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用全基因组关联分析解析籼稻垩白的遗传基础 被引量:17
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作者 邱先进 袁志华 +6 位作者 陈凯 杜斌 何文静 杨隆维 徐建龙 邢丹英 吕文恺 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1007-1016,共10页
利用272份全球籼稻微核心种质的重测序SNP基因型,对海南三亚、广东深圳、浙江杭州和湖北荆州4个地点收集到的垩白粒率和垩白度性状采用TASSEL软件进行全基因组关联分析,解析籼稻垩白的遗传基础和挖掘影响垩白粒率和垩白度的优异等位基... 利用272份全球籼稻微核心种质的重测序SNP基因型,对海南三亚、广东深圳、浙江杭州和湖北荆州4个地点收集到的垩白粒率和垩白度性状采用TASSEL软件进行全基因组关联分析,解析籼稻垩白的遗传基础和挖掘影响垩白粒率和垩白度的优异等位基因。结果表明,依据SNP数据,可将籼稻微核心种质分成3个亚群。4个地点分别检测到42个和44个与垩白粒率和垩白度显著关联的位点,位于全部12条染色体上。2个性状分别有21个和19个位点在2个以上环境下同时被检测到,这些位点中有12个位点同时影响垩白粒率和垩白度,11个位点附近都有已克隆的水稻品质相关基因。其中,第5染色体3.3~5.3 Mb区间在4个地点都被检测到与垩白粒率显著关联,以杭州点对垩白粒率的贡献最大,优异等位基因载体品种为IRGC121689;第12染色体的17.5~18.0 Mb区间在三亚和杭州都被检测到与垩白度显著关联,以三亚点的垩白度贡献最大,优异等位基因载体品种为IRGC122285。这些位点和品种资源可作水稻外观品质分子改良的重要基因和品种资源。 展开更多
关键词 水稻 垩白 关联分析 SNP标记 连锁不平衡
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水稻低温胁迫不同时间的代谢物谱图分析 被引量:20
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作者 赵秀琴 张婷 +4 位作者 王文生 张帆 朱苓华 傅彬英 黎志康 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期720-726,共7页
苗期低温严重影响水稻幼苗生长,分析低温胁迫下幼苗体内代谢物变化特征有助于解析水稻应对胁迫的生理机制。采用气质谱联用仪(GC-MS)技术系统分析水稻品种IR64遭遇不同时间段低温后代谢物图谱的变化特征。结果表明,草酸、戊糖酸-1,4-内... 苗期低温严重影响水稻幼苗生长,分析低温胁迫下幼苗体内代谢物变化特征有助于解析水稻应对胁迫的生理机制。采用气质谱联用仪(GC-MS)技术系统分析水稻品种IR64遭遇不同时间段低温后代谢物图谱的变化特征。结果表明,草酸、戊糖酸-1,4-内酯、海藻糖及水杨酸参与了水稻低温胁迫早期应激性反应;在低温胁迫过程中,水稻植株主要通过苯丙氨酸、脯氨酸、谷氨酸、丝氨酸、苏氨酸、天门冬氨酸、缬氨酸、木糖醇、尿囊素和鼠李糖等含量的提高维持细胞渗透平衡。代谢物动态分析发现参与低温胁迫反应及胁迫恢复后进程的主要代谢物不同。研究结果为全面系统剖析水稻耐冷胁迫的分子生理机制打下了基础。 展开更多
关键词 水稻 代谢物谱图 低温
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3个中籼稻骨干恢复系对稻瘟病和褐飞虱抗性改良效果的评价 被引量:9
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作者 陈凯 张强 +5 位作者 潘晓飚 李美 孟丽君 徐正进 徐建龙 黎志康 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1069-1080,共12页
