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上海市医疗机构ST11型耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌分子流行病学特征与高毒力进化研究
1
作者 毕菁 陈雯杰 +7 位作者 田靓 刘倩 吴寰宇 陈敏 陈泰尧 施婷婷 马伟 张红芝 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第8期1075-1082,共8页
目的了解上海市医疗机构分离的ST11型耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学特征及高毒力进化趋势,为制定耐药菌的预防控制措施提供科学依据。方法收集2021—2022年上海市12所医疗机构分离的201株CRKP,检测药敏结果并进行全基... 目的了解上海市医疗机构分离的ST11型耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学特征及高毒力进化趋势,为制定耐药菌的预防控制措施提供科学依据。方法收集2021—2022年上海市12所医疗机构分离的201株CRKP,检测药敏结果并进行全基因组测序,拼接后的数据用于多位点序列分型(MLST)、血清分型(wzi分型),以及耐药基因和毒力基因分析。结果201株CRKP均为多重耐药菌(MDROs)。对碳青霉烯类、头孢菌素类、喹诺酮类药物几乎全耐药;耐药基因分析显示,93.03%的CRKP菌株携带KPC基因。201株CRKP分为6种ST型和10种荚膜wzi分型,以ST11-KL64型(104株)为主,ST15-KL19型(54株)次之。52.24%(105株)的CRKP携带rpm A/rpm A2+iuc A+iut A+iro N基因。结论上海市医疗机构分离的CRKP以ST11-KL64型为主,多重耐药情况严重,且半数以上菌株为高毒力耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(hv-CRKP),需持续加强对CRKP的分子特征监测,防止医院感染的暴发。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 血清分型 MLST ST11型 高毒力耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 hv-CRKP 耐药基因 毒力基因
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上海市医疗机构工作人员手污染金黄色葡萄球菌的分子生物学特征及耐药性 被引量：1
2
作者 陈泰尧 陈雯杰 +7 位作者 常兆玉 田靓 葛忆琳 刘倩 毕菁 张幸 张曦 张红芝 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期368-376,共9页
目的分析上海市医疗机构工作人员手分离金黄色葡萄球菌的分子生物学特征及其耐药性。方法选取2018—2020年上海市16所不同级别医院工作人员为研究对象,对医疗机构重点科室工作人员的手进行采样、分离、鉴定金黄色葡萄球菌,对金黄色葡萄... 目的分析上海市医疗机构工作人员手分离金黄色葡萄球菌的分子生物学特征及其耐药性。方法选取2018—2020年上海市16所不同级别医院工作人员为研究对象,对医疗机构重点科室工作人员的手进行采样、分离、鉴定金黄色葡萄球菌,对金黄色葡萄球菌进行药敏试验、脉冲肠凝胶电泳(PFGE)和全基因组测序,利用BioNumerics软件对全基因组测序数据组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、毒力基因、耐药基因、耐消毒剂基因分析。结果上海市2018—2020年医疗机构工作人员手金黄色葡萄球菌分离率为2.9%。其中MRSA占13.6%(3/22),MSSA占86.4%(19/22)。3株MRSA分别来源于医生、护士和护工,其中1株来源于医生的MRSA携带qacB基因。MSSA对红霉素、环丙沙星、四环素、左氧氟沙星有不同程度的耐药;PFGE和cgMLST显示金黄色葡萄球菌基因多样性,2株相同来源的ST72型金黄色葡萄球菌的PFGE带型高度相似,且仅有10个差异基因,提示为克隆株。结论医疗机构中工作人员的手可作为金黄色葡萄球菌传播的载体,医疗机构内存在经手作为载体导致的金黄色葡萄球菌的医院传播。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 工作人员手 全基因组测序 耐药性
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上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征研究
3
作者 王闻卿 黄卫春 +6 位作者 苏靖华 尤舒琪 郑英杰 杨博雯 黄红 郝莉鹏 许学斌 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期732-738,共7页
