1658例生殖健康门诊男性HPV感染情况及基因型分布特征分析 被引量：6

1

作者 娜扎凯提·阿不都克里木 李建辉 +3 位作者 张天成 王鑫 徐志明 朱虔兮 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期69-75,共7页

目的了解生殖健康门诊男性的人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染情况和基因型分布特征,并比较各年龄组间是否存在差异。方法以2018—2022年在上海计生所医院门诊就诊的1658例男性为研究对象,采用PCR-反向点杂交法对23种HPV基... 目的了解生殖健康门诊男性的人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染情况和基因型分布特征,并比较各年龄组间是否存在差异。方法以2018—2022年在上海计生所医院门诊就诊的1658例男性为研究对象,采用PCR-反向点杂交法对23种HPV基因型进行检测。结果研究对象的HPV总感染率为22.50%。主要感染类型为单一感染(66.76%)。各年龄组HPV感染率的差异具有统计学意义(P<0.001),18~30岁、31~40岁、41~50岁和51岁及以上组HPV感染率分别为16.83%、22.87%、34.63%和29.35%。感染率居前5位的高危型HPV为HPV52(3.56%)、HPV16(3.26%)、HPV39(2.41%)、HPV51(2.17%)和HPV58(2.17%)。感染率最高的低危型HPV为HPV81(2.90%)。本研究中感染者的全部基因型能被HPV二价、四价、九价疫苗覆盖的比例分别为7.77%、12.33%和26.27%。结论本地区生殖健康门诊男性研究对象HPV感染类型以单一感染为主。高危基因型感染以HPV52、16、39、51和58最常见,低危基因型感染以HPV81最常见。41~50岁男性受检者的HPV感染率较高。 展开更多

关键词 人乳头瘤病毒 基因型 疫苗 男性 感染

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埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析 被引量：2

2

作者 朱永强 戚中田 +1 位作者 王升跃 董辉 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期612-618,共7页

目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5... 目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。结果埃博拉病毒2014年毒株(扎伊尔型)基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014年毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1 951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014年毒株中却发生了特异性的变异。结论埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的α螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。 展开更多

关键词 埃博拉病毒 病毒基因组 变异(遗传学) 计算生物学

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鳌肢动物Wnt基因家族的全基因组与进化分析 被引量：1

3

作者 梁园 周雁 《山东农业大学学报（自然科学版）》 北大核心 2020年第5期792-796,共5页

Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后... Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后生动物中已经被广泛研究。但是,在节肢动物门中的螯肢动物中,仍然缺乏关于Wnt基因及蛋白的系统研究。在本研究中,从8种已有基因组或转录组资源的螯肢动物对Wnt基因家族进行了生物信息学鉴定和分析,共鉴定出87个Wnt基因家族成员。对Wnt蛋白序列结构的分析结果显示螯肢动物的Wnt蛋白包含高度保守的Wnt结构域、信号肽、跨膜区域或低复杂度区域;对Wnt基因在基因组上的位置分析表明螯肢动物的Wnt基因在基因组上的分布情况主要有两种模式,包括Wnt9-Wnt6-Wnt1基因簇和Wn5-Wnt7基因簇,此外还有一些在基因的方向和数量上有差异的物种特异性的分布;系统发育树的构建结果显示螯肢动物中的Wnt5,Wnt7和Wnt11亚家族有扩增现象,而Wnt3和Wnt10亚家族发生了丢失。本研究作为螯肢动物中第一个Wnt基因家族的全基因组研究,有望丰富螯肢动物基因组学的研究内容,为Wnt基因家族在节肢动物乃至后生动物中的和进化和功能的进一步研究提供有力的基础。 展开更多

