水产生物技术发展战略研究 被引量：8

1

作者 陈松林 邵长伟 徐鹏 《中国工程科学》 北大核心 2016年第3期49-56,共8页

本文从水产养殖生物基因组测序、遗传连锁图谱绘制、重要经济性状相关分子标记/基因筛选、基因组编辑、基因组选择以及细胞培养与种质冷冻保存等方面综合介绍了水产生物技术的发展现状,并深入分析了水产生物技术研究中存在的主要问题,... 本文从水产养殖生物基因组测序、遗传连锁图谱绘制、重要经济性状相关分子标记/基因筛选、基因组编辑、基因组选择以及细胞培养与种质冷冻保存等方面综合介绍了水产生物技术的发展现状,并深入分析了水产生物技术研究中存在的主要问题,诸如基因功能分析平台不完善,抗病与性控育种技术研究滞后,基因组编辑与全基因组选择技术刚刚起步等。同时,围绕上述主要问题,提出了水产生物技术亟待突破的关键技术,并建议"十三五"期间设立重点研究计划专项,深入开展水产动物基因组资源开发与利用、重要经济性状遗传解析以及水产生物信息大数据平台构建等。 展开更多

关键词 水产 生物技术 基因

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CRISPR/Cas系统介导的水产生物基因组编辑研究探索

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作者 柳项 李尚琪 徐鹏 《水产学杂志》 CAS 2015年第6期38-43,共6页

基因组编辑技术是研究基因功能的重要方法,特异性人工酶ZFN(Zinc-finger nucleases)、TALEN(Transcription activator like effector nucleases)和CRISPR/Cas系统则使基因编辑变得更容易。本文通过介绍CRISPR/Cas(clustered regularly i... 基因组编辑技术是研究基因功能的重要方法,特异性人工酶ZFN(Zinc-finger nucleases)、TALEN(Transcription activator like effector nucleases)和CRISPR/Cas系统则使基因编辑变得更容易。本文通过介绍CRISPR/Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated system)系统的基本结构及作用原理,剖析潜在的问题,综述其在水产生物基因组编辑中的应用研究进展,以期为这一领域的研究提供参考。 展开更多

关键词 CRISPR/Cas系统 基因组编辑 水产生物

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半滑舌鳎伪雄鱼性腺发育的组织学研究

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作者 蒋丽 李爽 +2 位作者 崔瑜 王伟峰 李恒德 《安徽农业科学》 CAS 2016年第30期123-126,共4页

[目的]了解半滑舌鳎性逆转的生理发育过程。[方法]对5个家系的半滑舌鳎进行性腺发育的组织学观察、遗传性别鉴定和生理性别分析。[结果]半滑舌鳎性逆转有着明显的群体性,性逆转只发生在特定群体中,有些群体完全不逆转;半滑舌鳎发生逆转... [目的]了解半滑舌鳎性逆转的生理发育过程。[方法]对5个家系的半滑舌鳎进行性腺发育的组织学观察、遗传性别鉴定和生理性别分析。[结果]半滑舌鳎性逆转有着明显的群体性,性逆转只发生在特定群体中,有些群体完全不逆转;半滑舌鳎发生逆转的遗传雌鱼在性腺发育过程中,会出现明显的兼性阶段,即雌雄兼有的特有过程。[结论]该研究结果可为剖析半滑舌鳎性逆转的分子、生理机理以及性逆转遗传因子的作用机理提供研究方向和研究线索。 展开更多

关键词 半滑舌鳎 性别逆转 间性性腺 伪雄鱼

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基于RNA-Seq技术的鲮转录组分析 被引量：4

4

作者 许建 赵建 +4 位作者 徐礼鸣 崔军 李强 朱新平 徐鹏 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期556-560,共5页

