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美洲水貂(Neovison vison)黑素皮质激素受体-1(MC1R)基因序列鉴定及生物信息学分析 被引量：3
1
作者 宋兴超 徐超 +4 位作者 岳志刚 王雷 丛波 刘琳玲 杨福合 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期752-759,共8页
旨在探明美洲水貂黑素皮质激素受体-1(Melanocortin-1receptor,MC1R)基因序列结构特征及其对皮毛颜色的调控机制。根据欧洲水貂MC1R基因(GenBank登录号:AB189820)核苷酸序列设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定美洲短毛黑水貂MC1R... 旨在探明美洲水貂黑素皮质激素受体-1(Melanocortin-1receptor,MC1R)基因序列结构特征及其对皮毛颜色的调控机制。根据欧洲水貂MC1R基因(GenBank登录号:AB189820)核苷酸序列设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定美洲短毛黑水貂MC1R基因完整编码区序列(CDS),并对该序列进行了BLAST比对及生物信息学预测和分析。结果表明,获得的美洲水貂MC1R基因与欧洲水貂相似性为95%,为单一外显子基因,核苷酸序列长度为1 324bp,包括部分5′UTR(188bp)、CDS(954bp)和3′UTR(182bp),编码区碱基G+C含量高达66.04%,由CDS推导共编码317个氨基酸,预测的MC1R蛋白理论分子质量为34.49ku,等电点(PI)为8.97,不稳定系数是36.63,属于弱碱性稳定蛋白质。进一步分析发现,美洲水貂MC1R基因编码的蛋白存在1个低复杂度结构域和7个典型的跨膜区,N-端不存在信号肽,定位于细胞质膜,具有典型的细胞膜受体结构。分子进化分析显示,美洲水貂与欧洲水貂亲缘关系较近,与二者均属鼬科、鼬属动物的传统动物分类学一致。美洲水貂MC1R基因的获取及序列结构特征分析为揭示其皮毛颜色多样性的分子遗传学机制奠定了详细的生物信息学基础。 展开更多
关键词 美洲水貂 黑素皮质激素受体-1基因 皮毛颜色 跨膜区 生物信息学
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猫importin基因生物信息分析及其在犬细小病毒感染F81细胞表达的动态变化
2
作者 赵航 宋姗姗 +1 位作者 王建科 林鹏 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第12期3861-3869,共9页
试验旨在系统研究猫源不同亚型importin(importinα1、importinα3、importinα4、importinα5、importinα6、importinα7、importinα8和importinβ)基因序列和蛋白基本特性,探讨其在犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)感染F81细胞表... 试验旨在系统研究猫源不同亚型importin(importinα1、importinα3、importinα4、importinα5、importinα6、importinα7、importinα8和importinβ)基因序列和蛋白基本特性,探讨其在犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)感染F81细胞表达的动态变化。本研究利用RT-PCR方法扩增F81细胞中improtin基因全长序列,应用生物学软件预测其氨基酸序列及编码蛋白的结构及功能;进一步利用实时荧光定量RT-PCR技术检测importin基因在CPV感染F81细胞后24、48和72 h表达水平。结果显示,不同亚型importinα基因全长约在1500 bp,而importinβ基因全长为2600 bp;预测importin亚型蛋白序列发现,其等电点均在4.60左右,且发现importinα1、importinα5、importinα6、importinα7和importinβ为不稳定蛋白;分析发现这些importin蛋白均无信号肽、无跨膜区、无细胞定位;采用Predictprotein软件预测蛋白二级结构,结果显示importin亚型蛋白序列主要以α-螺旋和无规则卷曲形式存在。实时荧光定量RT-PCR结果显示,CPV感染F81细胞后随着感染时间的延长importinα1(P<0.01)和importinβ表达量逐渐降低,而importinα3、importinα4、importinα5、importinα6(P<0.01)、importinα7(P<0.01)和importinα8(P<0.01)表达量逐渐提高,其中importinα8在病毒感染细胞后表达量最高。本研究结果为进一步分析CPV进入细胞核的转运机制及开发治疗药物相关研究奠定基础。 展开更多
关键词 输入蛋白 犬细小病毒(CPV) 序列分析 表达差异
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美洲水貂刺鼠信号蛋白基因SNPs检测及其与毛色表型的关联分析 被引量：5
3
