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基于宏基因组学的中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成分析
被引量:
5
1
作者
张旭
周丽
+7 位作者
蔡敏
崔娜欣
庞思
邹国燕
赵志勇
袁泉
黄伟伟
张亚雷
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2024年第4期112-124,共13页
养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成,于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标,同时...
养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成,于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标,同时基于宏基因组学技术分析了养殖期内水体中微生物物种组成及功能结构特征,并探讨了二者与环境因子的关系。结果显示,该养殖池塘在养殖中后期主要超标水质指标为p H、高锰酸盐指数、总磷和总氮。在养殖期水体中,6―8月的微生物群落多样性以及7―8月的微生物群落丰富度处于较高水平,优势门为细菌中的变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和病毒中的尾噬菌体门(Uroviricota),而在属水平上,丰度占比前10的优势属在多组之间均存在显著差异,如7月蓝藻门微囊藻属(Microcystis)细菌和8―10月的有尾噬菌体目(unclassified_o_Caudovirales)病毒丰度明显高于其他月份。微生物的主要功能为代谢功能包括能量代谢、全局和概览图、氨基酸代谢等,不同月份的功能组成存在显著差异,尤其是6―7月代谢途径丰度明显高于8―10月,而优势细菌变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是上述功能的主要贡献者。环境因子对微生物群落结构和功能组成的影响趋势一致,叶绿素a和pH是影响最显著的环境因子,溶解氧、总磷的影响作用稍弱。在养殖水体中,丰度占比较大的致病菌为肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。研究结果可为中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成研究提供基础数据,并可为养殖水质调控及生态系统构建提供理论依据。
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关键词
养殖塘
中华绒螯蟹
宏基因组学
微生物群落
功能
环境因子
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职称材料
基于形态学和宏基因组学的养殖蟹塘浮游植物群落分析
2
作者
张旭
周丽
+6 位作者
蔡敏
崔娜欣
邹国燕
赵志勇
袁泉
黄伟伟
张亚雷
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期151-160,共10页
为全面准确评估中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖池塘中后期水体浮游植物群落结构特征及其与环境因子的关系,于2022年6—10月逐月监测水质指标,同时采用基于形态学和宏基因组学的人工镜检和高通量测序两种方法分析浮游植物的群落结...
为全面准确评估中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖池塘中后期水体浮游植物群落结构特征及其与环境因子的关系,于2022年6—10月逐月监测水质指标,同时采用基于形态学和宏基因组学的人工镜检和高通量测序两种方法分析浮游植物的群落结构特征,探讨浮游植物优势种与环境因子的关系。结果显示,人工镜检鉴定的浮游植物共4门65种,而高通量测序数据分析所得浮游植物共4门1463种,其中人工镜检鉴定的优势种为蓝藻门的水华微囊藻(Microcystis flos-aquae)、细小隐球藻(Aphanocapsa elachista)以及硅藻门的中肋骨条藻(Skeletonema costatum),而高通量测序数据分析所得优势种为蓝藻门的水华束丝藻(Aphanizomenon flos-aquae)、铜绿微囊藻(M.aeruginosa)。人工镜检方法计算所得多样性指数普遍低于高通量测序结果。两种方法共同分析得出溶解氧(DO)、叶绿素a(Chl-a)、总氮(TN)和氨氮(NH3-N)是影响浮游植物群落结构的关键环境因子。建议采用人工镜检与高通量测序法相结合的方式分析养殖期间的浮游植物群落结构,以便更全面、准确地评估养殖生态系统中的浮游植物群落结构特征及其与环境因子的关系。
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关键词
养殖蟹塘
浮游植物
群落特征
人工镜检
高通量测序
多样性指数
环境因子
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职称材料
题名
基于宏基因组学的中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成分析
被引量:
5
1
作者
张旭
周丽
蔡敏
崔娜欣
庞思
邹国燕
赵志勇
袁泉
黄伟伟
张亚雷
机构
上海市农业科学院生态环境保护研究所上海低碳农业工程技术研究中心
同济大学污染控制与资源化
研究
国家重点实验室
上海市农业科学院
农产品质量标准与检测
技术
研究所
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2024年第4期112-124,共13页
基金
国家重点研发计划(2021YFC3201503)
长江生态环境保护修复联合研究二期项目(2022-LHYJ-020304)
