黄独胚性悬浮细胞的小滴玻璃化法超低温保存 被引量：2

1

作者 尹明华 李诚欣 +4 位作者 李祥媛 刘凯盈 封昀 卢霞 柯维忠 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第11期2332-2339,共8页

【目的】建立和优化黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存的技术体系。【方法】通过单因子试验探究各种条件对黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存效果的影响,并通过RAPD分子标记检测其冻后再生苗的遗传稳定性。【结果】黄独胚... 【目的】建立和优化黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存的技术体系。【方法】通过单因子试验探究各种条件对黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存效果的影响,并通过RAPD分子标记检测其冻后再生苗的遗传稳定性。【结果】黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存较佳的技术体系如下:黄独胚性悬浮细胞(25±1)℃下在MS+2 mg/L KT+0.5 mg/L NAA+0.5 mg/L 2,4-D+0.8 mol/L蔗糖的液体培养基中预培养4 d;(25±1)℃下在装载液(MS+2 mol/L甘油+0.4 mol/L蔗糖,pH 5.8)中装载70 min;0℃下在PVS2(300 g/L甘油+150 g/L乙二醇+150 g/L二甲基亚砜+0.4 mol/L蔗糖,pH 5.8)中脱水100 min;冻后铝箔条浸入37℃恒温预热过的培养液(MS+KT 2 mg/L+NAA 0.5 mg/L+2,4-D 0.5 mg/L+30 g/L蔗糖,pH 5.8)中化冻;(25±1)℃下用洗涤液(MS+KT 2 mg/L+NAA 0.5 mg/L+2,4-D 0.5 mg/L+1.2 mol/L蔗糖,pH 5.8)进行洗涤,洗涤3次,每次洗涤时间为10 min;洗涤后先黑暗培养5 d再置于光周期下培养。黄独胚性悬浮细胞冻后相对存活率为90.5%±4.4%。液氮保存时间对黄独胚性悬浮细胞冻后存活率无显著影响。RAPD检测结果表明黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存再生植株无变异,未发现遗传稳定性发生变化。【结论】本试验建立的黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存技术程序较为可靠,可为黄独胚性悬浮细胞的长期保存提供技术参考。 展开更多

关键词 黄独 胚性悬浮细胞 小滴玻璃化法 超低温保存

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江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的离体保存 被引量：1

2

作者 张艺欣 邓雨晴 +9 位作者 张清招 曾会英 聂学文 龚寅 陈丽丽 侯莹 陈小波 陆春西 韦宏默 尹明华 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第21期58-66,共9页

以江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗为试验材料,从温度、培养基养分水平、培养基物理状态、渗透压调节剂、生长抑制剂、活性炭等方面对铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗进行离体保存,从DNA分子标记、气孔参数、光合参数和叶绿素荧光参数等方... 以江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗为试验材料,从温度、培养基养分水平、培养基物理状态、渗透压调节剂、生长抑制剂、活性炭等方面对铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗进行离体保存,从DNA分子标记、气孔参数、光合参数和叶绿素荧光参数等方面衡量江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后的遗传稳定性,并对江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后相关基因表达水平进行qRT-PCR检测。结果表明,5℃低温、1 mg/L多效唑(PP333)、18 g/L蔗糖、0.6 g/L琼脂、1/8 MS、2 g/L活性炭、20 g/L甘露醇、0.5 mg/L脱落酸均有利于江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的离体保存,并且可以显著提高其离体保存过程中蔗糖合成酶、超氧化物歧化酶[Cu-Zn]、过氧化物酶、多胺氧化酶、衰老相关半胱氨酸蛋白酶、L-抗坏血酸氧化酶等基因的表达水平。与常温继代苗对照组相比,江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后复苏苗经SSR检测,电泳峰型一致,遗传距离为0,遗传相似系数为1,可以聚为一类;铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后复苏苗和常温继代苗对照组的气孔长径、短径、周长、气孔数量、气孔密度、净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、细胞间CO2浓度(Ci)、蒸腾速率(Tr)、实际光化学效率ΦPSⅡ、捕获激发能效率Fv′/Fm′、光化学猝灭系数(qP)、非光化学猝灭系数NPQ均无显著差异。由此可见,铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存可以保证其种质遗传稳定性。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 脱毒苗 超低温疗法 离体保存

