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宫内发育迟缓新生小鼠胰腺发育转录组分析
被引量：
1
1
作者
袁逸
戴程婷
+2 位作者
李一卉
王莉
袁庆新
《南京医科大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期785-795,共11页
目的:通过全转录组测序比较宫内发育迟缓(intrauterine growth retardation,IUGR)新生鼠与正常新生鼠胰腺长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)及信使RNA(messenger RNA,mRNA)表达谱的差别,探讨IUGR胰岛发育障碍及发生成年糖尿病...
目的:通过全转录组测序比较宫内发育迟缓(intrauterine growth retardation,IUGR)新生鼠与正常新生鼠胰腺长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)及信使RNA(messenger RNA,mRNA)表达谱的差别,探讨IUGR胰岛发育障碍及发生成年糖尿病的潜在机制。方法:建立IUGR新生鼠及正常新生鼠模型,对两种小鼠胰腺进行全转录组测序,分别对LncRNA和m RNA数据进行基因本体论(gene ontology,GO)分析,基于京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEEG)进行富集分析,全转录组数据联合分析后挑选与胰岛发育相关、表达差异高的LncRNA进行验证。结果:IUGR新生鼠和正常新生鼠差异表达LncRNA 294个,其中上调83个,下调211个;差异表达mRNA 2 000个,其中1 711个上调,289个下调。LncRNA靶基因及差异m RNA的GO显示:生物学途径(biological process,BP)均集中于细胞过程、生物调节及代谢过程;细胞组件(cellular component,CC)集中在细胞及器官等过程;分子功能(molecular function,MF)集中于整合、催化活性、转运活性等。KEEG富集分析显示差异表达的LncRNA靶基因及mRNA主要集中于PI3K-Akt通路、MAPK通路及Foxo通路上。对差异表达LncRNA Snhg12、Rian的验证显示,它们在IUGR鼠与正常鼠中存在明显表达差异,与测序结果一致,且受糖浓度调节。结论:本研究分析并部分验证了IUGR差异表达的LncRNA和m RNA,有助于进一步探讨IUGR新生鼠胰岛发育障碍及发生成年糖尿病的潜在机制及LncRNA在其中的作用。
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关键词
IUGR
胰腺发育
转录组测序
LncRNA
糖尿病
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题名
宫内发育迟缓新生小鼠胰腺发育转录组分析
被引量：
1
1
作者
袁逸
戴程婷
李一卉
王莉
袁庆新
机构
南京医
科
大学第一附属
医院
内分泌
科
解放军
东部
战区
总
医院
病理
科
中国人民解放军东部战区空军医院内分泌科
出处
《南京医科大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期785-795,共11页
基金
国家自然科学基金(81570697,81170715)。
文摘
目的:通过全转录组测序比较宫内发育迟缓(intrauterine growth retardation,IUGR)新生鼠与正常新生鼠胰腺长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)及信使RNA(messenger RNA,mRNA)表达谱的差别,探讨IUGR胰岛发育障碍及发生成年糖尿病的潜在机制。方法:建立IUGR新生鼠及正常新生鼠模型,对两种小鼠胰腺进行全转录组测序,分别对LncRNA和m RNA数据进行基因本体论(gene ontology,GO)分析,基于京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEEG)进行富集分析,全转录组数据联合分析后挑选与胰岛发育相关、表达差异高的LncRNA进行验证。结果:IUGR新生鼠和正常新生鼠差异表达LncRNA 294个,其中上调83个,下调211个;差异表达mRNA 2 000个,其中1 711个上调,289个下调。LncRNA靶基因及差异m RNA的GO显示:生物学途径(biological process,BP)均集中于细胞过程、生物调节及代谢过程;细胞组件(cellular component,CC)集中在细胞及器官等过程;分子功能(molecular function,MF)集中于整合、催化活性、转运活性等。KEEG富集分析显示差异表达的LncRNA靶基因及mRNA主要集中于PI3K-Akt通路、MAPK通路及Foxo通路上。对差异表达LncRNA Snhg12、Rian的验证显示,它们在IUGR鼠与正常鼠中存在明显表达差异,与测序结果一致,且受糖浓度调节。结论:本研究分析并部分验证了IUGR差异表达的LncRNA和m RNA,有助于进一步探讨IUGR新生鼠胰岛发育障碍及发生成年糖尿病的潜在机制及LncRNA在其中的作用。
关键词
IUGR
胰腺发育
转录组测序
LncRNA
糖尿病
Keywords
IUGR
pancreas development
transcriptome squencing
LncRNA
diabetes
分类号
R714.5 [医药卫生—妇产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
宫内发育迟缓新生小鼠胰腺发育转录组分析
袁逸
戴程婷
李一卉
王莉
袁庆新
《南京医科大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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