为满足标记辅助育种的要求,通过454测序平台首次开展了鲮Cirrhina molitorella全鱼转录组深度测序,并用Newbler等软件进行数据精细分析。结果表明:共获得了1 297 479条reads,总碱基数为486 586 191 bp,组装后得到19 962条contigs,平均... 为满足标记辅助育种的要求,通过454测序平台首次开展了鲮Cirrhina molitorella全鱼转录组深度测序,并用Newbler等软件进行数据精细分析。结果表明:共获得了1 297 479条reads,总碱基数为486 586 191 bp,组装后得到19 962条contigs,平均长度为1269 bp,N50为1509 bp。基因功能注释研究共获取了10 577个特异蛋白,根据特异蛋白注释结果进行GO分析,有7314条contigs有GO注释,包含5381个特异蛋白;采用GO功能分类工具可将已注释转录物序列划分为分子功能、生物途径和细胞成分3类,为下一步开展生长等性状相关基因功能验证研究提供丰富的序列资源;共鉴定出5931个具有完整的ORF的全长c DNA序列,并且鉴定出2438个微卫星和5014个SNP位点。本研究中,还建立了鲮转录组数据库和网站,方便同行随时调取数据,这为深入开展鲮分子标记辅助的遗传育种、种群遗传学和资源评估等研究提供了丰富的标记资源。 展开更多

关键词 鲮 转录组 高通量RNA测序 从头组装

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白斑狗鱼zpax4基因表达分析及其敲除模型的建立

5

作者 刘璎慧 蒋丽 +6 位作者 雷静 刘祎 王顺哲 杨倩 孙浩然 范静 张俊杰 《南方农业学报》 北大核心 2025年第6期1715-1728,共14页

【目的】探究ZP基因家族中zpax4基因在白斑狗鱼性腺生长发育中的表达情况,利用CRISPR/Cas9技术建立白斑狗鱼zpax4基因敲除模型,为后续探究其生物学功能提供参考依据。【方法】利用RACE克隆白斑狗鱼zpax4基因的全长cDNA序列,利用生物信... 【目的】探究ZP基因家族中zpax4基因在白斑狗鱼性腺生长发育中的表达情况,利用CRISPR/Cas9技术建立白斑狗鱼zpax4基因敲除模型,为后续探究其生物学功能提供参考依据。【方法】利用RACE克隆白斑狗鱼zpax4基因的全长cDNA序列,利用生物信息学软件进行zpax4蛋白理化性质、结构特点和系统进化分析;应用实时荧光定量PCR分析zpax4基因在白斑狗鱼126、180和320 d 3个时期8个组织中的相对表达量;设计并筛选合适的sgRNA,通过对受精卵的显微注射,建立白斑狗鱼zpax4基因的CRISPR/Cas9敲除模型,并对获得的F_0代敲除嵌合体进行组织切片观察。【结果】白斑狗鱼zpax4基因c DNA全长2771 bp,其中,5'非编码区(5'-UTR)为162 bp,3'非编码区(3'-UTR)为150 bp。zpax4基因编码811个氨基酸残基,蛋白分子式C_(4117)H_(6364)N_(1092)O_(1209)S_(39),理论分子量为91.752 kD,理论等电点(pI)为5.43,且编码蛋白N端有信号肽序列,靠近C端有ZP结构域,无跨膜结构域,其二级结构由α-螺旋(14.3%)、无规则卷曲(54.5%)和延伸链(31.2%)构成。多序列比对和系统发育树分析显示,白斑狗鱼zpax4蛋白与其他几种鱼类的zpax4蛋白氨基酸序列相似性为54.85%,功能结构域位置相对保守。实时荧光定量PCR检测结果显示,白斑狗鱼zpax4基因在肠道、肌肉、鳃、头肾、肾脏、肝脏和精巢中基本无表达,而在3个时期的卵巢中均呈极显著表达(P<0.01),且卵巢中相对表达量在126、180和320 d 3个时期呈先增后减的变化趋势,180 d相对表达量最高;此外,在320 d雄鱼的脑组织中也有一定量的表达。利用CRISPR/Cas9技术筛选得到合适的sgRNA,并成功建立白斑狗鱼zpax4基因敲除模型,得到多种突变类型个体,缺失碱基数分别为1、4、7和8,均不为3的倍数。对F_0代嵌合体鱼苗进行整鱼切片分析,并未发现明显的性腺及其他部位的表型异常。【结论】利用CRISPR/Cas9技术对白斑狗鱼zpax4基因进行敲除,成功构建了敲除模型,获得白斑狗鱼zpax4基因敲除嵌合体,并筛选出更优的sgRNA靶点序列。zpax4基因可能在白斑狗鱼卵巢发育的前中期发挥重要作用。 展开更多

