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乳腺癌组织样本中HER2基因拷贝数的检测分析
1
作者
孙亚蒙
马晔
郭润生
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期1589-1597,共9页
目的·利用微滴式数字PCR系统(droplet digital PCR system,ddPCR)建立乳腺癌组织福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin embedded,FFPE)样本和血浆样本中HER2基因拷贝数检测体系,并对检测体系进行性能评估,为临床辅助诊疗...
目的·利用微滴式数字PCR系统(droplet digital PCR system,ddPCR)建立乳腺癌组织福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin embedded,FFPE)样本和血浆样本中HER2基因拷贝数检测体系,并对检测体系进行性能评估,为临床辅助诊疗提供科学依据。方法·收集2020年1月—2021年6月就诊于上海健康医学院附属嘉定区中心医院普外科乳腺癌患者组织样本12例及其中4例配对血浆样本用于检测体系评价,同期收集健康志愿者血浆样本24例及就诊的乳腺癌组织切片样本77例,提取核酸,用于建立检测体系空白检测限及性能评价。设计及筛选检测体系,使用ddPCR检测体系的空白检测限、精密度、灵敏度及线性范围,使用高通量测序(next generation sequencing,NGS)验证ddPCR检测一致性,并与荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,IHC)/免疫组化(immunohistochemistry,FISH)金标准方法比对检测体系准确性。定量资料比较采用χ^(2)检验和配对样本t检验进行分析,使用Poisson概率函数分析体系空白检测限,变异系数(coefficient of variation,CV)评价灵敏度及精密度,线性回归相关系数(R^(2))评价线性范围。结果·使用ddPCR平台建立了乳腺癌患者组织切片DNA中HER^(2)基因拷贝数定量和扩增检测体系,配对样本t检验评价:与NGS方法检测组织核酸和血浆游离核酸样本结果相比,检测拷贝数结果相关系数0.987,扩增判读一致性100%。评估检测体系的批内精密度为6.8%、批间精密度为9.4%,灵敏度为1 ng,线性良好(R^(2)>0.98)。与传统的IHC/FISH方法相比,检测体系的灵敏度和特异度分别为84.6%(95%CI 64.3%~95.0%)和76.5%(95%CI 62.2%~86.8%),Kappa为0.57,一致率为79.2%。结论·使用ddPCR建立乳腺癌患者HER^(2)拷贝数检测体系,临床检测一致性良好,可能为乳腺癌患者的诊疗和预后判断的研究提供辅助手段。
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关键词
乳腺癌
福尔马林固定石蜡包埋
血浆
微滴式数字PCR
HER2拷贝
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职称材料
题名
乳腺癌组织样本中HER2基因拷贝数的检测分析
1
作者
孙亚蒙
马晔
郭润生
机构
上海柏辰生物科技有限公司
上海
健康医学院附属嘉定区中心医院普外科
出处
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期1589-1597,共9页
基金
上海市嘉定区卫健委课题(2019-KY-13)。
文摘
目的·利用微滴式数字PCR系统(droplet digital PCR system,ddPCR)建立乳腺癌组织福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin embedded,FFPE)样本和血浆样本中HER2基因拷贝数检测体系,并对检测体系进行性能评估,为临床辅助诊疗提供科学依据。方法·收集2020年1月—2021年6月就诊于上海健康医学院附属嘉定区中心医院普外科乳腺癌患者组织样本12例及其中4例配对血浆样本用于检测体系评价,同期收集健康志愿者血浆样本24例及就诊的乳腺癌组织切片样本77例,提取核酸,用于建立检测体系空白检测限及性能评价。设计及筛选检测体系,使用ddPCR检测体系的空白检测限、精密度、灵敏度及线性范围,使用高通量测序(next generation sequencing,NGS)验证ddPCR检测一致性,并与荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,IHC)/免疫组化(immunohistochemistry,FISH)金标准方法比对检测体系准确性。定量资料比较采用χ^(2)检验和配对样本t检验进行分析,使用Poisson概率函数分析体系空白检测限,变异系数(coefficient of variation,CV)评价灵敏度及精密度,线性回归相关系数(R^(2))评价线性范围。结果·使用ddPCR平台建立了乳腺癌患者组织切片DNA中HER^(2)基因拷贝数定量和扩增检测体系,配对样本t检验评价:与NGS方法检测组织核酸和血浆游离核酸样本结果相比,检测拷贝数结果相关系数0.987,扩增判读一致性100%。评估检测体系的批内精密度为6.8%、批间精密度为9.4%,灵敏度为1 ng,线性良好(R^(2)>0.98)。与传统的IHC/FISH方法相比,检测体系的灵敏度和特异度分别为84.6%(95%CI 64.3%~95.0%)和76.5%(95%CI 62.2%~86.8%),Kappa为0.57,一致率为79.2%。结论·使用ddPCR建立乳腺癌患者HER^(2)拷贝数检测体系,临床检测一致性良好,可能为乳腺癌患者的诊疗和预后判断的研究提供辅助手段。
关键词
乳腺癌
福尔马林固定石蜡包埋
血浆
微滴式数字PCR
HER2拷贝
Keywords
breast cancer
formalin-fixed paraffin embedded(FFPE)
plasma
droplet digital PCR(ddPCR)
HER2 copy number
分类号
R446.1 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
乳腺癌组织样本中HER2基因拷贝数的检测分析
孙亚蒙
马晔
郭润生
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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