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应用DNA条形码技术对市场苦木药材的检测研究 被引量:2
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作者 陈影 张景景 +3 位作者 汤欢 王俊 赵李龙 孙伟 《世界科学技术-中医药现代化》 2016年第1期46-52,共7页
目的:利用DNA条形码技术对市场上中药材苦木进行检测,为其市场监管及用药安全提供保障。方法:对15份苦木药材(每份取样2个)共30个样品进行DNA提取,PCR扩增其ITS2序列并双向测序,应用CodonCode Aligner version 6.0.2软件对测序峰图进行... 目的:利用DNA条形码技术对市场上中药材苦木进行检测,为其市场监管及用药安全提供保障。方法:对15份苦木药材(每份取样2个)共30个样品进行DNA提取,PCR扩增其ITS2序列并双向测序,应用CodonCode Aligner version 6.0.2软件对测序峰图进行校对拼接,将得到的所有序列与GenBank以及中药材DNA条形码鉴定系统分别进行比对,选择相似度最相近的物种在中国植物志网站上查询。在此基础上扩增其psbA-trnH序列以验证结果的可靠性。结果:市场购买的苦木样品中正品苦木Picrasma quassioides占70%、臭椿Ailanthus altissima占6.67%、板蓝Baphicacanthus cusia占13.33%、楝叶吴茱萸Tetradium glabrifolium占3.33%、柘Maclura tricuspidata占6.67%。结论:市场上苦木药材存在混伪品,DNA条形码技术能有效鉴别药材真伪。 展开更多
关键词 苦木 DNA条形码 ITS2序列 psbA-trnH序列
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乌拉尔甘草TIFY基因家族鉴定及调控分析 被引量:3
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作者 秦振芬 孟祥霄 +5 位作者 温东 朱雪雯 王艳 Botir Khaitov Atia tul Wahab 孙伟 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2022年第5期1855-1864,共10页
目的 为了探索乌拉尔甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)TIFY基因家族的特征并预测其功能,本研究在全基因组层面,应用生物信息学方法对乌拉尔甘草TIFY基因家族进行鉴定和分析。方法 在乌拉尔甘草全基因组数据基础上,利用NCBI、MEME及TB... 目的 为了探索乌拉尔甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)TIFY基因家族的特征并预测其功能,本研究在全基因组层面,应用生物信息学方法对乌拉尔甘草TIFY基因家族进行鉴定和分析。方法 在乌拉尔甘草全基因组数据基础上,利用NCBI、MEME及TBtools等工具,结合基因保守结构域,对乌拉尔甘草TIFY基因家族的序列特征、分类、系统发育和基因表达模式进行分析。结果 在乌拉尔甘草中鉴定到TIFY家族基因成员18个(GurTIFY1-GurTIFY18),分别属于TIFY、JAZ、PPD、ZML四个亚家族,编码的核苷酸长度为444-1266 bp,氨基酸长度在147-421 aa之间,等电点为4.57-9.68,分子质量为16741.11-44426.5 Da,含有10个保守基序和4个保守结构域。基因表达结果表明GurTIFY基因中GurTIFY15、GurTIFY4、GurTIFY1、GurTIFY11等在乌拉尔甘草叶和根中的表达水平具有显著差异性。结论 本研究为深入理解TIFY基因响应非生物胁迫的调控机制和参与次生代谢物质累积的功能奠定基础,并为乌拉尔甘草优质品种选育提供科学参考。 展开更多
关键词 生物信息学 乌拉尔甘草 TIFY基因家族 鉴定 功能分析
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千渭之会国家湿地公园典型植物底泥真菌群落结构及功能研究
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作者 魏华 杨金 +5 位作者 成军锋 刘丽莉 曹雪 苏少峰 王璐 王猛 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2022年第6期75-86,共12页