利用分子标记辅助抗性基因选择和针对轮回亲本表型严格筛选相结合的方法,将三黄占2号的抗稻瘟病主基因Pi-GD-1(t)、Pi-GD-2(t)、Pi-GD-3(t)和主效QTL GLP8-6(t)(分别简称G1、G2、G3和G8)及IR65482-7-216-1-2-B(简称为IR65482)的抗褐飞... 利用分子标记辅助抗性基因选择和针对轮回亲本表型严格筛选相结合的方法,将三黄占2号的抗稻瘟病主基因Pi-GD-1(t)、Pi-GD-2(t)、Pi-GD-3(t)和主效QTL GLP8-6(t)(分别简称G1、G2、G3和G8)及IR65482-7-216-1-2-B(简称为IR65482)的抗褐飞虱基因Bph18(t)导入到明恢86、蜀恢527和浙恢7954等3个骨干中籼恢复系,获得带有不同抗瘟基因组合的改良恢复系明恢86-G2、明恢86-G1-G2、蜀恢527-G1-G2、蜀恢527-G2、浙恢7954-G1-G2、浙恢7954-G1-G2-G8和携有抗褐飞虱Bph18(t)基因的蜀恢527-Bph18(t);从3个恢复系与不同抗源杂交F1的复交后代中选育出带有抗稻瘟病和兼抗稻瘟病、稻飞虱的双基因或多基因聚合系浙蜀-G2-G8、明浙-G2-G8、明浙-G1-G2-G8、浙恢7954-G1-G8(t)-Bph18(t)和明浙-G1-G2-Bph18(t)。这12个抗性改良恢复系对20个稻瘟病菌均表现出良好的抗性,蜀恢527-Bph18(t)、浙恢7954-G1-G8(t)-Bph18(t)和明浙-G1-G2-Bph18(t)对褐飞虱的抗性也达到中抗以上水平。多数抗性改良恢复系及其与不育系II-32A的测交种在正常条件下的产量和结实率与原来的恢复系及相应杂交种相仿或优于原来的恢复系及相应杂交种,具有生产应用价值。研究表明,抗稻瘟病基因在不同恢复系背景下的抗性表达完全,对恢复系稻瘟病改良的效果明显,而抗性基因Bph18(t)对褐飞虱的改良效果与遗传背景有关。对分子标记回交和复交改良恢复系的抗病虫性进行了讨论。 展开更多
关键词 水稻恢复系 稻瘟病 褐飞虱 抗性改良 标记辅助选择
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利用水稻MAGIC群体关联定位抽穗期和株高QTL 被引量:5
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作者 申聪聪 朱亚军 +4 位作者 陈凯 陈慧珍 吴志超 孟丽君 徐建龙 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1611-1621,共11页
利用多亲本高代互交系(multi-parent advanced generation inter-cross,MAGIC)群体(DC1、DC2和8way)及其复合群体DC12(DC1+DC2)和RMPRIL(DC1+DC2+8way)进行关联分析定位水稻抽穗期和株高QTL。2015年和2016年分别在江西和深圳收集3个MAGI... 利用多亲本高代互交系(multi-parent advanced generation inter-cross,MAGIC)群体(DC1、DC2和8way)及其复合群体DC12(DC1+DC2)和RMPRIL(DC1+DC2+8way)进行关联分析定位水稻抽穗期和株高QTL。2015年和2016年分别在江西和深圳收集3个MAGIC群体抽穗期数据,2016年在两地收集株高数据,结合Rice 55K SNP芯片进行基因分型,利用关联分析方法检测到3个影响抽穗期的主效QTL(q HD3、q HD6和q HD8),分别位于第3、第6和第8染色体,且分别与已知抽穗期基因DTH3、Hd3a和Ghd8在同一区域。检测到5个影响株高的QTL(q PH1.1、q PH1.2、q PH1.3、q PH4和q PH6),其中q PH1.1和q PH1.2位于已知基因Psd1和sd1附近,其余3个QTL为影响株高的新位点,但仅在1个群体和单个环境下被检测到,QTL表达受遗传背景和环境影响大。不同MAGIC群体定位抽穗期和株高的效果不同,在8亲本MAGIC群体8way及复合群体DC12和RMPRIL分别检测到5、5和6个抽穗期和株高QTL,明显多于4亲本群体DC1的2个和DC2的4个,而且作图的精度更高,表现在定位到的QTL显著水平高和与已知基因距离更近,尤其是复合群体的联合分析(如DC12和RMPRIL)的作图优势更为明显。 展开更多
关键词 水稻 MAGIC群体 抽穗期 株高 关联分析 QTL
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粳稻品种吉粳809的稻瘟病抗性基因分析 被引量:5
