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南极海域浮游植物群落宏条形码分析中最小分类单元划分方法的比较
1
作者
罗培铷
刘璐
+2 位作者
陈作志
张吉昌
王新良
《渔业科学进展》
北大核心
2025年第6期129-142,共14页
近年来,环境DNA宏条形码技术已成为评估海洋浮游植物多样性的重要方法之一,高通量测序结果的分析在一定程度上影响着群落结构信息。本研究对南极海域环境DNA样本进行18S rDNA V4区高通量测序,选取目前应用最广泛的两种最小分类单元划分...
近年来,环境DNA宏条形码技术已成为评估海洋浮游植物多样性的重要方法之一,高通量测序结果的分析在一定程度上影响着群落结构信息。本研究对南极海域环境DNA样本进行18S rDNA V4区高通量测序,选取目前应用最广泛的两种最小分类单元划分方法:97%操作分类单元(OTU)和扩增子序列变体(ASV),对浮游植物群落分析结果进行比较研究。结果显示,两种方法获得的浮游植物群落均主要由甲藻门(Dinoflagellata)、硅藻门(Bacillariophyta)、定鞭藻门(Haptophyta)组成,Simpson和Shannon多样性指数无显著差异,均能较好地反映调查海域浮游植物群落整体特征。两种方法均识别到南极棕囊藻(Phaeocystis antarctica)、无刺环毛藻(Corethron inerme)、双叉角毛藻(Chaetoceros dichaeta)、裸甲藻(Gymnodinium sp.)和原甲藻(Prorocentrum sp.)等南极海域常见优势类群。ASV方法进一步筛选出圆柱拟脆杆藻(Fragilariopsis cylindrus)、克格伦拟脆杆藻(Fragilariopsis kerguelensis)等引起群落差异的重要物种,能够获得更精细的物种信息。相比之下,OTU方法则可能存在注释结果不精准或某些物种相对丰度被低估的现象。因此,当聚焦具体物种时,ASV方法更具应用前景。另外,虽然β多样性在两种方法中没有显著差异,但通过对比研究发现,使用加权的距离指数(Bray-Curtis和加权Unifrac距离)能够增加分析结果的可信度。通过探索最小分类单元划分方法在浮游植物群落结构和多样性分析中表现的差异,可为后续浮游植物群落的多样性研究提供方法选择依据。优化算法和测序区域的选择对浮游植物群落宏条形码多样性研究结果的影响仍需进一步探索。
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关键词
南极海域
浮游植物群落
18S
rDNA
操作分类单元(OTU)
扩增子序列变体(ASV)
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职称材料
南海蛇牙龙鰧属新记录--克氏蛇牙龙鰧(Kali kerberti)
2
作者
江艳娥
蔡研聪
+5 位作者
张俊
孔啸兰
龚玉艳
杨玉滔
黄梓荣
陈作志
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期618-622,共5页
2021年5月于南海中层渔业资源调查中采集保存鱼类样本1尾,依据其形态特征,鉴定为克氏蛇牙龙鰧(Kali kerberti)。蛇牙龙鰧属(Kali)隶属于鲈形目,叉齿鱼科,其突出特征为:体延长、侧扁,口大;前颌骨和齿骨具齿2行,内列齿向后弯曲、獠牙状;...
2021年5月于南海中层渔业资源调查中采集保存鱼类样本1尾,依据其形态特征,鉴定为克氏蛇牙龙鰧(Kali kerberti)。蛇牙龙鰧属(Kali)隶属于鲈形目,叉齿鱼科,其突出特征为:体延长、侧扁,口大;前颌骨和齿骨具齿2行,内列齿向后弯曲、獠牙状;下颌前端联合处未骨质化;体裸露、无皮刺。克氏蛇牙龙鰧鉴别特征为:颅骨脆弱,上下颌弯曲、具鳃耙;前颌骨内列齿和齿骨中列齿显著延长、獠牙状;前颌骨内列齿5~6枚,其中4~5枚獠牙状齿;齿骨内列齿4~5枚。该调查首次在南海采集到蛇牙龙鰧属克氏蛇牙龙鰧,为南海的新记录属和新记录种,可为南海叉齿鱼科鱼类的研究提供资料。
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关键词
海洋生物学
蛇牙龙鰧属
新记录
形态特征
种类鉴别
南海
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职称材料
南海深海鱼类一新记录种——鞭尾鱼
3
作者
江艳娥
张俊
+4 位作者
陈作志
蔡研聪
孔啸兰
杨玉滔
黄梓荣
《应用海洋学学报》
CSCD
北大核心
2022年第4期565-567,共3页
2016年11月至2020年7月在南海海域采集管眼鱼6尾,经形态特征鉴定为月鱼目、鞭尾鱼科、鞭尾鱼属(Stylephorus)、鞭尾鱼(Stylephorus chordates)。鞭尾鱼主要鉴别特征为:体长,侧扁。眼大,呈望远镜状,朝前或朝上。吻小,管状,口有特别大的...
