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柱式法和磁珠法提取原油脱氧核糖核酸
1
作者
熊驷骏
陶建强
+6 位作者
万云洋
胡春余
樊宝旭
杨元亮
徐朋朋
高志卫
赵国屏
《中国石油大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第4期224-230,共7页
直接提取原油脱氧核糖核酸(DNA)是分析原油微生物群落和多样性最基础、最重要的第一步。分别用柱式法(SE)和磁珠法(ME)提取12份原油样品的微生物基因组总DNA,并通过因美纳(Illumina)高通量测序进一步分析其微生物多样性和群落差异。结...
直接提取原油脱氧核糖核酸(DNA)是分析原油微生物群落和多样性最基础、最重要的第一步。分别用柱式法(SE)和磁珠法(ME)提取12份原油样品的微生物基因组总DNA,并通过因美纳(Illumina)高通量测序进一步分析其微生物多样性和群落差异。结果表明:SE的DNA质量浓度和纯度(A260/A280比值,其中A为吸光度)分别为20.17±31.83 ng/μL和1.01±0.63,ME的DNA质量浓度和纯度分别为11.14±17.27 ng/μL和1.29±0.20;SE检出30门和507属,ME检出38门和677属,其中未分类属和未培养属的相对含量分别为1.12%和0.20%(SE)、1.24%和1.10%(ME);两种方法均检测到专有属(SE专有65属,ME专有235属),SE检出油藏微生物如地杆菌属(Geobacter)等,ME检出疑似油藏微生物如黄杆菌属(Xanthobacter);两种方法在原油DNA提取方面各有优劣,SE提取质量浓度高并对油藏微生物有更好响应,ME检测微生物多样性能力略强,但两种方法在分类学水平上均有较强的偏向性。
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关键词
DNA提取
柱式法
磁珠法
微生物多样性
微生物群落
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职称材料
基于CRISPR-Cas13家族的RNA编辑系统及其最新进展
被引量：
6
2
作者
陈敏洁
唐桂月
+3 位作者
洪香娜
郝沛
江静
李轩
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期1-8,共8页
存在于细菌和古菌中的获得性免疫系统CRISPR-Cas目前已被广泛应用到生物技术领域,尤其是靶向DNA的CRISPR-Cas9技术。然而CRISPR-Cas系统靶向RNA的技术还处于初步应用阶段。Ⅵ型CRISPR-Cas系统(CRISPR-Cas13)的发现,揭示了RNA引导的RNA...
存在于细菌和古菌中的获得性免疫系统CRISPR-Cas目前已被广泛应用到生物技术领域,尤其是靶向DNA的CRISPR-Cas9技术。然而CRISPR-Cas系统靶向RNA的技术还处于初步应用阶段。Ⅵ型CRISPR-Cas系统(CRISPR-Cas13)的发现,揭示了RNA引导的RNA靶向性。CRISPR-Cas13是目前CRISPR-Cas家族中唯一只靶向ssRNA的系统,为RNA靶向和RNA编辑奠定了基础。根据Cas13系统发育已证明将Ⅵ型CRISPR-Cas系统分为4种亚型(A-D)。主要对目前最新的靶向RNA技术的CRISPR-Cas13家族的分类以及防御机制进行了综述,介绍了CRISPR-Cas13技术的应用以及基于CRISPR-Cas13家族的RNA编辑系统的最新研究进展。最后,对目前CRISPR-Cas13 RNA编辑技术体系存在的问题进行了分析和对未来的发展进行展望。
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关键词
CRISPR-Cas13
RNA编辑
RNA技术
A>I
C>U
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职称材料
题名
柱式法和磁珠法提取原油脱氧核糖核酸
1
作者
熊驷骏
陶建强
万云洋
胡春余
樊宝旭
杨元亮
徐朋朋
高志卫
赵国屏
机构
中国
石油大学(北京)油气资源与工程全国
重点
实验室
中国
石油大学(北京)地层微
生物
资源与应用研究
中心
中国
石油大学(北京)油气污染防治北京市
重点
实验室
中国
石油大学(北京)非常规油气
科学
技术研究院
中石化新疆新春石油开发有限责任公司
中国科学院
上海
植物
生理生态研究所
中国科学院
分子
植物
科学
卓越
创新
中心
合成
生物学
重点
实验室
出处
《中国石油大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第4期224-230,共7页
基金
中国石油战略合作科技专项(ZLZX2020010805,ZLZX2020020405)