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金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量：3

3

作者 尹明华 胡佳欣 +2 位作者 李瑶瑶 刘曼情 欧阳克蕙 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期884-898,共15页

本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码... 本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果表明,JHC叶绿体基因组大小为124163 bp,无四分体结构,基因组总GC含量为34.09%,共注释出111个基因(76个CDS基因、30个tRNA基因、4个rRNA基因、1个假基因)、91个SSR位点和148个长重复序列;JHC叶绿体基因组的第三位密码子偏好以A和U作为末尾碱基,UUA、GCU、UAA、ACU、CCU、GAA、GUA、AUU、UGU、GGU、UUU、CUU为JHC叶绿体基因组的最优密码子;JHC与MZ772862(云南)亲缘关系较近,与MW971560(美国)、NC_042848(美国)关系较远,表明中国金花菜与美国金花菜的起源存在差异。 展开更多

关键词 金花菜 叶绿体基因组 中性绘图分析 ENC-plot分析 PR2-plot分析 最优密码子 系统发育分析

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马家柚叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析 被引量：6

4

作者 尹明华 余璐 +3 位作者 周佳慧 刘李娜 徐文萱 孙美龄 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期824-846,共23页

【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys... 【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys、CAP3、GeSeq和tRNAscan-SE软件对马家柚叶绿体基因组进行组装、注释;采用CGViewServer、MISA、REPuter、CodonW、Gview、IRscope、NADnaSP6.0软件对马家柚叶绿体基因组特征进行分析;采用MAFFT 7.0和FastTree 2.1.10软件对马家柚及其85个同科种和山小橘属3个外群种叶绿体基因组进行序列比对和建树。【结果】马家柚叶绿体基因组全长160186 bp,包括1个大单拷贝(LSC)区、1个小单拷贝(SSC)区和2个反向重复(IR)区,为典型闭合环状双链结构。马家柚叶绿体基因组共注释到133个功能基因,包括88个编码蛋白(CDS)基因、8个核糖体RNA(rRNA)基因和37个转运RNA(tRNA)基因。马家柚叶绿体基因组共检测到79个简单序列重复(SSR)和34个长序列重复(Longrepeat)。马家柚叶绿体基因组非编码区的变异程度高于基因编码区,LSC区的变异性>SSC区>IR区,SC/IR边界较为保守。马家柚叶绿体基因组平均ENC值为48.02,密码子偏好性较弱。马家柚叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变的影响小。马家柚叶绿体基因有10个最优密码子(AAU、UGU、AAA、UUU、GCU、GGA、CCA、ACU、CGU、AGU),均以A、U结尾。马家柚与西双版纳东试早柚(KY055833,来源地:云南)、日本夏橙(ON193075,来源地:韩国)、福建六月早蜜柚(MT527726,来源地:福建)、福建琯溪蜜柚(MN782007,来源地:福建)有亲缘关系。【结论】马家柚是一个柑橘属中较为独特的品种,该研究结果为进一步研究马家柚的遗传资源、物种资源鉴定和系统发育分析提供了理论依据。 展开更多

关键词 马家柚 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析

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‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析 被引量：4

5

作者 洪森荣 张牧彤 +4 位作者 徐子林 张钦荣 罗雨欣 田文慧 王心雨 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期92-103,共12页

【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var.cormosus‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提... 【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var.cormosus‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依据和理论基础。【方法】采用高通量测序技术对‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组进行测序,并利用生物信息学分析软件对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。【结果】‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组大小为155296 bp,为经典的4段式结构。大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复区(IR)长度分别为85737、18373、25593 bp,总鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例(GC比例)为37.88%,共注释出133个基因,包含87个编码区(CDS)基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和1个假基因。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组中共检测到38个简单重复序列位点(SSR位点,36个单碱基重复和2个双碱基重复)和32个长重复序列(16个正向重复和16个回文重复)。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组核苷酸多样性为0-0.13927,高变区主要分布在大单拷贝区和小单拷贝区,大单拷贝区trnL-UAA-trnF-GAA、cemA、rps12-exon1-clpP1、clpP1基因变异率最高,小单拷贝区rpl32-trnL-UAG、ycf1基因变异率最高。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组87个CDS基因的平均有效密码子数(ENC)为47.29,ENC>45的基因有60个,密码子偏性较弱。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾,使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。CGU、AAA、CUU、GUU、GGA、GUA、GGU、UCA、GCU、CCU为‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组的10个最优密码子。【结论】‘怀玉山’高山马铃薯与马铃薯栽培种S.tuberosum‘Desiree’亲缘关系较近。 展开更多

