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2004年SARS-CoV毒株S基因分子进化特征
被引量：
10
1
作者
黄平
宋怀东
+2 位作者
邹丽容
李晖
俞守义
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期957-960,共4页
目的通过对2004年SARS-CoV毒株S基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株S基因进化与SARS流行的关系。方法对广东地区2004年2株SARS-CoV毒株S基因进行序列分析,其余15株毒株S基因序列从GenBank检索,采用DNAStar5.0软件,对检索的SARS-CoV的...
目的通过对2004年SARS-CoV毒株S基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株S基因进化与SARS流行的关系。方法对广东地区2004年2株SARS-CoV毒株S基因进行序列分析,其余15株毒株S基因序列从GenBank检索,采用DNAStar5.0软件,对检索的SARS-CoV的S基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合临床资料对变异毒株进行进化速度分析。结果17株毒株中,S基因7个氨基酸位点全部置换,35个氨基酸位点在不同毒株中置换;所有SARS-CoV均通过氨基酸227位点的置换,增加一个糖基化位点。同义进化中,S基因置换速度为1.46×10-6个核苷酸,进化线性回归方程为Y=1.46×10-6X+0.000736,同时通过Ka计算显示S基因进化明显存在选择性压力。2004年17株SARS-CoV毒株可以分为两条进化途径,其中广东地区的人类的GZ0401毒株与果子狸的PC4-115毒株核苷酸同源性达到99.97%,氨基酸同源性为100%。结论冠状病毒S基因的1个糖蛋白位点增加,可能导致人类SARS-CoV毒株出现并SARS流行;2004年果子狸冠状病毒与人类SARS-CoV毒株分子结构类似,可能存在交叉宿主。S基因同义进化速度较流感HA1基因慢4.2倍,但基因进化明显存在选择性压力。
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关键词
严重急性呼吸综合征
SARS-冠状病毒
S基因
进化
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题名
2004年SARS-CoV毒株S基因分子进化特征
被引量：
10
1
作者
黄平
宋怀东
邹丽容
李晖
俞守义
机构
广东省疾病预防控制中心
上海第二医科大学附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室
南方
医科大
学
流行病
学
教研室
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期957-960,共4页
基金
国家自然科学研究基金资助(No.30340014)
广东省重点科技项目(No.2003B60127)
文摘
目的通过对2004年SARS-CoV毒株S基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株S基因进化与SARS流行的关系。方法对广东地区2004年2株SARS-CoV毒株S基因进行序列分析,其余15株毒株S基因序列从GenBank检索,采用DNAStar5.0软件,对检索的SARS-CoV的S基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合临床资料对变异毒株进行进化速度分析。结果17株毒株中,S基因7个氨基酸位点全部置换,35个氨基酸位点在不同毒株中置换;所有SARS-CoV均通过氨基酸227位点的置换,增加一个糖基化位点。同义进化中,S基因置换速度为1.46×10-6个核苷酸,进化线性回归方程为Y=1.46×10-6X+0.000736,同时通过Ka计算显示S基因进化明显存在选择性压力。2004年17株SARS-CoV毒株可以分为两条进化途径,其中广东地区的人类的GZ0401毒株与果子狸的PC4-115毒株核苷酸同源性达到99.97%,氨基酸同源性为100%。结论冠状病毒S基因的1个糖蛋白位点增加,可能导致人类SARS-CoV毒株出现并SARS流行;2004年果子狸冠状病毒与人类SARS-CoV毒株分子结构类似,可能存在交叉宿主。S基因同义进化速度较流感HA1基因慢4.2倍,但基因进化明显存在选择性压力。
关键词
严重急性呼吸综合征
SARS-冠状病毒
S基因
进化
Keywords
SARS
SARS-CoV
S gene
evolution
分类号
R373 [医药卫生—病原生物学]
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作者
出处
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1
2004年SARS-CoV毒株S基因分子进化特征
黄平
宋怀东
邹丽容
李晖
俞守义
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006
10
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