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栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
被引量：
10
1
作者
程洁
张玲玲
+4 位作者
黄晓婷
张灿
王师
胡景杰
包振民
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期78-88,共11页
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池...
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E<e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。
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关键词
栉孔扇贝
CHLAMYS
FARRERI
fosmid文库构建
序列分析
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职称材料
大泷六线鱼脾脏细胞体外培养的研究
被引量：
4
2
作者
王文君
张志峰
+2 位作者
汪岷
邵明瑜
王华
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第8期93-97,共5页
应用植块法,比较大泷六线鱼（Hexagrammos otakii）脾脏细胞在2种基础培养基和3个胎牛血清浓度下的体外培养效果。根据细胞的迁出、贴壁、细胞种类以及生长状况,得出大泷六线鱼脾脏细胞适宜的体外培养体系为：MEM＋15%胎牛血清、pH7.2-...
应用植块法,比较大泷六线鱼（Hexagrammos otakii）脾脏细胞在2种基础培养基和3个胎牛血清浓度下的体外培养效果。根据细胞的迁出、贴壁、细胞种类以及生长状况,得出大泷六线鱼脾脏细胞适宜的体外培养体系为：MEM＋15%胎牛血清、pH7.2-7.4、20℃;培养产物由6种细胞组成,其中C型细胞培养120 d以上依然状态良好,并进行了传代培养。培养启动12 d后,C型细胞层上出现造血灶,造血灶细胞最长可以维持50 d以上。本研究为大泷六线鱼脾脏细胞系的构建和脾脏功能的研究奠定了基础。
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关键词
大泷六线鱼
脾脏
细胞培养
造血灶
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职称材料
题名
栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
被引量：
10
1
作者
程洁
张玲玲
黄晓婷
张灿
王师
胡景杰
包振民
机构
中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与种质工程实验室
。山东青岛
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期78-88,共11页
基金
国家高技术研究发展规划项目(2006AA10A408,20060110A4013)
高等学校博士学科点专项科研基金(20060423015)
教育部留学回国人员科学启动基金资助
文摘
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E<e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。
关键词
栉孔扇贝
CHLAMYS
FARRERI
fosmid文库构建
序列分析
Keywords
Zhikong scallop
Chlamys farreri
fosmid library contruction
sequence analysis
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
大泷六线鱼脾脏细胞体外培养的研究
被引量：
4
2
作者
王文君
张志峰
汪岷
邵明瑜
王华
机构
中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与种质工程实验室
烟台市
海洋
环境监测预报中心
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第8期93-97,共5页
基金
国家高技术研究发展规划项目(2006AA1OA401)资助
文摘
应用植块法,比较大泷六线鱼（Hexagrammos otakii）脾脏细胞在2种基础培养基和3个胎牛血清浓度下的体外培养效果。根据细胞的迁出、贴壁、细胞种类以及生长状况,得出大泷六线鱼脾脏细胞适宜的体外培养体系为：MEM＋15%胎牛血清、pH7.2-7.4、20℃;培养产物由6种细胞组成,其中C型细胞培养120 d以上依然状态良好,并进行了传代培养。培养启动12 d后,C型细胞层上出现造血灶,造血灶细胞最长可以维持50 d以上。本研究为大泷六线鱼脾脏细胞系的构建和脾脏功能的研究奠定了基础。
关键词
大泷六线鱼
脾脏
细胞培养
造血灶
Keywords
Hexagrammos otakii
spleen
cell culture
hematopoietic foci
分类号
Q813.11 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
程洁
张玲玲
黄晓婷
张灿
王师
胡景杰
包振民
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008
10
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
大泷六线鱼脾脏细胞体外培养的研究
王文君
张志峰
汪岷
邵明瑜
王华
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010
4
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职称材料
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