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基于可变形注意力transformer的胃肠癌病理图像细胞核自动分割方法
被引量：
3
1
作者
唐智贤
李镇
+3 位作者
郭俏
胡家祺
王雪
姚旭峰
《复旦学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期396-403,共8页
目的使用深度学习算法实现胃肠癌病理图像的细胞核自动分割,辅助后续病理图像的定量分析。方法以2022年1月—2022年2月在上海交通大学医学院附属瑞金医院就诊的59例胃肠癌患者为研究对象,采用python和LabelMe对患者的病理图像进行数据...
目的使用深度学习算法实现胃肠癌病理图像的细胞核自动分割,辅助后续病理图像的定量分析。方法以2022年1月—2022年2月在上海交通大学医学院附属瑞金医院就诊的59例胃肠癌患者为研究对象,采用python和LabelMe对患者的病理图像进行数据脱敏、图片切割和感兴趣区域标注,共纳入944张病理图像,标注了9703个细胞核。通过构建一种基于深度学习的新型语义分割模型,模型引入可变型注意力transformer(deformable attention transformer,DAT),实现了病理图像细胞核自动、精准、高效分割,并采用多种分割评价标准评估模型性能。结果模型分割结果的平均绝对误差值(mean absolute error,MAE)为0.1126,骰子系数(dice coefficient,Dice)为0.7215,其效果明显优于U-net基线模型,并领先于ResU-net++、R2Unet和R2AttUnet等模型,且分割结果相对稳定,泛化性好。结论本研究建立的分割模型能够精准识别并分割出病理图像中的细胞核,鲁棒性和泛化性较好,有助于在实际应用中辅助诊断。
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关键词
深度学习模型
病理图像
细胞核分割
胃肠癌
诊断
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职称材料
小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤的标准化动物模型构建与评价
被引量：
2
2
作者
丁云
隋钧皓
+1 位作者
侯宜锦
章浩
《海军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期214-221,共8页
目的建立并评价小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤的标准化动物模型。方法将96只雄性C57BL/6J小鼠随机分为两组:股骨骨折合并坐骨神经损伤组(48只)和股骨骨折组(48只)。股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠通过止血钳钳夹致左侧坐骨神经损伤,并...
目的建立并评价小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤的标准化动物模型。方法将96只雄性C57BL/6J小鼠随机分为两组:股骨骨折合并坐骨神经损伤组(48只)和股骨骨折组(48只)。股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠通过止血钳钳夹致左侧坐骨神经损伤,并于同侧进行股骨开放性骨折联合髓内针固定,制作小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤模型;股骨骨折组小鼠仅游离左侧坐骨神经,不做钳夹处理,同时进行左侧股骨开放性骨折联合髓内针固定。术后仔细观察两组小鼠的行为学变化。于术后第3、5、7、10、14、18天取两组各36只小鼠的左侧坐骨神经,每个时间点每组6只,通过免疫组织化学染色观察坐骨神经的组织学变化。于术后第7、14、21、28天通过股骨X线片、Micro-CT、H-E染色及番红固绿染色分析骨折愈合情况。结果成功建立小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤模型,行为学观察与评估发现术后第14天股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠步态基本恢复正常;坐骨神经免疫组织化学染色显示,术后第14天股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠的坐骨神经纤维连续性基本恢复;Micro-CT检查显示在各时间点,股骨骨折合并坐骨神经损伤组的骨体积均小于股骨骨折组(P均<0.01),骨体积百分比也均低于股骨骨折组(P均<0.01)。骨切片组织形态学结果显示,股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠术后第7天骨折断端几乎不存在骨痂;术后第14天出现少量软骨痂,主要由未分化的间充质干细胞构成;术后第21天软骨痂开始钙化,骨痂中存在部分肥大的软骨细胞;术后第28天骨折断端有新生骨形成,含有大量肥大的软骨细胞、成骨细胞与骨细胞。结论小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤模型构建成功,该模型愈合过程良好,并较单纯股骨骨折的愈合有所延迟,可较好地模拟临床骨折合并周围神经损伤后的骨修复及愈合过程。
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关键词
股骨骨折
坐骨神经损伤
动物模型
骨折愈合
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职称材料
题名
基于可变形注意力transformer的胃肠癌病理图像细胞核自动分割方法
被引量：
3
1
作者
唐智贤
李镇
郭俏
胡家祺
王雪
姚旭峰
机构
上海
健康
医
学院
医学
影像
学院
医学
影像技术教研室
上海理工大学健康科学与工程学院生物医学工程研究所