关键词 ‘怀玉山’高山马铃薯 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析

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壳寡糖浸种对低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋萌发及生理代谢的影响 被引量：3

6

作者 尹明华 肖心怡 +3 位作者 方雅轩 万静 木也赛尔·吐鲁洪 陈悦 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期320-330,共11页

江西铅山红芽芋脱毒试管芋一般在1月至2月上旬晴天播种,“倒春寒”等低温胁迫会导致早播的江西铅山红芽芋脱毒试管芋生长缓慢,出苗周期变长,严重时会造成烂种死亡,出苗率降低,影响其产量。为提高播种期江西铅山红芽芋脱毒试管芋抗寒性,... 江西铅山红芽芋脱毒试管芋一般在1月至2月上旬晴天播种,“倒春寒”等低温胁迫会导致早播的江西铅山红芽芋脱毒试管芋生长缓慢,出苗周期变长,严重时会造成烂种死亡,出苗率降低,影响其产量。为提高播种期江西铅山红芽芋脱毒试管芋抗寒性,该研究利用植物组织培养和植物生理学的方法测定了壳寡糖浸种后低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋的萌发及其相关生理指标。结果表明:200~250 mg/L壳寡糖浸种可显著促进低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋的萌发。与低温对照相比,当浸种浓度为200 mg/L时,在内源激素方面,有利于低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋萌发过程中赤霉素、玉米素核苷、多胺和茉莉酸的积累,而不利于生长素和脱落酸的积累;在抗氧化方面,提高了超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶的活性,降低了丙二醛和过氧化氢的含量;在渗透调节方面,有利于可溶性糖、可溶性蛋白、脯氨酸的积累;在代谢关键酶方面,可提高脂肪酶、蛋白酶和α-淀粉酶活性以及三磷酸腺苷含量。因此,200 mg/L壳寡糖可以调控低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋内源植物激素和渗透调节物质含量、抗氧化酶和代谢关键酶活性,促进其在低温下的萌发。 展开更多

关键词 浸种 低温 壳寡糖 江西铅山红芽芋 脱毒试管芋 萌发 生理代谢

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甜高粱叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量：10

7

作者 洪森荣 林顺来 +3 位作者 李盈萍 李芸芸 李和月 张庆宝 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3636-3650,共15页

本研究采用高通量测序技术对甜高粱叶绿体基因组进行测序,对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。结果表明,甜高粱(Sorghum bicolor)叶绿体基因组长度为140644 bp,编码86个CDS基因、38个tRNA基因和8个rRN... 本研究采用高通量测序技术对甜高粱叶绿体基因组进行测序,对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。结果表明,甜高粱(Sorghum bicolor)叶绿体基因组长度为140644 bp,编码86个CDS基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因,检测到31个SSR位点和42个Long repeat序列。甜高粱及其14个近缘种的叶绿体基因组变化不大,IR区边界未发生明显的收缩与扩张。甜高粱叶绿体基因组密码子偏好以A,U结尾,其密码子使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。甜高粱叶绿体基因组的最优密码子14个(ACU,UAG,CCU,CUA,GCU,AGU,GAU,UUA,CGU,GAA,GUU,UCA,CAU,UGU)。甜高粱与高粱Sorghum bicolor MT333845(产地:韩国,栽培种Donganme)、MT333848(产地:韩国,栽培种Sodam Chal)、MT459453(产地:韩国,栽培种ATx623)亲缘关系较近。研究结果将为完善高粱属植物分子育种技术和探究高粱属植物系统发育提供参考。 展开更多

关键词 甜高粱 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析

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江西铅山红芽芋叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：2

8

作者 尹明华 余锾媛 +1 位作者 肖心怡 王玉婷 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期233-247,共15页

