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基因芯片研究血卟啉单甲醚对人肝癌细胞HEPG2基因表达的影响
被引量:
4
1
作者
郑世荣
王妍
+2 位作者
朱建国
罗芸
缪海珍
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2001年第6期530-533,共4页
目的 :利用芯片技术观察血卟啉单甲醚 (HMME)光动力疗法对人原发性肝癌 HEPG2细胞基因表达的影响 ,以深入探讨其作用的分子机制。方法 :HMME加激光照射处理培养的肝癌 HEPG2细胞 ,H- E染色观察细胞形态 ;抽提细胞 m RNA,利用荧光标记 d ...
目的 :利用芯片技术观察血卟啉单甲醚 (HMME)光动力疗法对人原发性肝癌 HEPG2细胞基因表达的影响 ,以深入探讨其作用的分子机制。方法 :HMME加激光照射处理培养的肝癌 HEPG2细胞 ,H- E染色观察细胞形态 ;抽提细胞 m RNA,利用荧光标记 d UTP逆转录制备 c DNA探针 ,与人肝癌表达谱基因芯片杂交 ,并对 Cy3、Cy5荧光信号做扫描分析。 结果 :光照射后实验组细胞呈现凋亡形态 ;芯片扫描显示 2 .47%的检测基因 (389/15 38)出现明显表达差异 ,其中下调基因占 80 % ,多与细胞增殖调控功能有关 ;而细胞凋亡通路中几个重要关键蛋白 (CCP32、AIF、Mch2 )的基因明显上调。结论 :HMME激光疗法可诱导 HEPG2细胞凋亡 ;
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关键词
基因芯片
基因表达谱
光动力学疗法
肝癌细胞HEPG2
血卟啉单甲醚
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职称材料
一种基于主集分割的基因芯片聚类算法
2
作者
滕莉
付旭平
+4 位作者
李宏宇
李瑶
陈文斌
李荣宇
沈一帆
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2005年第9期1591-1598,共8页
聚类算法广泛应用于生物芯片数据分析中,用于寻找表达相似的基因或样本.大多数已有算法都需要人为地给出一些参数,然而在没有先验知识的情况下,人为地确定这些参数是十分困难的.为了解决这一难题,提出了一种迭代的聚类算法.首先用主集...
聚类算法广泛应用于生物芯片数据分析中,用于寻找表达相似的基因或样本.大多数已有算法都需要人为地给出一些参数,然而在没有先验知识的情况下,人为地确定这些参数是十分困难的.为了解决这一难题,提出了一种迭代的聚类算法.首先用主集方法对原有基因进行重新排序,使高度相似的基因排列在特定区域.类的分割界线通常难于确定.提出一种标准,根据类内元素间的距离远小于类外元素间的距离的性质,从排序后的数据集中划分出一个类.将找到的类从当前数据集中排除以后,对剩下的数据重复以上处理,直到满足所提出的循环停止条件为止.从多方面分析了该算法的性能,并将该算法应用于酵母细胞周期的芯片表达谱数据聚类.理论分析和应用结果都表明,该算法是实用、有效的,并且有很好的抗噪性能.
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关键词
基因芯片
主集
聚类
相关表达
排序
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职称材料
大鼠溃疡性结肠炎相关基因表达谱研究
被引量:
5
3
作者
刘慧荣
张卫
+4 位作者
谢建群
吴焕淦
黄建锋
刘敏
张琳珊
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第6期570-570,581,F004,共3页
关键词
实验性溃疡性结肠炎
相关基因表达
大鼠
发病
UC
肠道炎症
易感基因
差异基因
基因芯片
相互作用
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职称材料
Kkay小鼠Ⅱ型糖尿病相关基因的表达谱研究
被引量:
6
4
作者
郭清华
尹玲
+2 位作者
陆菊明
庄振杰
朱滨
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2001年第7期631-635,共5页
目的 :研究 Kkay 型糖尿病小鼠与正常小鼠肝脏差异表达的基因 ,为人类 型糖尿病及其慢性并发症的防治提供依据。 方法 :以包含 8192条小鼠的 c DNA基因表达谱芯片研究 Kkay 型糖尿病小鼠肝脏的基因表达谱。 结果 :共筛选出差异表达基...
