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水稻协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析
被引量：
2
1
作者
赵海涵
练旺民
+6 位作者
占小登
徐海明
张迎信
程式华
楼向阳
曹立勇
洪永波
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期121-137,共17页
白叶枯病是水稻生产最严重的细菌性病害,挖掘新的白叶枯病抗性基因资源并培育抗病品种是控制该病害的重要方法。本研究利用父母本抗性差异较大的协优9308衍生的139个重组自交系群体作为遗传材料,人工接种不同白叶枯菌后的病斑长度作为...
白叶枯病是水稻生产最严重的细菌性病害,挖掘新的白叶枯病抗性基因资源并培育抗病品种是控制该病害的重要方法。本研究利用父母本抗性差异较大的协优9308衍生的139个重组自交系群体作为遗传材料,人工接种不同白叶枯菌后的病斑长度作为连续型表型,结合经DNA深度测序获得的476,505个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)标记进行全基因组关联分析(genome-wide associated study,GWAS)。结果表明在P<1×10^(-4)下,4个菌株处理后共鉴定到109个与白叶枯抗性显著关联的SNPs位点,解释表型变异率59.78%~63.29%。其中CR4接种发现了25个SNP位点其贡献率为61.00%,在这些SNP位点附近共筛选到19个基因,其中有2个为NBS-LRR抗病相关基因(LOC_Os11g43420和LOC_Os11g45930)。表达分析验证发现该2个基因在抗性亲本中恢9308的表达量分别为感病母本协青早B的4.42倍和8.86倍,表明其可能在正调控白叶枯病抗性机制中发挥重要作用。进化树分析发现这2个候选基因与已克隆的抗性基因属于不同的亚组,表明可能是新基因。本研究为进一步挖掘白叶枯抗性基因和培育抗病品种提供了理论基础和基因资源。
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关键词
水稻白叶枯病
全基因组关联分析
NBS-LRR
抗病育种
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职称材料
长粒优质香稻玉针香的基因型分析
被引量：
1
2
作者
龚柯
孙廉平
+5 位作者
张迎信
曹正男
赵振东
周政
赵正洪
占小登
《湖南农业科学》
2020年第12期1-4,13,共5页
玉针香是一个具有细长粒形、优良稻米品质及独特香味的优质水稻品种,在水稻育种工作中极具利用价值。为解析其遗传背景,研究以日本晴、9311、华占、中恢8015和中恢9308为对照,通过12个特异性功能基因标记对与粒形、稻米品质和香味相关...
玉针香是一个具有细长粒形、优良稻米品质及独特香味的优质水稻品种,在水稻育种工作中极具利用价值。为解析其遗传背景,研究以日本晴、9311、华占、中恢8015和中恢9308为对照,通过12个特异性功能基因标记对与粒形、稻米品质和香味相关的10个基因(GS3、GW5、GS6、GW6a、GL7/GW7、GLW7、GW8、GS9、Wx、BADH2)进行检测,结果表明:玉针香的细长粒型可能主要受GS3、GL7/GW7影响,同时兼具多个粒形基因的正向调控共同促成;其优良稻米品质可能是受GLW7、GW8和Wx基因型的共同作用所致;其独特香味可能主要受BADH2第7个外显子缺失的影响。
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关键词
水稻
功能标记
玉针香
粒形
稻米品质
香味
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职称材料
题名
水稻协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析
被引量：
2
1
作者
赵海涵
练旺民
占小登
徐海明
张迎信
程式华
楼向阳
曹立勇
洪永波
机构
中国水稻研究所
水稻
生物学国家重点实验室/浙江省超级稻重点实验室/国家
水稻
改良
中心
中国水稻研究所北方水稻研究中心
浙江大学农业与生物技术学院作物科学
研究所
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期121-137,共17页
基金
国家自然科学基金项目(31961143016,31701338)
国家重点研发计划项目(2018YFD0100806)
农业农村部战略性科技创新合作项目(2020FYE0202300)资助。
文摘
白叶枯病是水稻生产最严重的细菌性病害,挖掘新的白叶枯病抗性基因资源并培育抗病品种是控制该病害的重要方法。本研究利用父母本抗性差异较大的协优9308衍生的139个重组自交系群体作为遗传材料,人工接种不同白叶枯菌后的病斑长度作为连续型表型,结合经DNA深度测序获得的476,505个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)标记进行全基因组关联分析(genome-wide associated study,GWAS)。结果表明在P<1×10^(-4)下,4个菌株处理后共鉴定到109个与白叶枯抗性显著关联的SNPs位点,解释表型变异率59.78%~63.29%。其中CR4接种发现了25个SNP位点其贡献率为61.00%,在这些SNP位点附近共筛选到19个基因,其中有2个为NBS-LRR抗病相关基因(LOC_Os11g43420和LOC_Os11g45930)。表达分析验证发现该2个基因在抗性亲本中恢9308的表达量分别为感病母本协青早B的4.42倍和8.86倍,表明其可能在正调控白叶枯病抗性机制中发挥重要作用。进化树分析发现这2个候选基因与已克隆的抗性基因属于不同的亚组,表明可能是新基因。本研究为进一步挖掘白叶枯抗性基因和培育抗病品种提供了理论基础和基因资源。
关键词
水稻白叶枯病
全基因组关联分析
NBS-LRR
抗病育种
Keywords
rice bacterial blight
GWAS
NBS-LRR
resistant breeding
分类号
S435.111.47 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
长粒优质香稻玉针香的基因型分析
被引量：
1
2
作者
龚柯
孙廉平
张迎信
曹正男
赵振东
周政
赵正洪
占小登
机构
中国水稻研究所
中国水稻研究所北方水稻研究中心
湖南省
水稻研究所
湖南杂交
水稻
研究
中心
出处
《湖南农业科学》
2020年第12期1-4,13,共5页
基金
国家自然科学基金(31961143016、31801440)
中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP-2013-CNRRI)
湖南省重点研发计划(2016NK2189)。
文摘
玉针香是一个具有细长粒形、优良稻米品质及独特香味的优质水稻品种,在水稻育种工作中极具利用价值。为解析其遗传背景,研究以日本晴、9311、华占、中恢8015和中恢9308为对照,通过12个特异性功能基因标记对与粒形、稻米品质和香味相关的10个基因(GS3、GW5、GS6、GW6a、GL7/GW7、GLW7、GW8、GS9、Wx、BADH2)进行检测,结果表明:玉针香的细长粒型可能主要受GS3、GL7/GW7影响,同时兼具多个粒形基因的正向调控共同促成;其优良稻米品质可能是受GLW7、GW8和Wx基因型的共同作用所致;其独特香味可能主要受BADH2第7个外显子缺失的影响。
关键词
水稻
功能标记
玉针香
粒形
稻米品质
香味
Keywords
rice
functional marker
Yuzhenxiang
grain shape
rice quality
aroma
分类号
S511 [农业科学—作物学]
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
水稻协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析
赵海涵
练旺民
占小登
徐海明
张迎信
程式华
楼向阳
曹立勇
洪永波
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
长粒优质香稻玉针香的基因型分析
龚柯
孙廉平
张迎信
曹正男
赵振东
周政
赵正洪
占小登
《湖南农业科学》
2020
1
在线阅读
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职称材料
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