茶树‘大面白’线粒体基因组结构特征及其密码子偏好性分析

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作者 尹明华 张牧彤 +3 位作者 徐子林 欧阳茜 王美暄 李文婷 《茶叶科学》 北大核心 2025年第1期61-78,共18页

茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用... 茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其线粒体基因组的结构特征和密码子偏好性进行分析。结果表明,‘大面白’线粒体基因组全长886354 bp,结构为完整单环状分子,GC含量为45.76%;共注释到78个功能基因,包括41个蛋白质编码基因,33个tRNA基因,4个rRNA基因;共检测到59个SSR(主要为A/T单核苷酸重复)和100个Longrepeat(主要为正向重复和回文重复)。‘大面白’线粒体基因组密码子偏好性较弱,密码子偏好以A/U结尾,密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小;‘大面白’线粒体基因组的最优密码子为14个(AAU、GAU、CAU、UUU、AUU、GCU、GGA、ACU、GUU、CGA、UUA、UUG、UCA、UCU)。11个近缘物种的线粒体基因组在基因区与‘大面白’线粒体基因组具有高度同源性;‘大面白’线粒体基因组与‘凌云白毫’(ON782577)线粒体基因组的共线性最高,两者的基因排列顺序基本一致;‘大面白’线粒体基因组与其叶绿体基因组之间具有62个高度同源性的基因片段;‘大面白’与‘凌云白毫’单独聚成一小分支,两者亲缘关系较近。本研究分析了‘大面白’线粒体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强‘大面白’种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。 展开更多

关键词 ‘大面白’ 线粒体基因组 结构特征 密码子偏好性

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广丰千金薯和铁棍山药脱毒微型块茎的转录组分析 被引量：1

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作者 尹明华 白丽 +2 位作者 陈舒敏 程佳慧 冯丽文 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第10期2209-2219,共11页

为探究广丰千金薯和铁棍山药在分子水平的差异,以广丰千金薯(QJS)和铁棍山药(TGSY)试管苗的微型块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明:QJS组和TGSY组样本间相关系数为0.42。QJS组和TGSY组表达量FPKM的对数值在0~1.5,表达量密度在0~1.... 为探究广丰千金薯和铁棍山药在分子水平的差异,以广丰千金薯(QJS)和铁棍山药(TGSY)试管苗的微型块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明:QJS组和TGSY组样本间相关系数为0.42。QJS组和TGSY组表达量FPKM的对数值在0~1.5,表达量密度在0~1.0。与TGSY组相比,QJS组有4765个基因下调,有5112个基因上调。QJS组和TGSY组表达的共有基因有25207个,QJS组单独表达的基因有5261个,TGSY组单独表达的基因有3571个。QJS组和TGSY组共发现611498个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和12056个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)。与TGSY组相比,QJS组的淀粉合成酶3、α-淀粉酶3、β-淀粉酶、类黄酮3′-单加氧酶、类黄酮3′-羟化酶、花青素合酶等基因上调,而颗粒结合淀粉合酶2、蔗糖合酶1、扩展蛋白2和苯丙氨酸解氨酶等基因下调。这可能是广丰千金薯微型块茎肉质绵密粉嫩、软糯爽口、胁迫防御、食后易胀的内在原因。结果可以为广丰千金薯的品种鉴定和分子育种提供参考。 展开更多

关键词 广丰千金薯 铁棍山药 脱毒 微型块茎 转录组分析

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江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的克隆和表达分析 被引量：1

3

作者 张艺欣 聂蒙 +4 位作者 钱华卉 邱莉 桑智玥 陶月琴 涂辰钰 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第1期57-62,共6页

旨在通过对江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因进行克隆和表达分析,为揭示江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白的生物学功能提供理论依据。从江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库中筛选到江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的核心片... 旨在通过对江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因进行克隆和表达分析,为揭示江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白的生物学功能提供理论依据。从江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库中筛选到江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的核心片段,用逆转录PCR(RT-PCR)技术克隆江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因,并采用生物信息学方法和实时定量PCR进行序列分析和器官表达分析。结果表明,江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白编码基因的cDNA总长度为534 bp,G+C含量为58.05%;江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白由177个氨基酸组成,相对分子量为19369.13 u,等电点为6.09,为疏水性蛋白;二级结构由α-螺旋(15.25%)、β-片层(27.68%)、无规则卷曲(57.06%)构成;三级结构为同源三聚体;江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白主要存在于细胞质、叶绿体中;江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白在进化上与芋(Colocasia esculenta)的亲缘关系较近,尤其是与C.esculenta hypothetical peotein Taro_046195(MQM13270.1)在进化上具有最高的亲缘关系。实时定量PCR结果显示,植物抗病反应蛋白编码基因在江西铅山红芽芋中的表达存在器官特异性,在茎、球茎膨大末期的表达量最高。由结果可知,江西铅山红芽芋植物抗病反应蛋白具有典型的植物抗病反应蛋白的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种的相似度较高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶的生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 植物抗病反应蛋白 基因克隆 表达分析