目的 :研究 Kkay 型糖尿病小鼠与正常小鼠肝脏差异表达的基因 ,为人类 型糖尿病及其慢性并发症的防治提供依据。 方法 :以包含 8192条小鼠的 c DNA基因表达谱芯片研究 Kkay 型糖尿病小鼠肝脏的基因表达谱。 结果 :共筛选出差异表达基因 15 4条 ,包括全长基因 6 8条 ,表达序列标识 (EST) 86条 ;其中 40条基因表达增加 ,114条表达降低。结论 : 型糖尿病发病机制复杂 ,不仅有糖、脂肪及蛋白质等物质的代谢紊乱 。
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关键词
基因芯片
基因表达
糖尿病
非胰岛素依赖型
病因学
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职称材料
清胰消积中药对实验性胰腺癌基因表达的影响
被引量:
13
5
作者
沈晔华
刘鲁明
+3 位作者
陆燕
姜振玲
张红发
姚明
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
2005年第5期454-457,461,共5页
目的:研究中药清胰消积方对裸鼠体内人胰腺癌SW1990细胞移植瘤的抑瘤作用,并利用基因表达谱芯片探索其作用机理。方法:荷瘤裸小鼠随机分为对照组、5-FU组、中药不同剂量组,治疗后计算抑瘤率。提取对照组及中药中剂量组肿瘤组织mRNA,制备...
目的:研究中药清胰消积方对裸鼠体内人胰腺癌SW1990细胞移植瘤的抑瘤作用,并利用基因表达谱芯片探索其作用机理。方法:荷瘤裸小鼠随机分为对照组、5-FU组、中药不同剂量组,治疗后计算抑瘤率。提取对照组及中药中剂量组肿瘤组织mRNA,制备cDNA探针并分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因。结果:中药18g/kg、36g/kg、72g/kg剂量组抑瘤率分别为21.31%、38.16%及29.09%。筛选出癌基因、蛋白翻译合成、DNA合成和修复、细胞信号传导蛋白等表达下调的基因共7条。结论:清胰消积中药对人胰腺癌体内生长有抑制作用,调节癌基因及其相关的信号传导、改变肿瘤细胞蛋白合成等可能是其作用机制。
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关键词
清胰消积方
胰腺癌
基因芯片
裸小鼠
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职称材料
中风易感性与候选基因SNP位点关联研究
被引量:
1
6
作者
张小燕
胡木林
+2 位作者
周才秀
王忠
陈沁
《生物技术通报》
CAS
CSCD
2008年第S1期165-171,175,共8页
脑中风是严重危害我国中老年人身体健康的主要疾病之一,对中风相关基因单核苷酸多态性位点在人群中分布情况的研究将有助于深入认识中风发病机制及提高防治能力。该研究用寡核苷酸芯片方法检测了8个多态性位点与中风易感性之间的关联。...
脑中风是严重危害我国中老年人身体健康的主要疾病之一,对中风相关基因单核苷酸多态性位点在人群中分布情况的研究将有助于深入认识中风发病机制及提高防治能力。该研究用寡核苷酸芯片方法检测了8个多态性位点与中风易感性之间的关联。结果发现:寡核苷酸芯片技术作为一种很好的基因分型方法,具有高通量、平行性、微量化、自动化和快速灵敏等的特点,适用于大规模基因分型平台的建立;实验初步发现与中风易感性相关的有血管紧张素原(AGT)基因M235T(OR=3.437,CI=1.211,9.709),载脂蛋白E(APOE)基因cys158arg (OR=9.434,1.686-83.3),亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T(OR=2.591,1.002-6.711),血管紧张素ⅡⅠ型受体(AT1R)基因A1166C(OR=0.213,0.057-0.799)。
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关键词
寡核苷酸芯片技术
单核苷酸多态性
中风易感性
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职称材料
题名
基因芯片研究血卟啉单甲醚对人肝癌细胞HEPG2基因表达的影响
被引量:
4
1
作者
郑世荣
王妍
朱建国
罗芸
缪海珍
机构
解放军总医院病理生理学研究室
军事医学科学院基础医学研究所
解放军总医院激光科
解放军总医院细胞生物学研究室
联合
基因
上海博星基因芯片有限责任公司
出处
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2001年第6期530-533,共4页
文摘
目的 :利用芯片技术观察血卟啉单甲醚 (HMME)光动力疗法对人原发性肝癌 HEPG2细胞基因表达的影响 ,以深入探讨其作用的分子机制。方法 :HMME加激光照射处理培养的肝癌 HEPG2细胞 ,H- E染色观察细胞形态 ;抽提细胞 m RNA,利用荧光标记 d UTP逆转录制备 c DNA探针 ,与人肝癌表达谱基因芯片杂交 ,并对 Cy3、Cy5荧光信号做扫描分析。 结果 :光照射后实验组细胞呈现凋亡形态 ;芯片扫描显示 2 .47%的检测基因 (389/15 38)出现明显表达差异 ,其中下调基因占 80 % ,多与细胞增殖调控功能有关 ;而细胞凋亡通路中几个重要关键蛋白 (CCP32、AIF、Mch2 )的基因明显上调。结论 :HMME激光疗法可诱导 HEPG2细胞凋亡 ;
