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公牛精子耐冻性相关基因多态性位点的挖掘与功能验证
1
作者
李晓彤
王鹏宇
+6 位作者
方颖妍
于鸿希
张毅
王雅春
张元沛
李彦芹
姜力
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第4期1981-1988,共8页
旨在挖掘影响公牛精子耐冻性的关键基因和分子标记并应用于奶牛的分子育种。本研究基于前期组学研究结果挖掘到ATP5F1A、DNASE2、LPO等11个与公牛精子耐冻性相关的重要候选基因,针对其外显子设计引物进行PCR混池测序检测遗传变异位点。...
旨在挖掘影响公牛精子耐冻性的关键基因和分子标记并应用于奶牛的分子育种。本研究基于前期组学研究结果挖掘到ATP5F1A、DNASE2、LPO等11个与公牛精子耐冻性相关的重要候选基因,针对其外显子设计引物进行PCR混池测序检测遗传变异位点。随后采用飞行时间质谱方法在130头健康的公牛资源群体中对重要位点进行基因型分析和关联分析。其中,精子高耐冻组公牛55头,鲜精平均活力为0.68,冻后平均活力为0.42;精子低耐冻组公牛75头,鲜精平均活力为0.65,冻后平均活力为0.32。结果最终检测到14个重要SNPs位点,其中ATP5F1A基因外显子上的rs110909003 SNP(C/T)位点与公牛精子的耐冻性显著相关(P=0.009)。利用Western blot检测该位点不同基因型公牛精子中ATP5F1A蛋白的表达,结果显示与TT型个体相比,CC型个体精子中ATP5F1A蛋白表达量显著上升。本研究挖掘到与公牛精子耐冻性显著相关的基因ATP5F1A,以及位于该基因内的重要分子标记rs110909003,推测其可能通过影响线粒体的氧化磷酸化过程影响精子的耐冻性。研究结果为荷斯坦种公牛冻后精液品质性状分子选育提供了重要信息。
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关键词
荷斯坦牛
精子
耐冻性
功能基因
分子标记
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职称材料
基于不同方法的微量细胞全基因组遗传变异检测和比较分析
2
作者
石庆珍
徐鸿洋
+4 位作者
张燕
张毅
王雅春
韩建永
姜力
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期4311-4324,共14页
旨在用不同方法对微量细胞全基因组遗传变异进行检测和比较分析。本研究首先以3、5、7、10个猪耳缘成纤维细胞为试验材料,利用不同方法提取微量细胞基因组,进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),比较不同细胞数及不同提取方...
旨在用不同方法对微量细胞全基因组遗传变异进行检测和比较分析。本研究首先以3、5、7、10个猪耳缘成纤维细胞为试验材料,利用不同方法提取微量细胞基因组,进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),比较不同细胞数及不同提取方法之间的遗传变异检测性能。随后利用牛囊胚的5个和7个滋养外胚层细胞获得的基因组进行全基因组测序和SNP芯片技术的比较分析,每组均进行3次重复。结果表明,针对不同细胞数,基于全基因组扩增技术(whole genomic amplification,WGA)的MDA(multiple displacement amplification)方法均比其他方法的DNA产物浓度、测序质量及SNP检出性能效果更优。使用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7、10细胞数的DNA浓度显著高于3、5细胞数,但质量评估的各项性能基本无显著差异,且不同细胞数检测到的SNP位点数量相似。5、7细胞数的Illumina Bovine GGP芯片SNP位点call rate分别为74.09%和81.52%。全基因组测序相较于芯片可以获得更丰富的遗传变异信息,但两种检测手段共同检测到的SNP以及基因型相同的位点数占比较低。综上所述,本研究系统比较了不同细胞数下不同微量细胞基因组提取方法以及不同全基因组遗传变异检测技术的各项性能,结果显示利用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7细胞进行二代测序可得到较为准确且稳定的结果,本研究建立了一套较为可靠的家畜胚胎微量细胞样品基因组提取和遗传变异检测方案,为将来实现准确的胚胎基因组选择和胚胎质量评估具有重要的意义和价值。
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关键词
微量细胞
胚胎
全基因组扩增
重测序
SNP芯片
遗传变异
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职称材料
题名
公牛精子耐冻性相关基因多态性位点的挖掘与功能验证
1
作者
李晓彤
王鹏宇
方颖妍
于鸿希
张毅
王雅春
张元沛
李彦芹
姜力
机构
中国农业大学动物科学技术学院畜禽生物育种全国重点实验室
山东奥克斯畜牧种业有限公司
山东省
农业
科学
院畜牧兽医研究所
出处
