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细胞游离DNA在胆道癌诊断中的价值:一项meta分析: 1; 作者杨越何开举 +3 位作者宗家豪杨自逸吴向嵩龚伟《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1175-1185,共11页; 目的·采用meta分析方法全面评价细胞游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)对胆道癌(biliary tract cancer,BTC)的诊断准确性,探究样本来源、检测方法以及截断值选择等对诊断效果的影响,为更好开展临床应用提供依据。方法·检索8个中... 展开更多; 关键词 META分析胆道癌细胞游离DNA 诊断; 在线阅读下载PDF 职称材料

CT影像组学在胃肠道间质瘤中的应用进展被引量：4: 2; 作者马奔赵成 +1 位作者束翌俊董平《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期923-930,共8页; 胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumor,GIST)是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤,其生物学特征复杂,危险度不等,且不同危险度患者的治疗方法和预后差异较大,因此早期诊断及危险度评估对于该病的精准治疗至关重要。近年来,CT影像组学... 展开更多; 关键词胃肠道间质瘤 CT影像组学人工智能机器学习; 在线阅读下载PDF 职称材料

BRCA1 R1325K突变对胆囊癌细胞增殖及凋亡的影响: 3; 作者杨婧潇贾子尧 +5 位作者吴文广吴向嵩张飞李怀峰朱逸荻李茂岚《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1071-1079,共9页; 目的·探究乳腺癌易感基因1(breast cancer susceptibility gene 1,BRCA1)第1325位精氨酸变为赖氨酸(R1325K突变)对胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ增殖和凋亡的影响。方法·使用BRCA1野生型过表达慢病毒、BRCA1 R1325K突变过表达慢病... 展开更多; 关键词胆囊癌 BRCA1 突变增殖凋亡; 在线阅读下载PDF 职称材料

RNA m^(6)A甲基化修饰酶调控肿瘤的功能及其抑制剂的研究进展被引量：3: 4; 作者郝亚娟刘颖斌《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期809-814,共6页; RNA修饰在生命活动和疾病的发生和发展中发挥着重要的作用。氮6-甲基腺嘌呤(N~6-methyladenine,m^(6)A)修饰是信使RNA中广泛存在的甲基化修饰,是动态变化的。近年来在肿瘤中发现m^(6)A修饰酶和结合蛋白表达异常,可通过改变靶基因的RNA m... 展开更多; 关键词氮6-甲基腺嘌呤(m^(6)A) 肿瘤抑制剂 α-酮戊二酸依赖的加双氧酶FTO; 在线阅读下载PDF 职称材料

肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型: 5; 作者克德尔亚·艾山江傅怡 +2 位作者赖冬林邬海龙龚伟《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-12,共12页; 目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的... 展开更多; 关键词核编码线粒体基因肝细胞癌癌症基因组图谱(TCGA) 基因表达数据库(GEO) 总生存率; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名细胞游离DNA在胆道癌诊断中的价值:一项meta分析: 1; 作者杨越何开举宗家豪杨自逸吴向嵩龚伟; 机构上海交通大学医学院附属新华医院普外科上海市胆道疾病研究重点实验室上海交通大学医学院山东大学齐鲁医院消化内科; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1175-1185,共11页; 基金国家自然科学基金(81974371,82172628) 上海交通大学医学院“双百人”项目(20151001)。; 文摘目的·采用meta分析方法全面评价细胞游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)对胆道癌(biliary tract cancer,BTC)的诊断准确性,探究样本来源、检测方法以及截断值选择等对诊断效果的影响,为更好开展临床应用提供依据。方法·检索8个中英文数据库中关于cfDNA对BTC诊断价值的前瞻性或回顾性研究,截止时间为2023年4月。根据纳入和排除标准进行筛选和数据提取,用Spearman秩相关分析评估阈值效应,运用Cochran Q检验、I^(2)检验分析纳入研究间的异质性。