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通过加权基因共表达网络构建结肠癌的预后风险标志物及其临床意义
1
作者
李轶辉
彭浩
+2 位作者
许玉春
郭蓉
龚维
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2024年第1期69-79,共11页
目的结肠癌(colon adenocarcinoma,COAD)患者预后较差。因此筛选结肠癌预后相关基因,建立结肠癌新的预后风险评估模型。方法基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库中结...
目的结肠癌(colon adenocarcinoma,COAD)患者预后较差。因此筛选结肠癌预后相关基因,建立结肠癌新的预后风险评估模型。方法基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库中结肠癌相关数据,分别作为训练集和验证集。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、Cox回归模型结合最小绝对值选择与收缩算子(least absolute selection and shrinkage operator,LASSO)回归分析筛选结肠癌预后相关基因并构建预后模型,受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)结合生存曲线验证模型的准确性,并建立列线图。根据中位值将患者分为两组,免疫细胞阳性比例分数(immune cell proportion score,IPS)评估两组患者免疫治疗反应。结果最终筛选出15个特征基因,以此建立结肠癌患者预后预测模型的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC),AUC>0.6,高风险组生存率显著低于低风险组(P<0.05),该模型可较好地区分高、低风险组结肠癌患者。低风险组患者拥有较高的免疫细胞阳性比例(immune cell proportion score,IPS)评分(P=0.026),对免疫治疗反应效果更好。结论建立的结肠癌预后模型对结肠癌高风险和低风险人群的生存情况具有较好的预测能力。
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关键词
结肠癌
预后
转录组学
癌症基因组图谱
加权基因共表达网络
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题名
通过加权基因共表达网络构建结肠癌的预后风险标志物及其临床意义
1
作者
李轶辉
彭浩
许玉春
郭蓉
龚维
机构
中国人民解放军联勤保障部队第九二一医院普通外科
出处
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2024年第1期69-79,共11页
基金
湖南省教育厅科学研究项目(20C1116)。
文摘
目的结肠癌(colon adenocarcinoma,COAD)患者预后较差。因此筛选结肠癌预后相关基因,建立结肠癌新的预后风险评估模型。方法基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库中结肠癌相关数据,分别作为训练集和验证集。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、Cox回归模型结合最小绝对值选择与收缩算子(least absolute selection and shrinkage operator,LASSO)回归分析筛选结肠癌预后相关基因并构建预后模型,受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)结合生存曲线验证模型的准确性,并建立列线图。根据中位值将患者分为两组,免疫细胞阳性比例分数(immune cell proportion score,IPS)评估两组患者免疫治疗反应。结果最终筛选出15个特征基因,以此建立结肠癌患者预后预测模型的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC),AUC>0.6,高风险组生存率显著低于低风险组(P<0.05),该模型可较好地区分高、低风险组结肠癌患者。低风险组患者拥有较高的免疫细胞阳性比例(immune cell proportion score,IPS)评分(P=0.026),对免疫治疗反应效果更好。结论建立的结肠癌预后模型对结肠癌高风险和低风险人群的生存情况具有较好的预测能力。
关键词
结肠癌
预后
转录组学
癌症基因组图谱
加权基因共表达网络
Keywords
colon adenocarcinoma
prognosis
transcriptomics
the cancer genome atlas
weighted gene co-expression network
分类号
R-33 [医药卫生]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
通过加权基因共表达网络构建结肠癌的预后风险标志物及其临床意义
李轶辉
彭浩
许玉春
郭蓉
龚维
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2024
0
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