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利用地理信息系统对我国羊弓形虫流行病学数据的调查与分析
被引量：
15
1
作者
闫俊宇
包梦楠
+5 位作者
刘丹
吴琼
宾晨
李凌丹
Hosein Salehian-Dehkordi
熊涛
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期206-213,共8页
为了解我国羊弓形虫的流行情况,本研究对1991年~2023年近30年收录的羊弓形虫流行病学文献中我国22个省区的94 891份临床羊血清样品数据,采用Arc GIS10.2软件中的点密度和核密度分析法分析羊弓形虫在不同地区采样点的分布及聚集性;采用Ex...
为了解我国羊弓形虫的流行情况,本研究对1991年~2023年近30年收录的羊弓形虫流行病学文献中我国22个省区的94 891份临床羊血清样品数据,采用Arc GIS10.2软件中的点密度和核密度分析法分析羊弓形虫在不同地区采样点的分布及聚集性;采用Excel 2010软件统计不同省份、地区及7个地理分区羊弓形虫的平均阳性率(以下均简称为阳性率);采用SPSS软件对上述地区的阳性率进行卡方检验;通过Arc GIS10.2软件做羊弓形虫阳性率分级(阳性率分为6个等级)的统计分析,以分析羊弓形虫在不同地区的分布状况。点密度和核密度结果显示,除12个地区外其他地区均有羊弓形虫调查数据的报告;羊弓形虫在青海、甘肃、河南、内蒙古、云南、新疆等地呈点的聚集性分布,在青海和甘肃省呈密集性分布。统计结果显示,我国羊弓形虫平均阳性率为10.37%(8869/94891),不同省份的阳性率在3.09%~30.49%;7个地理分区羊弓形虫的阳性率为14.4%~30.49%,其中西南地区阳性率最高为30.49%(3059/12245),主要包括重庆、云南、贵州,羊弓形虫阳性率依次为45.06%(310/688)、28.63%(1830/6392)和17.79%(919/5165)。西北地区的阳性率最低,为14.4%(3879/58038),主要包括陕西、甘肃、新疆、青海,羊弓形虫阳性率依次为29.82%(99/332)、17.12%(1353/7905)、6.03%(487/8071)、4.56%(1940/41730)。分级统计结果显示,秦岭淮河以北的省份对羊弓形虫的流行病学调查较多,且平均阳性率为20%以下居多,大多属于1级、2级地区,但其中华北地区平均阳性率为20.78%(737/4562),为3级地区。秦岭淮河以南只有一半省份有调查数据,主要集中在西南地区,平均阳性率为30.49%(3059/12245),为4级地区;其次是华东、华中地区,阳性率分别为18.7%(422/2329)和16.32%(1584/15474),均为2级地区,但其中的重庆市可达5级。上述结果表明,我国大部分地区均存在羊弓形虫且呈地方性流行,西南、华北地区应加强对羊弓形虫流行病学的监测与防治。利用ArcGIS10.2软件分析羊弓形虫的分布与海拔等气候条件的关系;采用全域莫兰指数(Moran’s I指数)、高低值聚类(General G指数)分析羊弓形虫分布地区的空间自相关性。通过ArcGIS10.2软件对弓形虫分布的冷热点分析,结果显示,海拔2 000 m以下地区的羊弓形虫阳性率均较高,为10%~30%,且低海拔、高温高湿和雨热地区羊弓形虫的阳性率均较高,提示上述地区需加强对羊弓形虫流行病学的监控与防治。弓形虫感染的空间自相关性分析结果表明我国羊弓形虫的分布地区之间存在关联性(Moran’s I指数>0)和聚集性(General G指数>0),且分布点之间具有极强关联性(General G指数中的Z>0)。冷热点分析显示,我国秦岭淮河两侧的湖南和安徽部分地区、贵州、河南及西北地区的青海和甘肃大部分地区均为热点地区。因此要在集中养殖区重点监测及防治羊弓形虫病,以阻止羊弓形虫的聚集性流行。本研究对羊弓形虫病的科学防控决策的制定具有重要指导意义。
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关键词
地理信息系统(GIS)
动物流行病学
弓形虫
羊
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职称材料
肉牛基因组拷贝数变异研究进展
2
作者
刘锋
许博然
+12 位作者
武嘉远
赵志达
吴天弋
徐林波
王泽昭
郑彩宏
陈燕
张路培
高雪
高会江
李俊雅
朱波
徐凌洋
《中国畜禽种业》
2025年第11期75-89,共15页
基因组拷贝数变异(Genomic copy number variation, CNV)作为重要的结构变异,通过基因剂量效应、位置效应等机制影响基因表达,在肉牛遗传育种中具有重要意义。该文系统阐述了肉牛基因组拷贝数变异研究的核心进展:首先阐释基因组拷贝数...