通过研究陕西省宝鸡市千渭之会国家湿地公园不同植被类型的底泥中真菌群落结构、多样性及功能差异,为千渭之会国家湿地公园水生植物的优化选择提供依据。以芦苇、香蒲、白茅、水葱、荷花等典型湿地植物底泥样本为研究对象,采用高通量测... 通过研究陕西省宝鸡市千渭之会国家湿地公园不同植被类型的底泥中真菌群落结构、多样性及功能差异,为千渭之会国家湿地公园水生植物的优化选择提供依据。以芦苇、香蒲、白茅、水葱、荷花等典型湿地植物底泥样本为研究对象,采用高通量测序技术对底泥样本DNA的ITS1片段进行基因测序,获取底泥中真菌群落结构组成并预测其功能信息,测定样本理化性质及酶活性。结果表明,测序共获得11 778个OTUs(Operational Taxonomic Units),划分为34个门、58个纲、134个目、244个科、599个属;真菌群落以子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)为主;芦苇底泥样品的真菌多样性最低;子囊菌门的相对丰度与蔗糖酶、磷酸酶活性呈显著正相关(P<0.05),担子菌门的相对丰度与总碳、总有机碳含量以及蔗糖酶活性呈显著正相关(P<0.05);底泥真菌群落主要包括3类营养型和6类互有交叉营养型功能菌群。探讨了湿地中不同植物群落的底泥中真菌群落结构、多样性以及潜在功能的差异,分析相关理化性质的影响,以期为筛选人工湿地植物、有效利用湿地资源和生态修复提供参考。 展开更多
关键词 湿地 植被类型 高通量测序 真菌群落结构 多样性 真菌群落功能
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葡萄辅助因子VvVQ10负调控白藜芦醇生物合成分子机理研究
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作者 刘先菊 刘安 姜金铸 《中外葡萄与葡萄酒》 北大核心 2023年第3期18-23,共6页
为探究葡萄辅助因子VvVQ10在调控白藜芦醇生物合成中的作用机制,通过分析已发表转录组数据、叶片瞬时遗传转化及酵母双杂交等方法进行作用机制解析。结果表明,葡萄VQ家族成员中VvVQ10在正常生长状况下呈高表达,紫外光处理呈上调表达,而... 为探究葡萄辅助因子VvVQ10在调控白藜芦醇生物合成中的作用机制,通过分析已发表转录组数据、叶片瞬时遗传转化及酵母双杂交等方法进行作用机制解析。结果表明,葡萄VQ家族成员中VvVQ10在正常生长状况下呈高表达,紫外光处理呈上调表达,而伤害与霜霉菌侵染处理则显著下调;在山葡萄叶片中瞬时沉默VvVQ10,白藜芦醇及其糖苷(虎杖苷)含量显著升高;酵母双杂交分析表明,VvVQ10蛋白可与VvWRKY8蛋白互作,且结合位点在VvWRKY8的N段或包含DNA结合区的C段。以上结果表明,VvVQ10可通过与VvWRKY8蛋白互作的方式负调控葡萄白藜芦醇的生物合成。 展开更多
关键词 葡萄 辅助因子 白藜芦醇 VQ蛋白 负调控
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刺果甘草全基因组Survey及叶绿体基因组特征分析 被引量:2
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作者 向如双 孙伟 +4 位作者 段宝忠 王艳 Botir Khaitov Atia tul Wahab 孟祥霄 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2022年第5期1781-1790,共10页
目的 基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-... 目的 基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-mer方法对测序reads进行分析,估算刺果甘草基因组大小和杂合率,使用生物信息学方法进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析。结果 Survey分析结果显示其基因组大小约为577.82 Mb,杂合度约为0.31%,重复序列比例约为53.72%。叶绿体基因组长度为127,267 bp,不具有典型的四分体结构,总GC含量为34.32%,包含110个基因,其中76个蛋白质编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。系统发育分析表明,刺果甘草与圆果甘草G. squamulosa Franch.亲缘较接近。结论 刺果甘草存在低杂合和重复序列较多的特点,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装,可尝试采用三代测序结合二代测序的分析策略进行基因组组装;刺果甘草叶绿体全基因组比对和系统发育分析,为后续开展甘草属遗传多样性研究和分子鉴定标记筛选提供了重要依据。 展开更多
关键词 刺果甘草 基因组Survey分析 叶绿体基因组 系统发育
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