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题名转录因子相关数据库
被引量：8
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作者
陈鸿飞
王进科
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机构
东南大学生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院生物技术与材料实验中心
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出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第10期1009-1017,共9页
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基金
国家自然科学基金项目(编号:60871014)资助
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文摘
转录水平的调控是基因调控的重要环节,其中转录因子(Transcription Factor,TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site,TFBS)是转录调控的重要组成部分。为了解析基因转录调控过程中TF与其TFBS相互作用的分子机理,鉴定TFBS及构建基因转录调控网络,需要对已发现的TF及其TFBS信息进行系统的收集、整理和分析。目前,国际上已经出现不少关于TF及其TFBS的专业数据库,这些数据库对基因转录调控及TF相关的分子生物学、系统生物学及生物信息学的研究非常重要,对这些领域的研究起到了显著的推进作用。文章对7个目前比较著名的TF及其TFBS相关数据库,包括TRANSFAC、JASPAR、TFDB、TRRD、TRED、PAZAR、MAPPER的特点、数据种类和数量及使用方法进行了详细综述,并简要介绍了其他相关数据库。
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关键词
转录因子
DNA结合位点
数据库
生物信息学
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Keywords
transcription factor
DNA binding site
database
bioinformatics
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分类号
Q75
[生物学—分子生物学]
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