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富集优势基因型的后备亲本筛选以及相关分子标记的遗传效应分析被引量：6: 1; 作者张成锋苏胜彦 +1 位作者朱健石连玉《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期79-85,共7页; 选取黄河鲤新品系亲本和子代共450尾,5对微卫星引物和4个基因区段扩增引物开展基因型检测,并检测它们与体重的关联性以及分析相应的遗传效应。结果显示:Koi42和4个SNPs位点对体重有显著的影响,获得具有超过富集2个优势基因型的候选亲本... 展开更多; 关键词黄河鲤新品系基因型体重关联分析上位效应; 在线阅读下载PDF 职称材料

鲤鱼Ectodysplasin-A(Eda)基因生物信息学及功能分析被引量：1: 2; 作者王阳阳蒋丽 +4 位作者程安达张保勇马龙李恒德孙效文《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期98-104,共7页; Ectodysplasin-A(Eda)基因在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Eda基因的部分片段。然后利用实验室的鲤鱼EST数据库设计包含CDS全长的特异引物... 展开更多; 关键词 Eda基因鳞被原位杂交; 在线阅读下载PDF 职称材料

建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定被引量：18: 3; 作者顾颖李超 +3 位作者鲁翠云郑先虎俞菊华孙效文《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1447-1455,共9页; 利用16个微卫星座位对建鲤10个全同胞家系647个子代进行亲权鉴定。Cervus3.0分析表明,16个微卫星位点的平均多态信息含量为0.7025,平均等位基因数为6.63,期望杂合度平均为0.7405。当双亲未知时,累积排除概率为0.999225,已知单亲时的累... 展开更多; 关键词建鲤亲权鉴定微卫星; 在线阅读下载PDF 职称材料

鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析被引量：7: 4; 作者周丹薛仁余 +4 位作者张晓峰杜科马吉敏顾颖孙效文《水产学杂志》 CAS 2013年第2期19-25,共7页; 运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适... 展开更多; 关键词鲤鱼斑马鱼 HOX基因家族同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; 在线阅读下载PDF 职称材料

鲤鱼(Cyprinuscarpio)外异蛋白A受体Edar基因的克隆及表达定位被引量：2: 5; 作者蒋丽王阳阳 +5 位作者程安达张保勇马龙王书刘永新孙效文《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期99-107,共9页; 外异蛋白A受体(Ectodysplasin-A receptor,Edar)基因最早是在哺乳动物中发现的,其在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对建鲤和镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Edar基因的部分片段。通过克隆镜... 展开更多; 关键词外异蛋白A受体 RACE 整体原位杂交; 在线阅读下载PDF 职称材料