拟合双变量混合效应模型,计算总体敏感度、特异度和曲线下面积(area under the curve,AUC)等统计量,判断诊断性能。同时,基于研究类型、样本量大小、检测方式、样本来源和诊断参照标准进行亚组分析。结果·共纳入28项诊断性试验,用诊断性试验准确性质量评价工具2(Diagnostic Accuracy Studies Tool Version 2,QUADAS-2)评价均属于中-高等质量研究,Spearman秩相关分析提示存在阈值效应,合并统计量后求得敏感度(Sen合并)为0.80(95%CI 0.67~0.88),特异度(Spe_(合并))为0.96(95%CI 0.92~0.98),阳性似然比(PLR合并)为22.7(95%CI 9.4~55.2),阴性似然比(NLR合并)为0.21(95%CI 0.12~0.36),诊断比数比(DOR合并)为108(95%CI 31~374)。综合受试者工作特征(summary receiver operating characteristic,SROC)曲线的AUC为0.96(95%CI 0.94~0.98),提示cfDNA对BTC的诊断效能较高。亚组分析结果提示,选择不同的检测方式和样本来源的准确度和敏感度有所不同。结论·cfDNA检测对诊断BTC敏感度和特异度较高,适用于经影像学和常规肿瘤标志物初筛怀疑有恶性风险的患者,但检测方法和样本来源的选择仍需进一步开展面向更广泛人群的临床研究来进一步规范。; 关键词 META分析胆道癌细胞游离DNA 诊断; Keywords meta-analysis biliary tract cancer(BTC) cell-free DNA(cfDNA) diagnosis; 分类号 R735.8 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名CT影像组学在胃肠道间质瘤中的应用进展被引量：4: 2; 作者马奔赵成束翌俊董平; 机构上海交通大学医学院附属新华医院普外科; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期923-930,共8页; 基金国家自然科学基金(31701108) 上海市科技创新行动计划(22S31903600) 上海市卫生健康委员会青年人才培养计划(2022YQ002)。; 文摘胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumor,GIST)是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤,其生物学特征复杂,危险度不等,且不同危险度患者的治疗方法和预后差异较大,因此早期诊断及危险度评估对于该病的精准治疗至关重要。近年来,CT影像组学作为一种新兴的影像学技术,可以将传统的CT图像特征转变为大量数据,从而反映GIST的内在异质性,甚至与其基因表达特征相关联。该文回顾了CT影像组学在机器学习的助力下应用于GIST诊断、预测的研究进展。目前的CT影像组学不仅可用于GIST与其他胃部疾病的鉴别诊断,并且为GIST的危险度评估提供了新的方式,甚至可以根据CT影像图像进行病理分析及基因诊断,进而对其一线治疗效果及远期预后进行预测。目前CT影像组学通过与临床信息结合构建的多种预测模型在不同临床问题的具体实践中得到了良好的验证,展现了广阔的应用前景。但是在具体的临床应用过程中,样本数据采集及处理方式的不同、机器学习算法选择的差异、二维或三维图像的选择等,都影响到CT影像组学的具体效能,因此统一、规范的影像组学应用规则还有待建立。; 关键词胃肠道间质瘤 CT影像组学人工智能机器学习; Keywords gastrointestinal stromal tumor(GIST) CT radiomics artificial intelligence(AI) machine learning; 分类号 R735.2 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名BRCA1 R1325K突变对胆囊癌细胞增殖及凋亡的影响: 3; 作者杨婧潇贾子尧吴文广吴向嵩张飞李怀峰朱逸荻李茂岚; 机构上海交通大学医学院附属仁济医院胆胰外科上海交通大学医学院附属新华医院普外科上海市胆道疾病研究中心; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1071-1079,共9页; 基金国家重点研发计划(2021YFE0203300) 国家自然科学基金面上项目(82073206) +5 种基金上海交通大学医学院“双百人”项目(20181808)。; 文摘目的·探究乳腺癌易感基因1(breast cancer susceptibility gene 1,BRCA1)第1325位精氨酸变为赖氨酸(R1325K突变)对胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ增殖和凋亡的影响。方法·使用BRCA1野生型过表达慢病毒、BRCA1 R1325K突变过表达慢病毒以及阴性对照慢病毒载体构建胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ稳转株。细胞分为不含目的基因的对照组、BRCA1野生型组及BRCA1突变组,并通过Western blotting验证目的蛋白BRCA1的表达情况。