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坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性 被引量：5
1
作者 杨惠 茅云翔 +2 位作者 孔凡娜 王莉 严兴洪 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期265-270,共6页
微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用。EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一,本研究对坛紫菜EST数据库中6035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数... 微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用。EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一,本研究对坛紫菜EST数据库中6035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%。在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大。进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异。根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析。 展开更多
关键词 坛紫菜 微卫星序列 EST-SSR 多样性分析
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栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析 被引量：10
2
作者 程洁 张玲玲 +4 位作者 黄晓婷 张灿 王师 胡景杰 包振民 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期78-88,共11页
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池... 研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E<e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 CHLAMYS FARRERI fosmid文库构建 序列分析
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大泷六线鱼脾脏细胞体外培养的研究 被引量：4
3
作者 王文君 张志峰 +2 位作者 汪岷 邵明瑜 王华 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期93-97,共5页
应用植块法,比较大泷六线鱼（Hexagrammos otakii）脾脏细胞在2种基础培养基和3个胎牛血清浓度下的体外培养效果。根据细胞的迁出、贴壁、细胞种类以及生长状况,得出大泷六线鱼脾脏细胞适宜的体外培养体系为：MEM＋15%胎牛血清、pH7.2-... 应用植块法,比较大泷六线鱼（Hexagrammos otakii）脾脏细胞在2种基础培养基和3个胎牛血清浓度下的体外培养效果。根据细胞的迁出、贴壁、细胞种类以及生长状况,得出大泷六线鱼脾脏细胞适宜的体外培养体系为：MEM＋15%胎牛血清、pH7.2-7.4、20℃;培养产物由6种细胞组成,其中C型细胞培养120 d以上依然状态良好,并进行了传代培养。培养启动12 d后,C型细胞层上出现造血灶,造血灶细胞最长可以维持50 d以上。本研究为大泷六线鱼脾脏细胞系的构建和脾脏功能的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 大泷六线鱼 脾脏 细胞培养 造血灶
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