鲤鱼Ectodysplasin-A(Eda)基因生物信息学及功能分析 被引量：1

1

作者 王阳阳 蒋丽 +4 位作者 程安达 张保勇 马龙 李恒德 孙效文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期98-104,共7页

Ectodysplasin-A(Eda)基因在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Eda基因的部分片段。然后利用实验室的鲤鱼EST数据库设计包含CDS全长的特异引物... Ectodysplasin-A(Eda)基因在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Eda基因的部分片段。然后利用实验室的鲤鱼EST数据库设计包含CDS全长的特异引物。克隆测序后发现,镜鲤Eda基因全长CDS包含1 062个碱基,编码一个含有354个氨基酸的蛋白质,包含一个受体结合位点序列。序列比对结果表明,鲤鱼Eda蛋白与斑马鱼相似度最高,达92.76%,而与其亲缘关系较远的鸡、人类、老鼠相似度较低,分别是46.61%、50.51%、50.76%。同时对RACE得到的5'-UTR区进行分析表明,该调控区与斑马鱼相比变异不大(相似度92.98%),但是与其亲缘关系较远的物种变异较大(与人类的相似度为23.36%,与老鼠的相似度为31.07%)。原位杂交结果表明,该基因在鲤鱼鳞片发生时在鳞片着生的皮肤基质中特异表达,而在非鳞片发生区域表达较弱或者不表达,而在全部鳞片发育形成后,该基因的表达消失,表明该基因可能参与鲤鱼鳞片的起始发育而不是后期的鳞片模式维持过程。 展开更多

关键词 Eda基因 鳞被 原位杂交

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鲤鱼(Cyprinuscarpio)外异蛋白A受体Edar基因的克隆及表达定位 被引量：2

2

作者 蒋丽 王阳阳 +5 位作者 程安达 张保勇 马龙 王书 刘永新 孙效文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期99-107,共9页

外异蛋白A受体(Ectodysplasin-A receptor,Edar)基因最早是在哺乳动物中发现的,其在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对建鲤和镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Edar基因的部分片段。通过克隆镜... 外异蛋白A受体(Ectodysplasin-A receptor,Edar)基因最早是在哺乳动物中发现的,其在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对建鲤和镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Edar基因的部分片段。通过克隆镜鲤mRNA全长发现,镜鲤该基因全长CDS为1 389 bp,编码一个含有462个氨基酸的蛋白质,包含一个信号肽位点、肿瘤坏死因子受体结合位点序列、跨膜区和死亡结构域。序列比对结果表明,镜鲤Edar蛋白与斑马鱼相似度最高,达88.31%,而与其亲缘关系较远的爪蟾,鸡,人类,小鼠相似度较低,分别是64.88%,63.79%,64.36%,63.50%。对5'-UTR和3'-UTR区进行分析表明,镜鲤与斑马鱼、青鳉5'-UTR的相似度只有23.78%,24.73%,而与非洲爪蟾、鸡、人和老鼠的相似度更低,仅为11.73%、18%、6.50%、10.04%;3'-UTR与青鳉的相似度为35.49%,与非洲爪蟾、人和小鼠的相似度分别为9.42%、8.05%、9.37%。整体原位杂交结果表明,该基因在建鲤和镜鲤鳞片发生时在鳞片着生的皮肤基质中特异表达,而在非鳞片发生区域表达较弱或者不表达,到所有鳞片发育形成后,该基因的表达消失,表明该基因可能参与鲤鱼鳞片的起始发育而不是后期的鳞片模式维持过程。 展开更多

关键词 外异蛋白A受体 RACE 整体原位杂交

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真菌疏水蛋白固定化酶制备胆碱生物传感器

3

作者 王新胜 赵紫霞 +3 位作者 王会才 王艳艳 秦霞 陈强 《传感器与微系统》 CSCD 北大核心 2010年第9期141-144,共4页

以Ⅱ型疏水蛋白(HFBI)为胆碱氧化酶(ChOx)固定化基质修饰金电极构建新型电流型胆碱生物传感器。对疏水蛋白修饰电极的电化学特征进行分析,讨论了HFBI自组装膜在不同pH值下的稳定性。结果表明:该传感器对胆碱的线性响应范围为0.01～1.0 m... 以Ⅱ型疏水蛋白(HFBI)为胆碱氧化酶(ChOx)固定化基质修饰金电极构建新型电流型胆碱生物传感器。对疏水蛋白修饰电极的电化学特征进行分析,讨论了HFBI自组装膜在不同pH值下的稳定性。结果表明:该传感器对胆碱的线性响应范围为0.01～1.0 mmol/L;灵敏度为2184.06 nA.mmol.L-1.cm-2;响应时间小于6 s;检出限为0.01 mmol/L(信噪比=3)。HFBI自组装薄膜修饰的酶电极高效地保持了固定化ChOx的活性,表现出良好的抗干扰性能和较长的使用寿命,有望为传感器进一步研究和其他表面功能化研究提供一种具有高度生物相容性的电活性生物固定化基质。 展开更多