关键词 白斑狗鱼 zpax4基因 表达特征 基因敲除 CRISPR/Cas9

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半滑舌鳎性逆转的遗传特性研究 被引量：4

6

作者 宋超 蒋丽 +6 位作者 王景伟 李晓芳 李耕 张晓慧 王书 刘哲 李恒德 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期207-212,共6页

半滑舌鳎雌雄个体生长差异悬殊,由于性逆转而造成的其群体中雌性比例过低大大制约了养殖效率。性逆转是鱼类及两栖类生物性别决定事件中有趣的生物学问题,其发生的遗传机制鲜有研究。在该研究中,分别利用雄鱼和伪雄鱼组建10个半同胞家系... 半滑舌鳎雌雄个体生长差异悬殊,由于性逆转而造成的其群体中雌性比例过低大大制约了养殖效率。性逆转是鱼类及两栖类生物性别决定事件中有趣的生物学问题,其发生的遗传机制鲜有研究。在该研究中,分别利用雄鱼和伪雄鱼组建10个半同胞家系,对这10个半同胞家系中的子代雌雄比进行研究,结果发现,2个伪雄鱼的家系,其后代个体中遗传雌性鱼全部逆转为生理雄鱼;在另外8个雄鱼家系中其性逆转比呈连续分布,表现为典型的数量性状特征;半滑舌鳎性逆转的遗传力较低,仅为0.058。以上结果表明,伪雄鱼作为父本的遗传可能为完全的父本效应遗传,性逆转由于其较低的遗传力不适合于做家系选育而适合于做家系内的选育或结合分子标记的遗传评估,以提高雌性比的遗传进展,半滑舌鳎逆转比的数量遗传特征说明其性别决定是多基因作用的结果。 展开更多

关键词 半滑舌鳎 性别决定 性逆转

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鱼类中鳞被发育的研究进展及展望 被引量：1

7

作者 蒋丽 张保勇 +2 位作者 李恒德 徐鹏 孙效文 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第34期21032-21033,共2页

综述了鳞被类型和研究进展,对将来了解鳞被的发生及形态建成的分子机制,同时对于理解上皮-间质细胞之间的互作具有非常重要的理论意义。

关键词 鳞被 发育 模式形成

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全基因组混合模型关联分析的极速回归扫描法研究 被引量：3

8

作者 赵敬丽 李淑玲 +1 位作者 高进 杨润清 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期58-66,共9页

在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内。引入R语言Rcpp Armadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fast Lm Pure函数)快速估计单核... 在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内。引入R语言Rcpp Armadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fast Lm Pure函数)快速估计单核苷酸多态性(SNP)效应和完整LMM最大似然值。从由GBLUP估计的性状基因组遗传力出发,逐个高通量SNP的GWMMAS约需4次全基因组回归扫描。当仅关注EMMAX法估计的大效应或高显著水准标记时,GWMMAS运行时间缩短在两次扫描之内。与采用lm函数优化剩余多基因方差比的Fa ST-LMM法相比,极速回归扫描法可成倍提高GWMMAS计算效率。计算机模拟试验证实新方法统计和计算效率,运用极速回归扫描法可高效定位与牙鲆生长性状相关基因位点。 展开更多

关键词 全基因组混合模型关联分析 极速线性模型拟合函数 微效多基因遗传力 最大似然估计 基因组回归扫描

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鲤上皮瘤细胞两种转染试剂的条件优化及应用 被引量：1

9

作者 李尚琪 徐梓明 +3 位作者 赵然 孙晓晴 张研 李炯棠 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期252-263,共12页

