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基于miRNA-mRNA调控网络的鼻咽癌相关分子机制研究
被引量：
4
1
作者
郭伟茜
高劲
+4 位作者
花蕾
郑先斌
张洋洋
孙斌
陶振超
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2021年第8期1205-1212,共8页
目的通过构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络筛选与鼻咽癌发病相关的分子标志物。方法从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,利用R软件筛选出差异表达miRNA和mRNA,并对其进行功能富...
目的通过构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络筛选与鼻咽癌发病相关的分子标志物。方法从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,利用R软件筛选出差异表达miRNA和mRNA,并对其进行功能富集分析。应用FunRich软件预测差异miRNA的转录因子及靶基因,将靶基因与差异基因取交集获得核心基因,并通过Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络。通过Kaplan-Meier plotter数据库对核心基因进行生存分析。结果一共筛选出47个差异表达miRNA、797个差异表达基因。功能富集分析表明差异表达的miRNA主要参与信号转导、转录调控等过程,差异表达基因主要参与细胞因子受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌等信号通路。靶基因与差异表达基因取交集后筛选出23个核心基因,构建miRNA-mRNA调控网络。生存分析显示其中4个核心基因对鼻咽癌患者的预后有影响,包括多聚磷酸肌醇磷酸酶1(MINPP1)、锌指环指蛋白3(ZNRF3)、纤毛顶结构蛋白(SNTN)、β微管蛋白2A(TUBB2A),其相对应的miRNA分别为hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-520e、hsa-miR-107、hsa-miR-421。结论通过构建miRNA-mRNA调控网络同时结合生存分析,筛选鼻咽癌相关的分子标志物,为鼻咽癌诊断、治疗提供潜在的分子靶点。
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关键词
鼻咽癌
微小核糖核酸
差异表达基因
调控网络
生物信息学
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职称材料
circHIPK3促进鼻咽癌细胞5-8F迁移和侵袭的机制
被引量：
1
2
作者
邵文婷
吕磊
高劲
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2023年第8期1346-1353,共8页
目的探讨环状RNA HIPK3(circHIPK3)在鼻咽癌(NPC)细胞迁移和侵袭中的作用及其分子机制。方法检索公共数据库,运用高通量基因表达数据库(GEO)分析NPC组织及非癌组织中circHIPK3表达水平;合成circHIPK3-siRNA转染NPC 5-8F细胞;采用RT-qPCR...
目的探讨环状RNA HIPK3(circHIPK3)在鼻咽癌(NPC)细胞迁移和侵袭中的作用及其分子机制。方法检索公共数据库,运用高通量基因表达数据库(GEO)分析NPC组织及非癌组织中circHIPK3表达水平;合成circHIPK3-siRNA转染NPC 5-8F细胞;采用RT-qPCR、Western blot、细胞划痕、CCK-8和Transwell等实验方法,研究确定circHIPK3-siRNA干扰效果后,检测它对细胞增殖、迁移和侵袭及潜在下游基因CDH1、CDH2、MMP2、MMP9、IL-6/STAT3表达的影响。运用转录组测序技术分析5-8F细胞circHIPK3-siRNA干扰后显著差异表达的基因,以期找到介导circHIPK3促癌作用的关键基因。结果与非癌组织相比,NPC组织中circHIPK3表达明显增加(P<0.05)。使用siRNA特异性敲低5-8F细胞中circHIPK3的表达后,与对照组相比,si-circHIPK3组细胞增殖速率降低(P<0.05),si-circHIPK3组细胞划痕闭合率降低(P<0.01),同时si-circHIPK3组细胞迁移和侵袭的细胞数目减少(P<0.05)。此外,与对照组相比,si-circHIPK3组下游基因CDH1 mRNA和蛋白的表达量升高(P<0.001),CDH2、MMP2、MMP9、IL-6/STAT3 mRNA和蛋白的表达量减少(P<0.05)。进一步测序分析显示,circHIPK3-siRNA转染的5-8F细胞中AL645922.1、SCO_(2)、AL136295.1和ISY1-RAB43表达上调(P<0.05),BIVM-ERCC5、FAM47E-STBD1、INO80B-WBP1、NAIP、C15orf38-AP3S2、BCL2L2-PABPN1和SMIM11B表达下调(P<0.05)。结论NPC组织中circHIPK3表达显著升高。circHIPK3通过调节E-Cadherin、N-Cadherin、MMP2、MMP9和IL-6/STAT3的表达,促进NPC细胞5-8F的增殖、迁移和侵袭。AL645922.1和BIVM-ERCC5等基因可能在circHIPK3介导的促进NPC 5-8F细胞迁移和侵袭中发挥关键作用。
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关键词
circHIPK3
5-8F细胞
鼻咽癌
迁移和侵袭
转录组测序
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职称材料
题名
基于miRNA-mRNA调控网络的鼻咽癌相关分子机制研究
被引量：
4
1
作者
郭伟茜
高劲
花蕾
郑先斌
张洋洋
孙斌
陶振超
机构
安徽医
科
大学
附属
省立
医院
放射
治疗
科
中国科学技术大学附属第一医院西区放射治疗科
新乡医学院
附属
安徽省肿瘤
医院