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金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量：3

4

作者 尹明华 胡佳欣 +2 位作者 李瑶瑶 刘曼情 欧阳克蕙 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期884-898,共15页

本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码... 本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果表明,JHC叶绿体基因组大小为124163 bp,无四分体结构,基因组总GC含量为34.09%,共注释出111个基因(76个CDS基因、30个tRNA基因、4个rRNA基因、1个假基因)、91个SSR位点和148个长重复序列;JHC叶绿体基因组的第三位密码子偏好以A和U作为末尾碱基,UUA、GCU、UAA、ACU、CCU、GAA、GUA、AUU、UGU、GGU、UUU、CUU为JHC叶绿体基因组的最优密码子;JHC与MZ772862(云南)亲缘关系较近,与MW971560(美国)、NC_042848(美国)关系较远,表明中国金花菜与美国金花菜的起源存在差异。 展开更多

关键词 金花菜 叶绿体基因组 中性绘图分析 ENC-plot分析 PR2-plot分析 最优密码子 系统发育分析

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马家柚叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析 被引量：6

5

作者 尹明华 余璐 +3 位作者 周佳慧 刘李娜 徐文萱 孙美龄 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期824-846,共23页

【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys... 【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys、CAP3、GeSeq和tRNAscan-SE软件对马家柚叶绿体基因组进行组装、注释;采用CGViewServer、MISA、REPuter、CodonW、Gview、IRscope、NADnaSP6.0软件对马家柚叶绿体基因组特征进行分析;采用MAFFT 7.0和FastTree 2.1.10软件对马家柚及其85个同科种和山小橘属3个外群种叶绿体基因组进行序列比对和建树。【结果】马家柚叶绿体基因组全长160186 bp,包括1个大单拷贝(LSC)区、1个小单拷贝(SSC)区和2个反向重复(IR)区,为典型闭合环状双链结构。马家柚叶绿体基因组共注释到133个功能基因,包括88个编码蛋白(CDS)基因、8个核糖体RNA(rRNA)基因和37个转运RNA(tRNA)基因。马家柚叶绿体基因组共检测到79个简单序列重复(SSR)和34个长序列重复(Longrepeat)。马家柚叶绿体基因组非编码区的变异程度高于基因编码区,LSC区的变异性>SSC区>IR区,SC/IR边界较为保守。马家柚叶绿体基因组平均ENC值为48.02,密码子偏好性较弱。马家柚叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变的影响小。马家柚叶绿体基因有10个最优密码子(AAU、UGU、AAA、UUU、GCU、GGA、CCA、ACU、CGU、AGU),均以A、U结尾。马家柚与西双版纳东试早柚(KY055833,来源地:云南)、日本夏橙(ON193075,来源地:韩国)、福建六月早蜜柚(MT527726,来源地:福建)、福建琯溪蜜柚(MN782007,来源地:福建)有亲缘关系。【结论】马家柚是一个柑橘属中较为独特的品种,该研究结果为进一步研究马家柚的遗传资源、物种资源鉴定和系统发育分析提供了理论依据。 展开更多

关键词 马家柚 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析

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‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析 被引量：4

6

作者 洪森荣 张牧彤 +4 位作者 徐子林 张钦荣 罗雨欣 田文慧 王心雨 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期92-103,共12页

【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var.cormosus‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提... 【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var.cormosus‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依据和理论基础。【方法】采用高通量测序技术对‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组进行测序,并利用生物信息学分析软件对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。【结果】‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组大小为155296 bp,为经典的4段式结构。大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复区(IR)长度分别为85737、18373、25593 bp,总鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例(GC比例)为37.88%,共注释出133个基因,包含87个编码区(CDS)基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和1个假基因。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组中共检测到38个简单重复序列位点(SSR位点,36个单碱基重复和2个双碱基重复)和32个长重复序列(16个正向重复和16个回文重复)。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组核苷酸多样性为0-0.13927,高变区主要分布在大单拷贝区和小单拷贝区,大单拷贝区trnL-UAA-trnF-GAA、cemA、rps12-exon1-clpP1、clpP1基因变异率最高,小单拷贝区rpl32-trnL-UAG、ycf1基因变异率最高。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组87个CDS基因的平均有效密码子数(ENC)为47.29,ENC>45的基因有60个,密码子偏性较弱。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾,使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。CGU、AAA、CUU、GUU、GGA、GUA、GGU、UCA、GCU、CCU为‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组的10个最优密码子。【结论】‘怀玉山’高山马铃薯与马铃薯栽培种S.tuberosum‘Desiree’亲缘关系较近。 展开更多

关键词 ‘怀玉山’高山马铃薯 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析

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壳寡糖浸种对低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋萌发及生理代谢的影响 被引量：3

7

作者 尹明华 肖心怡 +3 位作者 方雅轩 万静 木也赛尔·吐鲁洪 陈悦 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期320-330,共11页