鲤上皮瘤细胞是常用的鱼类细胞系,广泛使用在各种病毒学和基因功能研究中。利用细胞转染技术在鲤上皮瘤细胞进行基因功能研究时,转染试剂和DNA的剂量以及取样时间没有统一的数据支持。为解决该问题,选取两种常用转染试剂Lipofectamine&#... 鲤上皮瘤细胞是常用的鱼类细胞系,广泛使用在各种病毒学和基因功能研究中。利用细胞转染技术在鲤上皮瘤细胞进行基因功能研究时,转染试剂和DNA的剂量以及取样时间没有统一的数据支持。为解决该问题,选取两种常用转染试剂Lipofectamine®2000和FuGENE®HD,分别对荧光蛋白标记的多种质粒进行多配组转染试验,多温度、多时间节点追踪记录转染效率。28℃,以35 mm培养皿铺板,16μL Lipofectamine®2000和4μg DNA在转染后48 h达到最高转染效率(5.92±0.52)%;12μL FuGENE®HD和4μg DNA在转染72 h后转染效率达到(9.81±0.33)%。为验证该条件,构建一个鲤高不饱和脂肪酸合成相关转录因子过氧化物酶体增殖物激活受体蛋白α(PPARα)的EGFP标签载体,该载体利用两种转染试剂分别获得了约4%和约8%的转染效率。以实时荧光定量PCR检测该转录因子对下游脂肪酸去饱和酶2(fads2)基因的转录调控效应,虽然两种转染试剂本身可导致下游基因的上调,但与空载质粒组相比,两种转染试剂高表达转录因子均对下游靶基因产生了转录激活效应。本试验获得了常用转染试剂Lipofectamine®2000和FuGENE®HD在鲤上皮瘤细胞细胞转染时的最适转染试剂和DNA剂量和最优取样时间,并在一转录调控实例中进行了验证,试验结果为后续充分利用鲤上皮瘤细胞进行基因功能研究提供了数据支持,有助于更好地服务于渔业种质资源育种创新。 展开更多

关键词 鲤上皮瘤细胞 细胞转染效率 高不饱和脂肪酸生物合成

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Hi-GLMM的应用对提高疾病性状基因组关联分析检测效率的影响

10

作者 徐亚楠 杨理昂 +1 位作者 杨润清 李淑玲 《东北农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期208-221,共14页

为降低计算复杂度,研究提出一种基于广义线性混合模型新型简化算法——分层广义线性混合模型(Hi-GLMM)。采用基因组最佳线性无偏预测方法(GBLUP)对正态基因组变量估计,获得基因组估计育种值(GEBVs),通过广义最小二乘方法在全基因组范围... 为降低计算复杂度,研究提出一种基于广义线性混合模型新型简化算法——分层广义线性混合模型(Hi-GLMM)。采用基因组最佳线性无偏预测方法(GBLUP)对正态基因组变量估计,获得基因组估计育种值(GEBVs),通过广义最小二乘方法在全基因组范围内逐个关联检验每个标记的加性效应。模拟与实际结果表明:Hi-GLMM可有效控制统计错误,提高二分类性状基因检测效率,并成功检测到与多种疾病显著相关的遗传位点。 展开更多

关键词 分层广义线性混合模型 基因组最佳线性无偏预测 基因组估计育种值 二分类性状

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一种保存鱼类鳍条的便捷方法 被引量：10

11

作者 李超 鲁翠云 +3 位作者 郑先虎 程磊 徐鹏 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2014年第1期22-24,共3页

鳍条是研究鱼类分子生物学常用的组织样本，长期保存的鳍条为实验提供源源不断的基因组DNA。本研究介绍一种便捷保存鱼类鳍条用于DNA提取的方法---干燥法，并说明了用此方法保存鲤（Cyprinus carpio）、施氏鲟（Acipenser schrenckii）... 鳍条是研究鱼类分子生物学常用的组织样本，长期保存的鳍条为实验提供源源不断的基因组DNA。本研究介绍一种便捷保存鱼类鳍条用于DNA提取的方法---干燥法，并说明了用此方法保存鲤（Cyprinus carpio）、施氏鲟（Acipenser schrenckii）和虹鳟（Onchorynchus mykiss）鳍条效果。采集新鲜鳍条，贴在滤纸等吸水性强的纸张上，覆盖另一张滤纸，防止受潮、霉变，自然干燥后在室温保存3个月。剪取部分鳍条样本，用常规酚、氯仿抽提法提取基因组DNA，分别用紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增方法检测基因组DNA的质量。结果显示：用干燥法保存的3种鱼类的鳍条样品，提取获得的基因组DNA的OD260/OD280值在1.82-1.89之间， OD260/OD230值在2.29-2.70之间，琼脂糖凝胶电泳条带清晰明亮，可以用于后续的分子生物学研究。本研究证实用干燥法长期保存鱼类鳍条能够获得高质量的基因组DNA，为珍贵样品的长期保存提供了一种行之有效的方法，也为远距离、大样品的采集和保存提供了便捷的选择。 展开更多