关键词 疏水蛋白 胆碱氧化酶 生物传感器

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鲤鱼(Cyprinuscarpio,Cyprinidae)ants基因及其对鳞片发育的影响 被引量：1

4

作者 程安达 蒋丽 +6 位作者 张保勇 王书 张研 刘永新 方平 李恒德 孙效文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期120-128,共9页

ants(adenine nucleotide translocators),又称为ATP/ADP载体,利用Genefishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录产物进行筛选,得到了其中一个ant基因的部分片段,利用RT-PCR技术对皮肤中的ants基因进行钓取,得到6种不同的CDS... ants(adenine nucleotide translocators),又称为ATP/ADP载体,利用Genefishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录产物进行筛选,得到了其中一个ant基因的部分片段,利用RT-PCR技术对皮肤中的ants基因进行钓取,得到6种不同的CDS序列。利用CLUSTALW对这6条翻译后的序列进行比对,发现这6条序列编码4种不同的氨基酸序列,表明ants基因至少有6种不同的转录产物(isoforms),但是在蛋白质水平上可能存在4种不同的翻译产物。利用NCBI上的blast对氨基酸序列进行同源性检索发现这4个蛋白产物与斑马鱼ant2最为相似,其相似度分别达到97%,97%,96%,98%。对处于不同分类地位的物种的ants基因与鲤鱼的4个ants表达产物进行进化树分析发现,这4个蛋白产物在93/100再现性水平上明显聚类为ant2,说明皮肤中表达的这些ants基因很可能是ant2。原位杂交结果显示,ant2在受精后4.5 h和6 h不表达,从受精后10 h开始在外包处强烈特异表达,在受精后12 h的胚胎中很弱表达,在受精后24 h的体节中特异强烈表达,在受精后48 h胚胎无表达,但是在着生鳞片的部位特异强烈表达,而在皮肤的其他部位则表达较弱或者不表达。以上的结果表明,ant2基因可能是通过不同的转录产物在精细调控鳞片的发育。 展开更多

关键词 ants 鳞被 ISOFORMS Genefishing 原位杂交

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鲤鱼(Cyprinus carpioL．)头长、眼径、眼间距QTL的定位 被引量：20

5

作者 刘继红 张研 +5 位作者 常玉梅 梁利群 鲁翠云 张晓峰 徐美佳 孙效文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期508-514,共7页

用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼遗传连锁图谱。利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对头长、眼径、眼间距3个... 用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼遗传连锁图谱。利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对头长、眼径、眼间距3个性状进行了QTL分析。结果显示,共检测到5个与头长性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG2(qHS-2-1)、LG3(qHS-3-1)、LG40(qHS-40-1)和LG4(qHS-4-2和qHS-4-3)上。其中qHS-40-1拥有最大的LOD值,为7.94,可解释的表型变异为34.29%。qHS-4-2的LOD值最小,为5.03,可解释的表型变异为11.52%。5个与头长性状相关的QTL加性效应值均为负值。检测到两个与眼径性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG39连锁群(qED-39-1)和LG40连锁群(qED-40-1)上,其中qED-40-1的LOD值比较大,为2.76,其加性效应值为负值,可以解释5.62%的表型变异;qED-39-1的LOD值为2.72,加性效应值为正值,可以解释9.77%的表型变异。检测到两个与眼间距性状相关的QTL,分别定位到鲤鱼连锁图谱的LG20连锁群(qEC-20-1)和LG28连锁群(qEC-28-1)上。其中qEC-20-1的LOD值比较大,为3.77,加性效应值为正值,可以解释8.29%的表型变异;qEC-28-1的LOD值为2.79,对应的加性效应值为负值,可以解释8.88%的表型变异。 展开更多

关键词 鲤鱼 头长 眼径 眼间距 QTL

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牙鲆微卫星标记的筛选及群体遗传结构分析 被引量：20

6

作者 王蕾 张立冬 +2 位作者 万玉美 谭照君 孙效文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1057-1064,共8页

