中国在翻译后修饰的生物信息学研究领域的进展与前瞻 被引量：6

1

作者 刘泽先 蔡煜东 +11 位作者 郭雪江 李骜 李婷婷 邱建丁 任间 施绍萍 宋江宁 王明会 谢鹭 薛宇 张子丁 赵兴明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期621-634,共14页

翻译后修饰在调控蛋白质构象变化、活性以及功能方面具有重要作用,并参与了几乎所有细胞通路和过程。蛋白质翻译后修饰的鉴定是阐明细胞内分子机理的基础。相对于劳动密集的、耗费时间的实验工作,利用各种生物信息学方法开展翻译后修饰... 翻译后修饰在调控蛋白质构象变化、活性以及功能方面具有重要作用,并参与了几乎所有细胞通路和过程。蛋白质翻译后修饰的鉴定是阐明细胞内分子机理的基础。相对于劳动密集的、耗费时间的实验工作,利用各种生物信息学方法开展翻译后修饰预测,能够提供准确、简便和快速的研究方案,并产生有价值的信息为进一步实验研究提供参考。文章主要综述了中国生物信息学者在翻译后修饰生物信息学领域所取得的研究进展,包括修饰底物与位点预测的计算方法学设计与完善、在线或本地化工具的设计与维护、修饰相关数据库及数据资源的构建及基于修饰蛋白质组学数据的生物信息学分析。通过比较国内外的同类研究,发现优势和不足,并对未来的研究作出前瞻。 展开更多

关键词 翻译后修饰 共价修饰 修饰组学 磷酸化

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连续动力系统的广义同步 被引量：2

2

作者 张刚 刘曾荣 马忠军 《应用数学和力学》 EI CSCD 北大核心 2007年第2期141-146,共6页

讨论连续的混沌动力系统之间的广义同步.利用Liapunov稳定性理论,通过构造适当的耦合项,得到了一个关于驱动响应系统广义同步的充分条件.并通过对两个例子的数字模拟,说明了充分条件的有效性.

关键词 广义同步 可微的广义同步 LIAPUNOV函数

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离散系统的广义同步 被引量：1

3

作者 马忠军 刘曾荣 张刚 《应用数学和力学》 CSCD 北大核心 2007年第5期546-550,共5页

讨论两个离散系统之间的广义同步.通过构造合适的非线性耦合项,导出了驱动响应系统获得广义同步的充分条件.在一个正不变的有界集上,许多混沌映射满足这些充分条件.通过3个例子,说明了充分条件的有效性.

关键词 广义同步 耦合 离散系统

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CT图像的不对称性计算方法及应用研究

4

作者 杨勇 宋安平 +1 位作者 丁广太 张武 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2008年第22期5837-5839,共3页

在医学上,人的头部一般认为是对称的,所以经常通过计算这种对称性来诊断一些疾病。提出了一种方法,通过不对称性原理对胆脂瘤疾病的辅助诊断。首先从CT图像中提取头部图像,确定一个关于头部左右两边总体上的对称面,然后利用对称面来计... 在医学上,人的头部一般认为是对称的,所以经常通过计算这种对称性来诊断一些疾病。提出了一种方法,通过不对称性原理对胆脂瘤疾病的辅助诊断。首先从CT图像中提取头部图像,确定一个关于头部左右两边总体上的对称面,然后利用对称面来计算左右中耳区域CT值的不对称性,最后,根据它们之间的不对称性来辅助医生诊断胆脂瘤疾病。同时,还提出了一种中耳区域分割方法,进一步提高了胆脂瘤计算机辅助诊断效率和准确率。 展开更多