出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2021年第8期1205-1212,共8页
基金
安徽省自然科学基金(编号:1408085MH189)
国家癌症中心攀登基金(编号:NCC201812B037)。
文摘
目的通过构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络筛选与鼻咽癌发病相关的分子标志物。方法从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,利用R软件筛选出差异表达miRNA和mRNA,并对其进行功能富集分析。应用FunRich软件预测差异miRNA的转录因子及靶基因,将靶基因与差异基因取交集获得核心基因,并通过Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络。通过Kaplan-Meier plotter数据库对核心基因进行生存分析。结果一共筛选出47个差异表达miRNA、797个差异表达基因。功能富集分析表明差异表达的miRNA主要参与信号转导、转录调控等过程,差异表达基因主要参与细胞因子受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌等信号通路。靶基因与差异表达基因取交集后筛选出23个核心基因,构建miRNA-mRNA调控网络。生存分析显示其中4个核心基因对鼻咽癌患者的预后有影响,包括多聚磷酸肌醇磷酸酶1(MINPP1)、锌指环指蛋白3(ZNRF3)、纤毛顶结构蛋白(SNTN)、β微管蛋白2A(TUBB2A),其相对应的miRNA分别为hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-520e、hsa-miR-107、hsa-miR-421。结论通过构建miRNA-mRNA调控网络同时结合生存分析,筛选鼻咽癌相关的分子标志物,为鼻咽癌诊断、治疗提供潜在的分子靶点。
关键词
鼻咽癌
微小核糖核酸
差异表达基因
调控网络
生物信息学
Keywords
nasopharyngeal carcinoma
microRNA
differentially expressed gene
regulatory network
bioinformatics
分类号
R739.6 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
circHIPK3促进鼻咽癌细胞5-8F迁移和侵袭的机制
被引量：
1
2
作者
邵文婷
吕磊
高劲
机构
皖南医学院研究生学院
中国科学技术大学
附属
第一
医院
西区
肿瘤表观遗传学实验室
中国科学技术大学附属第一医院西区放射治疗科
出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2023年第8期1346-1353,共8页
基金
安徽省自然科学基金(编号:1408085MH189)
国家癌症中心攀登基金(编号:NCC201812B037)。
文摘
目的探讨环状RNA HIPK3(circHIPK3)在鼻咽癌(NPC)细胞迁移和侵袭中的作用及其分子机制。方法检索公共数据库,运用高通量基因表达数据库(GEO)分析NPC组织及非癌组织中circHIPK3表达水平;合成circHIPK3-siRNA转染NPC 5-8F细胞;采用RT-qPCR、Western blot、细胞划痕、CCK-8和Transwell等实验方法,研究确定circHIPK3-siRNA干扰效果后,检测它对细胞增殖、迁移和侵袭及潜在下游基因CDH1、CDH2、MMP2、MMP9、IL-6/STAT3表达的影响。运用转录组测序技术分析5-8F细胞circHIPK3-siRNA干扰后显著差异表达的基因,以期找到介导circHIPK3促癌作用的关键基因。结果与非癌组织相比,NPC组织中circHIPK3表达明显增加(P<0.05)。使用siRNA特异性敲低5-8F细胞中circHIPK3的表达后,与对照组相比,si-circHIPK3组细胞增殖速率降低(P<0.05),si-circHIPK3组细胞划痕闭合率降低(P<0.01),同时si-circHIPK3组细胞迁移和侵袭的细胞数目减少(P<0.05)。此外,与对照组相比,si-circHIPK3组下游基因CDH1 mRNA和蛋白的表达量升高(P<0.001),CDH2、MMP2、MMP9、IL-6/STAT3 mRNA和蛋白的表达量减少(P<0.05)。进一步测序分析显示,circHIPK3-siRNA转染的5-8F细胞中AL645922.1、SCO_(2)、AL136295.1和ISY1-RAB43表达上调(P<0.05),BIVM-ERCC5、FAM47E-STBD1、INO80B-WBP1、NAIP、C15orf38-AP3S2、BCL2L2-PABPN1和SMIM11B表达下调(P<0.05)。结论NPC组织中circHIPK3表达显著升高。circHIPK3通过调节E-Cadherin、N-Cadherin、MMP2、MMP9和IL-6/STAT3的表达,促进NPC细胞5-8F的增殖、迁移和侵袭。AL645922.1和BIVM-ERCC5等基因可能在circHIPK3介导的促进NPC 5-8F细胞迁移和侵袭中发挥关键作用。
关键词
circHIPK3
5-8F细胞
鼻咽癌
迁移和侵袭
转录组测序
Keywords
circHIPK3
5-8F cells
nasopharyngeal carcinoma
migration and invasion
transcriptome sequencing
分类号
R739.6 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于miRNA-mRNA调控网络的鼻咽癌相关分子机制研究
郭伟茜
高劲
花蕾
郑先斌
张洋洋
孙斌
陶振超
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2021
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
circHIPK3促进鼻咽癌细胞5-8F迁移和侵袭的机制
邵文婷
吕磊
高劲
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2023
1
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