基因组拷贝数变异(Genomic copy number variation, CNV)作为重要的结构变异,通过基因剂量效应、位置效应等机制影响基因表达,在肉牛遗传育种中具有重要意义。该文系统阐述了肉牛基因组拷贝数变异研究的核心进展:首先阐释基因组拷贝数变异的定义及主要形成机制,包括非同源末端连接、非等位同源重组和复制叉停滞模板转换等。检测技术方面,从早期的比较基因组杂交芯片(Comparative genomic hybridization chips)和单核苷酸多态性芯片(Single nucleotide polymorphism arrays)技术,到第二代测序(Next generation sequencing)技术,再到最新的第三代测序(Third generation Sequencing, TGS)技术,测序精度与效率逐步提升,推动了肉牛全基因组拷贝数变异的精准检测和深入研究;比较基因组杂交芯片技术揭示了肉牛品种特异性基因组拷贝数变异区域与种群分化的关联;单核苷酸多态性芯片技术通过高密度标记筛选出与生长、肉质性状相关的候选基因组拷贝数变异;第二代测序技术则在大规模群体中鉴定出适应性进化和抗病相关的基因组拷贝数变异基因,如嗅觉受体、病原体抗性基因等。最新的第三代测序技术凭借读长优势,在复杂基因组区域组装和结构变异精确鉴定中展现出独特价值,已成功解析瘤牛免疫相关基因拷贝数扩张、牦牛高原适应性候选基因等关键遗传特征。研究表明基因组拷贝数变异通过调控KCNJ12、 SYT11、 GBP2等基因表达,显著影响肉牛生长速度、肌内脂肪沉积及抗病能力。然而,当前研究仍面临数据准确性、检测成本和复杂数据分析等挑战。未来肉牛基因组拷贝数变异研究通过TGS驱动的泛基因组构建与单细胞多组学技术融合,基因组拷贝数变异标记有望在解析复杂性状遗传机制、开发高精度分子育种标记等方面发挥更大作用,同时结合人工智能解析基因组拷贝数变异功能机制,对肉牛群体复杂性状遗传机制解析具有重大意义。
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关键词
基因组拷贝数变异
肉牛
检测技术
第三代测序
研究进展
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职称材料
题名
利用地理信息系统对我国羊弓形虫流行病学数据的调查与分析
被引量：
15
1
作者
闫俊宇
包梦楠
刘丹
吴琼
宾晨
李凌丹
Hosein Salehian-Dehkordi
熊涛
机构
长江大学动物
科学
技术
学院
长江大学生命
科学
学院
中国农业科学院北方农牧业技术创新中心
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期206-213,共8页
基金
中国农业科学院北方农牧业科技创新中心项目(BFGJ2022002)。
文摘
为了解我国羊弓形虫的流行情况,本研究对1991年~2023年近30年收录的羊弓形虫流行病学文献中我国22个省区的94 891份临床羊血清样品数据,采用Arc GIS10.2软件中的点密度和核密度分析法分析羊弓形虫在不同地区采样点的分布及聚集性;采用Excel 2010软件统计不同省份、地区及7个地理分区羊弓形虫的平均阳性率(以下均简称为阳性率);采用SPSS软件对上述地区的阳性率进行卡方检验;通过Arc GIS10.2软件做羊弓形虫阳性率分级(阳性率分为6个等级)的统计分析,以分析羊弓形虫在不同地区的分布状况。点密度和核密度结果显示,除12个地区外其他地区均有羊弓形虫调查数据的报告;羊弓形虫在青海、甘肃、河南、内蒙古、云南、新疆等地呈点的聚集性分布,在青海和甘肃省呈密集性分布。统计结果显示,我国羊弓形虫平均阳性率为10.37%(8869/94891),不同省份的阳性率在3.09%~30.49%;7个地理分区羊弓形虫的阳性率为14.4%~30.49%,其中西南地区阳性率最高为30.49%(3059/12245),主要包括重庆、云南、贵州,羊弓形虫阳性率依次为45.06%(310/688)、28.63%(1830/6392)和17.79%(919/5165)。西北地区的阳性率最低,为14.4%(3879/58038),主要包括陕西、甘肃、新疆、青海,羊弓形虫阳性率依次为29.82%(99/332)、17.12%(1353/7905)、6.03%(487/8071)、4.56%(1940/41730)。分级统计结果显示,秦岭淮河以北的省份对羊弓形虫的流行病学调查较多,且平均阳性率为20%以下居多,大多属于1级、2级地区,但其中华北地区平均阳性率为20.78%(737/4562),为3级地区。秦岭淮河以南只有一半省份有调查数据,主要集中在西南地区,平均阳性率为30.49%(3059/12245),为4级地区;其次是华东、华中地区,阳性率分别为18.7%(422/2329)和16.32%(1584/15474),均为2级地区,但其中的重庆市可达5级。上述结果表明,我国大部分地区均存在羊弓形虫且呈地方性流行,西南、华北地区应加强对羊弓形虫流行病学的监测与防治。利用ArcGIS10.2软件分析羊弓形虫的分布与海拔等气候条件的关系;采用全域莫兰指数(Moran’s I指数)、高低值聚类(General G指数)分析羊弓形虫分布地区的空间自相关性。