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多物种混合转录组测序(msRNA-seq)及其在海洋生态学研究中的应用
被引量：
1
1
作者
杨官品
孙诗阳
+1 位作者
潘克厚
郭栗
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期54-63,共10页
转录组测序是细胞生理学过程和机制的解析手段之一。目前,主要应用在对特定物种或细胞类型在不同生长、发育阶段(时间序列)或不同组织、器官、生长环境(空间序列)中基因转录本丰度的定量和比较上。但是,这并不适用于多物种共存的自然生...
转录组测序是细胞生理学过程和机制的解析手段之一。目前,主要应用在对特定物种或细胞类型在不同生长、发育阶段(时间序列)或不同组织、器官、生长环境(空间序列)中基因转录本丰度的定量和比较上。但是,这并不适用于多物种共存的自然生态系统和多细胞协同作用的生物体中。应运而生的混合多物种转录组分析技术则是可以同时针对两个或两个以上物种或细胞类型的转录组进行分析,以此来解析物种或细胞间的相互作用。其最大特点是靠后期拆分数据而不是通过前期的物理方法来拆分物种或细胞类型。目前,该技术在动物医学领域中使用较多,但在生态系统尤其是海洋生态系统的研究中应用较少。本文介绍了多物种混合转录组测序的概念、方法、研究历程和在海洋生态学研究中的应用及前景,以期为该领域研究者打开新思路,提供新方法。
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关键词
互作转录组测序
混合物种转录组测序
海洋生态学
互作生理机制
合成生态学
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职称材料
葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
2
作者
李娟娟
刘子涵
+3 位作者
王雅楠
刘莉君
张晓华
于敏
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2025年第1期51-65,共15页
栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异...
栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异,探究其在极端海洋生境下的适应机制。通过全基因组测序获得葡萄牙栖盐田菌LLJ914全基因组序列,选取同属其他菌株的基因组进行比较基因组学分析,探究栖盐田菌属各菌株及不同环境来源的葡萄牙栖盐田菌代谢潜力的差异。菌株LLJ914基因组大小为4781556 bp,GC含量为64.0%,共编码4229个蛋白,69个tRNA,12个rRNA。通过构建系统发育树,并进行平均核苷酸和平均氨基酸一致性分析,发现该菌株与马齿苋(Halimione portulacoides)内共生的葡萄牙栖盐田菌CR50^(T)亲缘关系最近。通过功能基因注释分析,发现葡萄牙栖盐田菌具有抵抗各种重金属的相关基因和利用甲基膦酸产生甲烷的phn基因簇;相比于植物内共生菌CR50^(T),菌株LLJ914基因组中包含更多与氨基酸和碳水化合物的运输代谢、能量生产和转换以及转录相关的功能基因。此外,菌株LLJ914基因组中还包含特有的与重金属抵抗、免疫防御及有氧呼吸相关的基因,这可能与其适应复杂极端的深海热液环境有关。本研究揭示了葡萄牙栖盐田菌LLJ914适应深海热液环境的遗传特征及代谢潜力,为更好地认识热液微生物的生态功能提供了参考。
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关键词
葡萄牙栖盐田菌
极端环境
热液区
冲绳海槽
全基因组测序
比较基因组分析
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职称材料
Toll样受体9(TLR9)在鱼类中的研究进展
被引量：
1
3
作者
王冠杰
胡国斌
《畜牧兽医科技信息》
2021年第2期17-18,共2页
Toll样受体(TLRs)是一类细胞外N-端具有富含亮氨酸重复(LRRs)结构域和细胞内C-端具有Toll/白介素(IL)-1受体(TIR)结构域的跨膜蛋白,是连接天然免疫和获得性免疫的桥梁。TLR9作为其中的一员,在病毒、细菌病原体免疫中发挥重要作用。本文...