关键词 鱼类 鳍条 保存方法

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基因组选择及其应用 被引量：19

12

作者 李恒德 包振民 孙效文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1308-1316,共9页

品种选育在农业生产中占有十分重要的地位,育种值估计是品种选育的核心。随着遗传标记的发展,尤其是高通量的基因分型技术,使得从基因组水平估计育种值成为可能,即基因组选择。文章将基因组选择的方法分为两类:一是基于估计等位基因效... 品种选育在农业生产中占有十分重要的地位,育种值估计是品种选育的核心。随着遗传标记的发展,尤其是高通量的基因分型技术,使得从基因组水平估计育种值成为可能,即基因组选择。文章将基因组选择的方法分为两类:一是基于估计等位基因效应来预测基因组估计育种值(GEBV),如最小二乘法,随机回归-最佳线性无偏预测(RR-BLUP)、Bayes、主成分分析等方法;二是基于遗传关系矩阵来预测GEBV,通过采用高通量标记构建个体间的遗传关系矩阵,然后用线性混合模型来预测育种值,即GBLUP法,并以这两种分类简要介绍了基因组选择各种方法的大致原理。影响基因组选择准确性的因素主要有标记类型和密度、单倍型长度、参考群体大小和标记-数量性状基因座(QTL)连锁不平衡(LD)大小等;在基因组选择的各种方法中,一般说来Bayes方法和GBLUP方法具有较高的准确性,最小二乘法最差;GBLUP计算速度快,能够将标记和系谱结合起来,因而比其他方法更具优势。尽管基因组选择取得了很大进展,但在理论方面还面临着一些挑战,如联合育种、长期选择的遗传进展及如何解析与性状有关和无关的标记等。基因组选择在一些动植物育种上已经开始应用,在人类遗传倾向预测和进化动力学研究中也有潜在的应用前景。基因组选择在个体间亲缘关系的量化上有了突破,比传统方法更加精确,因此,基因组选择将会是动植物育种史上革命性的事件。 展开更多

关键词 基因组选择 高通量遗传标记 育种值估计

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鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位 被引量：2

13

作者 赵紫霞 邓海霞 +3 位作者 徐鹏 张研 李炯棠 孙效文 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期457-463,共7页

应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinuscarpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA... 应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinuscarpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位。结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程。 展开更多

关键词 鲤 45S RDNA 荧光原位杂交 染色体定位

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大菱鲆体重和体尺性状联合GWAS分析 被引量：5

14

作者 高进 杨润清 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第2期63-70,共8页

为了揭示大菱鲆(Scophthalmus maximus)体重和体尺性状的分子遗传机制,探寻用于改良目标性状的分子标记及候选基因,本研究以大菱鲆育种群体为研究对象,分别测量其体重、体长、体宽和尾柄宽性状的表型值,利用简化基因组测序技术(2b-RAD)... 为了揭示大菱鲆(Scophthalmus maximus)体重和体尺性状的分子遗传机制,探寻用于改良目标性状的分子标记及候选基因,本研究以大菱鲆育种群体为研究对象,分别测量其体重、体长、体宽和尾柄宽性状的表型值,利用简化基因组测序技术(2b-RAD)获得相应基因型数据,进行全基因组关联研究(Genome-wide association study, GWAS),筛选与大菱鲆体重和体尺性状显著关联的数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotides, QTNs)遗传位点。结果显示,以多性状线性混合模型(mv LMM)对体重–体长和体长–体宽–尾柄宽2个性状组合进行多性状GWAS分析,分别检测到9个和2个一因多效QTNs;以单一性状线性混合模型(LMM)对各个性状进行GWAS分析,在体重性状中检测到4个与之显著关联的QTNs,在体长和体宽性状中各检测到1个QTN,而在尾柄宽性状中则没有检测到显著的遗传位点。比较2种模型的结果,发现mvLMM相较于LMM能够检测到更多QTNs,且检测到的QTNs为更具生物学意义的一因多效QTNs。本研究首次利用mvLMM和LMM对大菱鲆体重和体尺性状进行联合GWAS分析,共筛选到17个显著的QTNs,其中,有4个QTNs被重复检测到。以这些检测到的QTNs为探针,在大菱鲆全基因组上找到了距离其最近的12个候选基因,它们可能是影响大菱鲆体重和体尺性状的重要候选标记和功能基因,本研究为大菱鲆体重和体尺性状的分子标记辅助选育提供了理论素材和参考。 展开更多