鲤鱼(Cyprinuscarpio,Cyprinidae)ants基因及其对鳞片发育的影响被引量：1: 6; 作者程安达蒋丽 +6 位作者张保勇王书张研刘永新方平李恒德孙效文《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期120-128,共9页; ants(adenine nucleotide translocators),又称为ATP/ADP载体,利用Genefishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录产物进行筛选,得到了其中一个ant基因的部分片段,利用RT-PCR技术对皮肤中的ants基因进行钓取,得到6种不同的CDS... 展开更多; 关键词 ants 鳞被 ISOFORMS Genefishing 原位杂交; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名富集优势基因型的后备亲本筛选以及相关分子标记的遗传效应分析被引量：6: 1; 作者张成锋苏胜彦朱健石连玉; 机构中国水产科学研究院淡水渔业研究中心中国水产科学研究院黑龙江水产研究所; 出处《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期79-85,共7页; 基金农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室开放课题(FBB201401) “十二五”科技支撑计划“大宗淡水主养鱼类新品种选育”(2012BAD26B02) 中国水产科学研究院基本科研业务费(2016RC-LX03)资助~~; 文摘选取黄河鲤新品系亲本和子代共450尾,5对微卫星引物和4个基因区段扩增引物开展基因型检测,并检测它们与体重的关联性以及分析相应的遗传效应。结果显示:Koi42和4个SNPs位点对体重有显著的影响,获得具有超过富集2个优势基因型的候选亲本共13尾,富集优势分子标记基因型的候选亲本生长性能优势明显。通过多元逐步回归分析,利用AIC最佳模型筛选到COⅠ626、D-Loop253和Koi42共3个位点,发现Koi42贡献率较大,经Fisher精确性检验,发现其与性别存在关联,其加性效应接近显著水平(P<0.05)。检测的多个上位效应组分中,仅有D-Loop253和Koi42的加性效应间的互作达到显著水平。对遗传方差组分进行剖分发现,加性方差占11.4%,两个位点的加性效应构成的上位效应占到77.5%,因此这3个分子标记对体重的影响主要以上位效应为主,而且是两两加性效应的占比较大,可以推断出D-Loop 253和Koi42两个分子标记的上位效应起主要作用。综上所述结果提示Koi42及与其有互作的D-Loop253可用于黄河鲤新品系的标记辅助选择,可以开展多个分子标记的富集选择。; 关键词黄河鲤新品系基因型体重关联分析上位效应; Keywords Huanghe carp new strain Genotype Body weight Correlation analysis Epitasis; 分类号 Q347 [生物学—遗传学] S962.1 [农业科学—水产养殖]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名鲤鱼Ectodysplasin-A(Eda)基因生物信息学及功能分析被引量：1: 2; 作者王阳阳蒋丽程安达张保勇马龙李恒德孙效文; 机构大连海洋大学生命科学与技术学院中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心上海海洋大学水产与生命学院河南师范大学水产学院中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期98-104,共7页; 基金中央公益级基本科研业务费项目(2011C015 2013A0401); 文摘 Ectodysplasin-A(Eda)基因在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Eda基因的部分片段。然后利用实验室的鲤鱼EST数据库设计包含CDS全长的特异引物。克隆测序后发现,镜鲤Eda基因全长CDS包含1 062个碱基,编码一个含有354个氨基酸的蛋白质,包含一个受体结合位点序列。序列比对结果表明,鲤鱼Eda蛋白与斑马鱼相似度最高,达92.76%,而与其亲缘关系较远的鸡、人类、老鼠相似度较低,分别是46.61%、50.51%、50.76%。同时对RACE得到的5'-UTR区进行分析表明,该调控区与斑马鱼相比变异不大(相似度92.98%),但是与其亲缘关系较远的物种变异较大(与人类的相似度为23.36%,与老鼠的相似度为31.07%)。原位杂交结果表明,该基因在鲤鱼鳞片发生时在鳞片着生的皮肤基质中特异表达,而在非鳞片发生区域表达较弱或者不表达,而在全部鳞片发育形成后,该基因的表达消失,表明该基因可能参与鲤鱼鳞片的起始发育而不是后期的鳞片模式维持过程。; 关键词 Eda基因鳞被原位杂交; Keywords Eda gene Scale In situ hybridization; 分类号 S917.4 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定被引量：18: 3; 作者顾颖李超鲁翠云郑先虎俞菊华孙效文; 机构中国水产科学研究院黑龙江水产研究所中国水产科学研究院淡水渔业研究中心; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1447-1455,共9页; 基金公益性行业(农业)科研专项(编号:200903045) 国家重点基础研究发展计划项目(编号:2010CB126305) 农业部“引进国际先进农业科学技术”重点项目(编号:2011-G12)资助; 文摘利用16个微卫星座位对建鲤10个全同胞家系647个子代进行亲权鉴定。Cervus3.0分析表明,16个微卫星位点的平均多态信息含量为0.7025,平均等位基因数为6.63,期望杂合度平均为0.7405。当双亲未知时,累积排除概率为0.999225,已知单亲时的累积排除概率为0.999996,置信度为95%。进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求在双亲未知时通常需要8～12个微卫星位点,已知单亲时需要5～8个微卫星位点。在双亲均未知的情况下进行亲权鉴定,94.6%的后裔找到了其父母本,真实鉴定率低于模拟分析预测值,分析可能是与候选亲本间存在亲缘关系、无效等位基因的存在以及分型错误等因素有关。9个建鲤全同胞家系的鉴定,为今后的遗传图谱构建、QTL定位及分子标记辅助育种研究奠定了基础。; 关键词建鲤亲权鉴定微卫星; Keywords Jian Carp parental identification microsatellite; 分类号 S917.4 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析被引量：7: 4; 作者周丹薛仁余张晓峰杜科马吉敏顾颖孙效文; 机构大连海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室; 出处《水产学杂志》 CAS 2013年第2期19-25,共7页; 基金国家重大基础研究发展规划(973)项目(2010CB126305) 黑龙江所基本科研业务费专项(2009HSYZX-SJ-07); 文摘运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)、基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)之间呈极显著的正相关(鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=0.5946和0.7884、0.9772和0.9616、0.3356和0.5380、0.5424和0.8144),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.1241和0.3987)。