为分析江西铅山红芽芋叶绿体基因组的结构组成情况,判定其在芋属中的进化位置及与同芋属叶绿体基因组的区别,为芋属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对江西铅山红芽芋叶绿体基因组... 为分析江西铅山红芽芋叶绿体基因组的结构组成情况,判定其在芋属中的进化位置及与同芋属叶绿体基因组的区别,为芋属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对江西铅山红芽芋叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,并利用Geneious、MISA、MAFF、FASTTREE、CUSP、Chips和Codon W等生物信息学软件对其基因组结构和数目、密码子偏好性、序列重复、SSR位点和系统发育进行分析。结果表明,江西铅山红芽芋叶绿体基因组大小为16 2544 bp,呈现四分体结构。共包含130个基因,其中84个编码蛋白质的基因,37个t RNA基因,8个核糖体rRNA基因,1个假基因。通过密码子偏好性分析,平均有效密码子数为45.60,ENC值小于45的基因39个,说明其密码子偏好性强。通过SSR分析,检测到101个SSR位点,其中单核苷酸重复最多(约占83.17%),且单核苷酸以A/T型为主。与近缘种比较,发现其叶绿体基因组序列高度保守,尤其蛋白质编码序列相似度极高。此外,系统发育分析发现江西铅山红芽芋与芋属、岩芋属聚为一支。本研究得到了江西铅山红芽芋的叶绿体基因组基本情况与系统发育位置,为江西铅山红芽芋的物种辨别、天然种群遗传多样性与功能基因组学提供前期研究铺垫。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 叶绿体基因组特征 系统发育分析 SSR分析 IR边界分析 密码子偏好性 最优密码子

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怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因的克隆和序列分析 被引量：2

9

作者 尹明华 卢咏琪 +7 位作者 罗怿文 潘巧玲 邱梦婷 苏格 谭佳思 涂慧 蔡红 陈荣华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第6期1181-1187,共7页

【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋... 【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因cDNA总长度为423 bp, G+C含量为52.25%;怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白由140个氨基酸组成,分子量14 534.01Da,等电点7.07,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(21.43%)、β-片层(24.29%)、无规则卷曲(54.29%)构成;三级结构为单聚体,主要存在细胞核中。怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白在进化上与马铃薯(Solanum ltuberosum)和副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯(S.ltuberosum)TAS14-like在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因具有典型脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 怀玉山高山马铃薯 试管苗 ABA和环境胁迫诱导蛋白基因 克隆 序列分析

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广丰千金薯和铁棍山药脱毒微型块茎的转录组分析 被引量：1

10

作者 尹明华 白丽 +2 位作者 陈舒敏 程佳慧 冯丽文 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第10期2209-2219,共11页

为探究广丰千金薯和铁棍山药在分子水平的差异,以广丰千金薯(QJS)和铁棍山药(TGSY)试管苗的微型块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明:QJS组和TGSY组样本间相关系数为0.42。QJS组和TGSY组表达量FPKM的对数值在0~1.5,表达量密度在0~1.... 为探究广丰千金薯和铁棍山药在分子水平的差异,以广丰千金薯(QJS)和铁棍山药(TGSY)试管苗的微型块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明:QJS组和TGSY组样本间相关系数为0.42。QJS组和TGSY组表达量FPKM的对数值在0~1.5,表达量密度在0~1.0。与TGSY组相比,QJS组有4765个基因下调,有5112个基因上调。QJS组和TGSY组表达的共有基因有25207个,QJS组单独表达的基因有5261个,TGSY组单独表达的基因有3571个。QJS组和TGSY组共发现611498个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和12056个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)。与TGSY组相比,QJS组的淀粉合成酶3、α-淀粉酶3、β-淀粉酶、类黄酮3′-单加氧酶、类黄酮3′-羟化酶、花青素合酶等基因上调,而颗粒结合淀粉合酶2、蔗糖合酶1、扩展蛋白2和苯丙氨酸解氨酶等基因下调。这可能是广丰千金薯微型块茎肉质绵密粉嫩、软糯爽口、胁迫防御、食后易胀的内在原因。结果可以为广丰千金薯的品种鉴定和分子育种提供参考。 展开更多

关键词 广丰千金薯 铁棍山药 脱毒 微型块茎 转录组分析

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江西铅山红芽芋TIFY 9基因克隆与功能分析

11

作者 赵红 邓雨晴 +7 位作者 曾淑琴 曾荧 张彩霞 张慧博 张丽佳 张玲 张妮 尹明华 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第5期41-49,共9页

