新型细胞凋亡诱导剂提供理论指导.
关键词
细胞凋亡诱导剂
caspase激活作用
三维定量构效关系(3D-QSAR)
比较分子力场法(CoMFA)
比较分子相似性指数法(CoMSIA)
Keywords
apoptosis inducer
caspase activation
three-dimensional quantitative structure-activity relationships（3D-QSAR）
comparative molecular field analysis（CoMFA）
comparative molecular similarity indices analysis（CoMSIA）
分类号
Q594 [生物学—生物化学]
O622 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
3C-like蛋白酶抑制剂的构效关系、分子对接和分子动力学
被引量：
5
2
作者
林峰
付新梅
王超
蒋思宇
王景辉
张述伟
杨凌
李燕
机构
大连
理工大学化工
学院
大连
理工大学精细化工国家重点实验室
中国科学院大连化学物理研究所
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期2693-2708,共16页
基金
国家自然科学基金(11201049)资助项目~~
文摘
3C-like蛋白酶是中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-Co V)等其它冠状病毒的繁殖过程中极为重要的蛋白酶。它已成为人类在抗冠状病毒领域中的研究热点。本文基于计算生物学方法对与MERS-Co V同属的蝙蝠冠状病毒HKU4(HKU4-Co V)的43个肽类3C-like蛋白酶抑制剂分子,建立三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。在基于配体叠合的基础上,发现比较分子相似性指数分析法(Co MSIA)中的四个场组合(位阻场、静电场、氢键供体场与氢键受体场)为最优的模型(Q2=0.522,R2ncv=0.996,R2pre=0.904;Q2:交叉验证相关系数,R2ncv:非交叉验证相关系数,R2pre:验证集分子的预测值相关系数),并借助该模型通过分子对接(docking)与分子动力学(MD)方法阐明了配受体结合作用。实验结果表明:(1)基于最优的Co MSIA模型基础上的三维等势图形象地说明了分子基团的位阻作用、静电作用、氢键供体与氢键受体作用对分子生物活性的影响;(2)分子对接研究结果显示了疏水性以及结晶水、氨基酸His166和Glu169在配体和受体结合过程中产生重要作用;(3)分子动力学模拟进一步验证了分子对接模型的可靠性,并发现了两个新的关键氨基酸Ser24与Gln192,它们与配体产生了两个较强的氢键。此外,根据这些结果,一些新的具有潜在抑制活性的肽类化合物作为3C-like蛋白酶抑制剂被获得。以上结果能够帮助深入了解3C-like蛋白酶与肽类抑制剂的作用机理,并且能够为今后的抗MERS-Co V药物设计提供有价值的参考。
关键词
中东呼吸综合征冠状病毒
3C-like蛋白酶
肽类抑制剂
三维定量构效关系
分子对接
分子动力学
Keywords
MERS-CoV
3C-like protease
Peptidomimetic inhibitor
3D-QSAR
Molecular docking Molecular dynamics
分类号
R978.7 [医药卫生—药品]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一类细胞凋亡诱导剂的结构特征研究
张静晓
李燕
付新梅
潘艳秋
杨凌
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
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职称材料
2
3C-like蛋白酶抑制剂的构效关系、分子对接和分子动力学
林峰
付新梅
王超
蒋思宇
王景辉
张述伟
杨凌
李燕
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016
5
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