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三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析
被引量：
8
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作者
贾宝光
林青
+4 位作者
谭晓风
李泽
龙洪旭
向晖
张琳
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期625-636,共12页
以三年桐品种对年桐发育中的种子为材料,构建c DNA文库,获得3202个原始EST序列,经过去除冗余和低质量序列后,获得1047条非冗余单一序列,利用MISA软件从其中的173个非冗余EST序列中搜索得到212个SSR位点。其中,二核苷酸重复类型为主导（6...
以三年桐品种对年桐发育中的种子为材料,构建c DNA文库,获得3202个原始EST序列,经过去除冗余和低质量序列后,获得1047条非冗余单一序列,利用MISA软件从其中的173个非冗余EST序列中搜索得到212个SSR位点。其中,二核苷酸重复类型为主导（68.39%）,其次是三核苷酸重复类型（25.94%）,其优势基元为AG/CT（43.87%）、AT/AT（19.34%）和AGC/GCT（5.66%）。针对可设计引物的68个序列进行EST-SSR引物设计,结合PCR扩增和数据分析,鉴定出14对多态性标记,用该14对引物对169份三年桐种质资源进行遗传多样性检测,共得到41个等位基因（Na）,平均每对引物扩增出2.93个等位基因,期望杂合度（He）变幅为0.08~0.63,平均值为0.33,多态性信息含量（PIC）变幅为0.08~0.56,平均值为0.3,表明14对EST-SSR标记多态性较高,能较好地反映三年桐种质的遗传多样性。三年桐种质资源按群体进行非加权配对算术平均法（UPGMA）聚类分析,群体间的相似度变幅为0.9604~0.9986,遗传距离变幅为0.0022~0.0404,表明三年桐群体间的遗传多样性相对较低,亲缘关系较近。对169份三年桐种质资源个体进行聚类分析,结果显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结构。
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关键词
三年桐
EST-SSR标记
多态性信息含量
遗传多样性
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职称材料
题名
三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析
被引量：
8
1
作者
贾宝光
林青
谭晓风
李泽
龙洪旭
向晖
张琳
机构
中南林业科技大学/经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室/经济林育种与栽培国家林业局重点实验室/经济林培育与利用湖南省
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期625-636,共12页
基金
国家林业公益性行业科研专项重点项目(201204403)
国家"948"项目(2012-4-42)
文摘
以三年桐品种对年桐发育中的种子为材料,构建c DNA文库,获得3202个原始EST序列,经过去除冗余和低质量序列后,获得1047条非冗余单一序列,利用MISA软件从其中的173个非冗余EST序列中搜索得到212个SSR位点。其中,二核苷酸重复类型为主导（68.39%）,其次是三核苷酸重复类型（25.94%）,其优势基元为AG/CT（43.87%）、AT/AT（19.34%）和AGC/GCT（5.66%）。针对可设计引物的68个序列进行EST-SSR引物设计,结合PCR扩增和数据分析,鉴定出14对多态性标记,用该14对引物对169份三年桐种质资源进行遗传多样性检测,共得到41个等位基因（Na）,平均每对引物扩增出2.93个等位基因,期望杂合度（He）变幅为0.08~0.63,平均值为0.33,多态性信息含量（PIC）变幅为0.08~0.56,平均值为0.3,表明14对EST-SSR标记多态性较高,能较好地反映三年桐种质的遗传多样性。三年桐种质资源按群体进行非加权配对算术平均法（UPGMA）聚类分析,群体间的相似度变幅为0.9604~0.9986,遗传距离变幅为0.0022~0.0404,表明三年桐群体间的遗传多样性相对较低,亲缘关系较近。对169份三年桐种质资源个体进行聚类分析,结果显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结构。
关键词
三年桐
EST-SSR标记
多态性信息含量
遗传多样性
Keywords
Vernicia fordii（Hemsl.） Airy Shaw
EST-SSRs
polymorphic information content
genetic diversity
分类号
S794.3 [农业科学—林木遗传育种]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析
贾宝光
林青
谭晓风
李泽
龙洪旭
向晖
张琳
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
8
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