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基于RNA-seq的甲氨蝶呤处理sv129胚胎干细胞的转录组学分析
1
作者
王芳
包怡华
+2 位作者
李建婷
谢秋
张霆
《山西医科大学学报》
CAS
2023年第6期808-813,共6页
目的利用转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术探讨抗叶酸代谢药物甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)处理的小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells,mESC)基因转录表达的变化,并探讨其可能影响的生物学过程和关键信号通路。方法将mESC...
目的利用转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术探讨抗叶酸代谢药物甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)处理的小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells,mESC)基因转录表达的变化,并探讨其可能影响的生物学过程和关键信号通路。方法将mESC分为两组,其中对照组采用完全培养基培养,MTX组在此基础上加入0.12μmol/L MTX药物处理。MTX处理24 h分别收集细胞,提取总RNA进行RNA-seq,获得胚胎早期全基因转录组图谱并采用Deseq2软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),采用生物信息学R软件包对MTX组与对照组进行差异基因的功能及通路分析。结果MTX组与对照组的转录组相比,共有365个DEGs,其中144个显著上调表达,221个显著下调。GO(Gene Ontology)功能富集分析显示,生物学过程(biological process,BP)分类集中在肌肉系统发育、肌肉收缩、肌纤维发育等肌肉系统发育过程,细胞组分(cellular component,CC)分类集中在细胞膜组分、肌原纤维、收缩纤维、肌丝、肌节等肌肉组分,分子功能(molecular function,MF)分类集中在跨膜转运蛋白结合活性及膜通道活性。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物功能分析显示DEGs显著性富集的通路在钙信号通路、紧密连接。结论抗叶酸代谢药物甲氨蝶呤能够引起mESC基因组的转录改变,DEGs功能主要与肌肉发育以及肌肉纤维发育相关,同时DEGs富集的关键信号通路主要有肌肉发育相关的膜通道的钙离子信号通路和紧密连接。
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关键词
转录组测序
甲氨蝶呤
差异表达基因
叶酸
胚胎干细胞
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职称材料
老年稳定型冠心病患者的衰弱评估与预后分析
被引量：
15
2
作者
康琳
朱鸣雷
+3 位作者
刘晓红
庞海玉
朱文玲
张抒扬
《中华老年多器官疾病杂志》
2016年第8期583-586,共4页
目的评估稳定型老年冠心病（CAD）患者衰弱的发生情况，分析与衰弱相关的指标，以及研究衰弱对稳定型CAD患者短期预后的影响。方法连续入选2014年12月1日至2015年4月30日期间在北京协和医院心内科及老年医学科门诊就诊的老年患者153例...
目的评估稳定型老年冠心病（CAD）患者衰弱的发生情况，分析与衰弱相关的指标，以及研究衰弱对稳定型CAD患者短期预后的影响。方法连续入选2014年12月1日至2015年4月30日期间在北京协和医院心内科及老年医学科门诊就诊的老年患者153例，进行老年综合评估及临床衰弱量表（CFS）评估，运用CAD特异性指数来量化共存基础疾病的影响。随访患者非常规就诊（URV）及全因死亡发生率。结果依据CFS评估结果，将153例患者分为两组：衰弱组（n=69，45．10％）和非衰弱组（n=84，54．90％）。其中，中-重度衰弱患者33例，占21．57％（33／153）。与非衰弱组相比，衰弱组患者的握力和步速显著降低，而炎症指标超敏C-反应蛋白（hs-CRP）和白细胞介素-6（IL-6）显著增高，差异均具有统计学意义（P〈0．05）。步速的衰弱诊断界值为：男性0．879m／s；女性0．870m／s。握力的衰弱诊断界值为：男性29．85kg；女性19．50kg。Cox回归分析显示，CFS评分是稳定型CAD患者URV（HR：3．312；95％CI：1．439～7．621；P=0．005）的独立风险预测因子。结论老年CAD患者衰弱的发生率较高，尤其中-重度衰弱患者需要得到关注。步速和握力均可作为衰弱评估的指标。CFS评分是老年冠心病患者URV的独立风险预测因子。
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关键词
衰弱
步速
握力
冠心病
非常规就诊
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职称材料
题名
基于RNA-seq的甲氨蝶呤处理sv129胚胎干细胞的转录组学分析
1
作者
王芳
包怡华
李建婷
谢秋
张霆
机构
首都儿科研究所
山西医科大学生物化学与分子生物学教研室