江西铅山红芽芋脱毒试管芋一般在1月至2月上旬晴天播种,“倒春寒”等低温胁迫会导致早播的江西铅山红芽芋脱毒试管芋生长缓慢,出苗周期变长,严重时会造成烂种死亡,出苗率降低,影响其产量。为提高播种期江西铅山红芽芋脱毒试管芋抗寒性,... 江西铅山红芽芋脱毒试管芋一般在1月至2月上旬晴天播种,“倒春寒”等低温胁迫会导致早播的江西铅山红芽芋脱毒试管芋生长缓慢,出苗周期变长,严重时会造成烂种死亡,出苗率降低,影响其产量。为提高播种期江西铅山红芽芋脱毒试管芋抗寒性,该研究利用植物组织培养和植物生理学的方法测定了壳寡糖浸种后低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋的萌发及其相关生理指标。结果表明:200~250 mg/L壳寡糖浸种可显著促进低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋的萌发。与低温对照相比,当浸种浓度为200 mg/L时,在内源激素方面,有利于低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋萌发过程中赤霉素、玉米素核苷、多胺和茉莉酸的积累,而不利于生长素和脱落酸的积累;在抗氧化方面,提高了超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶的活性,降低了丙二醛和过氧化氢的含量;在渗透调节方面,有利于可溶性糖、可溶性蛋白、脯氨酸的积累;在代谢关键酶方面,可提高脂肪酶、蛋白酶和α-淀粉酶活性以及三磷酸腺苷含量。因此,200 mg/L壳寡糖可以调控低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋内源植物激素和渗透调节物质含量、抗氧化酶和代谢关键酶活性,促进其在低温下的萌发。 展开更多

关键词 浸种 低温 壳寡糖 江西铅山红芽芋 脱毒试管芋 萌发 生理代谢

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茶树大面白叶绿体基因组特征、密码子偏好性及其系统发育分析 被引量：3

8

作者 尹明华 张嘉欣 +3 位作者 乐芸 何凡凡 黄添慧 张牧彤 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期411-430,共20页

茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测... 茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其叶绿体的基因组特征、系统发育和密码子偏好性进行分析。结果表明,茶树大面白叶绿体基因组全长157 129 bp,为典型的四分体结构,包括1个LSC区(86 687 bp)、1个SSC区(18 282 bp)和2个IR区(包括IRa和IRb,均为26 080 bp)。大面白叶绿体基因组共注释到135个功能基因,包括90个CDS基因;8个rRNA基因和37个tRNA基因。共检测到52个SSR和50个Longrepeat,SSR只有A/T单核苷酸重复序列,Longrepeat只存在正向重复和回文重复2种类型。茶树大面白叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小。茶树大面白叶绿体基因有14个最优密码子(AAU、GAU、UGU、AAA、UAA、GCA、GCU、GGU、CCU、GUA、CGU、CUU、AGU、UCU)。茶树大面白与凤凰单丛茶白银(Camellia sinensis isolated Baiyin cultivar Phoenix Dancong Tea,OL690374)亲缘关系较近。本研究分析了大面白茶树叶绿体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强茶树大面白种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。 展开更多

关键词 茶树大面白 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析

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甜高粱叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量：10

9

作者 洪森荣 林顺来 +3 位作者 李盈萍 李芸芸 李和月 张庆宝 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3636-3650,共15页

本研究采用高通量测序技术对甜高粱叶绿体基因组进行测序,对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。结果表明,甜高粱(Sorghum bicolor)叶绿体基因组长度为140644 bp,编码86个CDS基因、38个tRNA基因和8个rRN... 本研究采用高通量测序技术对甜高粱叶绿体基因组进行测序,对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。结果表明,甜高粱(Sorghum bicolor)叶绿体基因组长度为140644 bp,编码86个CDS基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因,检测到31个SSR位点和42个Long repeat序列。甜高粱及其14个近缘种的叶绿体基因组变化不大,IR区边界未发生明显的收缩与扩张。甜高粱叶绿体基因组密码子偏好以A,U结尾,其密码子使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。甜高粱叶绿体基因组的最优密码子14个(ACU,UAG,CCU,CUA,GCU,AGU,GAU,UUA,CGU,GAA,GUU,UCA,CAU,UGU)。甜高粱与高粱Sorghum bicolor MT333845(产地:韩国,栽培种Donganme)、MT333848(产地:韩国,栽培种Sodam Chal)、MT459453(产地:韩国,栽培种ATx623)亲缘关系较近。研究结果将为完善高粱属植物分子育种技术和探究高粱属植物系统发育提供参考。 展开更多

关键词 甜高粱 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析

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黄独胚性悬浮细胞的小滴玻璃化法超低温保存 被引量：2

10

作者 尹明华 李诚欣 +4 位作者 李祥媛 刘凯盈 封昀 卢霞 柯维忠 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第11期2332-2339,共8页