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作者 朱亚军 孙强 +5 位作者 王金明 陈凯 冯博 方雅洁 林秀云 徐建龙 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1638-1646,共9页
稻瘟病是水稻生产中危害最为严重的病害之一,种植抗病品种是抵御稻瘟病危害的有效措施。本研究利用吉粳809的2个亲本材料吉粳88与93072配制的回交分离群体进行稻瘟病人工接种,采用抗、感极端分池法定位双亲的稻瘟病抗性基因,结合基因型... 稻瘟病是水稻生产中危害最为严重的病害之一,种植抗病品种是抵御稻瘟病危害的有效措施。本研究利用吉粳809的2个亲本材料吉粳88与93072配制的回交分离群体进行稻瘟病人工接种,采用抗、感极端分池法定位双亲的稻瘟病抗性基因,结合基因型分析,推断吉粳809的抗性基因组成。结果表明,回交群体对强致病菌GD9-1表现为4个主效抗病基因Pi-2(t)、Pi-7-1(t)、Pi-7-2(t)和Pi-11(t)分离,对弱致病菌GD19-1表现单个主效抗病基因Pi-2(t)分离,其中Pi-2(t)基因同时抗2个菌株。除Pi-2(t)位点抗性等位基因来自吉粳88,其余3个位点的抗性等位基因均来自93072。比较基因组研究表明,Pi-2(t)可能与Pi-b等位,Pi-11(t)可能与Pi-47(t)或Pik等位,而Pi-7-1(t)和Pi-7-2(t)是2个新的抗性位点,分别与RM21260和RM8037连锁,遗传距离为0.11 c M和6.97 c M。利用与上述4个抗病位点紧密连锁的SSR标记和来自3000份水稻种质资源重测序开发的56K芯片鉴定抗性位点吉粳809与双亲基因型的异同,推断吉粳809抗性基因组成,发现吉粳809携带轮回亲本吉粳88的Pi-2(t)和来自供体亲本93072的Pi-11(t)2个基因,合理地解释了吉粳809抗性明显好于吉粳88的原因。对如何通过不同主效抗性基因聚合特别是充分利用原来抗病品种中"丧失"抗性残效基因来改良品种的稻瘟病抗性进行了讨论。 展开更多
关键词 水稻 稻瘟病 抗病基因 极端分离群体分池法 抗性基因聚合
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三个中籼稻骨干恢复系对白叶枯病和褐飞虱抗性改良效果的评价 被引量:5
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作者 陈凯 张强 +5 位作者 潘晓飚 李美 孟丽君 徐正进 徐建龙 黎志康 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期409-422,共14页
利用分子标记辅助选择和田间鉴定选择相结合的方法,将抗白叶枯病基因Xa23和抗褐飞虱基因Bph18(t)导入明恢86、蜀恢527和浙恢7954等3个骨干中籼恢复系,获得带有Xa23抗性基因纯合的改良恢复系明恢86-Xa23、蜀恢527-Xa23、浙恢7954-Xa23和... 利用分子标记辅助选择和田间鉴定选择相结合的方法,将抗白叶枯病基因Xa23和抗褐飞虱基因Bph18(t)导入明恢86、蜀恢527和浙恢7954等3个骨干中籼恢复系,获得带有Xa23抗性基因纯合的改良恢复系明恢86-Xa23、蜀恢527-Xa23、浙恢7954-Xa23和携有抗褐飞虱Bph18(t)基因的蜀恢527-Bph18(t)、浙恢7954-Bph18(t),并从蜀恢527/IRBB23F1和浙恢7954/IR65482F1复交后代中选育出的带有Xa23和Bph18(t)的双基因聚合系浙蜀-Xa23-Bph18(t)。明恢86-Xa23、蜀恢527-Xa23、浙恢7954-Xa23和浙蜀-Xa23-Bph18(t)对中国和菲律宾的17个白叶枯病菌均表现高抗,蜀恢527-Bph18(t)、浙恢7954-Bph18(t)和浙蜀-Xa23-Bph18(t)对褐飞虱的抗性也达到中抗以上水平。抗性改良恢复系及其与不育系Ⅱ-32A、沪旱11A的测交种在不接种白叶枯病菌条件下的产量和结实率与原来的恢复系及相应杂交种相仿,但在接种条件下带有Xa23基因的恢复系及测交种的结实率和产量明显优于原来的恢复系及相应杂交种。研究表明,抗性基因Xa23在不同恢复系背景下的抗性表达完全,对恢复系白叶枯病改良的效果明显,而抗性基因Bph18(t)对褐飞虱的改良效果与遗传背景有关。对分子标记回交和复交改良恢复系的抗病虫性进行了讨论。 展开更多
