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基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络
1
作者
方应浩
周波
+2 位作者
陈茹梅
杨文竹
秦慧民
《作物学报》
北大核心
2025年第4期958-968,共11页
玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系...
玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系进行RNA-seq测序,对自交系B73原生质体进行PER-seq(protoplast transient expression-based RNA-sequencing)测序,并进行联合分析。结果显示,2种测序策略得到的差异表达基因(DEGs)呈现一致性,功能主要集中在参与氧化还原反应等GO富集分析条目。KEGG分析显示功能都富集在苯并噁唑嗪酮类化合物代谢途径上。此外,基于RNA-seq的DEGs在氨基酸和核苷酸代谢途径富集,而基于PER-seq的DEGs还富集在核糖体生物发生代谢途径。因此,推测ZmHDZ6可能通过调控与氧化还原相关基因和苯并噁唑嗪酮类化合物的代谢进而增强玉米抗旱性。通过进一步在129个Co-DEGs(Common DEGs)的启动子序列扫描HDZIP I家族的DNA结合基序(motif),将潜在靶基因缩减至16个,其中8个基因的功能与玉米抗逆紧密相关。本研究利用转录组学数据分析了ZmHDZ6基因的下游表达调控网络,为进一步解析抗旱机制提供了参考。
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关键词
RNA-SEQ
PER-seq
转录因子
ZmHDZ6
靶基因
MOTIF
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职称材料
题名
基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络
1
作者
方应浩
周波
陈茹梅
杨文竹
秦慧民
机构
工业发酵微
生物
教育部重点实验室/天津市工业微
生物
重点实验室/天津科技大学
生物技术
学院
/工业酶国家工程实验室
中国农业科学院生物技术研究所作物功能基因组研究中心
河南省
农业
科学院
粮食
作物
研究所
出处
《作物学报》
北大核心
2025年第4期958-968,共11页
基金
国家自然科学基金项目(32372064)资助。
文摘
玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系进行RNA-seq测序,对自交系B73原生质体进行PER-seq(protoplast transient expression-based RNA-sequencing)测序,并进行联合分析。结果显示,2种测序策略得到的差异表达基因(DEGs)呈现一致性,功能主要集中在参与氧化还原反应等GO富集分析条目。KEGG分析显示功能都富集在苯并噁唑嗪酮类化合物代谢途径上。此外,基于RNA-seq的DEGs在氨基酸和核苷酸代谢途径富集,而基于PER-seq的DEGs还富集在核糖体生物发生代谢途径。因此,推测ZmHDZ6可能通过调控与氧化还原相关基因和苯并噁唑嗪酮类化合物的代谢进而增强玉米抗旱性。通过进一步在129个Co-DEGs(Common DEGs)的启动子序列扫描HDZIP I家族的DNA结合基序(motif),将潜在靶基因缩减至16个,其中8个基因的功能与玉米抗逆紧密相关。本研究利用转录组学数据分析了ZmHDZ6基因的下游表达调控网络,为进一步解析抗旱机制提供了参考。
关键词
RNA-SEQ
PER-seq
转录因子
ZmHDZ6
靶基因
MOTIF
Keywords
RNA-seq
PER-seq
transcription factor
ZmHDZ6
target gene
motif
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S513 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络
方应浩
周波
陈茹梅
杨文竹
秦慧民
《作物学报》
北大核心
2025
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