关键词 螯肢动物 Wnt基因家族 全基因组 进化

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鳌肢动物Wnt基因家族的全基因组与进化分析

4

作者 梁园 周雁 《山东农业大学学报（自然科学版）》 北大核心 2020年第3期432-437,共6页

Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后... Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后生动物中已经被广泛研究。但是,在节肢动物门中的螯肢动物中,仍然缺乏关于Wnt基因及蛋白的系统研究。在本研究中,从8种已有基因组或转录组资源的螯肢动物对Wnt基因家族进行了生物信息学鉴定和分析,共鉴定出87个Wnt基因家族成员。对Wnt蛋白序列结构的分析结果显示螯肢动物的Wnt蛋白包含高度保守的Wnt结构域、信号肽、跨膜区域或低复杂度区域;对Wnt基因在基因组上的位置分析表明螯肢动物的Wnt基因在基因组上的分布情况主要有两种模式,包括Wnt9-Wnt6-Wnt1基因簇和Wn5-Wnt7基因簇,此外还有一些在基因的方向和数量上有差异的物种特异性的分布;系统发育树的构建结果显示螯肢动物中的Wnt5,Wnt7和Wnt11亚家族有扩增现象,而Wnt3和Wnt10亚家族发生了丢失。本研究作为螯肢动物中第一个Wnt基因家族的全基因组研究,有望丰富螯肢动物基因组学的研究内容,为Wnt基因家族在节肢动物乃至后生动物中的和进化和功能的进一步研究提供有力的基础。 展开更多

关键词 螯肢动物 Wnt基因家族 全基因组 进化

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转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响 被引量：7

5

作者 高原 王翌霞 +2 位作者 张亮 窦同海 周雁 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期642-647,共6页

基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本... 基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads。从中随机抽取总量的25%,50%,75%和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55%的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM[30,+∞)、偏低表达基因RPKM[3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5 M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5 M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高。 展开更多

关键词 高通量测序技术 测序深度 基因检出个数 基因表达量

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疼痛的遗传学研究进展 被引量：3

6

作者 王鑫 王珂 赵国屏 《中国疼痛医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期500-504,共5页

痛觉和病理性疼痛反应具有鲜明的遗传学特征,呈现显著的遗传异质性和复杂性。目前就痛觉反应个体差异和病理性疼痛的相关遗传学机制尚不十分明确,疼痛治疗特别是慢性病理性疼痛的治疗非常棘手。本文通过文献回顾拟就疼痛和病理性疼痛机... 痛觉和病理性疼痛反应具有鲜明的遗传学特征,呈现显著的遗传异质性和复杂性。目前就痛觉反应个体差异和病理性疼痛的相关遗传学机制尚不十分明确,疼痛治疗特别是慢性病理性疼痛的治疗非常棘手。本文通过文献回顾拟就疼痛和病理性疼痛机制和药物治疗相关的遗传学研究现状做一综述。 展开更多

关键词 疼痛 基因多态性 遗传学

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超高效液相色谱-串联质谱法测定尿液中血栓素A_(2)的3种代谢物和8-异前列腺素F_(2α)

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作者 刘思佳 赵福荣 +4 位作者 张亚莲 孙晓宇 张萌萌 侯琨 曹云峰 《色谱》 北大核心 2025年第2期148-154,共7页

