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基于芯片数据的长白猪繁殖性状基因组选择研究
被引量：
2
1
作者
阳文攀
刘相杰
+8 位作者
罗冬香
陈梦会
谢瑛
方跃鑫
林婷燕
李爱民
李文静
邓政
丁能水
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第1期213-221,共9页
旨在比较不同基因组预测模型预测准确性与运行效率,以探究支持向量机(SVM)回归与随机森林(RandomForest)回归在基因组预测中的应用价值与应用前景。本研究使用博瑞迪猪50K液相芯片,采用GBLUP、BayesB、BayesLASSO、SVM回归和RandomFores...
旨在比较不同基因组预测模型预测准确性与运行效率,以探究支持向量机(SVM)回归与随机森林(RandomForest)回归在基因组预测中的应用价值与应用前景。本研究使用博瑞迪猪50K液相芯片,采用GBLUP、BayesB、BayesLASSO、SVM回归和RandomForest回归等基因组预测模型,对1 001头长白猪繁殖性状进行基因组预测评估。研究发现,在总产仔数、产活仔数、窝重等繁殖性状中,使用SVM回归径向基函数核的评估准确性均最高;产活仔数、窝重在参数C值为1时评估准确性达到最大值,总产仔数在参数C值为2时评估准确性达到最大值。在总产仔数、产活仔数、窝重等繁殖性状中,使用RandomForest回归评估ntree、mtry、nodesize等参数时发现,基因组预测准确性随着参数的变化展现一定的随机性。RandomForest回归模型在总产仔数、产活仔数、窝重中的评估准确性均最高,其次为SVM回归,GBLUP、BayesB、BayesLASSO等模型遗传评估准确性较差且保持一致。交叉验证相关性显示,不同模型遗传评估结果存在较强的相关性,为0.806~0.995。SVM回归与RandomForest回归等非参数机器学习模型在猪繁殖性状基因组选择中具有一定的优势,但运行时间在一定程度上限制了这些算法的使用。随着算法的研究优化,SVM回归与RandomForest回归等非参数机器学习模型将具有良好的应用前景。
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关键词
长白猪
繁殖性状
基因芯片
基因组选择
机器学习
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职称材料
宫颈黏液精液生物检测法在母猪慢性子宫内膜炎诊断中的应用研究
2
作者
李爱民
罗冬香
+7 位作者
李文静
陈梦会
谢瑛
方跃鑫
阳文攀
邓政
刘相杰
丁能水
《国外畜牧学（猪与禽）》
2024年第6期49-54,共6页
为了探究一种可以便捷应用于母猪慢性子宫内膜炎实验室诊断方法,试验采用精液生物检测法检测断奶发情母猪宫颈黏液,利用计算机辅助精子分析(computer-aidedsperm analysis,CASA)系统客观评估宫颈黏液孵育后精子活力的差值,差值≥30%的...
为了探究一种可以便捷应用于母猪慢性子宫内膜炎实验室诊断方法,试验采用精液生物检测法检测断奶发情母猪宫颈黏液,利用计算机辅助精子分析(computer-aidedsperm analysis,CASA)系统客观评估宫颈黏液孵育后精子活力的差值,差值≥30%的样本判定为检测结果阳性。追踪164头有效试验母猪后续生产结果,以不发生返情、顺利分娩作为阴性诊断标准,根据试验结果进行数据统计分析和研究。结果表明:试验群体宫颈黏液精液生物检测阳性率为43.3%。将检测结果对应母猪生产结果后发现,检测阳性组母猪分娩率极显著低于阴性组和对照组母猪的,使用宫颈黏液精液生物检测法评估慢性子宫内膜炎具有较高的应用价值。说明使用CASA系统开展母猪宫颈黏液精液生物检测,可以简单方便地对断奶母猪子宫炎症情况进行评估。
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关键词
精液生物检测法
CASA系统
断奶母猪
慢性子宫内膜炎
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职称材料
题名
基于芯片数据的长白猪繁殖性状基因组选择研究
被引量：
2
1
作者
阳文攀
刘相杰
罗冬香
陈梦会
谢瑛
方跃鑫
林婷燕
李爱民
李文静
邓政
丁能水
机构
福建傲农生物科技集团股份有限公司
