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基于Java的基因本体工具包
1
作者
张国庆
骆清铭
+1 位作者
鲁强
李亦学
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第7期735-739,共5页
针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块...
针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.
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关键词
基因本体
解析器
图模型
语义相似性
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职称材料
题名
基于Java的基因本体工具包
1
作者
张国庆
骆清铭
鲁强
李亦学
机构
华中科技大学湖北省
生物
信息
与分子成像重点实验室
上海市生物信息技术中心
出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第7期735-739,共5页
基金
863计划（2003AA231011）和973计划（2003CB715900,2004CB518606）资助项目.致谢：感谢曹顺良博士关于语义相似性方面的讨论.
文摘
针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.
关键词
基因本体
解析器
图模型
语义相似性
Keywords
gene ontology, parser, graph model, semantic similarity
分类号
TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP311.56 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Java的基因本体工具包
张国庆
骆清铭
鲁强
李亦学
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006
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