选用针对BRCA1突变的抑制剂奥拉帕利(Olaparib)20μmol/L处理BRCA1突变组胆囊癌细胞,并根据目的蛋白的表达情况和加药与否将胆囊癌细胞系分为对照组、BRCA1野生型组、BRCA1突变组和BRCA1突变+Olaparib组。通过CCK8实验和克隆形成实验观察BRCA1 R1325K突变对胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ增殖能力及克隆形成能力的影响,通过TUNEL实验观察BRCA1 R1325K突变对胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ凋亡情况的影响,并通过Western blotting检测凋亡相关蛋白cleaved PARP、Bcl-2和Bax的表达情况。使用抑制剂Olaparib处理BRCA1 R1325K突变过表达胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ,并检测BRCA1 R1325K突变引起的相应表型改变(促进增殖、增强克隆形成能力和抑制凋亡)是否能被抑制剂所逆转。结果·通过CCK8实验和克隆形成实验发现:相较于对照组及BRCA1野生型组,BRCA1 R1325K突变能够促进胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ的增殖,并提高其克隆形成能力;抑制剂Olaparib处理则能够抑制BRCA1突变胆囊癌细胞系的增殖(均P<0.05)。通过TUNEL和Western blotting实验发现:相较于对照组,野生型BRCA1基因过表达能够诱导胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ的凋亡;BRCA1突变组相较于对照组和BRCA1野生型组,有抵抗凋亡的作用,且升高了凋亡抑制蛋白Bcl-2的表达并降低了促凋亡蛋白Bax的表达(P<0.05)。结论·BRCA1 R1325K突变能够促进胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ的增殖并抑制其凋亡。; 关键词胆囊癌 BRCA1 突变增殖凋亡; Keywords gallbladder cancer BRCA1 mutation proliferation apoptosis; 分类号 R735.8 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名RNA m^(6)A甲基化修饰酶调控肿瘤的功能及其抑制剂的研究进展被引量：3: 4; 作者郝亚娟刘颖斌; 机构上海交通大学医学院附属新华医院普外科上海市胆道疾病研究重点实验室上海交通大学医学院附属仁济医院胆胰外科; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期809-814,共6页; 基金上海市科学技术委员会启明星计划(19QA1405900) 上海市科学技术委员会重点实验室项目(17DZ2260200) 国家自然科学基金(31701124,31620103910,81874181)。; 文摘 RNA修饰在生命活动和疾病的发生和发展中发挥着重要的作用。氮6-甲基腺嘌呤(N~6-methyladenine,m^(6)A)修饰是信使RNA中广泛存在的甲基化修饰,是动态变化的。近年来在肿瘤中发现m^(6)A修饰酶和结合蛋白表达异常,可通过改变靶基因的RNA m^(6)A修饰水平来调控肿瘤的进展。该文综述了m^(6)A的去甲基化酶和甲基转移酶,包括α-酮戊二酸依赖的加双氧酶FTO(FTOα-ketoglutarate dependent dioxygenase)、AlkB同源蛋白5(AlkB homolog 5,ALKBH5),甲基转移酶样3(methyltransferase like 3,METTL3)在多种肿瘤中发挥的重要功能,以及m^(6)A修饰酶的小分子抑制剂的研究进展。; 关键词氮6-甲基腺嘌呤(m^(6)A) 肿瘤抑制剂 α-酮戊二酸依赖的加双氧酶FTO; Keywords RNA N~6-methyladenine(m^(6)A) tumor inhibitor FTOα-ketoglutarate dependent dioxygenase; 分类号 Q522 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型: 5; 作者克德尔亚·艾山江傅怡赖冬林邬海龙龚伟; 机构上海交通大学医学院附属新华医院普外科上海健康医学院协同科研中心南昌大学江西医学院第一附属医院上海健康医学院药学院上海市胆道疾病研究重点实验室; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-12,共12页; 基金国家自然科学基金(31870905,82172628,81974371) 上海市卫生健康委员会基金(201940352) +3 种基金上海市胆道疾病重点实验室研究基金(17DZ2260200)。; 文摘目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的基因表达谱和临床数据。