【目的】建立和优化黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存的技术体系。【方法】通过单因子试验探究各种条件对黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存效果的影响,并通过RAPD分子标记检测其冻后再生苗的遗传稳定性。【结果】黄独胚... 【目的】建立和优化黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存的技术体系。【方法】通过单因子试验探究各种条件对黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存效果的影响,并通过RAPD分子标记检测其冻后再生苗的遗传稳定性。【结果】黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存较佳的技术体系如下:黄独胚性悬浮细胞(25±1)℃下在MS+2 mg/L KT+0.5 mg/L NAA+0.5 mg/L 2,4-D+0.8 mol/L蔗糖的液体培养基中预培养4 d;(25±1)℃下在装载液(MS+2 mol/L甘油+0.4 mol/L蔗糖,pH 5.8)中装载70 min;0℃下在PVS2(300 g/L甘油+150 g/L乙二醇+150 g/L二甲基亚砜+0.4 mol/L蔗糖,pH 5.8)中脱水100 min;冻后铝箔条浸入37℃恒温预热过的培养液(MS+KT 2 mg/L+NAA 0.5 mg/L+2,4-D 0.5 mg/L+30 g/L蔗糖,pH 5.8)中化冻;(25±1)℃下用洗涤液(MS+KT 2 mg/L+NAA 0.5 mg/L+2,4-D 0.5 mg/L+1.2 mol/L蔗糖,pH 5.8)进行洗涤,洗涤3次,每次洗涤时间为10 min;洗涤后先黑暗培养5 d再置于光周期下培养。黄独胚性悬浮细胞冻后相对存活率为90.5%±4.4%。液氮保存时间对黄独胚性悬浮细胞冻后存活率无显著影响。RAPD检测结果表明黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存再生植株无变异,未发现遗传稳定性发生变化。【结论】本试验建立的黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存技术程序较为可靠,可为黄独胚性悬浮细胞的长期保存提供技术参考。 展开更多

关键词 黄独 胚性悬浮细胞 小滴玻璃化法 超低温保存

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怀玉山三叶青两个栽培种块根内生菌、根际微生物群落分布及其化感物质的比较分析 被引量：2

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作者 夏瑾华 刘彩艳 +4 位作者 刘佳仪 刘金玲 刘乐 彭雅婷 尹明华 《山东农业科学》 北大核心 2022年第7期93-103,共11页

本试验利用Illumina高通量测序技术研究怀玉山三叶青两个栽培种块根内生菌、根际微生物群落分布,利用LC-MS技术比较分析其化感物质含量差异。结果表明:怀玉1号块根内生菌和根际土壤微生物物种数量均少于怀玉2号。怀玉1号块根(WT_G)和怀... 本试验利用Illumina高通量测序技术研究怀玉山三叶青两个栽培种块根内生菌、根际微生物群落分布,利用LC-MS技术比较分析其化感物质含量差异。结果表明:怀玉1号块根内生菌和根际土壤微生物物种数量均少于怀玉2号。怀玉1号块根(WT_G)和怀玉2号根际土壤(LM)的物种数和物种多样数较高。怀玉2号根际土壤(LM)、怀玉1号根际土壤(WT)、怀玉2号块根(LM_G)和怀玉1号块根(WT_G)的优势群落均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)。怀玉1号根际土壤(WT)的龙胆酸、香草醛酸和水杨酸含量高于怀玉2号根际土壤(LM),而丁香酸、没食子酸和阿魏酸含量低于怀玉2号根际土壤(LM)。本试验结果可为怀玉山三叶青两个栽培种的大棚高效栽培提供理论依据。 展开更多

关键词 怀玉山三叶青 栽培种 块根 内生菌 根际微生物 化感物质

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盐胁迫对怀玉山三叶青2个栽培种试管苗生理特性和次生代谢产物的影响 被引量：7

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作者 洪森荣 陈轩宇 +5 位作者 李文丽 张座栋 刘军 刘佳 蔡红 陈荣华 《山东农业科学》 北大核心 2021年第9期38-45,共8页