目的研究上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征,为沙门菌病防控提供依据。方法对格隆柏分离株(2023JD76)进行生化鉴定、血清凝集试验、抗菌药物敏感性试验以及全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)。收集全球... 目的研究上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征,为沙门菌病防控提供依据。方法对格隆柏分离株(2023JD76)进行生化鉴定、血清凝集试验、抗菌药物敏感性试验以及全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)。收集全球格隆柏沙门菌全基因组序列,进行血清分型、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、耐药基因和毒力基因预测,分析2023JD76与全球株的系统进化关系。结果2023JD76血清分型符合抗原式(Salmonella Grumpensis,13,23:d:1,7),对20种抗菌药物均敏感,MLST型预测为2060(ST2060),携带氨基糖甙类药物耐药基因aac(6′)-Iaa和5类毒力基因,包括黏附基因csg、rat,分泌和转运基因sip、inv,伤寒毒素基因cdt、plt,侵袭性基因营养代谢因子mgt和抗菌肽抗性因子mig。36株全球格隆柏菌株共携带10种耐药基因,不同毒力基因携带率为58.33%~100%。进化树将全球格隆柏沙门菌基因组分为2个支系,支系Ⅰ以ST751(88.89%,16/18)为主,支系Ⅱ以ST2060(89.47%,17/19)为主。本次分离菌株2023JD76处于支系Ⅱ内,其序列型与全球人源粪便株和人源脑脊液株全基因组序列密切相关。结论本研究首次分离国内腹泻患者中的格隆柏沙门菌,不同地理来源菌株间耐药表型差异大,应加强监测以防范全球潜在的传播风险。 展开更多
关键词 格隆柏沙门菌 全基因组测序 多位点序列分型 耐药基因 毒力基因
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阿拉丘沙门菌的遗传特征及耐药基因初步研究
4
作者 刘玥 许学斌 +4 位作者 胡屹 顾其芳 刘诚 袁政安 陈敏 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第2期164-170,共7页
目的 基于阿拉丘沙门菌分离株的全基因组分析,初步探讨其遗传特征及耐药基因分布。方法 收集并鉴定5株来自不同来源(人源与非人源)的阿拉丘沙门菌,对其进行表型和血清型验证、抗菌药物敏感性测定以及全基因组测序分析。利用全球公开数... 目的 基于阿拉丘沙门菌分离株的全基因组分析,初步探讨其遗传特征及耐药基因分布。方法 收集并鉴定5株来自不同来源(人源与非人源)的阿拉丘沙门菌,对其进行表型和血清型验证、抗菌药物敏感性测定以及全基因组测序分析。利用全球公开数据库的阿拉丘沙门菌基因组数据,对这些菌株的毒力基因、耐药基因和质粒复制子进行预测,并构建系统发育树以探讨其遗传背景。结果 我国阿拉丘沙门菌的首例报告出现于2015年的上海,临床特征主要为腹泻,菌株主要集中在东部和南部沿海地区。本次研究的5株菌株中,4株归属于序列型ST2061,1株归属于ST1298。所有菌株对大多数临床常用抗菌药物敏感。全基因组分析结果显示,2株ST2061菌株携带bla KPC-2基因,1株ST1298菌株携带fosA7基因。在全球阿拉丘沙门菌群体的5个遗传进化群(C1~C5)中,本研究的ST2061克隆位于C1群,与英国菌株高度同源;而ST1298克隆位于C4群,为携带磷霉素耐药基因fosA7的全球流行克隆。结论 本研究初步呈现我国阿拉丘沙门菌分离株的遗传和耐药特征,提示存在携带bla_(KPC-2)和fosA7基因的菌株出现。为后续在更大范围内开展的分子流行病学监测与溯源分析提供参考,并强调加强阿拉丘沙门菌耐药性监测的重要性。 展开更多
关键词 阿拉丘沙门菌 bla KPC-2 fosA7 系统发育进化
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一株尿道感染黏液型圣保罗沙门菌ST50分离株的表型和基因组特征研究
5
作者 王闻卿 蒋娜 +4 位作者 梁艳茹 尤舒琪 杨博雯 郝莉鹏 许学斌 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第1期53-60,共8页