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第4期1981-1988,共8页
基金
国家重点研发计划项目(2022YFD1302200)
国家现代农业产业技术体系(CARS-36)。
文摘
旨在挖掘影响公牛精子耐冻性的关键基因和分子标记并应用于奶牛的分子育种。本研究基于前期组学研究结果挖掘到ATP5F1A、DNASE2、LPO等11个与公牛精子耐冻性相关的重要候选基因,针对其外显子设计引物进行PCR混池测序检测遗传变异位点。随后采用飞行时间质谱方法在130头健康的公牛资源群体中对重要位点进行基因型分析和关联分析。其中,精子高耐冻组公牛55头,鲜精平均活力为0.68,冻后平均活力为0.42;精子低耐冻组公牛75头,鲜精平均活力为0.65,冻后平均活力为0.32。结果最终检测到14个重要SNPs位点,其中ATP5F1A基因外显子上的rs110909003 SNP(C/T)位点与公牛精子的耐冻性显著相关(P=0.009)。利用Western blot检测该位点不同基因型公牛精子中ATP5F1A蛋白的表达,结果显示与TT型个体相比,CC型个体精子中ATP5F1A蛋白表达量显著上升。本研究挖掘到与公牛精子耐冻性显著相关的基因ATP5F1A,以及位于该基因内的重要分子标记rs110909003,推测其可能通过影响线粒体的氧化磷酸化过程影响精子的耐冻性。研究结果为荷斯坦种公牛冻后精液品质性状分子选育提供了重要信息。
关键词
荷斯坦牛
精子
耐冻性
功能基因
分子标记
Keywords
Holstein cattle
sperm
freezability
functional genes
molecular markers
分类号
S823.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
基于不同方法的微量细胞全基因组遗传变异检测和比较分析
2
作者
石庆珍
徐鸿洋
张燕
张毅
王雅春
韩建永
姜力
机构
中国农业大学动物科学技术学院畜禽生物育种全国重点实验室
中国农业大学
生物
学院
山东奥克斯畜牧种业有限公司
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期4311-4324,共14页
基金
国家重点研发项目(2022YFD1302200)。
文摘
旨在用不同方法对微量细胞全基因组遗传变异进行检测和比较分析。本研究首先以3、5、7、10个猪耳缘成纤维细胞为试验材料,利用不同方法提取微量细胞基因组,进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),比较不同细胞数及不同提取方法之间的遗传变异检测性能。随后利用牛囊胚的5个和7个滋养外胚层细胞获得的基因组进行全基因组测序和SNP芯片技术的比较分析,每组均进行3次重复。结果表明,针对不同细胞数,基于全基因组扩增技术(whole genomic amplification,WGA)的MDA(multiple displacement amplification)方法均比其他方法的DNA产物浓度、测序质量及SNP检出性能效果更优。使用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7、10细胞数的DNA浓度显著高于3、5细胞数,但质量评估的各项性能基本无显著差异,且不同细胞数检测到的SNP位点数量相似。5、7细胞数的Illumina Bovine GGP芯片SNP位点call rate分别为74.09%和81.52%。全基因组测序相较于芯片可以获得更丰富的遗传变异信息,但两种检测手段共同检测到的SNP以及基因型相同的位点数占比较低。综上所述,本研究系统比较了不同细胞数下不同微量细胞基因组提取方法以及不同全基因组遗传变异检测技术的各项性能,结果显示利用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7细胞进行二代测序可得到较为准确且稳定的结果,本研究建立了一套较为可靠的家畜胚胎微量细胞样品基因组提取和遗传变异检测方案,为将来实现准确的胚胎基因组选择和胚胎质量评估具有重要的意义和价值。
关键词
微量细胞
胚胎
全基因组扩增
重测序
SNP芯片
遗传变异
Keywords
trace cells
embryo
whole genome amplification
resequencing
SNP chip
genetic variation
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
公牛精子耐冻性相关基因多态性位点的挖掘与功能验证
李晓彤
王鹏宇
方颖妍
于鸿希
张毅
王雅春
张元沛
李彦芹
姜力
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于不同方法的微量细胞全基因组遗传变异检测和比较分析
石庆珍
徐鸿洋
张燕
张毅
王雅春
韩建永
姜力
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
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职称材料
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