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棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
1
作者
乔丹
白冰楠
+12 位作者
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
《中国棉花》
2024年第4期25-34,共10页
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个...
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系(recombinant inbred line,RIL)的群体,在2年2个地点(河南省安阳县、河北省威县)对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定,结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotide,QTN)位点并筛选候选基因。结果发现:在4个环境下,6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布,除籽粒圆度外,其他性状均呈显著正相关,且在RIL群体中存在丰富的表型变异,变异系数范围为3.46%~10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点,分布于21条染色体上,其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据,初步推测Gh_D05G1018和Gh_A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。
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关键词
陆地棉
棉籽大小
全基因组关联分析
重组自交系群体
单核苷酸多态性
数量性状核苷酸
候选基因
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题名
棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
1
作者
乔丹
白冰楠
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
机构
新疆
农业
大学
/棉花
教育部工程
研究
中心
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物育种与综合利用国家重点实验室
喀什大学现代农
学院
出处
《中国棉花》
2024年第4期25-34,共10页
基金
国家自然科学基金(32070560)
中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP-2016-ICR)
+3 种基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金(2021D01B114)
新疆维吾尔自治区重大科技专项计划(2021A02001-3)
新疆喀什地区科技计划(KS2023003)
国家现代农业产业技术体系(CARS-15-02)。
文摘
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系(recombinant inbred line,RIL)的群体,在2年2个地点(河南省安阳县、河北省威县)对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定,结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotide,QTN)位点并筛选候选基因。结果发现:在4个环境下,6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布,除籽粒圆度外,其他性状均呈显著正相关,且在RIL群体中存在丰富的表型变异,变异系数范围为3.46%~10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点,分布于21条染色体上,其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据,初步推测Gh_D05G1018和Gh_A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。
关键词
陆地棉
棉籽大小
全基因组关联分析
重组自交系群体
单核苷酸多态性
数量性状核苷酸
候选基因
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
乔丹
白冰楠
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
《中国棉花》
2024
0
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