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基因指纹法预测鼻咽癌放射敏感性初步研究
被引量:
3
1
作者
陈甲信
郭懿
+5 位作者
李瑶
张政
司勇锋
冯国生
程金建
邓卓霞
《中国肿瘤临床》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第20期1141-1145,共5页
目的:研究放射敏感与放射抵抗的鼻咽癌组织基因表达差异,寻找预测鼻咽癌放射敏感性基因指纹。方法:采用BioStarH-141s(2004)型含14112点的人类全长基因cDNA表达谱芯片,对19例不同放射敏感性鼻咽癌组织进行检测,其中放射敏感8例,放射抵...
目的:研究放射敏感与放射抵抗的鼻咽癌组织基因表达差异,寻找预测鼻咽癌放射敏感性基因指纹。方法:采用BioStarH-141s(2004)型含14112点的人类全长基因cDNA表达谱芯片,对19例不同放射敏感性鼻咽癌组织进行检测,其中放射敏感8例,放射抵抗11例,用T-test检验、聚类、LOOCV等方法进行生物信息分析。结果:放射抵抗组与放射敏感组比较,表达差异的基因P<0.5有923条,P<0.01有164条,P<0.001有17条;与慢性炎症组织相比,放射敏感组70%以上病例有2倍以上表达差异的基因267条,明显高于放射抵抗组106条。这些基因包括已知的与放射敏感性密切相关的基因PRKD,DCK等;还有大部分以前没有描述与放射敏感性相关的基因,如SIRT1,RABAC1,PPP1CC,ZNF638,APPBP1,RABAC1等,它们主要与细胞周期、S期和M期调控点、细胞凋亡、细胞生长、DNA绑定,RNA绑定等功能有关;还有一些新发现的,功能尚未明确的基因,如CUTA,ZNF148,Sep15,TMTC3,TOP1等。取P<0.01的差异表达基因98条进行聚类分析,19例患者能分成放射敏感与抵抗二类,除1例外,所有病例敏感性的分类均与临床结果相符。用LOOCV验证,准确率100%。结论:不同放射敏感性的鼻咽癌组织,基因表达存在明显差异,与炎症组织比较,放射敏感组的基因表达差异更大,可利用差异基因簇进行放射敏感性分类,提示可利用基因指纹法进行鼻咽癌放射敏感性预测。
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关键词
鼻咽癌
放射敏感性
基因表达谱
基因指纹
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职称材料
题名
基因指纹法预测鼻咽癌放射敏感性初步研究
被引量:
3
1
作者
陈甲信
郭懿
李瑶
张政
司勇锋
冯国生
程金建
邓卓霞
机构
广西壮族自治区人民医院鼻咽癌研究所
上海复旦大学生命科学院遗传所遗传工程国家重点实验室
出处
《中国肿瘤临床》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第20期1141-1145,共5页
基金
国家自然科学基金资助(编号:30260116)
文摘
目的:研究放射敏感与放射抵抗的鼻咽癌组织基因表达差异,寻找预测鼻咽癌放射敏感性基因指纹。方法:采用BioStarH-141s(2004)型含14112点的人类全长基因cDNA表达谱芯片,对19例不同放射敏感性鼻咽癌组织进行检测,其中放射敏感8例,放射抵抗11例,用T-test检验、聚类、LOOCV等方法进行生物信息分析。结果:放射抵抗组与放射敏感组比较,表达差异的基因P<0.5有923条,P<0.01有164条,P<0.001有17条;与慢性炎症组织相比,放射敏感组70%以上病例有2倍以上表达差异的基因267条,明显高于放射抵抗组106条。这些基因包括已知的与放射敏感性密切相关的基因PRKD,DCK等;还有大部分以前没有描述与放射敏感性相关的基因,如SIRT1,RABAC1,PPP1CC,ZNF638,APPBP1,RABAC1等,它们主要与细胞周期、S期和M期调控点、细胞凋亡、细胞生长、DNA绑定,RNA绑定等功能有关;还有一些新发现的,功能尚未明确的基因,如CUTA,ZNF148,Sep15,TMTC3,TOP1等。取P<0.01的差异表达基因98条进行聚类分析,19例患者能分成放射敏感与抵抗二类,除1例外,所有病例敏感性的分类均与临床结果相符。用LOOCV验证,准确率100%。结论:不同放射敏感性的鼻咽癌组织,基因表达存在明显差异,与炎症组织比较,放射敏感组的基因表达差异更大,可利用差异基因簇进行放射敏感性分类,提示可利用基因指纹法进行鼻咽癌放射敏感性预测。
关键词
鼻咽癌
放射敏感性
基因表达谱
基因指纹
Keywords
Nasopharyngeal carcinoma Radiation sensitivity Gene expression profile Genetic fingerprinting
分类号
R739.63 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因指纹法预测鼻咽癌放射敏感性初步研究
陈甲信
郭懿
李瑶
张政
司勇锋
冯国生
程金建
邓卓霞
《中国肿瘤临床》
CAS
CSCD
北大核心
2007
3
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