关键词 水稻恢复系 白叶枯病 褐飞虱 抗性改良 标记辅助选择
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迟熟中籼新组合荃9优3号高产稳产性分析与综合评价 被引量:3
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作者 王小文 熊亚俊 +8 位作者 杨璐 谭小菊 程苏 唐艳红 金理 杨华琛 李志新 徐建龙 杨隆维 《种子》 北大核心 2018年第12期114-116,共3页
为探明荃9优3号在长江中下游稻区的丰产、稳产性及综合表现,推荐其参加2016年度长江中下游杂交水稻科研单位试验联合体新品种区域试验,利用2016年度试验结果资料通过DPS数据处理系统对荃9优3号在23个试验点结果进行综合分析评价。结果表... 为探明荃9优3号在长江中下游稻区的丰产、稳产性及综合表现,推荐其参加2016年度长江中下游杂交水稻科研单位试验联合体新品种区域试验,利用2016年度试验结果资料通过DPS数据处理系统对荃9优3号在23个试验点结果进行综合分析评价。结果表明,荃9优3号丰产性、稳产性和适应性好,稻米品质、抗病性和主要农艺性状等综合表现优良,符合继续推荐2017年度长江中下游杂交水稻科研单位试验联合体新品种区域试验标准,建议续试。 展开更多
关键词 荃9优3号 高产稳产性 综合评价
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分子标记辅助选育水稻抗白叶枯病和稻瘟病多基因聚合恢复系 被引量:32
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作者 潘晓飚 陈凯 +7 位作者 张强 黄善军 谢留杰 李美 孟丽君 徐正进 徐建龙 黎志康 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1582-1593,共12页
利用分子标记辅助选择和田间鉴定选择相结合的方法,将三黄占2号的抗稻瘟病主基因Pi-GD-1(t)、Pi-GD-2(t)和主效QTL GLP8-6(t)(分别简称G1、G2和G8)及抗白叶枯病基因Xa23导入到明恢86、蜀恢527和浙恢7954等3个骨干中籼恢复系,通过复交进... 利用分子标记辅助选择和田间鉴定选择相结合的方法,将三黄占2号的抗稻瘟病主基因Pi-GD-1(t)、Pi-GD-2(t)和主效QTL GLP8-6(t)(分别简称G1、G2和G8)及抗白叶枯病基因Xa23导入到明恢86、蜀恢527和浙恢7954等3个骨干中籼恢复系,通过复交进行基因聚合,获得5个带有抗稻瘟病兼抗白叶枯病的双基因或多基因聚合系明恢86-G1-G2-Xa23、蜀恢527-G2-Xa23、明浙-G2-G8-Xa23-1、明浙-G2-G8-Xa23-2和明浙-G1-G2-G8-Xa23。以上5个抗病基因聚合改良系对稻瘟病的抗谱与抗源品种相仿或更宽,改良系和与不育系II-32A配制的测交种对白叶枯病菌的抗谱与供体亲本IRBB23一致,测交种在不接种白叶枯病菌条件下的产量和结实率与原来的恢复系及相应杂交种相仿,但在接种条件下带有Xa23基因的恢复系及测交种的结实率、千粒重和产量明显优于原来的恢复系及相应杂交种。研究表明,抗稻瘟病基因和抗白叶枯基因Xa23在不同恢复系背景下的抗性表达完全,对恢复系稻瘟病以及白叶枯病改良的效果明显。 展开更多
关键词 水稻恢复系 稻瘟病 白叶枯病 抗性改良 标记辅助选择
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利用水稻MAGIC群体关联定位白叶枯病抗性QTL和创制抗病新种质 被引量:8
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作者 陈天晓 朱亚军 +4 位作者 密雪飞 陈凯 孟丽君 左示敏 徐建龙 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1437-1447,共11页