关键词
基因芯片
基因表达谱
光动力学疗法
肝癌细胞HEPG2
血卟啉单甲醚
Keywords
DNA microarray
gene expression profiles
photodynamic therapy
hepatocarcinoma cell line HEPG2
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
一种基于主集分割的基因芯片聚类算法
2
作者
滕莉
付旭平
李宏宇
李瑶
陈文斌
李荣宇
沈一帆
机构
复旦大学计算机科学与工程系
复旦大学生命科学学院遗传研究所
复旦大学数学系
上海博星基因芯片有限责任公司
出处
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2005年第9期1591-1598,共8页
基金
国家自然科学基金~~
文摘
聚类算法广泛应用于生物芯片数据分析中,用于寻找表达相似的基因或样本.大多数已有算法都需要人为地给出一些参数,然而在没有先验知识的情况下,人为地确定这些参数是十分困难的.为了解决这一难题,提出了一种迭代的聚类算法.首先用主集方法对原有基因进行重新排序,使高度相似的基因排列在特定区域.类的分割界线通常难于确定.提出一种标准,根据类内元素间的距离远小于类外元素间的距离的性质,从排序后的数据集中划分出一个类.将找到的类从当前数据集中排除以后,对剩下的数据重复以上处理,直到满足所提出的循环停止条件为止.从多方面分析了该算法的性能,并将该算法应用于酵母细胞周期的芯片表达谱数据聚类.理论分析和应用结果都表明,该算法是实用、有效的,并且有很好的抗噪性能.
关键词
基因芯片
主集
聚类
相关表达
排序
Keywords
microarray
dominant set
clustering
coexpressed
sorting
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
大鼠溃疡性结肠炎相关基因表达谱研究
被引量:
5
3
作者
刘慧荣
张卫
谢建群
吴焕淦
黄建锋
刘敏
张琳珊
机构
上海
市针灸经络研究所免疫室
上海
中医药大学附属龙华医院消化科
上海博星基因芯片有限责任公司
出处
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第6期570-570,581,F004,共3页
基金
国家自然科学基金资助项目 ( 3 0 171178)
关键词
实验性溃疡性结肠炎
相关基因表达
大鼠
发病
UC
肠道炎症
易感基因
差异基因
基因芯片
相互作用
分类号
R574.62 [医药卫生—消化系统]
R259.746.2 [医药卫生—中西医结合]
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职称材料
题名
Kkay小鼠Ⅱ型糖尿病相关基因的表达谱研究
被引量:
6
4
作者
郭清华
尹玲
陆菊明
庄振杰
朱滨
机构
解放军总医院内分泌科
上海博星基因芯片有限责任公司
出处
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2001年第7期631-635,共5页
文摘
目的 :研究 Kkay 型糖尿病小鼠与正常小鼠肝脏差异表达的基因 ,为人类 型糖尿病及其慢性并发症的防治提供依据。 方法 :以包含 8192条小鼠的 c DNA基因表达谱芯片研究 Kkay 型糖尿病小鼠肝脏的基因表达谱。 结果 :共筛选出差异表达基因 15 4条 ,包括全长基因 6 8条 ,表达序列标识 (EST) 86条 ;其中 40条基因表达增加 ,114条表达降低。结论 : 型糖尿病发病机制复杂 ,不仅有糖、脂肪及蛋白质等物质的代谢紊乱 。
关键词
基因芯片
基因表达
糖尿病
非胰岛素依赖型
病因学
Keywords
gene chip
gene expression
diabetes mellitus, non insulin dependent
Kkay mouse
分类号
R587.102 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
清胰消积中药对实验性胰腺癌基因表达的影响
被引量:
13
5
作者
沈晔华
刘鲁明
陆燕
姜振玲
张红发
姚明
机构
复旦大学附属肿瘤医院中医科复旦大学
上海
医学院肿瘤学系
联合
基因
集团
上海博星基因芯片有限责任公司
上海
市肿瘤研究所
出处
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
2005年第5期454-457,461,共5页
基金
上海市科委资助项目(No:02DZ19106)
文摘