关键词 不对称性 辅助诊断 中耳区域 CT图像

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复杂多个体时滞网络系统的脉冲一致性

5

作者 周进 吴泉军 刘曾荣 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期586-593,共8页

从动力学与控制的角度考虑具有固定与切换拓扑多个体时滞有向网络系统的平均一致性问题.基于时滞动力系统的脉冲控制理论,提出了在通讯时滞环境中两个网络的脉冲一致性协议,并给出了寻求相应平均一致性问题简单而又一般的判据.最显著的... 从动力学与控制的角度考虑具有固定与切换拓扑多个体时滞有向网络系统的平均一致性问题.基于时滞动力系统的脉冲控制理论,提出了在通讯时滞环境中两个网络的脉冲一致性协议,并给出了寻求相应平均一致性问题简单而又一般的判据.最显著的特征是提出的第一个一致性协议对于任意的通讯时滞都是有效的,第二个一致性协议能够使得整个网络指数地达到平均一致.所获得结果表明,一致性协议中的脉冲增益在寻求平均一致性问题中具有相当重要的作用.数值模拟进一步验证了理论结果的正确性. 展开更多

关键词 一致性问题 多个体时滞网络系统 有向网络 固定和切换拓扑 一致性协议 脉冲增益

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生物网络中的随机变异机制与度负关联性的关系

6

作者 许醇穗 刘曾荣 《力学学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第5期989-994,共6页

在生物进化中,复制和变异是两个重要机制.主要研究变异对生物网络度负关联性的影响.讨论了多种随机变异机制,如随机节点删除变异机制、随机删边变异机制、随机加边变异机制和随机重组边变异机制.随机节点删除变异机制和随机删边变异机... 在生物进化中,复制和变异是两个重要机制.主要研究变异对生物网络度负关联性的影响.讨论了多种随机变异机制,如随机节点删除变异机制、随机删边变异机制、随机加边变异机制和随机重组边变异机制.随机节点删除变异机制和随机删边变异机制都不会强烈地影响生物网络的度负关联性,随机加边变异机制和随机重组边变异机制都会抑制生物网络的度负关联性. 展开更多

关键词 生物网络 随机节点删除变异 随机删边变异机制 随机加边变异机制 随机重组边变异机制 度负关联性

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提高水分子流出纳米碳管速度的特殊水分子偶极排布研究 被引量：2

7

作者 亓文鹏 涂育松 +1 位作者 万荣正 方海平 《应用数学和力学》 CSCD 北大核心 2011年第9期1030-1036,共7页

使用分子动力学的方法,研究了水分子进出狭窄碳纳米管的过程.发现管口处水分子的偶极垂直于碳管时容易流出碳管.根据碳管中与之相邻的水分子的偶极方向可以把这种特殊构型分为2类.虽然,这2类特殊结构的出现概率非常小,但是它们对净流过... 使用分子动力学的方法,研究了水分子进出狭窄碳纳米管的过程.发现管口处水分子的偶极垂直于碳管时容易流出碳管.根据碳管中与之相邻的水分子的偶极方向可以把这种特殊构型分为2类.虽然,这2类特殊结构的出现概率非常小,但是它们对净流过碳管水分子的贡献与其它结构的贡献基本相同.这2种偶极排布中水分子比较接近管壁、远离Lennard-Jones势的平衡位置,导致这2种偶极排布中水分子能量升高,处于相对不稳定的状态,容易流出碳管.这个发现表明可以通过调控碳纳米管内的水分偶极方向控制管内的水分子流动. 展开更多

关键词 水 纳米碳管 单行水链 LENNARD-JONES势

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基于直方图加权光滑的DICOM格式显示技术

8

作者 朱雷 宋安平 +1 位作者 杜永胜 张武 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2010年第14期3245-3248,共4页

为了解决高灰度级医学图像的显示和通用软件不支持DICOM格式的问题,提出了基于直方图加权光滑的DICOM格式显示方法。解析了DICOM格式,读取高灰度级图像数据,对直方图进行加权光滑,然后通过制定阈值选取的检测函数自动检测出峰谷值,对选... 为了解决高灰度级医学图像的显示和通用软件不支持DICOM格式的问题,提出了基于直方图加权光滑的DICOM格式显示方法。解析了DICOM格式,读取高灰度级图像数据,对直方图进行加权光滑,然后通过制定阈值选取的检测函数自动检测出峰谷值,对选出的各组织进行灰度扩展最终完成格式转换。实验结果表明,该方法能在一幅图像中显示各组织,且各组织间的对比度较强,组织细节清晰。 展开更多

