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题名基于神威太湖之光的NAMD软件的移植与优化
被引量：12
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作者
姚文军
陈俊仕
苏志超
余洋
廖陈志
安虹
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机构
中国科学技术大学计算机系科学与技术学院
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出处
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2017年第6期1022-1030,共9页
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文摘
纳米级粒度分子动力学NAMD是基于Charm++并行编程模型的开源免费分子动力学模拟软件,能够在大规模并行计算机上快速模拟百万原子级别的大分子体系。太湖之光是中国自主研发的超级计算机,峰值性能为125.4Pflop/s,共有1 000多万个核心,整机Linpack效率不低于70%。NAMD在空间上对原子进行划分,在计算上对力进行划分,充分曝露出单步模拟的并行度,并通过CHARM++对负载平衡进行调控。针对NAMD进行模拟计算时的特点,移植并优化了NAMD的核心计算代码,让其能够更好地运行在超级计算机神威太湖之光上,优化后性能提高了近20倍,单个核组的性能较Intel XeonE5-2650v2提高3倍。扩展性方面目前至多可达到325万核的并行度,突破百万核大关。
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关键词
分子动力学模拟
神威超级计算机
异构多核处理器
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Keywords
molecular dynamics （MD）
Sunway supercomputer
heterogeneous many-core processor
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分类号
TP393.027
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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