为探究盐胁迫对怀玉山三叶青2个栽培种(‘怀玉1号’‘怀玉2号’)试管苗生理特性和次生代谢产物的影响,为其大棚基质高效栽培提供依据,本研究设置不同质量浓度(0、2、4、6、8、10 g·L^(-1))的NaCl胁迫处理,分析其对怀玉山三叶青2个... 为探究盐胁迫对怀玉山三叶青2个栽培种(‘怀玉1号’‘怀玉2号’)试管苗生理特性和次生代谢产物的影响,为其大棚基质高效栽培提供依据,本研究设置不同质量浓度(0、2、4、6、8、10 g·L^(-1))的NaCl胁迫处理,分析其对怀玉山三叶青2个栽培种试管苗生长及生理特性的影响。结果表明:(1)低盐胁迫(2~4 g·L^(-1))时,怀玉山三叶青2个栽培种试管苗无死亡,对株高和植株干质量无显著影响;中高盐胁迫(6~10 g·L^(-1))时,2个栽培种试管苗的死亡率显著提高,株高、地上和地下部干质量显著下降。(2)随着盐胁迫浓度的升高,怀玉山三叶青2个栽培种试管苗的游离脯氨酸(Pro)、可溶性蛋白(SP)、可溶性糖(SS)含量以及超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)活性均先升高后降低,除‘怀玉1号’可溶性糖含量在0.2 g·L^(-1) NaCl处理时最高外,‘怀玉1号’‘怀玉2号’各指标分别在4、6 g·L^(-1) NaCl处理时达到峰值;MDA含量和相对电导率均持续升高;‘怀玉1号’‘怀玉2号’叶绿素a和叶绿素b及总叶绿素含量分别在2~4、2~6 g·L^(-1) NaCl处理时与对照差异不显著,而后均显著下降。综合分析,‘怀玉1号’‘怀玉2号’试管苗的耐盐阈值分别为4、6 g·L^(-1)。(3)隶属函数分析和主成分分析结果表明,怀玉山三叶青2个栽培种试管苗的耐盐性为‘怀玉2号’>‘怀玉1号’。(4)随着盐胁迫的不断加重,‘怀玉1号’和‘怀玉2号’试管苗叶片的黄酮和多酚含量呈先升后降趋势,而多糖含量则呈直线下降趋势。本试验探究了盐胁迫对怀玉山三叶青试管苗生理特性和次生代谢产物的影响,可为今后解决其高山大棚栽培中可能遇到的盐胁迫问题提供理论依据。 展开更多

关键词 盐胁迫 怀玉山三叶青 栽培种 试管苗 生理特性 次生代谢产物

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怀玉山三叶青2个栽培种块根的转录组分析 被引量：5

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作者 洪森荣 黄丹丹 +5 位作者 黄诗慧 黄夏梦 蒋椰 李万平 蔡红 陈荣华 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期24-35,共12页

【目的】筛选怀玉山三叶青2个栽培种:怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)与黄酮类化合物合成相关差异表达基因。【方法】以怀玉山三叶青怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)的块根为试验材料进行转录组分析。【结果】HY1组和HY2组的Clean read... 【目的】筛选怀玉山三叶青2个栽培种:怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)与黄酮类化合物合成相关差异表达基因。【方法】以怀玉山三叶青怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)的块根为试验材料进行转录组分析。【结果】HY1组和HY2组的Clean reads分别为42 311 662和41 411 202。2组样品Q30碱基百分比均不小于95.75%。HY1组和HY2组的转录因子家族多为MYB-superfamily、 bHLH、 AP2/ERF、 NAC、 C2C2、 WRKY等。HY1组和HY2组表达量FPKM的对数值在0-2。HY1组和HY2组表达量密度在0-0.7。HY1组和HY2组表达的共有基因数为22 367,HY1组单独表达的基因数为18 196,HY2组单独表达的基因数为8 137。HY1组和HY2组表达量的相关系数为0.913,样本间相关性好。HY1组和HY2组共产生差异表达基因12 199个。与HY1组比较,HY2组上调基因数为3 551,下调基因数为8 648。GO富集分析显示,差异基因主要注释到光合作用光系统I光捕获、光合作用捕获、叶绿素代谢过程、蛋白质发色团连锁、前体代谢产物和能量的产生、叶绿素生物合成过程、氧化应激反应、α-氨基酸代谢过程、光合作用、质体小叶、光系统Ⅰ、光系统Ⅱ、质体类核仁、光系统、叶绿素结合、单加氧酶活性、铁离子结合、血红素结合、裂解酶活性功能。KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到光合作用-天线蛋白、核糖体、乙醛酸和二元酸代谢、苯丙酸生物合成、二苯乙烯类、二芳基庚烷类和姜辣素的生物合成、类黄酮生物合成、光合作用、光合生物的固碳作用、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、植物激素信号转导、谷胱甘肽代谢、丙酮酸代谢、苯丙氨酸代谢、植物昼夜节律、黄酮和黄酮醇的生物合成、半胱氨酸与蛋氨酸代谢、氰胺酸代谢、类胡萝卜素生物合成、α-亚麻酸代谢、卟啉与叶绿素代谢等代谢途径。【结论】与黄酮类化合物相关差异表达基因如芪合酶(stilbenesynthase)、无色花色素双加氧酶(leucoanthocyanidindioxygenase)、查尔酮异构酶蛋白(CHI protein)、查尔酮合酶2(chalcone synthase 2)、黄烷酮3-羟化酶(flavanone 3-hydroxylase)、无色花色素还原酶(1leucoanthocyanidin reductase 1)、类黄酮3’-羟化酶(flavonoid 3’-hydroxylase)基因在怀玉2号(HY2组)块根中上调,而查尔酮合酶(chalcone synthase)、黄酮醇合酶(flavonol synthase)、类黄酮3’,5’-甲基转移酶(flavonoid 3’, 5’-methyltransferase)基因在怀玉2号(HY2组)块根中下调,导致怀玉山三叶青怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)块根总黄酮含量的差异。 展开更多