建立了同时测定人体尿液中血栓素A_(2)的3种代谢物(2,3-地诺血栓素B_(2)、11-脱氢-2,3-地诺血栓素B_(2)和11-脱氢血栓素B_(2))和8-异前列腺素F_(2α)的超高效液相色谱-串联质谱检测方法。尿液经盐酸酸化至pH 2.0~4.0,经C18固相萃取柱净... 建立了同时测定人体尿液中血栓素A_(2)的3种代谢物(2,3-地诺血栓素B_(2)、11-脱氢-2,3-地诺血栓素B_(2)和11-脱氢血栓素B_(2))和8-异前列腺素F_(2α)的超高效液相色谱-串联质谱检测方法。尿液经盐酸酸化至pH 2.0~4.0,经C18固相萃取柱净化后测定。使用ACQUITY UPLC^(■) BEH Phenyl色谱柱(50 mm×2.1 mm,1.7μm),以含0.002%氨水的2 mmol/L乙酸铵水溶液和乙腈作为流动相进行梯度洗脱,流速为0.3 mL/min,柱温为40℃,采用电喷雾离子源,在负离子和多反应监测模式下分析4 min,内标法定量。4种目标化合物在各自范围内线性关系良好,相关系数(R^(2))大于0.99;方法检出限为2,3-地诺血栓素B_(2)0.02 ng/mL,其余目标化合物0.01 ng/mL;定量限为2,3-地诺血栓素B_(2)0.1 ng/mL,其余目标化合物0.05 ng/mL;实际尿液中,4种目标物在定量限水平下的加标回收率为91.48%~104.87%,低、中、高水平下的加标回收率为92.95%~104.90%,日内精密度为2.79%~13.01%,日间精密度为4.45%~13.67%。应用该方法测定健康人群和缺血性脑卒中患者血栓素A_(2)的3种代谢物和8-异前列腺素F_(2α)的含量,并用肌酐进行校正。对目标化合物进行二元Logistic回归分析并绘制受试者工作特征曲线(ROC曲线)用于诊断,血栓素A_(2)(血栓素A_(2)的3种代谢物加和)的曲线下面积(AUC)为0.849,8-异前列腺素F_(2α)的AUC为0.775,具有较好的临床价值,有望辅助缺血性脑卒中的早期筛查诊断。 展开更多

关键词 超高效液相色谱-串联质谱 2 3-地诺血栓素B_(2) 11-脱氢-2 3-地诺血栓素B_(2) 11-脱氢血栓素B_(2) 8-异前列腺素F_(2α) 尿液 缺血性脑卒中

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利用高通量测序技术探究淞江鲈体表细菌的分类 被引量：2

8

作者 王翌霞 罗武松 +2 位作者 秦志浩 王金秋 周雁 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2016年第1期87-94,共8页

微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中... 微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中为了提高测序效率、区分不同样本,引入了“标签序列”（barcode）。本研究探索Illumina MiSeq平台双向测定淞江鲈表皮菌群样本16S rRNA基因的V1～V3区序列的可行性,并且考察barcode长度和测序量对细菌群落结构分析的影响。结果表明：双向测序的拼接成功率达93%,可以成功识别V1～V3区。不同长度的barcode对序列分库有较大影响,建议采用12 bp以上长度的barcode。样本中有效序列的数目对可操作分类单元（OTU）的划分影响很大,在测试的有效序列数范围内,OTU数随有效序列数线性增加。当测序量达到6 000～9 000时属及以上分类数曲线逐渐进入平台期,可覆盖样本中的大部分种属。结合测序和文献结果,可推测黄杆菌属（Flavobacterium）、希瓦氏菌属（Shewanella）、假单胞菌属（Pseudomonas）可能与淞江鲈皮肤溃烂相关。 展开更多

关键词 淞江鲈 皮肤细菌 测序 分类 BARCODE

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肝细胞癌中转录因子E2F7对Wnt/β-catenin信号通路活性的影响 被引量：2

9

作者 翟杨杨 卢大儒 +1 位作者 韩泽广 邓庆 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期565-570,共6页