关键词 大菱鲆 体重和体尺性状 全基因组关联分析 多性状线性混合模型

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鲤KCTD15基因的克隆和表达 被引量：1

15

作者 刘伟 孙婷 +1 位作者 张研 孙效文 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期464-470,共7页

通过克隆得到鲤Cyprinus carpio含钾离子通道四聚化结构域15(KCTD15)两个基因KCTD15a和KCTD15b,其开放阅读框(Open read frame,ORF)均为774 bp,编码含257个氨基酸的多肽,编码的蛋白质相对分子量均为29 000,PI分别为7.0和6.5。经氨基酸... 通过克隆得到鲤Cyprinus carpio含钾离子通道四聚化结构域15(KCTD15)两个基因KCTD15a和KCTD15b,其开放阅读框(Open read frame,ORF)均为774 bp,编码含257个氨基酸的多肽,编码的蛋白质相对分子量均为29 000,PI分别为7.0和6.5。经氨基酸比对和进化树分析表明:鲤KCTD15基因与斑马鱼Danio rerio、人Homo sapien、食蟹猴Macaca fascicularis、牛Bos taurus、小鼠Mus musculus、家鼠Rattusnorvegicus、爪蟾Xenopus laevis等的KCTD15基因具有高度同源性,均含有一个BTB(Broad-Complex,Tramtrack and Bric a brac)模块,鱼类比哺乳动物少26个氨基酸。采用半定量RT-PCR法分析了KCTD15基因在鲤组织中的表达,结果表明:KCTD15a基因只在头肾中表达且较低,在其他组织中均不表达;KCTD15b基因在卵巢中表达最高,在鳃和皮肤中次之,在脑、肝胰脏、头肾、肠等组织中表达较低。采用实时荧光定量PCR法检测KCTD15在鲤胚胎发育时期的表达,结果表明:KCTD15a和KCTD15b基因都在受精后0 h表达量最高(P<0.05),在受精后6 h和12 h均迅速下降(P<0.05);KCTD15a基因在受精后36 h有所上升,但未达到6 h的水平,在受精后72 h及破膜后3 d、10 d时表达量逐渐降低;而KCTD15b基因在受精后36 h降至最低,在受精后72 h及破膜后3 d时逐渐升高,但幅度不大,破膜后10 d时再次下降;KCTD15b基因的表达量总体高于KCTD15a基因的表达量。 展开更多

关键词 鲤 KCTD15基因 克隆 表达

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有丝分裂雌核发育牙鲆不育的组织学观察及微卫星标记筛选

16

作者 张晓彦 侯吉伦 +5 位作者 王桂兴 姜宏波 王玉芬 孙朝徽 于清海 刘海金 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2014年第6期503-510,共8页