为了深入探究江西铅山红芽芋TIFY 9基因的功能,通过江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库筛选到江西铅山红芽芋TIFY 9基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆该基因,并采用生物信息学方法、转基因瞬时表达和实时定量PCR进行序列分析、亚细胞定... 为了深入探究江西铅山红芽芋TIFY 9基因的功能,通过江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库筛选到江西铅山红芽芋TIFY 9基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆该基因,并采用生物信息学方法、转基因瞬时表达和实时定量PCR进行序列分析、亚细胞定位、器官表达分析和功能分析。结果表明:江西铅山红芽芋TIFY 9基因cDNA总长度为522 bp,G+C含量为58.62%;由174个氨基酸组成,分子量19073.87 u,等电点9.30,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(31.61%)、β-片层(12.64%)、无规则卷曲(55.75%)构成,三级结构为单体;主要存在细胞核中;在进化上与Colocasia esculenta(芋)的亲缘关系较近,与Colocasia esculenta(芋)hypothetical protein Taro_030839(MQL98131.1)在进化上具有最高的亲缘关系。江西铅山红芽芋TIFY 9蛋白具有典型植物TIFY 9的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种同源性高达100%,在进化上高度保守。烟草叶片亚细胞定位分析表明,TIFY 9定位于细胞质和细胞核中。实时定量PCR结果显示,TIFY 9基因在江西铅山红芽芋中的表达存在器官特异性,在江西铅山红芽芋不同组织部位均有表达,且在叶中和球茎膨大初期表达量最高。在烟草花叶病毒胁迫下,与TIFY 9非转基因烟草相比较,TIFY 9转基因烟草的净光合速率(P_(n))、气孔导度(G_(s))、蒸腾速率(T_(r))、最大光化学效率(F_(v)/F_(m))、实际光化学量子效率(Φ_(PSⅡ))、光化学淬灭系数(q_(P))及电子传递效率(ETR)显著增加,而非光化学淬灭系数(NPQ)显著下降,表明TIFY 9基因响应病毒胁迫应答可能是依赖光合作用的提高。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 TIFY 9基因 基因克隆 功能分析 转基因表达

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怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因的克隆和分析

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作者 洪森荣 邓雨晴 +5 位作者 吴洪婷 陈婷 郭淑贞 杨于萱 蔡红 陈荣华 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期148-156,共9页

【目的】蔗糖合酶是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,以期揭示该酶生物学功能。【方法】通过怀玉山高山马铃薯(Solanum tuberosum L.cv.Huaiyushan,... 【目的】蔗糖合酶是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,以期揭示该酶生物学功能。【方法】通过怀玉山高山马铃薯(Solanum tuberosum L.cv.Huaiyushan,缩写S.tuberosum L.cv.Huaiyushan)试管苗转录组数据库筛选到蔗糖合酶基因的核心片段(PGSC0003DMG400002895,SuSy 4),利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因cDNA总长度为2418 bp,G+C含量为45.08%;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶由805个氨基酸组成,分子量92471.33 Da,等电点5.87,为亲水性蛋白;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶的二级结构包括α-螺旋(45.84%)、β-片层(15.16%)、无规则卷曲(39.01%),C端和N端含β-片层和α-螺旋,而无规则卷曲、延伸链、β-片层和α-螺旋则散布于整个蛋白质中;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶的三级结构为四聚体;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶主要存在细胞质、线粒体和叶绿体中;怀玉山高山马铃薯与番茄(Solanum lycopersicum)、潘那利番茄(Solanum pennellii)、智利番茄(Solanum chilense)、马铃薯(Solanum tuberosum)、辣椒(Capsicum annuum)、风铃辣椒(Capsicum baccatum)等6种植物在一个大分支下,这说明怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因在进化上与这6种植物的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯的进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因具有典型蔗糖合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 怀玉山高山马铃薯 试管苗 蔗糖合酶 克隆 序列分析

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怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因的克隆和序列分析

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作者 洪森荣 曾晓健 +8 位作者 魏杰 温倩文 谢微 杨玉琪 姚梦 易奥情 于小姣 蔡红 陈荣华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期487-494,共8页

