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黄花蒿bZIP转录因子基因家族及光调控表达模式分析
被引量：
12
1
作者
王星文
吴端
+4 位作者
师玉华
张栋
丁丹丹
马婷玉
向丽
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021年第1期20-32,共13页
目的碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper,bZIP)是青高素生物合成途径中的重要调控因子,本研究利用生物信息学手段鉴定黄花蒿全基因组bZIP转录因子家族成员并对其在光调控下表达模式进行分析,为进一步探索AabZIP转录因子功能及其对青...
目的碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper,bZIP)是青高素生物合成途径中的重要调控因子,本研究利用生物信息学手段鉴定黄花蒿全基因组bZIP转录因子家族成员并对其在光调控下表达模式进行分析,为进一步探索AabZIP转录因子功能及其对青蒿素合成途径的调控机制提供参考依据。方法以BLAST、Hmmsearch程序及Pfam数据库对黄花蒿基因组中bZIP基因进行筛选及鉴定,MAGA7.0软件、GSDS2.0、meme、ExPASy等在线工具对AabZIP家族进化关系、基因结构、保守结构域、蛋白理化性质等生物学信息进行分析,利用TBtools软件分析AabZIP基因在光调控下基因特征。结果全基因组水平上共鉴定出78条AabZIP家族成员,基于拟南芥分组将其分为10个亚族和1个未分组成员(AabZIP78),其中S亚族数量最多,有22条(28.2%);AabZIP基因结构较为保守,78条AabZIP基因中发现14组同源基因序列,其中13对受到纯化选择影响;除AabZIP78与番茄bZIP保守基序一致外,其余序列均与拟南芥bZIP保守基序一致;不同光照胁迫下基因表达水平存在较大差异,其中A、G、H及S亚族中大部分成员在蓝光胁迫下高表达。结论AabZIP响应光调控并参与复杂的青蒿素代谢途径,本研究可为进一步深入研究黄花蒿中bZIP转录因子基因进化、功能及光调控响应机制等奠定基础。
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关键词
黄花蒿
bZIP转录因子
光调控
表达分析
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职称材料
题名
黄花蒿bZIP转录因子基因家族及光调控表达模式分析
被引量：
12
1
作者
王星文
吴端
师玉华
张栋
丁丹丹
马婷玉
向丽
机构
中国中医科学院中药研究所/中药鉴定与安全性评估重点实验室
北京城市
学院
生物医药学部
贵州大学生命
科学
学院
/农业生物工程
研究
院
出处
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021年第1期20-32,共13页
基金
国家卫生健康委医药卫生科技发展研究中心重大新药创制(2017ZX09101002-003-001):青蒿素优质原料高效制备及关键技术研究,负责人:向丽
国家卫生健康委医药卫生科技发展研究中心重大新药创制(2019ZX09201005-006-001):中药新药原料分子辅助育种关键技术,负责人:向丽
+1 种基金
国家自然科学基金委员会联合基金项目(U1812403-1):特色药用植物资源适生性及保护研究,负责人:陈士林
国家留学基金管理委员会国家公派出国留学项目(201909110037):青蒿素合成路径关键酶转录调节研究,负责人:向丽。
文摘
目的碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper,bZIP)是青高素生物合成途径中的重要调控因子,本研究利用生物信息学手段鉴定黄花蒿全基因组bZIP转录因子家族成员并对其在光调控下表达模式进行分析,为进一步探索AabZIP转录因子功能及其对青蒿素合成途径的调控机制提供参考依据。方法以BLAST、Hmmsearch程序及Pfam数据库对黄花蒿基因组中bZIP基因进行筛选及鉴定,MAGA7.0软件、GSDS2.0、meme、ExPASy等在线工具对AabZIP家族进化关系、基因结构、保守结构域、蛋白理化性质等生物学信息进行分析,利用TBtools软件分析AabZIP基因在光调控下基因特征。结果全基因组水平上共鉴定出78条AabZIP家族成员,基于拟南芥分组将其分为10个亚族和1个未分组成员(AabZIP78),其中S亚族数量最多,有22条(28.2%);AabZIP基因结构较为保守,78条AabZIP基因中发现14组同源基因序列,其中13对受到纯化选择影响;除AabZIP78与番茄bZIP保守基序一致外,其余序列均与拟南芥bZIP保守基序一致;不同光照胁迫下基因表达水平存在较大差异,其中A、G、H及S亚族中大部分成员在蓝光胁迫下高表达。结论AabZIP响应光调控并参与复杂的青蒿素代谢途径,本研究可为进一步深入研究黄花蒿中bZIP转录因子基因进化、功能及光调控响应机制等奠定基础。
关键词
黄花蒿
bZIP转录因子
光调控
表达分析
Keywords
Artemisia annua
bZIP transcription factor
Light control
Expression analysis
分类号
R285 [医药卫生—中药学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
黄花蒿bZIP转录因子基因家族及光调控表达模式分析
王星文
吴端
师玉华
张栋
丁丹丹
马婷玉
向丽
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021
12
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已选择
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参考文献
引证文献
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