福建傲芯生物科技集团有限公司
上高县现代农业技术服务中心
江西
农业
大学猪遗传改良与养殖
技术
国家重点实验室
出处
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第1期213-221,共9页
基金
福建省种业企业培优项目(2120814-农业生产发展支出)。
文摘
旨在比较不同基因组预测模型预测准确性与运行效率,以探究支持向量机(SVM)回归与随机森林(RandomForest)回归在基因组预测中的应用价值与应用前景。本研究使用博瑞迪猪50K液相芯片,采用GBLUP、BayesB、BayesLASSO、SVM回归和RandomForest回归等基因组预测模型,对1 001头长白猪繁殖性状进行基因组预测评估。研究发现,在总产仔数、产活仔数、窝重等繁殖性状中,使用SVM回归径向基函数核的评估准确性均最高;产活仔数、窝重在参数C值为1时评估准确性达到最大值,总产仔数在参数C值为2时评估准确性达到最大值。在总产仔数、产活仔数、窝重等繁殖性状中,使用RandomForest回归评估ntree、mtry、nodesize等参数时发现,基因组预测准确性随着参数的变化展现一定的随机性。RandomForest回归模型在总产仔数、产活仔数、窝重中的评估准确性均最高,其次为SVM回归,GBLUP、BayesB、BayesLASSO等模型遗传评估准确性较差且保持一致。交叉验证相关性显示,不同模型遗传评估结果存在较强的相关性,为0.806~0.995。SVM回归与RandomForest回归等非参数机器学习模型在猪繁殖性状基因组选择中具有一定的优势,但运行时间在一定程度上限制了这些算法的使用。随着算法的研究优化,SVM回归与RandomForest回归等非参数机器学习模型将具有良好的应用前景。
关键词
长白猪
繁殖性状
基因芯片
基因组选择
机器学习
Keywords
Landrace pig
reproductive traits
gene chip
genomic selection
machine learning
分类号
S828.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
宫颈黏液精液生物检测法在母猪慢性子宫内膜炎诊断中的应用研究
2
作者
李爱民
罗冬香
李文静
陈梦会
谢瑛
方跃鑫
阳文攀
邓政
刘相杰
丁能水
机构
福建傲农生物科技集团股份有限公司
农业
农村部华南生猪育种重点实验室
上高县现代农业技术服务中心
福建傲芯生物科技集团有限公司
江西
农业
大学动物科学
技术
学院
出处
《国外畜牧学（猪与禽）》
2024年第6期49-54,共6页
文摘
为了探究一种可以便捷应用于母猪慢性子宫内膜炎实验室诊断方法,试验采用精液生物检测法检测断奶发情母猪宫颈黏液,利用计算机辅助精子分析(computer-aidedsperm analysis,CASA)系统客观评估宫颈黏液孵育后精子活力的差值,差值≥30%的样本判定为检测结果阳性。追踪164头有效试验母猪后续生产结果,以不发生返情、顺利分娩作为阴性诊断标准,根据试验结果进行数据统计分析和研究。结果表明:试验群体宫颈黏液精液生物检测阳性率为43.3%。将检测结果对应母猪生产结果后发现,检测阳性组母猪分娩率极显著低于阴性组和对照组母猪的,使用宫颈黏液精液生物检测法评估慢性子宫内膜炎具有较高的应用价值。说明使用CASA系统开展母猪宫颈黏液精液生物检测,可以简单方便地对断奶母猪子宫炎症情况进行评估。
关键词
精液生物检测法
CASA系统
断奶母猪
慢性子宫内膜炎
分类号
S851.34 [农业科学—预防兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于芯片数据的长白猪繁殖性状基因组选择研究
阳文攀
刘相杰
罗冬香
陈梦会
谢瑛
方跃鑫
林婷燕
李爱民
李文静
邓政
丁能水
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025
2
在线阅读
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职称材料
2
宫颈黏液精液生物检测法在母猪慢性子宫内膜炎诊断中的应用研究
李爱民
罗冬香
李文静
陈梦会
谢瑛
方跃鑫
阳文攀
邓政
刘相杰
丁能水
《国外畜牧学（猪与禽）》
2024
0
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