Toll样受体(TLRs)是一类细胞外N-端具有富含亮氨酸重复(LRRs)结构域和细胞内C-端具有Toll/白介素(IL)-1受体(TIR)结构域的跨膜蛋白,是连接天然免疫和获得性免疫的桥梁。TLR9作为其中的一员,在病毒、细菌病原体免疫中发挥重要作用。本文从以下几个方面介绍了TLR9的研究进展来充分了解TLR9在免疫反应中的作用,以期为疫苗的开发和相关疾病的治疗提供新的角度。
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关键词
TOLL样受体9
鱼类进展
疫苗
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职称材料
题名
多物种混合转录组测序(msRNA-seq)及其在海洋生态学研究中的应用
被引量：
1
1
作者
杨官品
孙诗阳
潘克厚
郭栗
机构
中国海洋大学
海洋
生命学院
中国海洋大学
海洋生物
遗传育种教育部重点实验室
中国海洋大学进化与海洋生物多样性研究所
中国海洋大学
水产学院
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期54-63,共10页
基金
国家重点研发计划项目（2018YFD0900305
2018YFD0901506）
+1 种基金
山东省支持青岛海洋科学与技术试点国家实验室专项海洋科技资金重大科技创新工程项目（2018SDKJ0406-3）
中央高校基本科研业务费专项（201762017）资助~~
文摘
转录组测序是细胞生理学过程和机制的解析手段之一。目前,主要应用在对特定物种或细胞类型在不同生长、发育阶段(时间序列)或不同组织、器官、生长环境(空间序列)中基因转录本丰度的定量和比较上。但是,这并不适用于多物种共存的自然生态系统和多细胞协同作用的生物体中。应运而生的混合多物种转录组分析技术则是可以同时针对两个或两个以上物种或细胞类型的转录组进行分析,以此来解析物种或细胞间的相互作用。其最大特点是靠后期拆分数据而不是通过前期的物理方法来拆分物种或细胞类型。目前,该技术在动物医学领域中使用较多,但在生态系统尤其是海洋生态系统的研究中应用较少。本文介绍了多物种混合转录组测序的概念、方法、研究历程和在海洋生态学研究中的应用及前景,以期为该领域研究者打开新思路,提供新方法。
关键词
互作转录组测序
混合物种转录组测序
海洋生态学
互作生理机制
合成生态学
Keywords
dual RNA-seq
mixed-species RNA-seq
marine ecology
interaction physiological mechanism
synthetic ecology
分类号
Q143 [生物学—生态学]
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职称材料
题名
葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
2
作者
李娟娟
刘子涵
王雅楠
刘莉君
张晓华
于敏
机构
中国海洋大学
海洋
生命学院
青岛
海洋
科技中心
海洋
生态与环境科学功能实验室
中国海洋大学进化与海洋生物多样性研究所
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2025年第1期51-65,共15页
基金
国家自然科学基金项目(42376145,41976137)资助。
文摘
栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异,探究其在极端海洋生境下的适应机制。通过全基因组测序获得葡萄牙栖盐田菌LLJ914全基因组序列,选取同属其他菌株的基因组进行比较基因组学分析,探究栖盐田菌属各菌株及不同环境来源的葡萄牙栖盐田菌代谢潜力的差异。菌株LLJ914基因组大小为4781556 bp,GC含量为64.0%,共编码4229个蛋白,69个tRNA,12个rRNA。通过构建系统发育树,并进行平均核苷酸和平均氨基酸一致性分析,发现该菌株与马齿苋(Halimione portulacoides)内共生的葡萄牙栖盐田菌CR50^(T)亲缘关系最近。通过功能基因注释分析,发现葡萄牙栖盐田菌具有抵抗各种重金属的相关基因和利用甲基膦酸产生甲烷的phn基因簇;相比于植物内共生菌CR50^(T),菌株LLJ914基因组中包含更多与氨基酸和碳水化合物的运输代谢、能量生产和转换以及转录相关的功能基因。此外,菌株LLJ914基因组中还包含特有的与重金属抵抗、免疫防御及有氧呼吸相关的基因,这可能与其适应复杂极端的深海热液环境有关。本研究揭示了葡萄牙栖盐田菌LLJ914适应深海热液环境的遗传特征及代谢潜力,为更好地认识热液微生物的生态功能提供了参考。
关键词
葡萄牙栖盐田菌
极端环境
热液区
冲绳海槽
全基因组测序
比较基因组分析
Keywords
Salinicola lusitanus
extreme environments
hydrothermal vent
Okinawa Trough
whole genome sequencing
comparative genomic analysis
分类号
Q938.2 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
Toll样受体9(TLR9)在鱼类中的研究进展
被引量：
1
3
作者
王冠杰
胡国斌
机构
中国海洋大学
海洋生物
科学学院
中国海洋大学进化与海洋生物多样性研究所
出处
《畜牧兽医科技信息》
2021年第2期17-18,共2页
文摘
Toll样受体(TLRs)是一类细胞外N-端具有富含亮氨酸重复(LRRs)结构域和细胞内C-端具有Toll/白介素(IL)-1受体(TIR)结构域的跨膜蛋白,是连接天然免疫和获得性免疫的桥梁。TLR9作为其中的一员,在病毒、细菌病原体免疫中发挥重要作用。本文从以下几个方面介绍了TLR9的研究进展来充分了解TLR9在免疫反应中的作用,以期为疫苗的开发和相关疾病的治疗提供新的角度。
关键词
TOLL样受体9
鱼类进展
疫苗
分类号
S941 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
多物种混合转录组测序(msRNA-seq)及其在海洋生态学研究中的应用
杨官品
孙诗阳
潘克厚
郭栗
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
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职称材料
2
葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
李娟娟
刘子涵
王雅楠
刘莉君
张晓华
于敏
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2025
0
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职称材料
3
Toll样受体9(TLR9)在鱼类中的研究进展
王冠杰
胡国斌
《畜牧兽医科技信息》
2021
1
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职称材料
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