2016年11月至2020年7月在南海海域采集管眼鱼6尾,经形态特征鉴定为月鱼目、鞭尾鱼科、鞭尾鱼属(Stylephorus)、鞭尾鱼(Stylephorus chordates)。鞭尾鱼主要鉴别特征为:体长,侧扁。眼大,呈望远镜状,朝前或朝上。吻小,管状,口有特别大的伸缩能力。背鳍从颈背部延伸至尾鳍基部。尾鳍分明显的上叶和下叶,下叶2鳍条极度延长。鞭尾鱼在南海海域的发现是该科、该属、该种鱼类在中国海域的首次纪录。
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关键词
海洋生物学
鞭尾鱼
新记录
形态特征
种类鉴别
南海
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职称材料
题名
南极海域浮游植物群落宏条形码分析中最小分类单元划分方法的比较
1
作者
罗培铷
刘璐
陈作志
张吉昌
王新良
机构
中国
水产
科学研究院
黄海
水产
研究所
、农业
农村部
极地
渔业
开发
重点
实验室
中国水产科学研究院南海水产研究所、农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室
青岛海洋科技中心海洋
渔业
科学
与食物产出过程功能
实验室
出处
《渔业科学进展》
北大核心
2025年第6期129-142,共14页
基金
国家自然科学基金青年基金(42306259)
农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室开放课题、国家重点研发计划(2022YFC2807605)
中国水产科学研究院中央级科研院所基本科研业务费专项资金(2024TD02)共同资助。
文摘
近年来,环境DNA宏条形码技术已成为评估海洋浮游植物多样性的重要方法之一,高通量测序结果的分析在一定程度上影响着群落结构信息。本研究对南极海域环境DNA样本进行18S rDNA V4区高通量测序,选取目前应用最广泛的两种最小分类单元划分方法:97%操作分类单元(OTU)和扩增子序列变体(ASV),对浮游植物群落分析结果进行比较研究。结果显示,两种方法获得的浮游植物群落均主要由甲藻门(Dinoflagellata)、硅藻门(Bacillariophyta)、定鞭藻门(Haptophyta)组成,Simpson和Shannon多样性指数无显著差异,均能较好地反映调查海域浮游植物群落整体特征。两种方法均识别到南极棕囊藻(Phaeocystis antarctica)、无刺环毛藻(Corethron inerme)、双叉角毛藻(Chaetoceros dichaeta)、裸甲藻(Gymnodinium sp.)和原甲藻(Prorocentrum sp.)等南极海域常见优势类群。ASV方法进一步筛选出圆柱拟脆杆藻(Fragilariopsis cylindrus)、克格伦拟脆杆藻(Fragilariopsis kerguelensis)等引起群落差异的重要物种,能够获得更精细的物种信息。相比之下,OTU方法则可能存在注释结果不精准或某些物种相对丰度被低估的现象。因此,当聚焦具体物种时,ASV方法更具应用前景。另外,虽然β多样性在两种方法中没有显著差异,但通过对比研究发现,使用加权的距离指数(Bray-Curtis和加权Unifrac距离)能够增加分析结果的可信度。通过探索最小分类单元划分方法在浮游植物群落结构和多样性分析中表现的差异,可为后续浮游植物群落的多样性研究提供方法选择依据。优化算法和测序区域的选择对浮游植物群落宏条形码多样性研究结果的影响仍需进一步探索。
关键词
南极海域
浮游植物群落
18S
rDNA
操作分类单元(OTU)
扩增子序列变体(ASV)
Keywords
Antarctic waters
Phytoplankton community
18S rDNA
Operational taxonomic unit(OTU)
Amplicon sequence variant(ASV)
分类号
Q948.8 [生物学—植物学]
Q178.53 [生物学—水生生物学]
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职称材料
题名
南海蛇牙龙鰧属新记录--克氏蛇牙龙鰧(Kali kerberti)
2
作者
江艳娥
蔡研聪
张俊
孔啸兰
龚玉艳
杨玉滔
黄梓荣
陈作志
机构
中国水产科学研究院南海水产研究所、农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室
南方海洋
科学
与工程广东省
实验室
上海海洋大学海洋学院
出处
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期618-622,共5页