探讨肝细胞癌(HCC)中非典型性E2F家族成员E2F7在肝癌细胞生长、分化中的作用及可能涉及的分子机制.本研究运用实时荧光定量PCR检测38例原发性肝细胞癌及对应的癌旁组织中E2F7基因mRNA的表达情况;分别通过基因过表达和RNA干扰技术上调或... 探讨肝细胞癌(HCC)中非典型性E2F家族成员E2F7在肝癌细胞生长、分化中的作用及可能涉及的分子机制.本研究运用实时荧光定量PCR检测38例原发性肝细胞癌及对应的癌旁组织中E2F7基因mRNA的表达情况;分别通过基因过表达和RNA干扰技术上调或下调E2F7基因表达,并运用实时荧光定量PCR和Western印迹检测肝癌细胞株MHCC-H中β-catenin及其靶基因cmyc的表达情况;双荧光素酶报告基因系统检测E2F7对Wnt/β-catenin信号通路活性的影响;核浆分离实验检测过表达E2F7基因对β-catenin入核的影响;免疫共沉淀实验检测异位表达E2F7与内源β-catenin的相互作用.结果显示,肝细胞癌组织中E2F7基因的表达量显著高于相应的癌旁组织(P<0.001);转录因子E2F7可与β-catenin相互作用并促进β-catenin进入细胞核.转录因子E2F7可以促进Wnt/β-catenin信号通路的活性. 展开更多

关键词 转录因子E2F7 肝细胞癌 WNT Β-CATENIN信号通路

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间充质干细胞在结核病治疗中的应用与问题 被引量：1

10

作者 吴蓓蓓 黄薇 王志敏 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第2期233-235,共3页

结核病由于其高死亡率和高发病率,是世界最严重的传染病之一。尽管人体具备强大的免疫系统,但结核分枝杆菌还是逃过了宿主的免疫,建立了一种持续感染的状态。由于抗结核药物研制发展缓慢,而结核分枝杆菌又在不断发生变化,结核病的防治... 结核病由于其高死亡率和高发病率,是世界最严重的传染病之一。尽管人体具备强大的免疫系统,但结核分枝杆菌还是逃过了宿主的免疫,建立了一种持续感染的状态。由于抗结核药物研制发展缓慢,而结核分枝杆菌又在不断发生变化,结核病的防治一直都是人类面临的重大难题。近些年,由于间充质干细胞的免疫调节等特性被逐渐发现和证实,人们发现间充质干细胞有望给临床上治疗结核病带来新的希望。作者就间充质干细胞参与结核病治疗中的应用与问题进行了综述。 展开更多

关键词 结核 间质干细胞 免疫调节 治疗应用

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基于TCR组库分析流程的非小细胞肺癌特征分析 被引量：1

11

作者 赵卓明 刘振浩 +3 位作者 鲁曼曼 张钰 许林锋 谢鹭 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1520-1528,共9页

目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR... 目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR组库分析流程,涵盖从原始数据到质控、过滤、TCR序列的识别和提取等上游分析部分,以及组库克隆分布、克隆分型、V-J基因共享性、互补决定区3(CDR3)分布特征以及克隆追踪等下游分析流程。使用Shannon-Weiner指数、Chao1等指数分析样本克隆分布。根据克隆扩增数目进行克隆分型,以探索不同分型间的差异。选取2例甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)样本进行去克隆扩增权重V-J基因共享分析,以探究低频克隆型对V-J基因共享性的影响。最后,通过分析V基因及高频克隆型CDR3分布特征和克隆追踪分析,监测肿瘤免疫前后克隆型频率的变化,寻找潜在的肿瘤标志物。结果·①NSCLC不同组织间克隆分布和克隆分型均存在显著差异,且在不同年龄与性别间存在显著差异。②在V-J基因共享性分析中发现了特定高共享V-J基因,同时在CDR3分布特征分析中存在非正态分布的高克隆V基因与氨基酸高频克隆型。③高频克隆型克隆追踪分析中,观察到NSCLC中高表达或新表达的高频克隆型,提示这些克隆型可作为潜在的肿瘤相关抗原或新抗原结合CDR3参考序列。④通过去克隆扩增权重V-J基因共享分析,发现原本低表达的TRBJ2-5基因表达频率显著增加,提示该基因可能为肿瘤免疫反应的潜在低频关键基因。结论·TRAV21和TRBV6.5基因在NSCLC中高克隆扩增,可作为潜在肿瘤标志物。 展开更多

关键词 T细胞受体 TCR组库 肿瘤免疫 非小细胞肺癌

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