【目的】对怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯抗TMV蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到抗TMV蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山... 【目的】对怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯抗TMV蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到抗TMV蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因cDNA总长度为4335 bp,G+C含量为38.22%;怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白由1444个氨基酸组成,分子量165229.13 Da,等电点5.78,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(43.77%)、β-片层(12.47%)、无规则卷曲(43.77%)构成;高山马铃薯抗TMV蛋白主要存在细胞核中;怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白在进化上与马铃薯、番茄和野生种潘那利番茄的亲缘关系较近,尤其是与Solanum tuberosum(马铃薯)TMV resistance protein N-like isoform X1(类TMV抗性蛋白N亚型X1)和S.tuberosum(马铃薯)TMV resistance protein N-like isoform X2(类TMV抗性蛋白N亚型X2)在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白具有典型抗TMV蛋白的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该蛋白生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 怀玉山高山马铃薯 试管苗 抗TMV蛋白基因 克隆 序列分析

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黄独微型块茎环阿屯醇合酶基因克隆与序列分析

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作者 柯维忠 曾晓健 +3 位作者 徐婷 刘霞霞 胡品书 游检 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第4期29-35,共7页

获取黄独皂苷合成途径关键酶环阿屯醇合酶(CAS)的基因全长cDNA序列,并进行序列分析。通过黄独微型块茎转录组数据库筛选得到CAS基因的核心片段,利用RT-PCR技术获得CAS基因保守片段,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得CAS基因的3′及5... 获取黄独皂苷合成途径关键酶环阿屯醇合酶(CAS)的基因全长cDNA序列,并进行序列分析。通过黄独微型块茎转录组数据库筛选得到CAS基因的核心片段,利用RT-PCR技术获得CAS基因保守片段,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得CAS基因的3′及5′末端序列,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果表明,黄独微型块茎CAS基因编码序列长2 280 bp,编码814 bp的氨基酸序列,相对分子量为86 665.17 u,等电点为6.21。CAS蛋白主要是由α螺旋(33.66%)、延伸链(21.62%)以及无规则卷曲(44.72%)构成。CAS蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,三级结构为单体,含有CAS所必需的功能结构域,具有PLN03012多元结构域。CAS蛋白主要存在于质膜和内质网,可能为膜蛋白。黄独CAS蛋白与其他植物的CAS蛋白同源性较高,其中与菊叶薯蓣的CAS蛋白氨基酸相似性为96.05%。从黄独微型块茎中首次获得CAS基因cDNA全长序列,该基因具有CAS同源基因的典型特征。 展开更多

关键词 黄独 微型块茎 环阿屯醇合酶 基因克隆 序列分析

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江西铅山红芽芋抗病蛋白基因克隆和表达分析

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作者 洪森荣 邓雨晴 +7 位作者 张玲 张妮 张雯齐 张新语 赵若雅 郑潘鸯 郑紫娟 周融冰 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第9期21-27,共7页

对江西铅山红芽芋抗病蛋白基因进行克隆和表达分析,以期为解析江西铅山红芽芋的抗病机制奠定基础,同时为江西铅山红芽芋的遗传改良提供候选基因。通过江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库筛选到江西铅山红芽芋抗病蛋白基因的核心片段,利用... 对江西铅山红芽芋抗病蛋白基因进行克隆和表达分析,以期为解析江西铅山红芽芋的抗病机制奠定基础,同时为江西铅山红芽芋的遗传改良提供候选基因。通过江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库筛选到江西铅山红芽芋抗病蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆江西铅山红芽芋抗病蛋白基因,并用生物信息学方法和实时定量PCR进行序列分析和器官表达分析。结果表明,江西铅山红芽芋抗病蛋白基因cDNA总长度为264 bp,G+C含量为46.59%;江西铅山红芽芋抗病蛋白由88个氨基酸组成,分子量为10116.53 u,等电点为6.42,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(23.68%)、β-片层(14.77%)、无规则卷曲(61.36%)构成;三级结构为单体;江西铅山红芽芋抗病蛋白主要存在于叶绿体和细胞核中;江西铅山红芽芋抗病蛋白在进化上与芋(Colocasia esculenta)的亲缘关系较近,尤其是与芋的hypothetical peotein Taro_046555(MQM13626.1)、hypothetical peotein Taro_046554(MQM13625.1)和hypothetical peotein Taro_046553(MQM13630.1)在进化上具有最高的亲缘关系。实时定量PCR结果显示,抗病蛋白基因在江西铅山红芽芋中的表达存在器官特异性,在叶片和球茎膨大初期的表达量最高。综合分析可知,江西铅山红芽芋抗病蛋白具有典型的抗病蛋白结构,在进化上高度保守。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 抗病蛋白 基因克隆 表达分析

