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汶上芦花鸡保种群体一对等位基因遗传漂变的计算机模拟 被引量:2
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作者 李国辉 韩威 +4 位作者 张会永 王洪志 殷建玫 尤哲夫 苏一军 《天津农业科学》 CAS 2016年第9期63-66,共4页
小群保种是我国家禽遗传资源保护的一种重要方式。在假定汶上芦花鸡保种群体不发生基因突变的情况下,群体内实行家系等量随机留种,采用计算机模拟方法研究一对等位基因(PRL基因)在群体内的实际频率和假设不同基因频率、不同群体规模保... 小群保种是我国家禽遗传资源保护的一种重要方式。在假定汶上芦花鸡保种群体不发生基因突变的情况下,群体内实行家系等量随机留种,采用计算机模拟方法研究一对等位基因(PRL基因)在群体内的实际频率和假设不同基因频率、不同群体规模保种群体内一对等位基因座位的遗传漂变。模拟试验共进行了800个世代。结果表明:汶上芦花鸡保种群体(群体实际有效含量为102)20世代后等位基因的丢失或固定率达5.34%。在假设群体中,群体规模越大,基因由于随机遗传漂变而发生丢失或固定的概率也越低。群体规模太小以及基因的初始频率过低或过高,均会增加基因丢失或固定的风险。 展开更多
关键词 汶上芦花鸡 等位基因 基因频率 遗传漂变 计算机模拟
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禽白血病病毒感染鸡肝脏的转录组变化与新基因分析 被引量:3
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作者 李国辉 韩威 +3 位作者 张会永 王洪志 殷建玫 苏一军 《中国家禽》 北大核心 2016年第12期16-20,共5页
试验以禽白血病病毒感染汶上芦花鸡和正常汶上芦花鸡肝脏为研究对象,利用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序,分析基因组结构信息及挖掘新转录本及新基因的功能,6个样品共获得254 413 928条有效数据(Clean Reads),总计32.05 Gb。得到... 试验以禽白血病病毒感染汶上芦花鸡和正常汶上芦花鸡肝脏为研究对象,利用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序,分析基因组结构信息及挖掘新转录本及新基因的功能,6个样品共获得254 413 928条有效数据(Clean Reads),总计32.05 Gb。得到可靠的SNP位点673 689个,其中位于基因区的SNP位点469 160个,基因间的SNP位点204 544个。6个样品中平均8 249个基因涉及可变剪接,其中外显子跳跃事件比例最大,其次为第一个外显子可变剪接事件,并对6 283个基因结构进行了优化,修正基因的边界。与所选鸡的参考基因组序列进行对比,共发掘新基因1 446个,其中1 058个新基因得到功能注释。研究进一步完善汶上芦花鸡的基因结构信息,为发掘潜在的新抗白血病基因提供分子水平依据。 展开更多
关键词 转录组测序 汶上芦花鸡 SNP 基因结构 功能注释
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基于RAD-seq简化基因组测序估算狼山鸡分子亲缘系数和近交系数 被引量:9
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作者 曹愉夏 韩威 +7 位作者 李国辉 邹剑敏 薛倩 张会永 殷建玫 朱云芬 苏一军 王克华 《中国家禽》 北大核心 2019年第10期14-19,共6页
为准确度量狼山鸡保种群体的近交统计量,并比较不同算法在近交统计量度量中的可靠性,研究以国家级地方鸡种基因库保存的狼山鸡为研究对象,通过RAD-seq简化基因组测序获得高密度SNP信息,并计算两种分子亲缘系数(kin1和kin2)和四种分子近... 为准确度量狼山鸡保种群体的近交统计量,并比较不同算法在近交统计量度量中的可靠性,研究以国家级地方鸡种基因库保存的狼山鸡为研究对象,通过RAD-seq简化基因组测序获得高密度SNP信息,并计算两种分子亲缘系数(kin1和kin2)和四种分子近交系数(FROH、FGRM、FHOM和FUNI)。结果表明:kin1对系谱记录中全同胞、半同胞的检出率较高(93/117);FGRM、FHOM和FUNI三种分子近交系数两两之间极显著相关(P<0.01),FROH(FROH>100、FROH>1 000和FROH>3 000)与FGRM、FHOM和FUNI的相关系数较低,仅FROH>100与FHOM达到极显著正相关(P<0.01)。基于高密度SNPs估算的kin1为较准确的狼山鸡分子亲缘系数,可用于狼山鸡保种群的系谱校正;高密度SNP标记有利于检测到短的ROH,同时提高FROH与FGRM、FHOM和FUNI的正相关性。 展开更多
关键词 狼山鸡 简化基因组测序 分子亲缘系数 分子近交系数
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芦花鸡H系生长及累计产蛋数曲线拟合分析 被引量:12
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作者 李国辉 韩威 +4 位作者 张会永 王洪志 殷建玫 王晓峰 苏一军 《中国家禽》 北大核心 2016年第20期60-62,共3页