实验表明:同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强。; 关键词鲤鱼斑马鱼 HOX基因家族同义密码子使用偏性最优密码子 GC含量; Keywords carp （ Cyprinus carpio ） zebrafish （Danio rerio ） HOX gene synonymous codon usage bias optimal codon GC content; 分类号 Q755 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名鲤鱼(Cyprinuscarpio)外异蛋白A受体Edar基因的克隆及表达定位被引量：2: 5; 作者蒋丽王阳阳程安达张保勇马龙王书刘永新孙效文; 机构中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心大连海洋大学生命科学与技术学院上海海洋大学水产与生命学院河南师范大学水产学院中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期99-107,共9页; 基金中央公益级基本科研业务费项目(2011C015); 文摘外异蛋白A受体(Ectodysplasin-A receptor,Edar)基因最早是在哺乳动物中发现的,其在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对建鲤和镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Edar基因的部分片段。通过克隆镜鲤mRNA全长发现,镜鲤该基因全长CDS为1 389 bp,编码一个含有462个氨基酸的蛋白质,包含一个信号肽位点、肿瘤坏死因子受体结合位点序列、跨膜区和死亡结构域。序列比对结果表明,镜鲤Edar蛋白与斑马鱼相似度最高,达88.31%,而与其亲缘关系较远的爪蟾,鸡,人类,小鼠相似度较低,分别是64.88%,63.79%,64.36%,63.50%。对5'-UTR和3'-UTR区进行分析表明,镜鲤与斑马鱼、青鳉5'-UTR的相似度只有23.78%,24.73%,而与非洲爪蟾、鸡、人和老鼠的相似度更低,仅为11.73%、18%、6.50%、10.04%;3'-UTR与青鳉的相似度为35.49%,与非洲爪蟾、人和小鼠的相似度分别为9.42%、8.05%、9.37%。整体原位杂交结果表明,该基因在建鲤和镜鲤鳞片发生时在鳞片着生的皮肤基质中特异表达,而在非鳞片发生区域表达较弱或者不表达,到所有鳞片发育形成后,该基因的表达消失,表明该基因可能参与鲤鱼鳞片的起始发育而不是后期的鳞片模式维持过程。; 关键词外异蛋白A受体 RACE 整体原位杂交; Keywords Ectodysplasin-A receptor RACE Whole mount in situ hybridization; 分类号 S917.4 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名鲤鱼(Cyprinuscarpio,Cyprinidae)ants基因及其对鳞片发育的影响被引量：1: 6; 作者程安达蒋丽张保勇王书张研刘永新方平李恒德孙效文; 机构中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心上海海洋大学水产与生命学院大连海洋大学生命科学与技术学院中国水产科学研究院学科发展处中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期120-128,共9页; 基金中央公益级基本科研业务费项目(2011C015 2010C017) +2 种基金 863计划项目(2011AA100401) "948"项目(2011-G12); 文摘 ants(adenine nucleotide translocators),又称为ATP/ADP载体,利用Genefishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录产物进行筛选,得到了其中一个ant基因的部分片段,利用RT-PCR技术对皮肤中的ants基因进行钓取,得到6种不同的CDS序列。利用CLUSTALW对这6条翻译后的序列进行比对,发现这6条序列编码4种不同的氨基酸序列,表明ants基因至少有6种不同的转录产物(isoforms),但是在蛋白质水平上可能存在4种不同的翻译产物。利用NCBI上的blast对氨基酸序列进行同源性检索发现这4个蛋白产物与斑马鱼ant2最为相似,其相似度分别达到97%,97%,96%,98%。对处于不同分类地位的物种的ants基因与鲤鱼的4个ants表达产物进行进化树分析发现,这4个蛋白产物在93/100再现性水平上明显聚类为ant2,说明皮肤中表达的这些ants基因很可能是ant2。原位杂交结果显示,ant2在受精后4.5 h和6 h不表达,从受精后10 h开始在外包处强烈特异表达,在受精后12 h的胚胎中很弱表达,在受精后24 h的体节中特异强烈表达,在受精后48 h胚胎无表达,但是在着生鳞片的部位特异强烈表达,而在皮肤的其他部位则表达较弱或者不表达。以上的结果表明,ant2基因可能是通过不同的转录产物在精细调控鳞片的发育。; 关键词 ants 鳞被 ISOFORMS Genefishing 原位杂交; Keywords ant Scale Isoforms Genefishing in situ hybridization; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	富集优势基因型的后备亲本筛选以及相关分子标记的遗传效应分析	张成锋苏胜彦朱健石连玉	《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2017	6	在线阅读下载PDF 职称材料
2	鲤鱼Ectodysplasin-A(Eda)基因生物信息学及功能分析	王阳阳蒋丽程安达张保勇马龙李恒德孙效文	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2013	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定	顾颖李超鲁翠云郑先虎俞菊华孙效文	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2012	18	在线阅读下载PDF 职称材料
4	鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析	周丹薛仁余张晓峰杜科马吉敏顾颖孙效文	《水产学杂志》 CAS	2013	7	在线阅读下载PDF 职称材料
5	鲤鱼(Cyprinuscarpio)外异蛋白A受体Edar基因的克隆及表达定位	蒋丽王阳阳程安达张保勇马龙王书刘永新孙效文	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2013	2	在线阅读下载PDF 职称材料
6	鲤鱼(Cyprinuscarpio,Cyprinidae)ants基因及其对鳞片发育的影响	程安达蒋丽张保勇王书张研刘永新方平李恒德孙效文	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2013	1	在线阅读下载PDF 职称材料