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江西铅山红芽芋蔗糖合成酶基因的克隆和表达分析 被引量：1

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作者 张艺欣 段菲 +4 位作者 樊洁 符卉卉 顾佳怡 兰佳欣 李娇 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第2期50-57,共8页

对江西铅山红芽芋蔗糖合成酶基因进行克隆和表达分析,旨在为今后进一步研究江西铅山红芽芋蔗糖代谢机制和利用基因工程手段提高江西铅山红芽芋的品质奠定基础。从江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库中筛选到江西铅山红芽芋蔗糖合成酶基... 对江西铅山红芽芋蔗糖合成酶基因进行克隆和表达分析,旨在为今后进一步研究江西铅山红芽芋蔗糖代谢机制和利用基因工程手段提高江西铅山红芽芋的品质奠定基础。从江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库中筛选到江西铅山红芽芋蔗糖合成酶基因的核心片段,用RT-PCR技术克隆江西铅山红芽芋蔗糖合成酶基因,并用生物信息学方法和实时定量PCR方法进行序列分析和器官表达分析。结果显示,江西铅山红芽芋蔗糖合成酶基因的cDNA总长度为2256 bp,G+C含量为56.21%;江西铅山红芽芋蔗糖合成酶由751个氨基酸组成,相对分子量为85350.64 u,等电点为5.83,为亲水性蛋白,二级结构由α-螺旋(36.88%)、β-片层(16.91%)、无规则卷曲(46.21%)构成,三级结构为同源四聚体;江西铅山红芽芋蔗糖合成酶主要存在于细胞质、线粒体中,在进化水平上与芋(Colocasia esculenta)、眼子菜(Potamogeton distinctus)的亲缘关系较近,尤其是与C.esculenta hypothetical protein Taro_012658(MQL80204_c0_g1)在进化上具有最高的亲缘关系。实时定量PCR结果显示,蔗糖合成酶基因在江西铅山红芽芋中的表达存在器官特异性,在根和球茎膨大初期的表达量最高。由研究结果可知,江西铅山红芽芋蔗糖合成酶具有典型蔗糖合成酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶的生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 蔗糖合成酶 基因克隆 表达分析

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江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的克隆和表达分析 被引量：1

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作者 张艺欣 聂蒙 +4 位作者 钱华卉 邱莉 桑智玥 陶月琴 涂辰钰 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第1期57-62,共6页

旨在通过对江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因进行克隆和表达分析,为揭示江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白的生物学功能提供理论依据。从江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库中筛选到江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的核心片... 旨在通过对江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因进行克隆和表达分析,为揭示江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白的生物学功能提供理论依据。从江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库中筛选到江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的核心片段,用逆转录PCR(RT-PCR)技术克隆江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因,并采用生物信息学方法和实时定量PCR进行序列分析和器官表达分析。结果表明,江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的cDNA总长度为534 bp,G+C含量为58.05%;江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白由177个氨基酸组成,相对分子量为19369.13 u,等电点为6.09,为疏水性蛋白;二级结构由α-螺旋(15.25%)、β-片层(27.68%)、无规则卷曲(57.06%)构成;三级结构为同源三聚体;江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白主要存在于细胞质、叶绿体中;江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白在进化上与芋(Colocasia esculenta)的亲缘关系较近,尤其是与C.esculenta hypothetical peotein Taro_046195(MQM13270.1)在进化上具有最高的亲缘关系。实时定量PCR结果显示,植物抗病反应蛋白编码基因在江西铅山红芽芋中的表达存在器官特异性,在茎、球茎膨大末期的表达量最高。由结果可知,江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白具有典型的植物抗病反应蛋白的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种的相似度较高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶的生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 植物抗病反应蛋白 基因克隆 表达分析

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