关键词 怀玉山三叶青 栽培种 块根 转录组分析

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江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的转录组分析 被引量：3

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作者 尹明华 张艺欣 +4 位作者 邓雨晴 吴洪婷 陈婷 郭淑贞 杨于萱 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1050-1062,共13页

【目的】探究江西铅山红芽芋对超低温疗法脱毒的转录组响应机制,为江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的规模化应用奠定理论依据。【方法】以江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗(VF组)和江西铅山红芽芋超低温疗法带毒苗(V组)试验材料进行转录... 【目的】探究江西铅山红芽芋对超低温疗法脱毒的转录组响应机制,为江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的规模化应用奠定理论依据。【方法】以江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗(VF组)和江西铅山红芽芋超低温疗法带毒苗(V组)试验材料进行转录组比较分析。【结果】VF组Clean reads为42 406 188,GC含量为54.09%;V组Clean reads为46 818 060,GC含量为50.36%。VF组和V组表达量FPKM的对数值在0~2,表达量密度在0~0.8。VF组和V组表达的共有基因数为23 820,V组单独表达的基因数为10 298,VF组单独表达的基因数为4 477。VF组和V组表达量的相关系数为0.287,样本间相关性较差。VF组和V组共产生差异表达基因5 282个,与V组比较,VF组上调基因3 011,下调基因2 271。GO富集分析显示,差异基因主要注释到过氧化氢分解过程、过氧化氢代谢过程、一元羧酸生物合成过程、多糖分解代谢过程、金属离子输运、细胞外区、细胞壁、外部封装结构、膜的固有成分、质膜固有成分、核酸结合转录因子活性、序列特异性DNA结合转录因子活性、单加氧酶活性、铁离子结合、血红素结合等功能。KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到苯丙酸生物合成、类黄酮生物合成、二苯乙烯类和二芳基庚烷类以及姜辣素的生物合成、MAPK信号通路-植物、淀粉和蔗糖代谢、酪氨酸代谢、植物激素信号转导、戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化、过氧化物酶体、α-亚麻酸代谢、苯丙氨酸代谢、氰胺酸代谢、类胡萝卜素生物合成、异喹啉生物碱的生物合成、泛醌和其他萜类醌的生物合成、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、植物昼夜节律、果糖和甘露糖代谢、半乳糖代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢等途径。【结论】F-box家族蛋白、脱落酸受体PYR1、乙烯受体2、生长素响应因子1、BZIP转录因子家族蛋白、过氧化物酶、过氧化氢酶1、超氧化物歧化酶[Cu-Zn]、植物抗病反应蛋白、抗病蛋白、抗病蛋白RPS2、抗病蛋白RPS5、抗病蛋白RGA2、抗病反应蛋白、转座子TNT的逆转录病毒相关Pol多蛋白、逆转录病毒相关Pol多聚蛋白系1、类烟草病毒增殖蛋白3、烟草病毒增殖蛋白1、转座子RE1的逆转录病毒相关Pol多蛋白、蔗糖合成酶等基因是江西铅山红芽芋的超低温疗法脱毒的主要响应基因。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 超低温疗法脱毒苗 超低温疗法带毒苗 转录组分析

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怀玉山三叶青2个栽培种试管苗对干旱胁迫的生理响应及相关基因的表达 被引量：1

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作者 洪森荣 柯维忠 +6 位作者 陶月琴 戴云龙 安永盼 符卉卉 阿提克穆·麦麦提 蔡红 陈荣华 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第4期117-125,共9页

为了探究怀玉山三叶青2个栽培种试管苗对干旱胁迫的生理响应,为其高山大棚有效栽培提供理论依据。以怀玉山三叶青怀玉1号、怀玉2号试管苗为试验材料,进行PEG-6000模拟干旱胁迫处理,通过主成分分析和隶属函数法综合评价怀玉山三叶青2个... 为了探究怀玉山三叶青2个栽培种试管苗对干旱胁迫的生理响应,为其高山大棚有效栽培提供理论依据。以怀玉山三叶青怀玉1号、怀玉2号试管苗为试验材料,进行PEG-6000模拟干旱胁迫处理,通过主成分分析和隶属函数法综合评价怀玉山三叶青2个栽培种试管苗抗旱性的强弱,并通过荧光定量PCR分析干旱胁迫下怀玉山三叶青2个栽培种试管苗相关基因的表达情况。结果表明,随着PEG-6000浓度的增加,怀玉1号、怀玉2号试管苗的株高和生物量整体上呈先稳后降的趋势,可溶性蛋白(SP)、可溶性糖(SS)、游离脯氨酸(Pro)和K^(+)含量以及抗氧化酶[超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)]活性整体上呈先升后降的趋势,而相对电导率(RC)、丙二醛(MDA)含量和Na^(+)含量则呈显著提高的态势,茎、根Ca^(2+)含量无显著变化。根据隶属函数分析结果,怀玉山三叶青2个栽培种试管苗的耐旱性为怀玉2号>怀玉1号;主成分分析结果表明,第1个主成分中较大的指标有POD、CAT活性和Pro含量,第2个主成分中较大的指标有RC、SOD活性和MDA含量,第3个主成分中较大的指标有SS、K^(+)和Ca^(2+)含量;轻度干旱和中度干旱有助于脱落酸、茉莉酸、乙烯、赤霉素、生长素等内源激素含量的提高,也有利于怀玉山三叶青黄酮醇和查尔酮的合成,但不利于怀玉山三叶青烟草花叶病毒的增殖。由研究结果可知,适度干旱胁迫可以提高内源激素和次生代谢物的含量,抑制病毒增殖,促进怀玉山三叶青的生长发育,相关研究结果可为怀玉山三叶青抗旱种源的筛选提供参考依据。 展开更多