作者 宋兴超 徐超 +4 位作者 刘宗岳 岳志刚 丛波 刘琳玲 杨福合 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期723-732,共10页
旨在检测刺鼠信号蛋白(Agouti signaling protein,Agouti)基因外显子2、内含子2、外显子3及部分内含子3的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)在不同毛色美洲水貂群体中的分布,探讨该基因变异与水貂被毛颜色表型的相... 旨在检测刺鼠信号蛋白(Agouti signaling protein,Agouti)基因外显子2、内含子2、外显子3及部分内含子3的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)在不同毛色美洲水貂群体中的分布,探讨该基因变异与水貂被毛颜色表型的相关性。以金州黑水貂、吉林白水貂、银蓝水貂、咖啡水貂和珍珠色水貂共计430个样本的血液基因组DNA为模板,采用PCR扩增和Sanger双脱氧链终止测序技术,对Agouti基因序列进行SNPs检测,并将突变位点与水貂毛色表型进行关联分析。结果表明,获得的美洲水貂Agouti基因长度为2 510bp,内含子2存在4个SNPs:g.18G>A、g.159A>G、g.235G>T和g.1189C>T,部分内含子3检测到6个SNPs:g.252C>T、g.290A>C、g.298G>C、g.340A>G、g.343T>C和g.379T>C,在外显子2和3区域并未检测到SNPs位点。关联分析表明,Agouti基因7个SNPs(内含子2:g.1189C>T;内含子3:g.252C>T、g.290A>C、g.298G>C、g.340A>G、g.343T>C和g.379T>C)位点的基因型均与水貂毛色表型极显著相关(P<0.000 1),且部分内含子3中的5个SNPs位点(g.290A>C、g.298G>C、g.340A>G、g.343T>C和g.379T>C)可能处于紧密连锁状态。研究结果初步表明,Agouti基因可能是影响美洲水貂被毛颜色的候选基因或与决定毛色性状主效基因相连锁的分子标记。 展开更多
关键词 美洲水貂 Agouti基因 毛色表型 单核苷酸多态性 关联分析
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水貂被毛黑色素含量及皮肤成熟黑色素细胞组织学分析 被引量：4
4
作者 宋兴超 徐超 +5 位作者 刘琳玲 刘宗岳 杨童奥 丛波 岳志刚 杨福合 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期83-90,共8页
旨在分析水貂被毛黑色素含量差异及观察皮肤成熟黑色素细胞的分布特征,为水貂毛色形成调控机理研究提供理论依据。以乌贼黑为标准品,利用酶标仪测定并比较金州黑水貂、银蓝水貂和吉林白水貂被毛总黑色素(Total melanin,TM)、真黑色素(Eu... 旨在分析水貂被毛黑色素含量差异及观察皮肤成熟黑色素细胞的分布特征,为水貂毛色形成调控机理研究提供理论依据。以乌贼黑为标准品,利用酶标仪测定并比较金州黑水貂、银蓝水貂和吉林白水貂被毛总黑色素(Total melanin,TM)、真黑色素(Eumelanin,EM)及褐黑色素(Pheomelanin,PM)含量;通过甲苯胺蓝、多巴及多巴联合甲苯胺蓝分别对不同毛色水貂皮肤组织进行染色。结果表明,金州黑水貂毛皮成熟期被毛TM和PM含量分别是换毛期的1.17和1.20倍(P<0.01),EM含量显著高于换毛期(P<0.05);银蓝水貂换毛期与毛皮成熟期被毛3种黑色素含量差异不显著(P>0.05);吉林白水貂毛皮成熟期被毛TM和PM含量分别是换毛期的1.27和1.22倍(P<0.05)。组织学染色显示,金州黑和银蓝水貂皮肤中均存在成熟黑色素细胞,主要分布于金州黑水貂的表皮和毛囊顶端,毛囊外根鞘和毛纤维髓质层有少量多巴阳性着色带;银蓝水貂皮肤的表皮和毛囊顶端多巴阳性着色带较少,毛囊外根鞘阳性着色较浅;吉林白水貂皮肤组织未见明显多巴阳性着色区域。综上表明,PM含量可能与水貂灰色和白色被毛表型相关,毛囊顶端的成熟黑色素细胞可能是水貂被毛色素沉积的主要细胞。 展开更多
关键词 水貂 被毛 黑色素含量 成熟黑色素细胞 多巴染色
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水貂TYR基因T138A位点多态性及其与毛色性状的关联分析 被引量：6
5
作者 宋兴超 徐超 +5 位作者 刘宗岳 杨童奥 岳志刚 刘琳玲 丛波 杨福合 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第10期2973-2979,共7页