在有丝分裂雌核发育牙鲆（Paralichthys olivaceus）中出现数量较多的不育个体,利用组织切片观察比较不育牙鲆的组织学特点,利用分离群体分组分析法筛选不育相关的微卫星标记.结果表明：不育牙鲆的性腺指数为3.77％～4.17％,显著小于可... 在有丝分裂雌核发育牙鲆（Paralichthys olivaceus）中出现数量较多的不育个体,利用组织切片观察比较不育牙鲆的组织学特点,利用分离群体分组分析法筛选不育相关的微卫星标记.结果表明：不育牙鲆的性腺指数为3.77％～4.17％,显著小于可育牙鲆（P＜0.05）.不育牙鲆的卵巢微血管较少,卵巢膜呈现白色,卵巢较硬,没有游离卵粒;切片结果显示,其卵巢处于Ⅲ期.通过对209个微卫星标记的筛选,共找到11个在可育和不育群体间有差异的标记;利用同一家系可育和不育的个体进行验证后发现,位于15号连锁群的4个标记与牙鲆的育性紧密相关. 展开更多

关键词 牙鲆 有丝分裂雌核发育 不育 分离群体分组分析法 微卫星标记

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鲤两种孕激素受体基因克隆、表达及比较分析 被引量：2

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作者 朱锐 叶雨情 +6 位作者 王雅欣 杨晨茹 王红伟 孙晓晴 张研 李尚琪 李炯棠 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期46-53,共8页

孕激素受体(Progesterone receptor,Pgr)是介导孕激素调控鱼类性腺发育和生殖细胞成熟的受体。为研究鲤(Cyprinus carpio)2种Pgr时空表达模式和表达分化趋势,采用cDNA末端快速扩增方法克隆两种Pgr基因(Pgr1和Pgr2)。Pgr1和Pgr2的全长cDN... 孕激素受体(Progesterone receptor,Pgr)是介导孕激素调控鱼类性腺发育和生殖细胞成熟的受体。为研究鲤(Cyprinus carpio)2种Pgr时空表达模式和表达分化趋势,采用cDNA末端快速扩增方法克隆两种Pgr基因(Pgr1和Pgr2)。Pgr1和Pgr2的全长cDNA序列分别为2 713 bp和2 730 bp,均编码628个氨基酸。二者核酸和蛋白质一致性分别为91%和90%。这两个基因都含有锌指结构域和核激素受体域同源超家族两个功能域。进化分析将鲤Pgr1和鲫Pgr1聚在一起,鲤Pgr2和鲫Pgr2聚为一支;这两支再与斑马鱼Pgr汇成一支。鲤Pgr1和Pgr2的非同义替换率与同义替换率比值为0.360,表明Pgr1和Pgr2受负选择压力。实时荧光qPCR分析表明,Pgr1和Pgr2在性腺的表达显著高于其他组织,说明二者可能参与性腺发育过程。催产素诱导后,Pgr1和Pgr2在精液和卵细胞的表达量高于受精卵,表明这两种基因与鲤生殖细胞成熟相关。大多数状态下Pgr1表达量显著高于Pgr2,表明Pgr1是介导鲤性腺发育和生殖细胞成熟的主表达基因。 展开更多

关键词 孕激素受体 鲤 实时荧光定量PCR 性腺 生殖细胞

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用于目标序列染色体定位的镜鲤BAC-FISH体系构建 被引量：1

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作者 邓海霞 赵紫霞 +3 位作者 徐鹏 李艳 王书 孙效文 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期467-472,共6页

为了构建用于镜鲤(Cyprinus carpio var.specularis)特定基因组序列染色体定位的实验体系,在细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库筛选池中对已知短序列基因组片段进行PCR扩增,筛选出包含目标序列的BAC克隆,提取BA... 为了构建用于镜鲤(Cyprinus carpio var.specularis)特定基因组序列染色体定位的实验体系,在细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库筛选池中对已知短序列基因组片段进行PCR扩增,筛选出包含目标序列的BAC克隆,提取BAC质粒进行缺刻平移标记制备探针,开展荧光原位杂交(Fluorescencein situ hybridization,FISH)实验。通过对染色体片前处理、BAC质粒探针制备、C0t-1 DNA封闭基因组重复序列、预杂交、荧光染料选择、信号放大等一系列实验条件和方法的探索优化,成功实现了目标序列在镜鲤有丝分裂中期染色体上的定位。定位对象既包括在染色体上有单一位点的序列,如斑马鱼微卫星标记Z6884和Z4268,也包括在染色体上有多个位点的重复序列,如黄河鲤性别相关标记CCmf1。来自斑马鱼同一条染色体上的两个微卫星标记被分别定位于镜鲤不同染色体上,为鲤鱼染色体数目加倍的进化假设提供了一项直接实验证据,同时将现有遗传连锁图谱与染色体对应起来,可作为染色体识别和细胞遗传学图谱构建的依据。黄河鲤性别相关重复序列被定位于不少于四条染色体上,为性别决定相关基因的筛查提供了研究线索。这一BAC-FISH实验体系将成为鲤细胞遗传学图谱构建、基因组进化和比较基因组学研究中的重要研究工具。 展开更多