以8个不同亲本构建的遗传上相互关联的多亲本高代互交系(multi-parents advanced generation inter-cross,MAGIC)群体,包括2个4亲本群体(DC1和DC2)和1个八亲本群体(DC3)为材料,接种我国白叶枯病强致病力V型菌系(GD-V)和弱致病力II型菌系... 以8个不同亲本构建的遗传上相互关联的多亲本高代互交系(multi-parents advanced generation inter-cross,MAGIC)群体,包括2个4亲本群体(DC1和DC2)和1个八亲本群体(DC3)为材料,接种我国白叶枯病强致病力V型菌系(GD-V)和弱致病力II型菌系(C2),关联分析定位MAGIC群体对白叶枯病的抗性QTL,筛选抗病种质。结果表明,大多数亲本对C2菌系表现抗病,而对GD-V菌系表现感病,3个MAGIC群体的病斑长度均出现超亲分离。共检测到7个白叶枯病抗性QTL,大多表现数量抗性,而且抗性QTL表达存在明显的遗传背景效应。QBbr11-1和QBbr11-2受遗传背景影响较小,具有一定的育种应用价值。从3个群体筛选出8份不同抗病QTL聚合的抗病材料,表明质量抗性基因和水平抗性数量性状位点的结合可以显著提高抗性水平。8份不同抗病QTL的聚合系可以用作抗病育种的中间抗源。研究结果表明,MAGIC群体可以将遗传研究和育种应用有机结合,是遗传研究和开展标记辅助育种的理想群体。 展开更多
关键词 MAGIC 水稻白叶枯病 QTL 全基因组关联分析 水稻
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全基因组关联定位籼稻种质资源外观和加工品质QTL 被引量:9
10
作者 方雅洁 朱亚军 +4 位作者 吴志超 陈凯 申聪聪 石英尧 徐建龙 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期32-42,共11页
以400份籼稻变异丰富的种质资源材料在2个环境下考察外观与加工品质性状表型,利用404k高密度SNP基因型进行全基因组关联分析,挖掘影响外观与加工品质性状的重要位点。结果表明,粒形和籼米的外观和加工品质密切相关,垩白性状降低稻米的... 以400份籼稻变异丰富的种质资源材料在2个环境下考察外观与加工品质性状表型,利用404k高密度SNP基因型进行全基因组关联分析,挖掘影响外观与加工品质性状的重要位点。结果表明,粒形和籼米的外观和加工品质密切相关,垩白性状降低稻米的精米率和整精米率,除粒形外,籼稻的外观和加工品质明显受到环境影响。全基因组关联分析共鉴定到39个QTL,其中17个为新位点,6个新位点(q MRR9、q GL2、q GL10、q GW1、q GLWR1和q GLWR2.1)在2个环境下均被检测到,暗示这6个位点在水稻外观与加工品质上可能是不依赖于环境稳定表达的QTL。此外,21个控制稻米外观品质的位点很可能具一因多效。结合前人研究结果,我们推论q SW5、GSE5和GS3在籼稻外观和加工品质性状上扮演着关键性角色。研究结果为克隆新的外观与加工品质基因,以及通过分子手段加速培育优质高产籼稻新品种提供了指导信息。 展开更多
关键词 籼稻种质资源 外观与加工品质 全基因组关联分析 数量性状座位
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腐熟水稻秸秆营养土对烟苗生长的影响 被引量:7
11
作者 李华伟 谭军 +5 位作者 李春顺 张一杨 刘皖慧 许清孝 李宏光 王生才 《湖南农业科学》 2018年第2期43-46,49,共5页
为了研制绿色环保、可持续的适宜烟苗假植生长的新型营养土,以"火土灰"为对照,选取腐熟水稻秸秆和消毒土壤为原料,按不同体积比配制新型营养土,研究其对烟苗生长发育的影响。研究结果表明:随着腐熟水稻秸秆比例的增加,营养土... 为了研制绿色环保、可持续的适宜烟苗假植生长的新型营养土,以"火土灰"为对照,选取腐熟水稻秸秆和消毒土壤为原料,按不同体积比配制新型营养土,研究其对烟苗生长发育的影响。研究结果表明:随着腐熟水稻秸秆比例的增加,营养土干、湿容重均极显著降低,最大持水量、总孔隙度、通气空隙度、大小孔隙比和pH值均极显著升高。按消毒土壤∶腐熟水稻秸秆为3∶1和2∶1比例配制的营养土T_3和T_4具有良好的吸水性和保水性,最适合假植烟苗的生长发育。该营养土假植的烟苗各项农艺性状最佳,根系发育最好,叶绿素含量、根系活力及硝酸还原酶活性都最高,并且各项指标均显著高于对照。因此,新型营养土T_3和T_4最适合假植烟苗生长发育,可以取代"火土灰",进行广泛推广。 展开更多
关键词 烤烟 假植 营养土 水稻秸秆
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