关键词 怀玉山三叶青 栽培种 试管苗 干旱胁迫 生理响应 相关基因表达

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江西铅山红芽芋叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：2

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作者 尹明华 余锾媛 +1 位作者 肖心怡 王玉婷 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期233-247,共15页

为分析江西铅山红芽芋叶绿体基因组的结构组成情况,判定其在芋属中的进化位置及与同芋属叶绿体基因组的区别,为芋属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对江西铅山红芽芋叶绿体基因组... 为分析江西铅山红芽芋叶绿体基因组的结构组成情况,判定其在芋属中的进化位置及与同芋属叶绿体基因组的区别,为芋属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对江西铅山红芽芋叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,并利用Geneious、MISA、MAFF、FASTTREE、CUSP、Chips和Codon W等生物信息学软件对其基因组结构和数目、密码子偏好性、序列重复、SSR位点和系统发育进行分析。结果表明,江西铅山红芽芋叶绿体基因组大小为16 2544 bp,呈现四分体结构。共包含130个基因,其中84个编码蛋白质的基因,37个t RNA基因,8个核糖体rRNA基因,1个假基因。通过密码子偏好性分析,平均有效密码子数为45.60,ENC值小于45的基因39个,说明其密码子偏好性强。通过SSR分析,检测到101个SSR位点,其中单核苷酸重复最多(约占83.17%),且单核苷酸以A/T型为主。与近缘种比较,发现其叶绿体基因组序列高度保守,尤其蛋白质编码序列相似度极高。此外,系统发育分析发现江西铅山红芽芋与芋属、岩芋属聚为一支。本研究得到了江西铅山红芽芋的叶绿体基因组基本情况与系统发育位置,为江西铅山红芽芋的物种辨别、天然种群遗传多样性与功能基因组学提供前期研究铺垫。 展开更多

关键词 江西铅山红芽芋 叶绿体基因组特征 系统发育分析 SSR分析 IR边界分析 密码子偏好性 最优密码子

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怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因的克隆和序列分析 被引量：2

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作者 尹明华 卢咏琪 +7 位作者 罗怿文 潘巧玲 邱梦婷 苏格 谭佳思 涂慧 蔡红 陈荣华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第6期1181-1187,共7页

【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋... 【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因cDNA总长度为423 bp, G+C含量为52.25%;怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白由140个氨基酸组成,分子量14 534.01Da,等电点7.07,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(21.43%)、β-片层(24.29%)、无规则卷曲(54.29%)构成;三级结构为单聚体,主要存在细胞核中。怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白在进化上与马铃薯(Solanum ltuberosum)和副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯(S.ltuberosum)TAS14-like在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因具有典型脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 怀玉山高山马铃薯 试管苗 ABA和环境胁迫诱导蛋白基因 克隆 序列分析

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怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3基因克隆和功能分析 被引量：2

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作者 尹明华 陈佳雯 +5 位作者 陈瑞 樊凡 辜婷婷 何思捷 陈荣华 蔡红 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第6期32-41,共10页

通过怀玉山三叶青试管苗转录组数据库筛选到怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆该病毒增殖蛋白3基因,并进行序列分析、亚细胞定位、器官表达分析和功能分析。结果表明:怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3基因c... 通过怀玉山三叶青试管苗转录组数据库筛选到怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆该病毒增殖蛋白3基因,并进行序列分析、亚细胞定位、器官表达分析和功能分析。结果表明:怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3基因cDNA总长度为873 bp,G+C含量为44.22%;怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3由290个氨基酸组成,分子量33374.79 u,等电点9.72,为疏水性蛋白;二级结构由α-螺旋(57.24%)、β-片层(10.69%)、无规则卷曲(32.07%)构成;三级结构为单体;预测怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3主要存在质膜、液泡膜、内质网中;怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3与葡萄烟草病毒增殖蛋白3(GenBank:XP_002275179.1、GenBank:XP_034684444.1)的同源性最高,同源性达到94.83%。通过烟草叶片亚细胞定位分析表明,烟草病毒增殖蛋白3定位于细胞质(可能包括细胞膜)和细胞核膜中。实时定量PCR结果显示,烟草病毒增殖蛋白3基因在怀玉山三叶青2个栽培种中的表达存在器官特异性,怀玉2号和怀玉1号均在叶中表达量最高;烟草病毒增殖蛋白3转基因阳性烟草的三叶青花叶病毒表达量显著高于烟草病毒增殖蛋白3转基因阴性烟草;与烟草病毒增殖蛋白3转基因阴性烟草相比较,烟草病毒增殖蛋白3转基因阳性烟草的净光合速率(P_(n))、气孔导度(G_(s))、蒸腾速率(T_(r))、最大光化学效率(F_(v)/F_(m))、实际光化学量子效率(ΦPSⅡ)、光化学淬灭系数(q_(P))及电子传递效率(ETR)显著下降,而非光化学淬灭系数(NPQ)显著上升。怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白3具有典型烟草病毒增殖蛋白3的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,进化上高度保守,且可促进三叶青烟草花叶病毒的增殖,降低植株的光合作用效率。 展开更多

