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麻疯树杂交子代与亲本间基因组DNA甲基化分析
被引量：
1
1
作者
张辰笈
邹枚伶
+3 位作者
夏志强
孙倩
江思容
王文泉
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021年第3期620-628,共9页
为揭示麻疯树(Jatropha curcas)杂交子代与亲本间基因组甲基化变化规律,以1组亲缘关系较远且差异较大的亲本杂交构建的麻疯树遗传群体为材料,采用AFSM技术挖掘麻疯树DNA甲基化位点,比较不同材料的甲基化水平,对其进行功能分析。结果表明...
为揭示麻疯树(Jatropha curcas)杂交子代与亲本间基因组甲基化变化规律,以1组亲缘关系较远且差异较大的亲本杂交构建的麻疯树遗传群体为材料,采用AFSM技术挖掘麻疯树DNA甲基化位点,比较不同材料的甲基化水平,对其进行功能分析。结果表明:共检测出537234个甲基化位点,杂交子代DNA甲基化水平(0.29)显著低于2个亲本(0.39和0.35)。对不同全甲基化水平的样品进行功能分析,结果发现均富集于催化活性和蛋白结合,而相对于mCCGG全甲基化水平,CmCGG全甲基化水平样品还富集于大分子复合物、细胞器等细胞组分,以及发育过程、生物过程、细胞过程、代谢过程等生物学过程。这对于进一步从表观遗传学角度揭示麻疯树维持必要的遗传稳定性形成的内在机制具有重要意义。
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关键词
麻疯树
甲基化
遗传群体
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职称材料
基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析
被引量：
10
2
作者
孙倩
邹枚伶
+6 位作者
张辰笈
江思容
Eder Jorge de Oliveira
张圣奎
夏志强
王文泉
李有志
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期42-49,共8页
为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLI...
为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。
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关键词
木薯
SNP
INDEL
遗传多样性
群体结构
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职称材料
题名
麻疯树杂交子代与亲本间基因组DNA甲基化分析
被引量：
1
1
作者
张辰笈
邹枚伶
夏志强
孙倩
江思容
王文泉
机构
海南大学
中国热带农业科学院
热带
生物
技术研究所
中国热带农业科学院热带生物组学大数据中心
广西大学
南京
农业
大学
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021年第3期620-628,共9页
基金
海南省自然科学基金项目(No.319QN303)
滇桂黔石漠化地区特色作物产业发展关键技术集成示范项目(No.SMH2019-2021)
中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金(No.1630052019022)。
文摘
为揭示麻疯树(Jatropha curcas)杂交子代与亲本间基因组甲基化变化规律,以1组亲缘关系较远且差异较大的亲本杂交构建的麻疯树遗传群体为材料,采用AFSM技术挖掘麻疯树DNA甲基化位点,比较不同材料的甲基化水平,对其进行功能分析。结果表明:共检测出537234个甲基化位点,杂交子代DNA甲基化水平(0.29)显著低于2个亲本(0.39和0.35)。对不同全甲基化水平的样品进行功能分析,结果发现均富集于催化活性和蛋白结合,而相对于mCCGG全甲基化水平,CmCGG全甲基化水平样品还富集于大分子复合物、细胞器等细胞组分,以及发育过程、生物过程、细胞过程、代谢过程等生物学过程。这对于进一步从表观遗传学角度揭示麻疯树维持必要的遗传稳定性形成的内在机制具有重要意义。
关键词
麻疯树
甲基化
遗传群体
Keywords
Jatropha curcas
methylation
genetic population
分类号
Q943 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析
被引量：
10
2
作者
孙倩
邹枚伶
张辰笈
江思容
Eder Jorge de Oliveira
张圣奎
夏志强
王文泉
李有志
机构
广西大学生命
科学
与技术
学院
/亚
热带
农业
生物
资源保护与利用国家重点实验室
中国热带农业科学院
热带
生物
技术研究所
中国热带农业科学院热带生物组学大数据中心
海南大学
南京
农业
大学
Embrapa Mandioca e Fruticultura
齐鲁工业大学
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期42-49,共8页
基金
国家重点研发计划项目(2019YFD1001100)
国家自然科学基金-CG联合基金项目(31861143005)
+1 种基金
滇桂黔石漠化地区特色作物产业发展关键技术集成示范项目(SMH2019-2021)
中国热带农业科学院基本科研业务费专项(1630052019022)资助。
文摘
为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。
关键词
木薯
SNP
INDEL
遗传多样性
群体结构
Keywords
cassava
SNP
InDel
genetic diversity
population structure
分类号
S533 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
麻疯树杂交子代与亲本间基因组DNA甲基化分析
张辰笈
邹枚伶
夏志强
孙倩
江思容
王文泉
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析
孙倩
邹枚伶
张辰笈
江思容
Eder Jorge de Oliveira
张圣奎
夏志强
王文泉
李有志
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
10
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