关键词 镜鲤 细菌人工染色体 荧光原位杂交 染色体定位

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半滑舌鳎早期不同性别的形态差异及判别分析 被引量：5

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作者 王立萍 叶展 +2 位作者 张亚群 王巧欣 李恒德 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2021年第1期42-50,共9页

为检验半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)鱼苗70日龄时不同性别间的形态差异,对采集的349尾半滑舌鳎幼苗准确鉴定性别,并测量形态性状,进行数据分布检验、方差分析、主成分分析和判别分析等。结果显示,所测各性别群组的形态指标数据均... 为检验半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)鱼苗70日龄时不同性别间的形态差异,对采集的349尾半滑舌鳎幼苗准确鉴定性别,并测量形态性状,进行数据分布检验、方差分析、主成分分析和判别分析等。结果显示,所测各性别群组的形态指标数据均符合正态分布、方差齐性(P>0.05)。对半滑舌鳎形态学性状的方差分析和主成分分析表明,雌、雄性别间差异主要集中在全长和体高等方面,且雌鱼全长、体高平均值都大于雄鱼和伪雄鱼。利用各项标准化指标进行判别分析,雌性个体判别准确率为37%,雄性个体判别准确率为85%,伪雄鱼极不易判别且更接近雄性。研究表明,对雄鱼的判别方法可满足生产中半滑舌鳎早期苗种性别观测鉴定的要求,从而达到提高苗种雌性率的目的。 展开更多

关键词 半滑舌鳎 性别 形态差异 主成分分析 判别分析

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间断性状关联分析中复杂群体分层的快速矫正 被引量：2

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作者 张敬言 宋禹昕 +2 位作者 张姮妤 张莹 杨润清 《黑龙江八一农垦大学学报》 2020年第3期27-34,63,共9页

在全基因组关联分析中,群体分层导致基因定位产生很高的假阳率。通常采用亲缘矩阵的前几个主成分来矫正群体分层。当群体结构比较复杂时,需要前多个主成分才能有效地控制假阳错误。与正态分布的数量性状用剩余误差作为矫正的表型不同,... 在全基因组关联分析中,群体分层导致基因定位产生很高的假阳率。通常采用亲缘矩阵的前几个主成分来矫正群体分层。当群体结构比较复杂时,需要前多个主成分才能有效地控制假阳错误。与正态分布的数量性状用剩余误差作为矫正的表型不同,由于间断性状自变量和因变量间的尺度不同,无法简单估计疾病表型的剩余误差。虽然1.9版本的PLINK常常作为一种高效而稳定的软件分析间断性状数据,但需要同时考虑上百个协变量时计算速度会大大下降。在此基础上,我们用主成分矫正间断性状回归中的群体分层以提高QTN的检测力,为了快速计算成百上千个协变量的广义线性回归模型,提出了一种合并协变量的广义线性模型主成分回归法,首先利用广义线性模型求解每一个主成分的各自的回归系数,然后将众多协变量和各自的回归系数对应乘积并加和合并为一个新的协变量,最后利用PLINK软件做这个协变量的广义线性模型回归分析或者将广义线性模型求解中的隐含因变量减去这个协变量作为新的隐含因变量再逐个SNP进行回归分析。采用计算机模拟实验和一系列公布的GWAS数据集,系统地论证该方法的高效性、可靠性和适应性,在实验中的结果表明:这两种拓展算法在极大减少计算耗时的同时还保留PLINK软件对计算机内存需求低的优势。 展开更多

关键词 全基因组关联分析 广义线性模型 主成分回归 间断性状

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