核编码的线粒体基因(nuclear encoded mitochondrial gene,NEMG)从MitoCarta3.0数据库获得。使用“DEseq2”R包和单变量Cox分析选择与HCC患者OS相关并参与氧化磷酸化、三羧酸循环和细胞凋亡通路的NEMG[(泛素细胞色素C还原酶铰链蛋白(ubiquinol cytochrome C reductase hinge protein,UQCRH)、腺苷三磷酸柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACLY)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶2(phosphoenolpyruvate carboxykinase 2,PCK2)、Bcl-2同源拮抗剂1(Bcl-2 homologous antagonist/killer 1,BAK1)、Bcl-2相关X蛋白(Bcl-2-associated X protein,BAX)和Bcl-2/腺病毒E1B相互作用蛋白3样(Bcl-2/adenovirus E1B interacting protein 3-like,BNIP3L)]。应用多变量Cox回归来确定HCC OS的独立危险因素。建立一个基于独立危险因素(6个NEMG风险特征和TNM分期)的综合预后模型和预后列线图,计算中位预后评分。以中位预后评分作为分界点,将HCC患者分为高风险组和低风险组。进行Kaplan-Meier生存曲线分析,并进行对数秩检验来评估低风险组和高风险组患者OS的差异。使用“timeROC”软件包计算受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)。用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载HCC队列(GSE14520)验证综合预后模型对1、3、5年OS的预测性能。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)在来自上海交通大学医学院附属新华医院的34例HCC临床样本中验证6-NEMG的相对表达水平。结果·ROC分析结果显示,与仅6-NEMG风险特征(1、3、5年AUC分别为0.77、0.66、0.65)或仅TNM分期(1、3、5年AUC分别为0.66、0.67、0.63)相比,该综合预后模型对1年(AUC,0.78)、3年(AUC,0.73)和5年(AUC,0.69)HCC OS显示出更好的预测性能。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示高风险组患者的OS明显比低风险组差(P=0.001)。此外,在GEO外部队列中发现该预后模型的预测性能较好(1、3、5年AUC分别为0.67、0.66、0.74),高、低风险组患者的预后差异有统计学意义(P=0.001),与TCGA数据的结果一致。在临床HCC队列中,与癌旁肝脏组织相比,除BNIP3L外,其他5个NEMG在肿瘤组织的表达水平上调或者下调。相关性分析显示,在GSE14520与临床HCC队列中预后评分与HCC肿瘤的大小和数量呈正相关。结论·构建并验证了一个将6-NEMG风险特征与TNM分期相结合的HCC预后预测模型。该模型可能有助于HCC患者的预后预测。; 关键词核编码线粒体基因肝细胞癌癌症基因组图谱(TCGA) 基因表达数据库(GEO) 总生存率; Keywords nuclear encoded mitochondrial gene hepatocellular carcinoma TCGA GEO overall survival; 分类号 R657.3 [医药卫生—外科学] R735.7 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	细胞游离DNA在胆道癌诊断中的价值:一项meta分析	杨越何开举宗家豪杨自逸吴向嵩龚伟	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	CT影像组学在胃肠道间质瘤中的应用进展	马奔赵成束翌俊董平	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2023	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	BRCA1 R1325K突变对胆囊癌细胞增殖及凋亡的影响	杨婧潇贾子尧吴文广吴向嵩张飞李怀峰朱逸荻李茂岚	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	RNA m^(6)A甲基化修饰酶调控肿瘤的功能及其抑制剂的研究进展	郝亚娟刘颖斌	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2021	3	在线阅读下载PDF 职称材料
5	肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型	克德尔亚·艾山江傅怡赖冬林邬海龙龚伟	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料