通过ArcGIS10.2软件对弓形虫分布的冷热点分析,结果显示,海拔2 000 m以下地区的羊弓形虫阳性率均较高,为10%~30%,且低海拔、高温高湿和雨热地区羊弓形虫的阳性率均较高,提示上述地区需加强对羊弓形虫流行病学的监控与防治。弓形虫感染的空间自相关性分析结果表明我国羊弓形虫的分布地区之间存在关联性(Moran’s I指数>0)和聚集性(General G指数>0),且分布点之间具有极强关联性(General G指数中的Z>0)。冷热点分析显示,我国秦岭淮河两侧的湖南和安徽部分地区、贵州、河南及西北地区的青海和甘肃大部分地区均为热点地区。因此要在集中养殖区重点监测及防治羊弓形虫病,以阻止羊弓形虫的聚集性流行。本研究对羊弓形虫病的科学防控决策的制定具有重要指导意义。
关键词
地理信息系统(GIS)
动物流行病学
弓形虫
羊
Keywords
geographic information system(GIS)
animal epidemiology
Toxoplasma gondi
sheep
分类号
S855.9 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
肉牛基因组拷贝数变异研究进展
2
作者
刘锋
许博然
武嘉远
赵志达
吴天弋
徐林波
王泽昭
郑彩宏
陈燕
张路培
高雪
高会江
李俊雅
朱波
徐凌洋
机构
中国农业科学院
北京畜牧兽医研究所
出处
《中国畜禽种业》
2025年第11期75-89,共15页
基金
国家自然科学基金(32272835,32272843)
财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系
+1 种基金
中国农业科学院创新工程(CAAS-ZDRW202102)
呼和浩特市产业技术创新研究院(2022RC-IRI-5)。
文摘
基因组拷贝数变异(Genomic copy number variation, CNV)作为重要的结构变异,通过基因剂量效应、位置效应等机制影响基因表达,在肉牛遗传育种中具有重要意义。该文系统阐述了肉牛基因组拷贝数变异研究的核心进展:首先阐释基因组拷贝数变异的定义及主要形成机制,包括非同源末端连接、非等位同源重组和复制叉停滞模板转换等。检测技术方面,从早期的比较基因组杂交芯片(Comparative genomic hybridization chips)和单核苷酸多态性芯片(Single nucleotide polymorphism arrays)技术,到第二代测序(Next generation sequencing)技术,再到最新的第三代测序(Third generation Sequencing, TGS)技术,测序精度与效率逐步提升,推动了肉牛全基因组拷贝数变异的精准检测和深入研究;比较基因组杂交芯片技术揭示了肉牛品种特异性基因组拷贝数变异区域与种群分化的关联;单核苷酸多态性芯片技术通过高密度标记筛选出与生长、肉质性状相关的候选基因组拷贝数变异;第二代测序技术则在大规模群体中鉴定出适应性进化和抗病相关的基因组拷贝数变异基因,如嗅觉受体、病原体抗性基因等。最新的第三代测序技术凭借读长优势,在复杂基因组区域组装和结构变异精确鉴定中展现出独特价值,已成功解析瘤牛免疫相关基因拷贝数扩张、牦牛高原适应性候选基因等关键遗传特征。研究表明基因组拷贝数变异通过调控KCNJ12、 SYT11、 GBP2等基因表达,显著影响肉牛生长速度、肌内脂肪沉积及抗病能力。然而,当前研究仍面临数据准确性、检测成本和复杂数据分析等挑战。未来肉牛基因组拷贝数变异研究通过TGS驱动的泛基因组构建与单细胞多组学技术融合,基因组拷贝数变异标记有望在解析复杂性状遗传机制、开发高精度分子育种标记等方面发挥更大作用,同时结合人工智能解析基因组拷贝数变异功能机制,对肉牛群体复杂性状遗传机制解析具有重大意义。
关键词
基因组拷贝数变异
肉牛
检测技术
第三代测序
研究进展
Keywords
Genomic copy number variation
Beef cattle
Detection techniques
TGS
Research progress
分类号
S813.3 [农业科学]
S823 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用地理信息系统对我国羊弓形虫流行病学数据的调查与分析
闫俊宇
包梦楠
刘丹
吴琼
宾晨
李凌丹
Hosein Salehian-Dehkordi
熊涛
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
15
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职称材料
2
肉牛基因组拷贝数变异研究进展
刘锋
许博然
武嘉远
赵志达
吴天弋
徐林波
王泽昭
郑彩宏
陈燕
张路培
高雪
高会江
李俊雅
朱波
徐凌洋
《中国畜禽种业》
2025
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