关键词 直方图 加权光滑 检测函数 格式转换 医学图像

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植物降解组测序研究进展 被引量：1

9

作者 朱柳村 张莹 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期165-169,174,共6页

微小RNA(miRNA)的靶标研究是近年来植物学研究的热点之一。降解组测序(Degradome Sequencing)是一种研究miRNA靶标的新型高通量测序技术,其主要通过对miRNA所结合并降解的信使RNA(mRNA)产物进行高通量测序,再用生物信息学方法确定miRNA... 微小RNA(miRNA)的靶标研究是近年来植物学研究的热点之一。降解组测序(Degradome Sequencing)是一种研究miRNA靶标的新型高通量测序技术,其主要通过对miRNA所结合并降解的信使RNA(mRNA)产物进行高通量测序,再用生物信息学方法确定miRNA的靶标mRNA。目前该测序技术已广泛应用于植物发育过程以及不同胁迫条件处理下的调控研究。综述了降解组测序技术的原理、相关的分析软件及其在植物miRNA靶标研究工作中的进展,以期为深入研究植物基因调控机制提供有利的条件。 展开更多

关键词 降解组测序技术 高通量测序 靶标

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仿射变换下图像不对称度计算方法 被引量：1

10

作者 宋安平 丁广太 +1 位作者 郑汉垣 张武 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2010年第1期275-278,共4页

一个人的器官如果比其他人出现了更多的不对称,就可能是一种疾病的征兆。根据不对称性原理,提出了一种改进的三维医学图像不对称计算模型,通过对中耳区域三维医学图像不对称度的研究,给出了不对称度量化的数值计算优化方法,从而来诊断... 一个人的器官如果比其他人出现了更多的不对称,就可能是一种疾病的征兆。根据不对称性原理,提出了一种改进的三维医学图像不对称计算模型,通过对中耳区域三维医学图像不对称度的研究,给出了不对称度量化的数值计算优化方法,从而来诊断胆脂瘤型中耳炎。实验结果与医生的诊断之比较表明,利用T分布检验方法诊断胆脂瘤的置信度可达到98%。同时该计算模型具有客观性和可度量性,在其他可利用不对称性进行计算机辅助诊断领域具有较好的推广价值。 展开更多

关键词 不对称度计算 仿射变换 胆脂瘤诊断 金字塔算法 T分布检验

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非线性可分Boolean函数分解及神经网络实现 被引量：1

11

作者 贺勤斌 刘曾荣 《科学技术与工程》 2010年第11期2646-2649,2654,共5页

对于2n个顶点用"0"或"1"标记的n维超方体,利用n输入Boolean函数f的输出vi(i=0,1,…,2n-1)与偏移量σi的关系,用一组平行的超平面实现分隔n维超方体顶点。从而,实现非线性可分Boolean函数的分解及二进神经网络隐层... 对于2n个顶点用"0"或"1"标记的n维超方体,利用n输入Boolean函数f的输出vi(i=0,1,…,2n-1)与偏移量σi的关系,用一组平行的超平面实现分隔n维超方体顶点。从而,实现非线性可分Boolean函数的分解及二进神经网络隐层神经元的实现。同时,给出几个例子说明分解方法以及其有效性。 展开更多

关键词 Boolean函数 二进神经网络 神经元

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胆脂瘤诊断的计算模型及算法

12

作者 宋安平 张武 +1 位作者 丁广太 郑汉垣 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期26-30,共5页

人体中对称性随处可见,如果某人的器官与其他人相比出现较多的不对称,这可能是疾病的征兆.根据不对称性理论,提出一种三维医学图像不对称计算模型.通过对中耳区域三维医学图像不对称度的研究,给出不对称度量化的数值计算方法,通过对计... 人体中对称性随处可见,如果某人的器官与其他人相比出现较多的不对称,这可能是疾病的征兆.根据不对称性理论,提出一种三维医学图像不对称计算模型.通过对中耳区域三维医学图像不对称度的研究,给出不对称度量化的数值计算方法,通过对计算结果进行分析诊断胆脂瘤型中耳炎.通过与医生的诊断进行比较,利用数值计算诊断病人胆脂瘤准确率达到82%.由于计算模型的客观性和可度量性,其在利用不对称性进行计算机辅助诊断领域具有一定的推广价值. 展开更多