采用生物素-磁珠吸附微卫星与质粒二次检测相结合的方法克隆牙鲆微卫星,并利用所得到的引物分析野生群体遗传结构。共获得2805个阳性克隆,测序得到3120个含微卫星的序列。其中完美型、非完美型和混合型分别占57.97%、7.25%和34.78%。用P... 采用生物素-磁珠吸附微卫星与质粒二次检测相结合的方法克隆牙鲆微卫星,并利用所得到的引物分析野生群体遗传结构。共获得2805个阳性克隆,测序得到3120个含微卫星的序列。其中完美型、非完美型和混合型分别占57.97%、7.25%和34.78%。用Primer3.0软件设计牙鲆微卫星引物,从中筛选出具稳定多态性的30对,分析中国黄海、渤海海域4个不同海区牙鲆野生群体(大连、北戴河、丹东、青岛)遗传结构。结果显示:有效等位基因数为3.93～9.94,平均为6.95;观测杂合度为0.532～0.895,平均为0.753;期望杂合度为0.635～0.902,平均为0.820;Hardy-Weinberg平衡指数(d)的变化范围为-0.247～0.512,其中7个位点表现为杂合子过剩(d>0),其余位点表现为杂合子缺失(d<0)。聚类分析显示:4个群体聚为两类,大连与丹东聚为一类,北戴河与青岛聚为一类。 展开更多

关键词 牙鲆 微卫星 遗传结构

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红鳍东方鲀两个群体的遗传结构及与经济性状的相关性分析 被引量：14

7

作者 万玉美 王蕾 +3 位作者 谭照君 赵海涛 李恒德 孙效文 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2011年第5期9-16,共8页

本文利用21对多态性微卫星标记对河北省红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)良种场引进的日本群体和选育的秦皇岛群体进行了遗传结构分析。日本与秦皇岛两个群体的有效等位基因数分别为3.3697和2.8593,期望杂合度分别是0.6516和0.6073,多态... 本文利用21对多态性微卫星标记对河北省红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)良种场引进的日本群体和选育的秦皇岛群体进行了遗传结构分析。日本与秦皇岛两个群体的有效等位基因数分别为3.3697和2.8593,期望杂合度分别是0.6516和0.6073,多态信息含量分别是0.6009和0.5509。研究结果表明这两个群体遗传多样性较高,多态信息含量丰富,具有较大的遗传改良和育种潜力。同时,本文通过对21个微卫星座位与日本群体的体长、体重和体高三个经济性状进行最小二乘方差分析,得到6个与经济性状显著相关的微卫星标记,f161、f273与体重显著相关(P<0.05),f170、f501与体长显著相关(P<0.05),而f53、f331与体高显著相关(P<0.05)。对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到与4种性状相关的基因型。 展开更多

关键词 红鳍东方鲀(Takifugu rubripes) 微卫星 遗传结构 经济性状 相关性分析

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基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析 被引量：15

8

作者 李超 侯吉伦 +4 位作者 王桂兴 张晓彦 刘永富 童爱萍 刘海金 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2015年第2期122-127,共6页

通过对牙鲆（Paralichthys olivaceus）进行转录组测序（RNA-seq）,利用Micro SAtellite（MISA）软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上... 通过对牙鲆（Paralichthys olivaceus）进行转录组测序（RNA-seq）,利用Micro SAtellite（MISA）软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。 展开更多

关键词 牙鲆 转录组测序 SSR标记

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鲤鱼(Cyprinus carpio L.)体重和体长QTL的定位 被引量：9

9

作者 刘继红 张研 +5 位作者 常玉梅 梁利群 张晓峰 鲁翠云 徐美佳 孙效文 《广东海洋大学学报》 CAS 2009年第4期19-25,共7页

利用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记(共445个标记)对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2代雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱;利用软件WinQTLCart2.5采用复... 利用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记(共445个标记)对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2代雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱;利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对体重和体长两个性状进行了QTL定位分析。结果共检测到与两个与体重性状相关的QTL,分别定位到LG24连锁群(qBWh-24-1)和LG20连锁群(qBWh-20-1)上,可解释的表型变异分别为7.98%和20.05%;检测到两个与体长性状相关的QTL,分别位于LG2连锁群(qFS-2-1)和LG20连锁群(qFS-20-1),可解释的表型变异分别为5.69%和12.69%,4个QTL的加性效应均为负值。 展开更多