中国石油大学(北京)前瞻导向项目(ZX20190209)
+1 种基金
国家科技重大专项(2016ZX05050011,2016ZX05040002)
中国石油大学(北京)地层微生物资源与应用研究中心多学科联合创新创业实验室(第四批)项目。
文摘
直接提取原油脱氧核糖核酸(DNA)是分析原油微生物群落和多样性最基础、最重要的第一步。分别用柱式法(SE)和磁珠法(ME)提取12份原油样品的微生物基因组总DNA,并通过因美纳(Illumina)高通量测序进一步分析其微生物多样性和群落差异。结果表明:SE的DNA质量浓度和纯度(A260/A280比值,其中A为吸光度)分别为20.17±31.83 ng/μL和1.01±0.63,ME的DNA质量浓度和纯度分别为11.14±17.27 ng/μL和1.29±0.20;SE检出30门和507属,ME检出38门和677属,其中未分类属和未培养属的相对含量分别为1.12%和0.20%(SE)、1.24%和1.10%(ME);两种方法均检测到专有属(SE专有65属,ME专有235属),SE检出油藏微生物如地杆菌属(Geobacter)等,ME检出疑似油藏微生物如黄杆菌属(Xanthobacter);两种方法在原油DNA提取方面各有优劣,SE提取质量浓度高并对油藏微生物有更好响应,ME检测微生物多样性能力略强,但两种方法在分类学水平上均有较强的偏向性。
关键词
DNA提取
柱式法
磁珠法
微生物多样性
微生物群落
Keywords
DNA extraction
spincolumn based extraction method
magnetisable solid phase extraction method
microbial diversity
microbial community
分类号
Q503.23 [生物学—生物化学]
TE99 [石油与天然气工程—石油机械设备]
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职称材料
题名
基于CRISPR-Cas13家族的RNA编辑系统及其最新进展
被引量：
6
2
作者
陈敏洁
唐桂月
洪香娜
郝沛
江静
李轩
机构
中国科学院分子植物科学卓越中心合成生物学重点实验室
中国科学院
上海巴斯德研究所病原发现与大数据
中心
河南大学生命
科学
学院
棉花
生物学
国家
重点
实验室
植物
逆境
生物学
重点
实验室
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期1-8,共8页
基金
国家重点研发计划(2018YFA0900700)
原核生物基因组的人工设计与合成(2018YFA0903700)
+1 种基金
国家自然科学基金项目(31771412,31972881)
中科院战略生物资源服务网络计划“生物资源衍生库”项目(ZSYS-014)
文摘
存在于细菌和古菌中的获得性免疫系统CRISPR-Cas目前已被广泛应用到生物技术领域,尤其是靶向DNA的CRISPR-Cas9技术。然而CRISPR-Cas系统靶向RNA的技术还处于初步应用阶段。Ⅵ型CRISPR-Cas系统(CRISPR-Cas13)的发现,揭示了RNA引导的RNA靶向性。CRISPR-Cas13是目前CRISPR-Cas家族中唯一只靶向ssRNA的系统,为RNA靶向和RNA编辑奠定了基础。根据Cas13系统发育已证明将Ⅵ型CRISPR-Cas系统分为4种亚型(A-D)。主要对目前最新的靶向RNA技术的CRISPR-Cas13家族的分类以及防御机制进行了综述,介绍了CRISPR-Cas13技术的应用以及基于CRISPR-Cas13家族的RNA编辑系统的最新研究进展。最后,对目前CRISPR-Cas13 RNA编辑技术体系存在的问题进行了分析和对未来的发展进行展望。
关键词
CRISPR-Cas13
RNA编辑
RNA技术
A>I
C>U
Keywords
CRISPR-Cas13
RNA editing
RNA technology
A>I
C>U
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
Q522 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
柱式法和磁珠法提取原油脱氧核糖核酸
熊驷骏
陶建强
万云洋
胡春余
樊宝旭
杨元亮
徐朋朋
高志卫
赵国屏
《中国石油大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
基于CRISPR-Cas13家族的RNA编辑系统及其最新进展
陈敏洁
唐桂月
洪香娜
郝沛
江静
李轩
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
6
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