关键词 不对称度计算 三维医学图像 胆脂瘤诊断 计算机辅助诊断 计算模型

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相位同步讨论哺乳动物的昼夜节律

13

作者 樊庆端 刘曾荣 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期290-297,共8页

实验表明哺乳动物视交叉上核(suprachiasmatic nucleus,SCN)神经元集体涌现出的节律控制着中央神经中枢和外围组织,从而形成哺乳动物的昼夜节律.为了探索昼夜节律的涌现机制,根据已有实验结果构建了SCN神经元耦合网络,并建立了描述昼夜... 实验表明哺乳动物视交叉上核(suprachiasmatic nucleus,SCN)神经元集体涌现出的节律控制着中央神经中枢和外围组织,从而形成哺乳动物的昼夜节律.为了探索昼夜节律的涌现机制,根据已有实验结果构建了SCN神经元耦合网络,并建立了描述昼夜节律的修正的Kuramoto模型.研究发现,昼夜节律的涌现是通过相位同步来表达的.另外,讨论了模型参数对描述相位同步的序参数的影响,其结果与生物学讨论吻合.该模型为解释昼夜节律的产生机制提供了一个新思路. 展开更多

关键词 昼夜节律 视交叉上核(suprachiasmatic nucleus SCN) Kuramoto模型 相位同步

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基于Web Service的蛋白质相互作用网络PSE 被引量：1

14

作者 赵志康 谢江 +1 位作者 李松倍 张武 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2009年第18期4326-4329,共4页

为了让蛋白质相互作用网络研究人员高效共享大量的生物实验数据和方便的利用与蛋白质相互作用网络相关的各种工具及方法,提出了一个基于Web Service的面向蛋白质相互作用网络PSE的方法。通过分析蛋白质相互作用网络研究的特点,指出面向... 为了让蛋白质相互作用网络研究人员高效共享大量的生物实验数据和方便的利用与蛋白质相互作用网络相关的各种工具及方法,提出了一个基于Web Service的面向蛋白质相互作用网络PSE的方法。通过分析蛋白质相互作用网络研究的特点,指出面向蛋白质相互作用网络PSE需要基于Web Service技术。在此基础上,设计了面向蛋白质相互作用网络PSE的体系结构,体系结构符合SOA(service-oriented architecture)的标准要求,具有很好的可扩展性。实验结果表明了面向蛋白质相互作用网络PSE的有效性。 展开更多

关键词 问题求解环境 蛋白质相互作用网络 Web服务 JNI JAVABEAN

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基于分割和体素的医学图像配准方法 被引量：1

15

作者 杜永胜 宋安平 朱雷 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2010年第18期4024-4027,共4页

为了充分吸收基于分割和基于体素相似性两种配准方法的优点,提出了一种将分割和体素相结合的配准方法。该方法对待配准图像进行预处理,包括DICOM格式转换、图像去噪和图像分割,利用互信息作为衡量图像是否匹配的测度函数;最后采用优化... 为了充分吸收基于分割和基于体素相似性两种配准方法的优点,提出了一种将分割和体素相结合的配准方法。该方法对待配准图像进行预处理,包括DICOM格式转换、图像去噪和图像分割,利用互信息作为衡量图像是否匹配的测度函数;最后采用优化策略来选择最佳图像变换。实验结果表明,该方法计算量小、速度快和精度高,有助于医疗诊断。 展开更多

关键词 医学图像配准 图像预处理 互信息 测度函数 优化策略

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蛋白质相互作用预测算法在帕金森病中的应用 被引量：1

16

作者 吴继宗 宋安平 +1 位作者 张武 李辉 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2008年第20期5301-5304,5307,共5页