目的:研究中药清胰消积方对裸鼠体内人胰腺癌SW1990细胞移植瘤的抑瘤作用,并利用基因表达谱芯片探索其作用机理。方法:荷瘤裸小鼠随机分为对照组、5-FU组、中药不同剂量组,治疗后计算抑瘤率。提取对照组及中药中剂量组肿瘤组织mRNA,制备cDNA探针并分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因。结果:中药18g/kg、36g/kg、72g/kg剂量组抑瘤率分别为21.31%、38.16%及29.09%。筛选出癌基因、蛋白翻译合成、DNA合成和修复、细胞信号传导蛋白等表达下调的基因共7条。结论:清胰消积中药对人胰腺癌体内生长有抑制作用,调节癌基因及其相关的信号传导、改变肿瘤细胞蛋白合成等可能是其作用机制。
关键词
清胰消积方
胰腺癌
基因芯片
裸小鼠
Keywords
qingyi xiaoji decoction
pancreatie cancer
cDNA microarray
nude mice
分类号
R73-36 [医药卫生—肿瘤]
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
中风易感性与候选基因SNP位点关联研究
被引量:
1
6
作者
张小燕
胡木林
周才秀
王忠
陈沁
机构
上海
芯超生物科技
有限
公司
中国中医科学院西苑医院
中国中医科学院中医临床基础医学研究所
上海博星基因芯片有限责任公司
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
2008年第S1期165-171,175,共8页
基金
国家自然基金课题(中医药重大研究计划)(90209015)
国家自然基金课题(30672577)
文摘
脑中风是严重危害我国中老年人身体健康的主要疾病之一,对中风相关基因单核苷酸多态性位点在人群中分布情况的研究将有助于深入认识中风发病机制及提高防治能力。该研究用寡核苷酸芯片方法检测了8个多态性位点与中风易感性之间的关联。结果发现:寡核苷酸芯片技术作为一种很好的基因分型方法,具有高通量、平行性、微量化、自动化和快速灵敏等的特点,适用于大规模基因分型平台的建立;实验初步发现与中风易感性相关的有血管紧张素原(AGT)基因M235T(OR=3.437,CI=1.211,9.709),载脂蛋白E(APOE)基因cys158arg (OR=9.434,1.686-83.3),亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T(OR=2.591,1.002-6.711),血管紧张素ⅡⅠ型受体(AT1R)基因A1166C(OR=0.213,0.057-0.799)。
关键词
寡核苷酸芯片技术
单核苷酸多态性
中风易感性
Keywords
Oligonucleotide microarray
SNP
Stroke-vulnerability
分类号
R743 [医药卫生—神经病学与精神病学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因芯片研究血卟啉单甲醚对人肝癌细胞HEPG2基因表达的影响
郑世荣
王妍
朱建国
罗芸
缪海珍
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2001
4
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职称材料
2
一种基于主集分割的基因芯片聚类算法
滕莉
付旭平
李宏宇
李瑶
陈文斌
李荣宇
沈一帆
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2005
0
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职称材料
3
大鼠溃疡性结肠炎相关基因表达谱研究
刘慧荣
张卫
谢建群
吴焕淦
黄建锋
刘敏
张琳珊
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2004
5
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职称材料
4
Kkay小鼠Ⅱ型糖尿病相关基因的表达谱研究
郭清华
尹玲
陆菊明
庄振杰
朱滨
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2001
6
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职称材料
5
清胰消积中药对实验性胰腺癌基因表达的影响
沈晔华
刘鲁明
陆燕
姜振玲
张红发
姚明
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
2005
13
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职称材料
6
中风易感性与候选基因SNP位点关联研究
张小燕
胡木林
周才秀
王忠
陈沁
《生物技术通报》
CAS
CSCD
2008
1
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职称材料
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