关键词 鲤鱼 体长 体重 QTL

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合浦珠母贝幼体生长性状的遗传力及其相关性分析 被引量：8

10

作者 郭华阳 张殿昌 +4 位作者 李恒德 陈明强 吴开畅 李有宁 江世贵 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第21期4441-4444,共4页

以合浦珠母贝(Pinctada fucata)4种壳色选育群体为亲贝,采用人工授精技术对同一壳色亲本进行雌雄单个配对,获得了15个全同胞家系。测量5、15、25和40日龄时的壳长和壳高,利用方差分析比较不同壳色品系的生长差异;利用非求导约束最大似然... 以合浦珠母贝(Pinctada fucata)4种壳色选育群体为亲贝,采用人工授精技术对同一壳色亲本进行雌雄单个配对,获得了15个全同胞家系。测量5、15、25和40日龄时的壳长和壳高,利用方差分析比较不同壳色品系的生长差异;利用非求导约束最大似然法(DF-REML)对合浦珠母贝各日龄的壳长和壳高性状进行遗传参数的估计。结果表明,4种壳色系的壳长和壳高均存在显著差异(P<0.05);5～40日龄幼体壳长遗传力估计值为0.12～0.22,壳高遗传力估计值为0.17～0.23;合浦珠母贝幼体不同生长时期壳长和壳高的遗传相关和表型相关均为正相关,相关系数分别为0.825～0.989和0.832～0.965,表明以壳高或壳长为参数进行选育时,均可达到改良生长性状的效果。 展开更多

关键词 合浦珠母贝(Pinctada fucata) 幼体 遗传力 生长性状 遗传相关

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性状相关微卫星标记分析黄河鲤群体的遗传潜力 被引量：5

11

作者 李超 鲁翠云 +4 位作者 冯建新 徐浩 范飞龙 徐鹏 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2012年第4期1-7,共7页

利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体，以检测其遗传潜力及与生长性状（体重、全长、体长等）相关的标记。共检测到122个等位基因，等位基因数为2-10，平均有效等位基因数为3．3706，平均观察杂合度为0．5893，平均期望杂合度为0... 利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体，以检测其遗传潜力及与生长性状（体重、全长、体长等）相关的标记。共检测到122个等位基因，等位基因数为2-10，平均有效等位基因数为3．3706，平均观察杂合度为0．5893，平均期望杂合度为0．6578，平均多态信息含量为0．6108，分析结果表明：该群体的多样性水平较高。经x2检验，群体处于Hardy—Weinberg平衡状态。有8个标记分别与体重、全长、体长、体高等性状具有显著相关性。其中，标记CAFS2203与体厚、头宽、尾柄长呈极显著相关（P〈0．01），标记CAFS1603与吻长极显著相关（P〈0．01），标记CAFS1639与尾柄高极显著相关（P〈0．01）。本研究结果可以为黄河鲤的分子育种与选育提供参考。 展开更多

关键词 黄河鲤 微卫星标记 经济性状 遗传潜力

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构建鲤现代种业的核心技术 被引量：3

12

作者 孙效文 石连玉 +3 位作者 董在杰 冯建新 程磊 鲁翠云 《水产学杂志》 CAS 2013年第5期1-5,共5页

对于任何一个农业物种而言,现代种业核心技术包括3个方面:收集与创制最优良的种质资源、建立先进实用的育种技术、方便的可最大化利用上述资源的数据库及网站。针对鲤这个水产养殖种,黑龙江水产研究所及合作单位经过30多年的研究积累和... 对于任何一个农业物种而言,现代种业核心技术包括3个方面:收集与创制最优良的种质资源、建立先进实用的育种技术、方便的可最大化利用上述资源的数据库及网站。针对鲤这个水产养殖种,黑龙江水产研究所及合作单位经过30多年的研究积累和创制了抗寒能力强、生长速度快、肉质好的三大系列种质,在此基础上已经培育出6个水产新品种;构建了基于亲本遗传距离的分子育种技术,并在常规育种技术的使用过程中增加了统计分析和染色体操作技术,如BLUP技术、雌核发育技术等,将现代育种技术充分地运用于鲤的品种培育之中;同时建立了涵盖表型、生物学特征、一般遗传参数的鲤种质数据库和涵盖基因、标记及经济性状QTLs的鲤基因组数据库,使鲤具备了现代种业需要的生物学、遗传学、基因组学的完整数据库。综上所述,初步构建了鲤现代种业的核心技术。 展开更多

关键词 鲤 育种 现代种业 核心技术

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