基金
广东省基础与应用基础研究重大项目(2019B030302004)
南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)人才团队引进重大专项(GML2019ZD0605)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2020TD05)。
文摘
2021年5月于南海中层渔业资源调查中采集保存鱼类样本1尾,依据其形态特征,鉴定为克氏蛇牙龙鰧(Kali kerberti)。蛇牙龙鰧属(Kali)隶属于鲈形目,叉齿鱼科,其突出特征为:体延长、侧扁,口大;前颌骨和齿骨具齿2行,内列齿向后弯曲、獠牙状;下颌前端联合处未骨质化;体裸露、无皮刺。克氏蛇牙龙鰧鉴别特征为:颅骨脆弱,上下颌弯曲、具鳃耙;前颌骨内列齿和齿骨中列齿显著延长、獠牙状;前颌骨内列齿5~6枚,其中4~5枚獠牙状齿;齿骨内列齿4~5枚。该调查首次在南海采集到蛇牙龙鰧属克氏蛇牙龙鰧,为南海的新记录属和新记录种,可为南海叉齿鱼科鱼类的研究提供资料。
关键词
海洋生物学
蛇牙龙鰧属
新记录
形态特征
种类鉴别
南海
Keywords
marine biology
kali
new record
morphological character
species identification
South China Sea
分类号
P735 [天文地球—海洋生物学]
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职称材料
题名
南海深海鱼类一新记录种——鞭尾鱼
3
作者
江艳娥
张俊
陈作志
蔡研聪
孔啸兰
杨玉滔
黄梓荣
机构
中国水产科学研究院南海水产研究所、农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室
南方海洋
科学
与工程广东省
实验室
出处
《应用海洋学学报》
CSCD
北大核心
2022年第4期565-567,共3页
基金
广东省基础与应用基础研究重大项目资助项目(2019B030302004)
南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)人才团队引进重大专项资助项目(GML2019ZD0605)
+1 种基金
中国水产科学研究院南海水产研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资助项目(2020TD05)
农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室开放基金资助项目(LOF2021-02)。
文摘
2016年11月至2020年7月在南海海域采集管眼鱼6尾,经形态特征鉴定为月鱼目、鞭尾鱼科、鞭尾鱼属(Stylephorus)、鞭尾鱼(Stylephorus chordates)。鞭尾鱼主要鉴别特征为:体长,侧扁。眼大,呈望远镜状,朝前或朝上。吻小,管状,口有特别大的伸缩能力。背鳍从颈背部延伸至尾鳍基部。尾鳍分明显的上叶和下叶,下叶2鳍条极度延长。鞭尾鱼在南海海域的发现是该科、该属、该种鱼类在中国海域的首次纪录。
关键词
海洋生物学
鞭尾鱼
新记录
形态特征
种类鉴别
南海
Keywords
marine biology
Stylephorus chordates
new record
morphological character
species identification
the South China Sea
分类号
P735 [天文地球—海洋生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
南极海域浮游植物群落宏条形码分析中最小分类单元划分方法的比较
罗培铷
刘璐
陈作志
张吉昌
王新良
《渔业科学进展》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
南海蛇牙龙鰧属新记录--克氏蛇牙龙鰧(Kali kerberti)
江艳娥
蔡研聪
张俊
孔啸兰
龚玉艳
杨玉滔
黄梓荣
陈作志
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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职称材料
3
南海深海鱼类一新记录种——鞭尾鱼
江艳娥
张俊
陈作志
蔡研聪
孔啸兰
杨玉滔
黄梓荣
《应用海洋学学报》
CSCD
北大核心
2022
0
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