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栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
被引量：
10
1
作者
程洁
张玲玲
+4 位作者
黄晓婷
张灿
王师
胡景杰
包振民
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期78-88,共11页
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池...
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E<e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。
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关键词
栉孔扇贝
CHLAMYS
FARRERI
fosmid文库构建
序列分析
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职称材料
题名
栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
被引量：
10
1
作者
程洁
张玲玲
黄晓婷
张灿
王师
胡景杰
包振民
机构
中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与种质工程实验室。山东青岛
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期78-88,共11页
基金
国家高技术研究发展规划项目(2006AA10A408,20060110A4013)
高等学校博士学科点专项科研基金(20060423015)
教育部留学回国人员科学启动基金资助
文摘
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E<e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。
关键词
栉孔扇贝
CHLAMYS
FARRERI
fosmid文库构建
序列分析
Keywords
Zhikong scallop
Chlamys farreri
fosmid library contruction
sequence analysis
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
程洁
张玲玲
黄晓婷
张灿
王师
胡景杰
包振民
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008
10
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