+1 种基金
上海市科委“科技创新行动计划”项目(21DZ1202204)
上海市农业科学院卓越团队建设计划/助跑计划项目(沪农科卓[2022]023)共同资助。
文摘
养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成,于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标,同时基于宏基因组学技术分析了养殖期内水体中微生物物种组成及功能结构特征,并探讨了二者与环境因子的关系。结果显示,该养殖池塘在养殖中后期主要超标水质指标为p H、高锰酸盐指数、总磷和总氮。在养殖期水体中,6―8月的微生物群落多样性以及7―8月的微生物群落丰富度处于较高水平,优势门为细菌中的变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和病毒中的尾噬菌体门(Uroviricota),而在属水平上,丰度占比前10的优势属在多组之间均存在显著差异,如7月蓝藻门微囊藻属(Microcystis)细菌和8―10月的有尾噬菌体目(unclassified_o_Caudovirales)病毒丰度明显高于其他月份。微生物的主要功能为代谢功能包括能量代谢、全局和概览图、氨基酸代谢等,不同月份的功能组成存在显著差异,尤其是6―7月代谢途径丰度明显高于8―10月,而优势细菌变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是上述功能的主要贡献者。环境因子对微生物群落结构和功能组成的影响趋势一致,叶绿素a和pH是影响最显著的环境因子,溶解氧、总磷的影响作用稍弱。在养殖水体中,丰度占比较大的致病菌为肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。研究结果可为中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成研究提供基础数据,并可为养殖水质调控及生态系统构建提供理论依据。
关键词
养殖塘
中华绒螯蟹
宏基因组学
微生物群落
功能
环境因子
Keywords
Aquaculture pond
Chinese mitten crab
Metagenomics
Microbial communities
Functions
Environmental factors
分类号
S965 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
基于形态学和宏基因组学的养殖蟹塘浮游植物群落分析
2
作者
张旭
周丽
蔡敏
崔娜欣
邹国燕
赵志勇
袁泉
黄伟伟
张亚雷
机构
上海市农业科学院
生态环境
保护
研究所
/
上海
低
碳
农业
工程技术
研究
中心
同济大学
环境
科学
与
工程
学院
/污染控制与资源化
研究
国家重点实验室
上海市农业科学院
农产品质量标准与检测
技术
研究所
出处
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期151-160,共10页
基金
长江生态环境保护修复联合研究二期项目(2022-LHYJ-020304)
国家重点研发计划项目(2021YFC3201503)
上海市农业科学院卓越团队建设计划项目(沪农科卓〔2022〕023)。
文摘
为全面准确评估中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖池塘中后期水体浮游植物群落结构特征及其与环境因子的关系,于2022年6—10月逐月监测水质指标,同时采用基于形态学和宏基因组学的人工镜检和高通量测序两种方法分析浮游植物的群落结构特征,探讨浮游植物优势种与环境因子的关系。结果显示,人工镜检鉴定的浮游植物共4门65种,而高通量测序数据分析所得浮游植物共4门1463种,其中人工镜检鉴定的优势种为蓝藻门的水华微囊藻(Microcystis flos-aquae)、细小隐球藻(Aphanocapsa elachista)以及硅藻门的中肋骨条藻(Skeletonema costatum),而高通量测序数据分析所得优势种为蓝藻门的水华束丝藻(Aphanizomenon flos-aquae)、铜绿微囊藻(M.aeruginosa)。人工镜检方法计算所得多样性指数普遍低于高通量测序结果。两种方法共同分析得出溶解氧(DO)、叶绿素a(Chl-a)、总氮(TN)和氨氮(NH3-N)是影响浮游植物群落结构的关键环境因子。建议采用人工镜检与高通量测序法相结合的方式分析养殖期间的浮游植物群落结构,以便更全面、准确地评估养殖生态系统中的浮游植物群落结构特征及其与环境因子的关系。
关键词
养殖蟹塘
浮游植物
群落特征
人工镜检
高通量测序
多样性指数
环境因子
Keywords
Aquaculture crab pond
Phytoplankton
Communities characteristics
Manual microscopy
High-throughput se-quencing
Diversity index
Environmental factor
分类号
S965 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于宏基因组学的中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成分析
张旭
周丽
蔡敏
崔娜欣
庞思
邹国燕
赵志勇
袁泉
黄伟伟
张亚雷
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2024
5
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职称材料
2
基于形态学和宏基因组学的养殖蟹塘浮游植物群落分析
张旭
周丽
蔡敏
崔娜欣
邹国燕
赵志勇
袁泉
黄伟伟
张亚雷
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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