中国医学科学院北京协和医院中心实验室
出处
《山西医科大学学报》
CAS
2023年第6期808-813,共6页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(81701441)。
文摘
目的利用转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术探讨抗叶酸代谢药物甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)处理的小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells,mESC)基因转录表达的变化,并探讨其可能影响的生物学过程和关键信号通路。方法将mESC分为两组,其中对照组采用完全培养基培养,MTX组在此基础上加入0.12μmol/L MTX药物处理。MTX处理24 h分别收集细胞,提取总RNA进行RNA-seq,获得胚胎早期全基因转录组图谱并采用Deseq2软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),采用生物信息学R软件包对MTX组与对照组进行差异基因的功能及通路分析。结果MTX组与对照组的转录组相比,共有365个DEGs,其中144个显著上调表达,221个显著下调。GO(Gene Ontology)功能富集分析显示,生物学过程(biological process,BP)分类集中在肌肉系统发育、肌肉收缩、肌纤维发育等肌肉系统发育过程,细胞组分(cellular component,CC)分类集中在细胞膜组分、肌原纤维、收缩纤维、肌丝、肌节等肌肉组分,分子功能(molecular function,MF)分类集中在跨膜转运蛋白结合活性及膜通道活性。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物功能分析显示DEGs显著性富集的通路在钙信号通路、紧密连接。结论抗叶酸代谢药物甲氨蝶呤能够引起mESC基因组的转录改变,DEGs功能主要与肌肉发育以及肌肉纤维发育相关,同时DEGs富集的关键信号通路主要有肌肉发育相关的膜通道的钙离子信号通路和紧密连接。
关键词
转录组测序
甲氨蝶呤
差异表达基因
叶酸
胚胎干细胞
Keywords
transcriptome sequencing
methotrexate
differentially expressed genes
folic acid
embryonic stem cell
分类号
R364.2 [医药卫生—病理学]
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题名
老年稳定型冠心病患者的衰弱评估与预后分析
被引量：
15
2
作者
康琳
朱鸣雷
刘晓红
庞海玉
朱文玲
张抒扬
机构
中国医学科学院北京协和医院
老年
医学科
中国医学科学院北京协和医院中心实验室
中国医学科学院北京协和医院
心内科
出处
《中华老年多器官疾病杂志》
2016年第8期583-586,共4页
文摘
目的评估稳定型老年冠心病（CAD）患者衰弱的发生情况，分析与衰弱相关的指标，以及研究衰弱对稳定型CAD患者短期预后的影响。方法连续入选2014年12月1日至2015年4月30日期间在北京协和医院心内科及老年医学科门诊就诊的老年患者153例，进行老年综合评估及临床衰弱量表（CFS）评估，运用CAD特异性指数来量化共存基础疾病的影响。随访患者非常规就诊（URV）及全因死亡发生率。结果依据CFS评估结果，将153例患者分为两组：衰弱组（n=69，45．10％）和非衰弱组（n=84，54．90％）。其中，中-重度衰弱患者33例，占21．57％（33／153）。与非衰弱组相比，衰弱组患者的握力和步速显著降低，而炎症指标超敏C-反应蛋白（hs-CRP）和白细胞介素-6（IL-6）显著增高，差异均具有统计学意义（P〈0．05）。步速的衰弱诊断界值为：男性0．879m／s；女性0．870m／s。握力的衰弱诊断界值为：男性29．85kg；女性19．50kg。Cox回归分析显示，CFS评分是稳定型CAD患者URV（HR：3．312；95％CI：1．439～7．621；P=0．005）的独立风险预测因子。结论老年CAD患者衰弱的发生率较高，尤其中-重度衰弱患者需要得到关注。步速和握力均可作为衰弱评估的指标。CFS评分是老年冠心病患者URV的独立风险预测因子。
关键词
衰弱
步速
握力
冠心病
非常规就诊
Keywords
frailty
gait speed
grip strength
coronary artery disease
unscheduled return visit
分类号
R592 [医药卫生—老年医学]
R543.3 [医药卫生—心血管疾病]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-seq的甲氨蝶呤处理sv129胚胎干细胞的转录组学分析
王芳
包怡华
李建婷
谢秋
张霆
《山西医科大学学报》
CAS
2023
0
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职称材料
2
老年稳定型冠心病患者的衰弱评估与预后分析
康琳
朱鸣雷
刘晓红
庞海玉
朱文玲
张抒扬
《中华老年多器官疾病杂志》
2016
15
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