关键词 怀玉山三叶青 烟草病毒增殖蛋白3 基因克隆 功能分析 蛋白结构

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怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因克隆和表达分析 被引量：1

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作者 洪森荣 陈正梦 +1 位作者 戴慧珍 邓曼蕾 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期2061-2068,共8页

【目的】对怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因进行克隆和表达分析,为进一步揭示怀玉山三叶青黄酮醇合酶的生物学功能奠定基础。【方法】怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因的核心片段通过其转录组数据库进行筛选,怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因利用逆转... 【目的】对怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因进行克隆和表达分析,为进一步揭示怀玉山三叶青黄酮醇合酶的生物学功能奠定基础。【方法】怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因的核心片段通过其转录组数据库进行筛选,怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因利用逆转录PCR进行克隆,序列分析采用生物信息学进行分析,器官表达采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行比较。【结果】怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因cDNA总长度为987 bp,G+C含量为47.92%。怀玉山三叶青黄酮醇合酶由329个氨基酸组成,分子量37578.03 Da,理论等电点5.39,为亲水性蛋白;其二级结构中α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲的比例分别占27.66%、21.88%和50.46%。怀玉山三叶青黄酮醇合酶主要存在内质网中,在进化上与山甜菜(Nekemias grossedentata)、河岸葡萄(Vitis riparia)和葡萄(Vitis vinifera)的亲缘关系较近,尤其是与山甜菜(N.grossedentata)黄酮醇合酶在进化上具有最高的亲缘关系。qRT-PCR分析结果表明,怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因的表达在2个栽培种中存在器官特异性表达,怀玉2号在根中的相对表达量最高,怀玉1号在茎中的相对表达量最高。【结论】怀玉山三叶青黄酮醇合酶具有典型黄酮醇合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,且怀玉山三叶青黄酮醇合酶基因的表达存在组织器官差异性。 展开更多

关键词 怀玉山三叶青 黄酮醇合酶 基因克隆 表达分析

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怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1基因克隆、亚细胞定位和组织表达分析 被引量：1

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作者 洪森荣 向琼钰 +5 位作者 谢颖 熊晨露 徐晨慧 徐璐珂 陈荣华 蔡红 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第6期1193-1204,共12页

通过怀玉山三叶青试管苗转录组数据库筛选到怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1基因的核心片段,利用反转录PCR(RT-PCR)技术克隆怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1基因,并采用生物信息学方法和实时荧光定量PCR进行序列分析和器官表达分析。结果... 通过怀玉山三叶青试管苗转录组数据库筛选到怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1基因的核心片段,利用反转录PCR(RT-PCR)技术克隆怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1基因,并采用生物信息学方法和实时荧光定量PCR进行序列分析和器官表达分析。结果表明,怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1基因cDNA总长度为888 bp,G+C含量为51.58%;怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1由295个氨基酸组成,分子量33173.36 u,等电点9.16,为疏水性蛋白;二级结构由α-螺旋(43.73%)、β-片层(21.69%)、无规则卷曲(34.58%)构成;三级结构为单体;怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1主要存在于内质网、内质网-质膜、细胞外、细胞质、线粒体和质膜中;怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1在进化上与Aegilops tauschii subsp.tauschill(节节麦)、Triticum turgidum subsp.durum(硬粒小麦)、Hordeum vulgare(大麦)的亲缘关系较近,尤其是与Aegilops tauschii subsp.tauschill(节节麦)烟草病毒增殖蛋白1在进化上具有最高的亲缘关系。通过烟草叶片亚细胞定位分析表明,烟草病毒增殖蛋白1定位于细胞质(可能包括细胞膜)和细胞核膜中。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示,烟草病毒增殖蛋白1基因在怀玉山三叶青2个栽培种中的表达存在器官特异性,怀玉2号在叶中表达量最高,怀玉1号在茎中表达量最高。怀玉山三叶青烟草病毒增殖蛋白1具有典型烟草病毒增殖蛋白1的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 展开更多

关键词 怀玉山三叶青 烟草病毒增殖蛋白1 基因克隆 亚细胞定位 表达分析

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