对蛋白质相互作用的研究不仅能够理解生命的过程,也能为疾病治疗提供线索。通过对现有蛋白质相互作用预测计算方法的分析,将计算方法和生命科学相结合,在利用现有的知名生物数据库获得大量蛋白质相互作用关系数据的基础上,建立人类蛋白... 对蛋白质相互作用的研究不仅能够理解生命的过程,也能为疾病治疗提供线索。通过对现有蛋白质相互作用预测计算方法的分析,将计算方法和生命科学相结合,在利用现有的知名生物数据库获得大量蛋白质相互作用关系数据的基础上,建立人类蛋白质相互作用网络,通过计算来预测可能导致帕金森病的蛋白质。在总结前人算法的基础上,利用改进的APM[1]算法,实现了对蛋白质一级网络以及二级网络的预测工作。 展开更多

关键词 帕金森病 致病蛋白 计算方法 蛋白质相互作用网络 预测算法

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单基因扰动实验的自适应灰关联聚类算法

17

作者 李辉 宋安平 +2 位作者 张律文 赵志康 张武 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2009年第21期4914-4916,4935,共4页

为克服单基因扰动实验必须遍历所有实验基因所导致的周期长和成本高的缺点,提出了一个自适应参数的灰关联聚类算法,每次基因扰动实验后通过自适应参数灰关联聚类算法选择下一个实验基因,从而省略不必要的基因扰动实验,得到满意的基因扰... 为克服单基因扰动实验必须遍历所有实验基因所导致的周期长和成本高的缺点,提出了一个自适应参数的灰关联聚类算法,每次基因扰动实验后通过自适应参数灰关联聚类算法选择下一个实验基因,从而省略不必要的基因扰动实验,得到满意的基因扰动顺序并建立基因调控网络。实验结果表明,该算法能有效地甄别对构建基因调控网络基本没有影响的基因,算法结果令人满意。 展开更多

关键词 自适应参数 灰关联聚类 基因 扰动 基因调控网络

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基于复杂网络模型的基因调控网络的计算模拟

18

作者 张律文 谢江 +1 位作者 陈建娇 张武 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2010年第1期211-213,221,共4页

随着大通量基因芯片数据的产生,基因调控机制的网络化研究需求日趋迫切。提出了基于复杂网络理论的基因调控网络的模拟方法,构建了基因调控网络模拟器GN-Simulator。通过分析真实基因调控网络的拓扑特性,提出了对应的矩阵模型,并充分考... 随着大通量基因芯片数据的产生,基因调控机制的网络化研究需求日趋迫切。提出了基于复杂网络理论的基因调控网络的模拟方法,构建了基因调控网络模拟器GN-Simulator。通过分析真实基因调控网络的拓扑特性,提出了对应的矩阵模型,并充分考虑了网络的生物学鲁棒性和动力学稳定性,给出了人工基因网络的生成过程和计算模拟方法。计算实验表明,GN-Simulator能高效地模拟出与真实基因调控网络高度相似的大规模人工网络,并可为不同算法提供无偏验证的多样化人工模拟数据。 展开更多

关键词 复杂网络 无标度特性 动力学稳定性 模拟 基因调控网络

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基于酵母实验数据构建其蛋白质作用网络模型

19

作者 陈幼文 刘曾荣 《复杂系统与复杂性科学》 EI CSCD 北大核心 2014年第4期37-40,共4页

为考察模型在生物上的可靠性,从真实的蛋白质相互作用研究所报道的数据出发,选取合适的复制-变异的关键参数,依据复制-变异的建模思想,构建了酵母蛋白质相互作用网络模型。实证结果与目前得到认同的酵母蛋白质网络的稀疏性、无标度性和... 为考察模型在生物上的可靠性,从真实的蛋白质相互作用研究所报道的数据出发,选取合适的复制-变异的关键参数,依据复制-变异的建模思想,构建了酵母蛋白质相互作用网络模型。实证结果与目前得到认同的酵母蛋白质网络的稀疏性、无标度性和小世界性吻合。由此可知,复制-变异模型在蛋白质相互作用网络的演化模拟中是个可靠的模型。 展开更多

关键词 酵母 复制 变异 蛋白质相互作用网络

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