为了解芦花鸡H系在育种及生产过程中生长发育和产蛋的规律,采用三种非线性生长模型Logistic、Gompertz和Bertalanffy对芦花鸡H系的生长和累计产蛋数进行拟合,结果表明,三种模型都能对其生长和累计产蛋数进行拟合,拟合度(R^2)都在0.990... 为了解芦花鸡H系在育种及生产过程中生长发育和产蛋的规律,采用三种非线性生长模型Logistic、Gompertz和Bertalanffy对芦花鸡H系的生长和累计产蛋数进行拟合,结果表明,三种模型都能对其生长和累计产蛋数进行拟合,拟合度(R^2)都在0.990以上。Bertalanffy模型对芦花鸡H系体重累积生长和累计产蛋数曲线拟合效果最佳,拟合的成熟体重为1 236.84 g,极限产蛋数为236.98个,结果符合芦花鸡H系的实际生产情况。因此,在育种和生产中可以运用该模型对芦花鸡H系的生长曲线和累计产蛋数进行估计与预测。 展开更多
关键词 芦花鸡H系 生长曲线 累计产蛋数 产蛋曲线 非线性模型
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文昌鸡性成熟启动前后下丘脑c-Myc/LIN28B/let-7a通路表达规律分析 被引量:5
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作者 韩威 苏一军 +5 位作者 朱云芬 李国辉 张会永 殷建玫 王克华 邹剑敏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期709-715,共7页
本研究旨在分析c-Myc/LIN28B/let-7a调节通路与鸡性成熟启动的关联。测定5~17周龄文昌鸡母鸡卵巢重量、最大卵泡直径、输卵管长度及冠大小的发育性变化,并采用qRT-PCR检测c-Myc/LIN28B/let-7a基因在性成熟启动前后下丘脑中的表达。结... 本研究旨在分析c-Myc/LIN28B/let-7a调节通路与鸡性成熟启动的关联。测定5~17周龄文昌鸡母鸡卵巢重量、最大卵泡直径、输卵管长度及冠大小的发育性变化,并采用qRT-PCR检测c-Myc/LIN28B/let-7a基因在性成熟启动前后下丘脑中的表达。结果表明,在发育早期,文昌鸡性腺组织发育缓慢,卵泡保持原始状态。12周龄后,性腺组织进入快速发育期,13周龄母鸡的卵巢重量(1.35g)和输卵管长度(15.68cm)与12周龄测量值(0.60g,7.16cm)相比分别增加了125%和120%,同时出现等级前小白卵泡(SWF,直径1.0~2.0 mm)或大白卵泡(LWF,直径3.0~5.0mm),由此确定,12~13周龄为文昌鸡母鸡的性成熟启动关键时机。qRT-PCR检测表明,c-Myc、LIN28B基因在文昌鸡性成熟启动时,下丘脑组织中的表达水平显著降低(P〈0.05,P〈0.01),且c-Myc基因的低表达能够持续到开产,而LIN28B基因表达水平在开产前(15周龄)又恢复至较高水平;性成熟启动后let-7a表达水平显著升高(P〈0.01),并持续至开产。综上表明,c-Myc→LIN28B┤let-7a通路参与鸡性成熟启动调节。 展开更多
关键词 文昌鸡 性成熟启动 下丘脑 基因表达
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鸡性成熟启动前后下丘脑microRNA表达谱分析 被引量:1
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作者 韩威 盛中伟 +7 位作者 朱云芬 李国辉 王洪志 张会永 殷建玫 苏一军 王克华 邹剑敏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期23-30,共8页
本研究旨在探讨miRNA在鸡性成熟启动调控中的作用。利用Solexa高通量测序技术检测了鸡性成熟启动前(Before puberty onset,BPO)和性成熟启动后(After puberty onset,APO)下丘脑中miRNA表达谱,通过生物信息学方法进行靶基因预测和功能分... 本研究旨在探讨miRNA在鸡性成熟启动调控中的作用。利用Solexa高通量测序技术检测了鸡性成熟启动前(Before puberty onset,BPO)和性成熟启动后(After puberty onset,APO)下丘脑中miRNA表达谱,通过生物信息学方法进行靶基因预测和功能分析。结果表明,在鸡下丘脑中鉴定出374个已知miRNAs、46个新miRNAs,144个已知miRNAs(reads>10)的表达水平在性成熟启动前后发生了显著改变(P<0.05)。5个差异表达miRNAs被qRT-PCR方法进一步验证。15个差异最显著miRNA(|log2(fold-change)|>2.0,P<0.01)预测到2 013个靶基因,GO富集和KEGG调节通路分析结果表明,这些差异表达miRNAs在性成熟启动转录调节和信号转导通路中发挥了重要作用。综上表明,miRNA是参与鸡性成熟启动新的调节因子。鉴于miRNA功能的保守性,该研究结果将为深入开展动物(包括人类)性成熟的分子调控机制研究提供新的理论依据。 展开更多
关键词 性成熟启动 下丘脑 miRNA表达谱
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