目的分析尿道感染黏液型圣保罗沙门菌分离株的表型和基因组特征,提升临床对泌尿道沙门菌感染血清型谱的诊断与治疗水平。方法对尿道感染患者中段尿进行培养和计数,分离株(2024JD5)经系统生化、飞行质谱、血清分型和抗微生物药物表型鉴定... 目的分析尿道感染黏液型圣保罗沙门菌分离株的表型和基因组特征,提升临床对泌尿道沙门菌感染血清型谱的诊断与治疗水平。方法对尿道感染患者中段尿进行培养和计数,分离株(2024JD5)经系统生化、飞行质谱、血清分型和抗微生物药物表型鉴定(AST);使用全基因组测序(WGS)预测血清型、多位点序列型(MLST)、耐药基因和毒力基因;从中国沙门菌区域血清型数据库挑选2株相同ST型的光滑型圣保罗沙门菌作为比较基因组参比菌株;文献总结全球泌尿道感染沙门菌血清型。结果2024JD5因菌苔黏液特质无法确认血清型,WGS预测为圣保罗沙门菌ST50;AST对环丙沙星、萘啶酸、氯霉素和四环素耐药,预测携带氨基糖甙类药物耐药基因aac(6')-Iaa和aph(3')-IIa,氯霉素耐药基因floR,四环素耐药基因tet和喹诺酮类耐药基因qnrS1,在喹诺酮类药物耐药决定区(QRDR)gyrA存在点突变:83位点丝氨酸被酪氨酸替换(S83Y);携带6个非质粒型可移动基因元件和144个毒力基因(分泌转运基因和菌毛黏附基因分别为71个和58个),黏液型较光滑型圣保罗沙门菌ST50缺失4个菌毛调控基因(csgB、csgC、fimW、fimY)。文献荟萃显示圣保罗沙门菌目前属全球泌尿道感染病例少见沙门菌型。结论黏液型圣保罗沙门菌ST50作为临床感染病原体具备多重耐药菌表型与基因型特征,其黏液高表达特征可能与菌毛调控基因缺失以适应定殖尿道的补偿机制有关,WGS结合中国沙门菌数据库能有效解决罕见沙门菌表型诊断与生物安全评估。 展开更多
关键词 尿道感染 圣保罗沙门菌ST50 全基因组测序 多重耐药 黏液型
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新型冠状病毒感染大流行前后ICU环境中鲍曼不动杆菌同源性分析 被引量：1
6
作者 王筱 梁艳茹 +4 位作者 张悦 陆湘华 丰俊 王远萍 赵冰 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1213-1219,共7页
目的探究新型冠状病毒感染大流行前后上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中病原菌的分布及鲍曼不动杆菌同源性变化情况。方法采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法分离鉴定病原菌,通过Illumina Miseq测序平台对... 目的探究新型冠状病毒感染大流行前后上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中病原菌的分布及鲍曼不动杆菌同源性变化情况。方法采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法分离鉴定病原菌,通过Illumina Miseq测序平台对鲍曼不动杆菌进行全基因组测序,基于多位点序列分型(MLST)和核心基因组MLST(cgMLST)探讨其亲缘关系。结果大流行后ICU环境中病原菌总检出率(6.10%,101/1656)低于大流行前(10.77%,181/1680;P<0.05)。大流行前后,ICU环境中检出的鲍曼不动杆菌在被褥表面占比均维持在最高水平,但大流行后ST型呈多样性分布。MLST_Pasteur结果显示,162株鲍曼不动杆菌分为20种ST型,以ST2(80.25%,130株)为主;MLST_Oxford结果显示,162株菌株共有19种ST型,以ST208(37.04%,60株)为主;基于cgMLST的聚类分析结果显示,大流行后ST208_Oxford与ST540_Oxford和ST369_Oxford的亲缘关系更接近,ST164_Pasteur克隆由大流行前的ST234_Oxford转变为大流行后的ST1418_Oxford,新发现2种新型ST_Pasteur和11种新型ST_Oxford。结论大流行后ICU环境中病原菌检出率低于大流行前,大流行前后相同分离位点ST型分布略有不同,大流行前后的流行克隆仍以ST2_Pasteur/ST208_Oxford为主,但部分等位基因发生了改变,cgMLST在同源性分析、进化与传播、暴发分析方面的精确度优于MLST_Oxford和MLST_Pasteur。 展开更多
关键词 新型冠状病毒感染 鲍曼不动杆菌 ST型 同源性分析 重症监护病房环境
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2018年-2022年广西爬行动物沙门菌血清型分布分析 被引量：1
7
作者 顾桂敏 覃定勇 +6 位作者 杨自宁 吕鹏 黄昌盛 阮海 游武霖 王鸣柳 许学斌 《广西畜牧兽医》 2023年第1期37-40,共4页
为了解2018年-2022年广西爬行动物中沙门菌的血清型别分布,本研究于2018年-2022年采集了广西282份爬行动物的相关样品,对沙门菌进行分离、培养和鉴定分析。结果发现,282份样品中检出沙门菌60株,共有31种血清型,其中以奥雷宁堡沙门菌(Sal... 为了解2018年-2022年广西爬行动物中沙门菌的血清型别分布,本研究于2018年-2022年采集了广西282份爬行动物的相关样品,对沙门菌进行分离、培养和鉴定分析。结果发现,282份样品中检出沙门菌60株,共有31种血清型,其中以奥雷宁堡沙门菌(Salmonellaoreninburg)和汤卜逊沙门菌(Salmonellathompson)为主。研究表明,应加强爬行动物沙门菌生态学监测,以防止与沙门菌相关的疾病暴发。 展开更多
关键词 沙门菌 爬行动物 血清型
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