上海
交通
大学
医
学院
附属瑞金医院病理科
出处
《复旦学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期396-403,共8页
基金
上海市青年科技英才扬帆计划(21YF1418600)
上海市高校青年教师培养资助计划(ZZ202216021)
国家自然科学基金(61971275)。
文摘
目的使用深度学习算法实现胃肠癌病理图像的细胞核自动分割,辅助后续病理图像的定量分析。方法以2022年1月—2022年2月在上海交通大学医学院附属瑞金医院就诊的59例胃肠癌患者为研究对象,采用python和LabelMe对患者的病理图像进行数据脱敏、图片切割和感兴趣区域标注,共纳入944张病理图像,标注了9703个细胞核。通过构建一种基于深度学习的新型语义分割模型,模型引入可变型注意力transformer(deformable attention transformer,DAT),实现了病理图像细胞核自动、精准、高效分割,并采用多种分割评价标准评估模型性能。结果模型分割结果的平均绝对误差值(mean absolute error,MAE)为0.1126,骰子系数(dice coefficient,Dice)为0.7215,其效果明显优于U-net基线模型,并领先于ResU-net++、R2Unet和R2AttUnet等模型,且分割结果相对稳定,泛化性好。结论本研究建立的分割模型能够精准识别并分割出病理图像中的细胞核,鲁棒性和泛化性较好,有助于在实际应用中辅助诊断。
关键词
深度学习模型
病理图像
细胞核分割
胃肠癌
诊断
Keywords
deep learning model
pathological image
nucleus division
gastrointestinal cancer
diagnosis
分类号
TP391.7 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
R-331 [医药卫生]
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职称材料
题名
小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤的标准化动物模型构建与评价
被引量：
2
2
作者
丁云
隋钧皓
侯宜锦
章浩
机构
海军军医
大学
(第二军医
大学
)第一附属医院创伤骨科
上海理工大学健康科学与工程学院生物医学工程研究所
出处
《海军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期214-221,共8页
基金
国家自然科学基金(81702666)。
文摘
目的建立并评价小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤的标准化动物模型。方法将96只雄性C57BL/6J小鼠随机分为两组:股骨骨折合并坐骨神经损伤组(48只)和股骨骨折组(48只)。股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠通过止血钳钳夹致左侧坐骨神经损伤,并于同侧进行股骨开放性骨折联合髓内针固定,制作小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤模型;股骨骨折组小鼠仅游离左侧坐骨神经,不做钳夹处理,同时进行左侧股骨开放性骨折联合髓内针固定。术后仔细观察两组小鼠的行为学变化。于术后第3、5、7、10、14、18天取两组各36只小鼠的左侧坐骨神经,每个时间点每组6只,通过免疫组织化学染色观察坐骨神经的组织学变化。于术后第7、14、21、28天通过股骨X线片、Micro-CT、H-E染色及番红固绿染色分析骨折愈合情况。结果成功建立小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤模型,行为学观察与评估发现术后第14天股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠步态基本恢复正常;坐骨神经免疫组织化学染色显示,术后第14天股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠的坐骨神经纤维连续性基本恢复;Micro-CT检查显示在各时间点,股骨骨折合并坐骨神经损伤组的骨体积均小于股骨骨折组(P均<0.01),骨体积百分比也均低于股骨骨折组(P均<0.01)。骨切片组织形态学结果显示,股骨骨折合并坐骨神经损伤组小鼠术后第7天骨折断端几乎不存在骨痂;术后第14天出现少量软骨痂,主要由未分化的间充质干细胞构成;术后第21天软骨痂开始钙化,骨痂中存在部分肥大的软骨细胞;术后第28天骨折断端有新生骨形成,含有大量肥大的软骨细胞、成骨细胞与骨细胞。结论小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤模型构建成功,该模型愈合过程良好,并较单纯股骨骨折的愈合有所延迟,可较好地模拟临床骨折合并周围神经损伤后的骨修复及愈合过程。
关键词
股骨骨折
坐骨神经损伤
动物模型
骨折愈合
Keywords
femoral fractures
sciatic nerve injury
animal models
fracture healing
分类号
R683.421 [医药卫生—骨科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于可变形注意力transformer的胃肠癌病理图像细胞核自动分割方法
唐智贤
李镇
郭俏
胡家祺
王雪
姚旭峰
《复旦学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
小鼠股骨骨折合并坐骨神经损伤的标准化动物模型构建与评价
丁云
隋钧皓
侯宜锦
章浩
《海军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
2
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