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艾纳香脱氢酶基因家族的生物信息学分析
1
作者
白琳
官玲亮
+5 位作者
查英
于福来
王凯
谢小丽
庞玉新
陈松笔
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2020年第6期1145-1153,共9页
采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera (L.) DC.)叶片中克隆到4条编码艾纳香脱氢酶(BbADH1、BbADH2、BbADH3、BbADH4)基因的cDNA序列,并对4条核苷酸及其编码的氨基酸序列进行生物信息...
采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera (L.) DC.)叶片中克隆到4条编码艾纳香脱氢酶(BbADH1、BbADH2、BbADH3、BbADH4)基因的cDNA序列,并对4条核苷酸及其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:4条艾纳香脱氢酶序列开放阅读框均在900bp左右,蛋白质等电点(pI)值在5.0~9.0之间,含量最多的氨基酸为亮氨酸(Leu),最少的为色氨酸(Try),具有明显的疏水区和亲水区,N端未发现信号肽,且无跨膜区;同源性比对结果显示,艾纳香BbADH蛋白与其他植物中ADH蛋白具有高度的相似性,且具有脱氢酶的特征功能域;系统发育分析表明,艾纳香(B. balsamifera (L.) DC.)BbADH1和BbADH3同处于一个分支,且与胡杨(Populus euphratica Oliv.)PeADH物种亲缘关系较近,而艾纳香BbADH4和BbADH2处于不同分支,且分别与葡萄(Vitis vinifera)VvADH和烟草(Nicotiana tabacum)NtADH物种亲缘关系较近。
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关键词
艾纳香
艾纳香脱氢酶(BbADH)
氨基酸序列
保守区
系统发育分析
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职称材料
题名
艾纳香脱氢酶基因家族的生物信息学分析
1
作者
白琳
官玲亮
查英
于福来
王凯
谢小丽
庞玉新
陈松笔
机构
中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所/农业农村部华南作物基因资源与种质创制重点开放实验室/海南省艾纳香工程技术研究中心
黑龙江八一农垦大学农
学院
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2020年第6期1145-1153,共9页
基金
国家自然科学基金项目(No.31870317)
海南省自然科学基金项目(No.2019RC316)
中国热带农业科学院基本科研业务费(No.1630032020041)。
文摘
采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera (L.) DC.)叶片中克隆到4条编码艾纳香脱氢酶(BbADH1、BbADH2、BbADH3、BbADH4)基因的cDNA序列,并对4条核苷酸及其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:4条艾纳香脱氢酶序列开放阅读框均在900bp左右,蛋白质等电点(pI)值在5.0~9.0之间,含量最多的氨基酸为亮氨酸(Leu),最少的为色氨酸(Try),具有明显的疏水区和亲水区,N端未发现信号肽,且无跨膜区;同源性比对结果显示,艾纳香BbADH蛋白与其他植物中ADH蛋白具有高度的相似性,且具有脱氢酶的特征功能域;系统发育分析表明,艾纳香(B. balsamifera (L.) DC.)BbADH1和BbADH3同处于一个分支,且与胡杨(Populus euphratica Oliv.)PeADH物种亲缘关系较近,而艾纳香BbADH4和BbADH2处于不同分支,且分别与葡萄(Vitis vinifera)VvADH和烟草(Nicotiana tabacum)NtADH物种亲缘关系较近。
关键词
艾纳香
艾纳香脱氢酶(BbADH)
氨基酸序列
保守区
系统发育分析
Keywords
Blumea balsamifera(L.)DC
dehydrogenase(BbADH)
amino acid sequence
conserved region
phylogenetic analysis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
艾纳香脱氢酶基因家族的生物信息学分析
白琳
官玲亮
查英
于福来
王凯
谢小丽
庞玉新
陈松笔
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2020
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