试验旨在检测水貂酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)基因T138A位点的多态性,并分析其与水貂毛色表型的相关性。提取5种被毛色型430只水貂血液基因组DNA,采用PCR-RFLP技术,对TYR基因T138A位点进行多态性检测,统计等位基因频率与基因型频率,通过卡... 试验旨在检测水貂酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)基因T138A位点的多态性,并分析其与水貂毛色表型的相关性。提取5种被毛色型430只水貂血液基因组DNA,采用PCR-RFLP技术,对TYR基因T138A位点进行多态性检测,统计等位基因频率与基因型频率,通过卡方(χ2)独立性检验分析该位点多态性与水貂毛色性状的相关性。结果表明,T138A位点存在2个等位基因T和A,形成TT、TA和AA 3种基因型,AA基因型在吉林白水貂群体中为优势基因型(0.9069),而TT基因型为金州黑水貂、珍珠水貂、咖啡水貂和银蓝水貂群体的优势基因型,其中在金州黑水貂群体中基因型频率最高(1.0000)。关联分析表明,TYR基因T138A位点的多态性与毛色性状呈极显著相关(P<0.0001)。表明TYR基因T138A位点可能是影响水貂毛色的主控位点或与调控白色被毛表型主控位点连锁的分子标记。 展开更多
关键词 水貂 TYR基因 T138A位点 PCR-RFLP 毛色
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水貂酪氨酸酶基因外显子1的鉴定及序列变异分析 被引量：5
6
作者 宋兴超 徐超 +4 位作者 岳志刚 王雷 丛波 刘琳玲 杨福合 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第11期205-212,共8页
根据GenBank中公布的雪貂（登录号：EF405957）、大熊猫（登录号：XM_002930310）、家犬（登录号：CFU42219）及猫（登录号：AY959314）的酪氨酸酶（tyrosinase,TYR）基因DNA序列保守区域,设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定了短... 根据GenBank中公布的雪貂（登录号：EF405957）、大熊猫（登录号：XM_002930310）、家犬（登录号：CFU42219）及猫（登录号：AY959314）的酪氨酸酶（tyrosinase,TYR）基因DNA序列保守区域,设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定了短毛黑水貂、红眼白水貂和米黄色水貂的TYR基因外显子1部分序列,并对该序列进行了BLAST鉴定及变异位点分析,基于该基因编码氨基酸序列构建了16个物种的系统进化树。结果表明,测定的3种毛色水貂TYR基因序列长度均为796bp,包括795bp的外显子1和1bp 5′UTR,共检测到5个单一突变位点：g.A34G、g.T138A、g.T248C、g.A545G和g.C765A,包含4个错义突变：g.A34G（p.Ser12Gly）、g.T248C（p.Val83Ala）、g.A545G（p.Tyr182Cys）和g.C765A（p.His255Gln）,1个移码突变分别出现在短毛黑水貂和红眼白水貂个体间：g.T138A（p.Cys46＊）,获得TYR基因GenBank登录号分别为：短毛黑水貂（KJ198847）、红眼白水貂（KJ658343）和米黄色水貂（KJ152769）。水貂与雪貂、大熊猫、家犬、猫、家兔、猪、羊驼、山羊、绵羊、牛、人、猕猴、黑猩猩、原鸡和日本鹌鹑的TYR基因核苷酸序列同源性为72.8%～98.6%,相应氨基酸序列同源性为75.0%～98.1%。TYR基因分子进化树显示水貂与雪貂遗传关系最近,分化时间约为1000万年前,且与原鸡和日本鹌鹑亲缘关系最远。该结果为进一步开展TYR基因多态性与水貂毛色表型的相关性研究奠定了生物信息学基础。 展开更多
关键词 水貂 毛色变异 酪氨酸酶基因 遗传进化
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一例貉大肠杆菌与血虫混合感染的诊断鉴定
7
作者 栾明明 王晓旭 +4 位作者 贾赟 赵家平 张林波 徐超 韩鹏 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1551-1557,共7页
为诊断吉林养殖场一例病死貉的病原,本试验运用细菌培养、染色镜检、生化鉴定、分子生物学鉴定和血液涂片镜检等方法对采集的病死貂的肺脏、肝脏、脾脏、肾脏、肠道及血液进行病原分离鉴定,并对分离到的病原菌进行致病性和药敏试验测定... 为诊断吉林养殖场一例病死貉的病原,本试验运用细菌培养、染色镜检、生化鉴定、分子生物学鉴定和血液涂片镜检等方法对采集的病死貂的肺脏、肝脏、脾脏、肾脏、肠道及血液进行病原分离鉴定,并对分离到的病原菌进行致病性和药敏试验测定。结果显示,共分离出1株优势菌株,该分离菌株在光学显微镜下呈现为两端钝圆的杆状革兰氏阴性菌;生化试验结果显示,其能分解葡萄糖、乳糖、甘露醇、麦芽糖和蔗糖产酸产气,对于M-R试验、吲哚试验、淀粉水解试验结果为阳性;其16S rRNA序列与NCBI数据库中登录的已知大肠杆菌序列同源性达99%;动物致死性试验结果表明,该菌株对小鼠具有致病性;药敏试验结果显示,分离菌对喹诺酮类药物诺氟沙星和环丙沙星最敏感,对其他药物具有不同程度的耐药性;对病貉抗凝血进行涂片镜检证明有血虫感染,且红细胞感染率达98%以上。综上所述,该病貉感染的病原菌株为大肠杆菌且该大肠杆菌具有致病性,同时病貉患有血虫病,并导致了其生长发育迟缓。 展开更多
关键词 貉 血虫体 大肠杆菌 诊断鉴定
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