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基于环境DNA的涠洲岛周围海域布氏鲸种群分布初探 被引量:1
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作者 郑若丹 陈炳耀 +4 位作者 张帅 麦俊晓 蒋佩文 王文欣 李敏 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期36-46,共11页
鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视... 鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视监测难以进行稳定跟踪调查。基于此,结合环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术,监测了不同时期(2022年4月和2023年1月)涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状。研究发现,4月在布氏鲸的热点分布海域(涠洲岛—斜阳岛之间)目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=3),同时在涠洲岛西南海域也发现布氏鲸存在(n=2),其中有1个站位仅eDNA检测到;1月在布氏鲸的热点分布海域目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=1),涠洲岛东部海域仅eDNA检测到布氏鲸存在(n=1)。结果表明,eDNA技术相比目视具有更高的灵敏度,可用于验证布氏鲸的分布,同时发现涠洲岛东部和西南部海域是布氏鲸的潜在热点分布海域。该研究验证了eDNA技术在涠洲岛布氏鲸分布监测上的可行性,进一步明确了涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状,为其种群的高效监测和科学保护提供了基线信息。 展开更多
关键词 环境DNA 布氏鲸 种群分布 涠洲岛
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基于宏条形码技术的南海亮眶灯鱼食性初步分析 被引量:7
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作者 陈晓雷 李敏 +4 位作者 陈作志 张俊 张帅 齐占会 徐姗楠 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期22-29,共8页
食性研究是鱼类生物学和生态学研究的重要内容,是进行渔业资源开发和管理的基础。以南海亮眶灯鱼(Diaphus splendidus)为研究对象,提取其胃含物DNA,选用线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基I(Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,COI... 食性研究是鱼类生物学和生态学研究的重要内容,是进行渔业资源开发和管理的基础。以南海亮眶灯鱼(Diaphus splendidus)为研究对象,提取其胃含物DNA,选用线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基I(Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,COI)作为分子标记进行扩增,通过高通量测序鉴定其食物组成。结果显示,亮眶灯鱼胃含物中共鉴定出饵料生物34种,隶属于5门7纲11目18科29属。亮眶灯鱼食物组成包括介形类、桡足类、端足类、鱼类、水母类、磷虾类、翼足类和多毛类。其中介形类、桡足类和端足类是其食物组成中的优势类群,这些优势类群与形态学鉴定方法的结果基本一致,此外还检测出形态学方法未鉴定到的水母这一食物类群。研究表明宏条形码技术适用于南海亮眶灯鱼的食性分析,且比基于形态学的食性分析具有更高的鉴别潜力。 展开更多
关键词 灯笼鱼 亮眶灯鱼 食性 宏条形码 胃含物 南海
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珠江河口水体环境DNA提取方法的建立及优化 被引量:8
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作者 李红婷 张帅 +5 位作者 邹柯姝 陈作志 陈晓雷 蒋佩文 曹漪婷 李敏 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期30-37,共8页
近年来,环境DNA(eDNA)技术广泛应用于水生生物多样性研究。以珠江河口咸淡水生态系统为研究区域,采用滤膜法富集eDNA,选取直径47 mm、孔径0.45μm的硝酸纤维膜、醋酸纤维膜、玻璃纤维膜和聚碳酸酯膜共4种材质的滤膜,采用4种滤膜保存方法... 近年来,环境DNA(eDNA)技术广泛应用于水生生物多样性研究。以珠江河口咸淡水生态系统为研究区域,采用滤膜法富集eDNA,选取直径47 mm、孔径0.45μm的硝酸纤维膜、醋酸纤维膜、玻璃纤维膜和聚碳酸酯膜共4种材质的滤膜,采用4种滤膜保存方法,结合2种试剂盒提取eDNA,评估不同组合方案对eDNA提取效果的影响。结果显示,滤膜材质和保存方法对eDNA产量具有显著影响;其中,醋酸纤维膜获取的eDNA浓度最高。在DNA提取物质量相当的情况下,海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取的eDNA浓度高于DNeasy Blood and Tissue kit试剂盒。在不同保存条件下,“液氮”保存法获取的eDNA浓度最高。在不具备冷冻条件时,可添加乙醇,常温保存滤膜。采样后立即过滤水样能够有效防止eDNA降解。文章建立了珠江口咸淡水生态系统水样eDNA的获取、保存和提取方案,可为相似水域的eDNA研究提供参考。 展开更多
关键词 珠江河口 eDNA获取 eDNA保存 eDNA提取
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基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库 被引量:11
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作者 蒋佩文 李敏 +2 位作者 张帅 陈作志 徐姗楠 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期13-21,共9页
为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基... 为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5'端的163~185 bp序列。同时,从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条,共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列,初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库。研究发现:COI序列种内平均遗传距离为0.20%,种间平均遗传距离为25.54%;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12%,种间平均遗传距离为34.39%。基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙;而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙,11个物种(占总种类的6.4%)存在区分困难的情况。珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立,有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析,并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持。 展开更多
关键词 鱼类 COI基因 12S rDNA基因 DNA条形码数据库 珠江河口
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